Михаилу Палеологу досталось от латинян тяжелое наследие. Древняя столица империи представляла картину разорения и опустошения. В короткий срок был восстановлен из руин великий город, отремонтированы укрепления, отделаны дворцы и храмы. Были восстановлены торжественный церемониал и придворный этикет византийского императорского дворца. Св. София вновь стала центром православия. С огромной энергией правительство Михаила VIII стремилось возродить престиж Византии как мировой державы. Однако территория империи резко сократилась по сравнению с эпохой Комнинов. Под властью Византии оставались лишь владения Никейской империи, часть Фракии и Македонии, Фессалоника с ближайшей округой, некоторые острова Архипелага и отдельные города на Пелопоннесе (Мистра, Монемвасия, Майна). Трапезундская империя и Эпирское царство сохранили самостоятельность. Византийской империи предстояло еще отвоевать у латинян важные области в Средней Греции и на Пелопоннесе. Север Фракии и Македонии находился в руках болгар и сербов. Венеция сохранила свое господство на значительной части островов Эгейского моря. На востоке византийские владения подвергались постоянным набегам турок.
Михаил VIII Палеолог совершил большую ошибку, недооценив турецкую опасность. Пренебрегая защитой восточных областей, он лишил привилегий пограничных воинов-акритов, земли их были обложены налогами, жалованье выплачивалось нерегулярно. Увеличились налоги и на крестьян Вифинии. В 1262 г. вспыхнуло вооруженное восстание вифинских акритов и малоазийских крестьян. Движение проходило под лозунгами защиты династии Ласкаридов против узурпатора Михаила Палеолога. Восстание приняло угрожающие для правительства размеры и было с трудом подавлено войсками императора.
Михаил Палеолог с присущей ему неукротимой энергией направил основные усилия на отвоевание византийских владений у латинян. В течение всего его царствования шли бесконечные войны с латинскими баронами. Однако латиняне нашли сильных союзников прежде всего в лице папского престола, ставившего своей целью восстановление Латинской империи и подчинение власти Рима схизматиков-греков. До крайности обострились отношения между Венецией и Генуей из-за господства на торговых путях в восточное Средиземноморье и в Черное море. Византии приходилось постоянно лавировать между враждующими торговыми республиками. При Михаиле VIII дело кончилось временным разрывом с Генуей и возобновлением союза с Венецией. Адриатическая республика помогла Византии в войне с герцогами Ахайи и Афин, в отвоевании части Пелопоннеса.
Однако вскоре у Михаила VIII на Западе появился новый, чрезвычайно опасный враг — младший брат французского короля Людовика IX Карл Анжуйский. Утвердившись в Южной Италии и на Сицилии, Карл Анжуйский распространял свое влияние в Западной Греции и на островах Архипелага. Он ставил целью захват Константинополя и восстановление под своей эгидой Латинской империи, готовился к походу на Константинополь в союзе с Венгрией, Кастилией, сербами и болгарами. Михаилу Палеологу удалось расколоть антивизантийскую коалицию. К борьбе против Карла Анжуйского был привлечен Педро Арагонский. В 1282 г. испанцы захватили Сицилию. После потери Сицилии Карл принужден был навсегда распроститься с планами захвата Византии.
Во время тяжелой борьбы с Карлом Анжуйским и различными коалициями западных держав Михаил Палеолог решился на примирение с главным врагом греков — папским престолом. Мир с папой был куплен, однако, дорогой ценой — заключением в 1274 г. в Лионе унии западной и восточной церквей, по которой греки признавали супрематию папы над всей христианской церковью. В обмен папа обещал Михаилу Палеологу помощь в борьбе с врагами. Но в Византии уния полностью провалилась, так как вызвала несокрушимое сопротивление монашества, духовенства, народных масс и части знати.
В одном из походов против латинян Центральной Греции в 1282 г. Михаил VIII умер. Новый император — его сын Андроник II Палеолог (1282—1328) — был во многом противоположностью отца. Любитель философии и литературы, широко образованный человек, он предпочитал занятия наукой военным походам или политическим интригам. Во внешней политике он перешел к обороне. Тем временем на Востоке, воспользовавшись ослаблением Иконийского султаната Сельджукидов, Осман I Гази (1288—1326) основал новую династию турецких султанов. Объединенные под его властью турецкие племена стали называться турками-османами.
Осман I, энергичный и жестокий правитель, начал наступление на восточные владения Византии. К началу XIV в. почти вся Малая Азия была потеряна византийцами. В руках императора остались лишь города Никея, Никомидия, Брусса, Сарды, Филадельфия, Магнесия, Смирна. В 1302 г. Осман наголову разбил византийские войска при Никомидии. В обстановке крайней опасности Андроник II призвал на помощь против турок наемные войска каталонского авантюриста Рожера де Флора. Началась «каталонская кампания», которая принесла Византии разорение и невиданные бедствия. Каталонцы, хотя и одержали ряд побед над турками, грабили население в Малой Азии, а затем перешли в Грецию. Они разгромили в 1311 г. Фивано-Ахейское герцогство, и господство французов в Афинах и Фивах рухнуло навсегда. Однако Рожер де Флор в Центральной Греции создал Каталонское княжество, ставшее вассалом испанского Сицилийского королевства, которое просуществовало там около 80 лет и принесло много забот и тревог византийскому правительству. Но постепенно Византия укрепила свои позиции в Морее на Пелопоннесе.
