Успехи централизации позволили молодому Русскому государству уже в первые десятилетия своего существования проводить активную внешнюю политику. Успешно проходила защита целостности Северо-Западной Руси, в том числе и Пскова. Строительство Ивангорода на реке Нарове в 1492 г. создавало стратегическую и экономическую базу на Балтике. Однако главной внешнеполитической задачей в то время было возвращение Смоленска, а также будущих украинских и белорусских земель (Киева, Чернигова, Витебска и др.). В основу этой политики легла идея киевского наследия.
Создание единого Русского государства было враждебно встречено в Великом княжестве Литовском и Короне Польской. Наличие глубоких социальных, религиозных, культурных и этнических противоречий между литовскими магнатами, католиками по вероисповеданию, имевшими право представительства в Раде панов, и белорусско-украинской шляхтой обусловливало непрочность Великого княжества Литовского. Невозможность участвовать в управлении страной толкала православную знать, и прежде всего владетелей пограничных земель, к союзу с единоверческим Русским государством. Первыми «отъехали» к Ивану III князья Воротынские и Белевские, вместе с которыми к Руси отходили верховья Оки. Начиная с 1487 г. переход на сторону Руси верховских князей принял массовый характер. Мценск, Любутск, Серпейск, Мезецк при поддержке русских войск вошли в состав Русского государства. По перемирию 1494 г. к этим территориям присоединилось и Вяземское княжество. Отсюда открывался и прямой путь на Смоленск.
Соглашение 1494 г. не урегулировало всех спорных вопросов. В 1498 г. Великое княжество Литовское прервало сношения с Русью. Был наложен запрет на вывоз на Русь соли, благородных и цветных металлов. В условиях экономической блокады война становилась неизбежной. Она разразилась на последнем этапе так называемого «династического кризиса». Сын Ивана Ивановича Молодого (сына Ивана III от первой жены Марии Борисовны Тверской), скончавшегося в 1490 г., Дмитрий-внук, венчанный на княжение в 1498 г., попал в опалу. На следующий год Василий Иванович, первенец второй жены Ивана III — Софьи Палеолог, поручил Новгород и Псков. А еще через два года — в августе 1501 г. он титулуется «великим князем всея Руси». В апреле 1502 г. Дмитрий-внук с матерью Еленой Волошанкой, дочерью молдавского господаря Стефана Великого, были заточены.
Русско-литовская война началась в 1500 г. Русские войска заняли ряд северских городов в бассейне Десны, направились к Великим Лукам и через Дорогобуж к Смоленску. 14 июня на реке Ведроше под Дорогобужем литовские войска потерпели сокрушительное поражение. Обращение Литовского княжества за помощью к Ливонскому ордену и вступление последнего в военные действия в августе 1501 г. не принесли перемен. Победа при Гельмеде недалеко от Дерпта (современного Тарту) и поддержка местного населения — эстов обеспечили продвижение русских войск в глубь Ливонии. По миру с Литовским княжеством 1503 г. к Русскому государству перешла значительная территория по течению Сожи и Десны с городами Черниговом, Стародубом, Гомелем, Новгород-Северским и Рыльском, а также верхнее течение Десны и Угры с Брянском и далекими пригородами Смоленска (сам Смоленск вошел в состав Русского государства только в 1514 г.). В ходе войны произошли существенные сдвиги и в международной обстановке. Союзный Руси Менгли-Гирей, глава образовавшегося в 40-е годы XV в. Крымского ханства, в июне 1502 г. разгромил орду Ахмедовых детей, покончив с основным преемником Золотой и Большой Орды, по-прежнему претендовавшим на власть над Русским государством. Однако Крымское ханство, восприняв вместе со знатью Большой Орды и ее традиции внешней политики, перешло на враждебные к Руси позиции. Потеря этого союзника компенсировалась приобретением другого. Народы Северного Кавказа, адыги (черкесы), страдавшие под игом Золотой Орды, а в конце XV в. ставшие объектом крымской агрессии, с надеждой смотрели на северного соседа, давно демонстрировавшего свою мощь в борьбе с захватчиками.
В конце XV в. международное положение Русского государства значительно упрочилось. Были заключены союзы с Венгерским королевством при Матьяше Хуньяди, Молдавским воеводством при Стефане Великом, со Священной Римской империей германской нации при Фридрихе III Габсбурге, Датским королевством. Целью этих союзов — антиягеллонских или антиганзейских — было решение главных внешнеполитических задач — воссоединение земель Киевской Руси, создание благоприятных условий для развития внешнеторговых связей, укрепление международного престижа страны. Последнее осуществлялось путем расширения титула великого князя: европейские державы признавали за Иваном III право на титул князя или короля всей Руси, а не только Московского княжества (Московии), как это делали правители Литвы.
Унаследовав от отдельных русских земель задачи в области развития экономических, политических и культурных связей, Русское государство преобразовало их во всеобъемлющую программу равенства всех русских земель в торговле, беспрепятственного проезда купцов как по суше, так и по морю, свободного привлечения на Русь специалистов во всех областях тогдашней науки и ремесел. Правительству Ивана III удалось добиться пересмотра условий торговли с другими странами Европы. Монополии ганзейского купечества на поставку цветных и благородных металлов был нанесен сокрушительный удар. Закрытие Немецкого двора в Новгороде в 1494 г. облегчило развитие внешней торговли русских, перенесших центр тяжести своей торговли в ливонские города.
