Меньше других русских городов пострадали от монголо-татарского нашествия северо-западные районы Руси — Новгород и Псков. Здесь к концу XIII в. окончательно сложились феодальные боярские республики. Исполнительная власть в Новгороде первоначально, как и в остальных городах, принадлежала князю, действия которого контролировались — и в этом особенность Новгорода — посадниками, избиравшимися территориальными группами боярства. В конце XIII в. складывается новый государственный орган — Совет господ из представителей боярства различных территорий города — так называемых «концов»; посадник теперь избирается из членов этого Совета. Резко сокращаются права князя в области суда. Из его ведения исключаются земельные тяжбы: они решаются общим судом князя и посадника. Суд по торговым делам переходит из рук князя в компетенцию тысяцкого. Главной обязанностью князя остается организация обороны. На протяжении XIII в. утвердились сходные республиканские начала и в соседней с Новгородом Псковской республике.
Попытки захватчиков ввести в Новгороде свои поборы вызывали там антиордынские выступления. В 1257 г. произошло восстание против введения «тамги» и «десятины». В 1259 г. город ответил мятежом на требование ордынцев провести опись населения для установления новых налогов. Несмотря на протест против переписи и взимания туски — дара в пользу монгольской администрации, горожанам, боярству и князю Александру Невскому под давлением монголо-татарских войск пришлось согласиться на «число», т.е. проведение переписи. А это вызвало широкое народное волнение, жестоко подавленное князем. В 1269 г. борьба за городские вольности в Новгороде переплелась с борьбой против ордынского владычества над Русью. Когда в Новгороде началось восстание против князя Ярослава, во время которого был убит посадник, разорены городские усадьбы сторонников князя, он обратился за помощью к хану. Итогом этого мятежа стало утверждение очередного договора между городом и князем, который послужил основой для дальнейших взаимоотношений Новгорода с приглашаемыми туда князьями.
Однако главной линией социальной борьбы в Новгороде и в это время оставалась борьба за городские вольности. В 1255 г. город стал ареной антикняжеского выступления. В ходе этого движения интересы «меньших» людей, не имевших представительства в органах власти, были преданы боярством, которое составило заговор с целью «князя ввести по своей воле» и добилось своего. Александр Ярославич Невский, новгородский и владимирский князь, принял условия горожан.
Северо-западные русские земли стали в XIII в. объектом агрессии со стороны Швеции. В 1240 г. шведские рыцари на многих кораблях проникли в Неву и дошли до ее притока Ижоры. 15 июня 1240 г. Александр Ярославич, в спешном порядке прибывший из Новгорода со своей небольшой дружиной, полностью разгромил шведский лагерь. За эту блистательную победу князь получил свое прозвище — Невский.
Новгородской и Псковской республикам пришлось отражать и агрессию немецких духовно-рыцарских орденов, утвердившихся ранее на землях Прибалтики. Тевтонский и Ливонский ордена поделили ее территорию с князьями церкви (рижским архиепископом, дерптским-тартуским и др. епископами) и датским королем, овладевшим районами Харьюмаа и Вирумаа вопреки ожесточенному сопротивлению местного населения — ливов, земгалов, эстов. Особенно упорно отстаивали свою свободу жители острова Сааремаа (после восстания 1236 г. их подчинение растянулось на весь XIII в.). Тем не менее в Прибалтике установилась власть иноземных феодалов. Не удовлетворившись эксплуатацией прибалтийского населения (с которого завоеватели получали оброк и десятину), немецкие феодалы попытались захватить и соседние русские земли. На льду Чудского озера русские войска под предводительством Александра Невского 5 апреля 1242 г. нанесли сокрушительное поражение тяжеловооруженным орденским братьям-рыцарям. Было убито 400 рыцарей и 50 взято в плен. Хотя и позднее, в XIV—XV вв., делались новые попытки вторжения на Русскую землю с Запада, угроза ее завоевания и порабощения с этой стороны была снята.
Решительных сдвигов в развитии производительных сил в XIV в. не произошло. Прежними оставались возделывавшиеся хлебные злаки (ячмень и пшеница), распространялись овес и единственная озимая культура — рожь. Активизировалась внутренняя колонизация, в том числе на землях, запустевших после Батыева нашествия. Особенно энергично осваивался центр Северо-Восточной Руси.
Ко второй половине XIV в. относятся первые признаки нового подъема городов и городского ремесла в Северо-Восточной Руси. Развиваются портняжное, сапожное, плотницкое дело, возрождается металлообработка и литейное дело, в частности литье колоколов. Начинается строительство водяных мельниц, в основном в хозяйствах крупных светских и церковных феодалов. Значительных успехов снова достигает ювелирное ремесло, сосредоточенное в городах. Развитие металлообрабатывающих ремесел тормозило отсутствие на Руси месторождений цветных и благородных металлов. Они поступали из-за границы через Новгород и Псков, которые поддерживали оживленные торговые связи с Ганзой и ливонскими городами. Переход в середине XIV в. от пергамента к бумаге позволил начать массовое изготовление книг.