При Андронике III Палеологе (1328—1341), внуке Андроника II, происходила дальнейшая консолидация византийских земель в Европе: к империи были присоединены Фессалия и Эпирское царство. С новыми трудностями Византия встретилась при сыне Андроника III — Иоанне V Палеологе (1341—1391). В малолетство нового правителя в империи разразилась настоящая гражданская война (1341—1355). В центре борьбы были столкновения двух враждующих партий господствующего класса. Одну из них возглавил регент при малолетнем Иоанне V — сильный, волевой, умный, честолюбивый вельможа Иоанн Кантакузин. Его социальной опорой была провинциальная знать, оппозиция же включала столичное чиновничество, торгово-предпринимательские слои городов. Во главе ее стоял выходец из средних слоев горожан Алексей Апокавк, сумевший привлечь на свою сторону народные массы. Движение вылилось в настоящее восстание в Адрианополе. Константинополь был в руках оппозиции и временщика Апокавка. Кантакузин опирался на армию в Дидимотике.
Впервые в истории Византии сложился, правда временный, союз городов с центральной властью в борьбе против крупной феодальной аристократии, что находит аналогии в Западной Европе в эпоху классического феодализма. Союз с городами и помощь широких народных масс принесли Апокавку временные успехи. Социальная и политическая борьба в империи тесно переплелась с идейно-религиозной борьбой между представителями мистического течения исихазма во главе с их вождем Григорием Паламой и умеренно рационалистическим направлением в богословии, возглавляемым калабрийцем Варлаамом. Исихасты поддержали Кантакузина, их противники остались на стороне законного императора Иоанна V Палеолога и его матери Анны Савойской. Гражданская война шла с крайним ожесточением; обе враждующие партии, не считаясь с интересами греческого населения, призывали на помощь то сербов Стефана Душана (1331—1355), то болгар Ивана Александра (1331—1371), то турок-сельджуков, а затем и турок-османов, что было чревато особенно опасными последствиями для империи. Кровопролитная борьба закончилась победой Кантакузина, который в 1347 г. узурпировал императорский престол.
Новый правитель сперва повел весьма осторожную политику. Он сделал Иоанна V своим соправителем и выдал замуж за него свою дочь Елену. Видимость примирения была достигнута. К власти пришла высшая феодальная аристократия империи. В течение всего царствования Иоанн VI Кантакузин (1347—1354) вел войны со Стефаном Душаном, который захватил ряд византийских территорий, с генуэзцами и, наконец, с турками. Страна была разорена, а императорская казна пуста. Турки укрепились в европейской части империи, захватив город Галлиполи, который стал их опорным пунктом для дальнейшего продвижения в Европе. Малая Азия была потеряна Византией еще раньше; в 1331 г. турками были захвачены город и крепость Никея. Военные неудачи, уступки туркам, покровительство феодальной знати и исихастам ослабили позиции Кантакузина, обеспечили победу законному императору Иоанну V Палеологу. В 1354 г. Иоанн V при поддержке горожан и населения Константинополя сверг Кантакузина, который отрекся от престола и стал монахом. Итоги гражданских войн и усобиц для Византии были плачевными: в западных областях империи господствовали сербы, на островах — генуэзцы и венецианцы, восточные провинции были завоеваны турками.
При Палеологах Византийская империя вступила в последний период своего существования, который характеризуется господством феодального строя и началом его разложения. В сфере аграрных отношений окончательно складывается феодальная вотчина, огражденная от притязаний государства рядом привилегий. Бывшие пронии, пожалованные на условиях несения службы государю, теперь в широких масштабах превращаются в наследственные вотчины, сходные с западноевропейскими феодами или ленами. Расширяются иммунитетные права феодалов: экскуссия теперь включает не только фискальные привилегии, но и судебные и административные права по отношению к зависимому населению феодальных вотчин. Государственная власть, ослабевшая в поздней Византии, уже не была способна достаточно эффективно контролировать рост земельных владений и число париков в имениях феодалов.
Формирование феодально-зависимого крестьянства как единого класса в Византии, однако, несколько затянулось по сравнению с аналогичным процессом в Западной Европе. И в поздней Византии поражает пестрота упоминаемых в источниках категорий феодально-зависимых крестьян. Наряду с основной категорией зависимых крестьян-париков здесь встречаются так называемые «свободные» (элевтеры), крестьяне-присельники, чужаки, «неизвестные казне лица». Большинство их было беглыми париками, покинувшими свои