Крепли и культурные связи молодого государства с передовыми странами Европы эпохи Возрождения, в первую очередь с Италией. Итальянские специалисты в области монетного и литейного дела, артиллерии, строительства — гражданского и крепостного — призваны были способствовать развитию техники на Руси.
Конец XV в., как отмечалось, был богат кризисами — и политическими, и экономическими. Не миновали они и общественную мысль того времени. Особую известность получила ересь антитринитариев. Судя по утверждениям главных противников ереси новгородского архиепископа Геннадия и Иосифа Волоцкого (в миру Санина), основателя названного его именем монастыря, ее последователи отрицали не только догмат о троичности бога, но и святость богоматери, необходимость поклонения иконам и, наконец, необходимость самого института церкви для общения человека с богом. Выступали они и против церковного землевладения. В идеологии этого еретического направления отмечают и черты мессалианства, дуалистической ереси раннего средневековья, и отзвуки реформационных настроений с присущим для них признанием авторитета Библии, в частности Ветхого завета.
Ересь распространилась в начале 70-х годов XV в. сначала в Новгороде, где большинство ее последователей принадлежало к низшему духовенству и простонародью, а затем в 80-е годы в Москве. Здесь ее поддержали и более влиятельные лица из окружения Ивана III (например, дьяк Федор Курицын). На церковном соборе 1490 г. еретики были подвергнуты проклятью. Для новгородских и особенно московских еретиков характерна гуманистическая направленность их взглядов. Члены московского кружка вольнодумцев, как и их глава Федор Курицын, дипломат и широко образованный человек, проявляли особый интерес к богословским и философским произведениям, утверждавшим свободу воли, рассматривавшим человека как мерило всех ценностей.
Внимание образованных читателей и из мирян, и из духовенства постепенно все сильнее привлекали переводные светские сочинения, обращавшиеся на Руси еще в XII — начале XIII в., такие, как «Александрия» (жизнеописание Александра Македонского, весьма популярного в средневековье), «Повесть об Акире Премудром» (ассиро-вавилонское сочинение VII в. до н.э., содержащее множество афоризмов), «Иудейская война» Иосифа Флавия и др. В конце XV в. корпус переводных светских сочинений пополнился переводами с немецкого «Прения живота со смертью» и др.
Центральным вопросом для членов московского кружка был, вероятно, вопрос о границах власти государя. В «Повести о Дракуле», распространенной в их кругу, нарисован идеал дальновидного, хотя и жестокого государя, казнившего всех, «кто учинит кое зло, татьбу или разбой, или кую лжу или неправду», вне зависимости от его сословного положения. В своей практической деятельности представители московского кружка утверждали единовластие великого князя всея Руси, за что некоторое время пользовались сочувствием Ивана III.
На противоположных позициях стояли воинствующие церковники, стремившиеся отстоять особое место церкви в системе складывающихся внутри страны отношений. Как реакция на ущемление прав церкви в процессе объединения страны, в особенности в Новгороде, в конце XV в. была создана теория превосходства духовной власти над светской. «Слово кратко», происходившее из кружка новгородского архиепископа Геннадия, ясно и четко формулирует эту идею: «Следует больше повиноваться духовной власти, нежели мирской». Однако для проведения этой идеи в жизнь уже не было реальных предпосылок. Великокняжеская власть опиралась на многочисленный слой детей боярских — средних и мелких феодалов, заинтересованных в секуляризации или хотя бы секвестровании церковных земель для дальнейшего расширения поместного фонда. Кроме того, сама церковь вынуждена была прибегнуть к поддержке великокняжеской власти в борьбе с еретиками. При этом и сами защитники ортодоксальной церкви не могли не признать необходимости некоторых реформ, в первую очередь в отношении монашества. Иосиф Волоцкий предлагал установить строжайшую дисциплину и соблюдать внешнее благочиние в монастырях, но признавал необходимым сохранение монастырского землевладения, требовал беспощадной расправы с инакомыслящими, настаивал на вмешательстве государства в дела церкви.
В противоположность «иосифлянам» (как назывались сторонники волоцкого игумена) другое внутрицерковное течение — «нестяжатели», также стремившееся к укреплению пошатнувшегося престижа монастырей, предлагали для этого иные средства. Основоположник этого течения Нил Сорский требовал нравственного самоусовершенствования монахов путем жестокой аскезы и внутренней («умной») молитвы. «Нестяжатели» осуждали приобретение монастырями населенных земель, которые они предлагали передать в руки епископов — глав церковных епархий. Взяв за образец хозяйство северных монастырей, они призывали ограничиться лишь «самоплодными» землями, т.е. усольями — соляными источниками, водами с их возможностями для мукомольного дела и рыболовства, лесами, богатыми зверем и ягодой. Сторонники двух главных церковных идеологов придерживались, таким образом, разных взглядов на будущее развитие монастырей и их место в экономической и социальной жизни русского общества (теория Волоцкого предусматривала широкую раздачу милостыни в монастырях, «нестяжатели» передавали эту миссию в руки белого духовенства). Правда, и та, и другая теория не отрицала самой идеи «нищелюбия» и отводила церкви роль амортизатора социальных конфликтов феодального общества. Церковный собор 1503 г. сделал попытку исправления церковного быта и нравов, запретив взимать мзду за поставление (назначение) священников. Однако по вопросу об отказе монастырей от землевладения, поставленному самим Иваном III, «нестяжатели» потерпели поражение. Ивану III удалось добиться лишь ограничения иммунитетных прав церковных феодалов, в первую очередь митрополита.