Возобновляется строительство, в том числе оборонительных сооружений. Новые дубовые стены Кремля в Москве были возведены при князе Иване Калите (1315—1340). Возрождается и культовое строительство. Так, при том же Калите в Кремле было поставлено четыре храма, в их числе Успенский собор. Во второй половине XIV в. началась чеканка монет в Московском, Тверском, Нижегородском, Ростовском и Ярославском княжествах. Крепли торговые связи между княжествами. Значительно выросла внешняя торговля через северо-западные и западные города — Новгород и Псков, Смоленск, Полоцк, Витебск — с Прибалтикой, Северной и Западной Европой. Несмотря на то, что низовья Дона и Днепра находились в руках кочевнических орд, города Руси возобновили торговлю с итальянскими колониями в Крыму. В этих внешнеторговых связях Русь выступала поставщиком продукции промыслов — пушнины, воска, меда, получая в обмен сукна, соль, бумагу, благородные металлы.
С начала XIV в. возобновился рост частновотчинного землевладения за счет пустующих, вновь колонизуемых «черных» земель. Княжеские пожалования фиксировали вотчинный иммунитет. Еще шире распространилась сложившаяся в XIII в. практика «кормлений» (права на получение доходов с определенной территории за какие-либо службы. И «кормления», и иммунитетные пожалования в конечном итоге служили укреплению феодальных отношений и феодальной вотчины. Именно к XIV в. позднее возводили свою родословную большинство знатных родов Северо-Восточной Руси (за исключением Рюриковичей).
В XIV в. растет и церковное землевладение. Складывается земельный фонд митрополичьего дома. В качественно новый этап вступает развитие монастырей, которые из частновладельческих ктиторских становятся общежитийными. С середины XIV в. монастырские земельные владения увеличиваются за счет «черных» земель, сокращается численность свободного — «черносошного» крестьянства.
В быстро развивавшейся Новгородской земле к середине XIV в. завершается складывание вотчинной системы как господствующего вида феодального землевладения. Огромные вотчины светских и духовных феодалов в это время принимают законченную форму. Фонд государственных земель, находившихся в распоряжении Софийского собора и владыки как хранителя государственной казны, сократился. Освоив основной фонд «черных» земель новгородских пятин к середине XIV в., вотчинники начали борьбу за перераспределение земельной собственности. В XIV в. в руки крупных феодальных землевладельцев — бояр полностью переходит должность тысяцкого. В 1354 г. была проведена реформа, вводившая принцип представительства от городских концов: от каждого конца избирался пожизненно один посадник (от нового быстро росшего Плотницкого — два). В реорганизации политического строя республики активно участвовали городские низы, оказывавшие постоянное давление на патрициат или непосредственно или через оппозиционные группировки бояр. Основной причиной городских волнений в Новгороде в это время стала внутрифеодальная рознь между отдельными боярскими группировками, боровшимися за власть и доходы. Причиной распрей был и передел земли. Так, в 1359 г., когда жители Славенского конца добились возведения в должность посадника Сильвестра Леонтьевича, не поддержанного жителями остальных концов, на городском вече на Ярославовом дворе произошли вооруженные стычки, во время которых «бояр многих побили и полупили». В итоге вместо Сильвестра был избран Микита Матвеевич, а села, принадлежавшие первому из них и другим земвладельцам Славенского конца, были конфискованы.
В начале XIV в. Северо-Восточная Русь вступила в новый этап подчинения Золотой Орде. Правление хана Узбека сопровождалось увеличением поборов с русского населения, в том числе с духовенства. В связи с этим в 1328—1359 гг. резко увеличивается число антиордынских выступлений на Руси. Наиболее значительным оказалось знаменитое восстание в Твери 15 августа 1327 г. против баскака Чолхана (Щелкана русских народных песен) и его слуг, потребовавших исполнения подводной повинности тверским духовенством. Баскак вместе со своими приспешниками был убит. Подобные движения, ведущей силой которых были не князья с боярами, а горожане, последовали и в других городах, после чего утвердилась новая, менее тяжкая форма зависимости русских князей от ордынских ханов или «царей» (как их стали титуловать по аналогии с византийскими императорами). Князья отныне должны были платить дань за получение права княжения в собственной земле, так называемый «выход».
Некоторая стабилизация русско-ордынских отношений и восстановление экономики в период правления в Москве Ивана Калиты создали предпосылки для возобновления борьбы за политическое объединение Северо-Восточной Руси. Главными соперниками в борьбе за великокняжеский владимиро-суздальский престол были московские и тверские князья, возглавлявшие два самых крупных центра Северо-Восточной Руси. Оба города, расположенные на удобных водных магистралях (Волга и Москва), складывались как транзитные центры: Тверь — между Новгородом, поволжскими и северо-восточными городами, Москва — между Киевом, Черниговом, Смоленском и Ростовом, Владимиром. В Москве оканчивался водный путь по Москве-реке. Князья получали большие доходы от торговых пошлин. Пожалуй, некоторое преимущество было все же у Москвы, поскольку ее округа была благоприятней для земледелия. Московские князья проводили более гибкую и дальновидную политику, они своевременно и правильно оценивали немалую роль православной церкви. Киевский и всея Руси митрополит, хотя и получал поставление от константинопольского патриарха, а потому до середины XIV в. обычно был греческим уроженцем, поневоле проводил политику в интересах объединения Руси. Он возглавлял разветвленную сеть церковной администрации епископий и архиепископий вне зависимости от их принадлежности к тому или иному княжеству или республике. Церковь выступала не только носительницей идеи единства страны, воплощенной в титуле митрополита, но и на практике как бы предваряла политическое воссоединение ее разрозненных частей. В княжение Калиты в 1362 г. центр митрополии, возглавляемой митрополитом Петром, из Владимира (он был перенесен туда из Киева еще в 1300 г.) передвинулся в Москву, что превратило ее в новый церковный центр Северо-Восточной Руси.