Однако классовый подход оставался главным принципом выстраивания властной политики в отношении интеллигенции. При малейшем подозрении в противодействии власть немедленно прибегала к репрессиям. Узкий догматический подход был противопоставлен реальному многообразию жизни и ее культурных проявлений. И вновь пролетарская социальная основа революции пришла в противоречие с реальной сложной социальной и культурной структурой российского общества, которая имманентно включала и должна была включать так называемые мелкобуржуазные компоненты. Противоречия эти ликвидировались варварскими методами. В 1921 г. более 200 человек были арестованы по делу так называемой Петроградской боевой организации во главе с В.Н. Таганцевым (профессор географии, секретарь Сапропелевого комитета Академии наук). По решению Петроградской ЧК от 24 августа 61 из арестованных, включая выдающегося русского поэта Н.С. Гумилева, были расстреляны.
«Философский пароход». В июне 1921 г. Ф.Э. Дзержинский направил в Политбюро докладную записку об антисоветских организациях среди интеллигенции. Из записки следовало, что нэп создает опасность объединения и консолидации сил буржуазных и мелкобуржуазных групп. Особое внимание обращалось на антисоветскую профессуру в вузах, различных научных обществах. Противников советской власти обнаружили вокруг журналов «Экономист», «Экономическое возрождение», «Летопись Дома литераторов», вестника Пироговского общества врачей, а также в частных издательствах. Отмечалось, что вокруг издательства «Задруга» группируются члены партии энесов, а издательства «Берег» — преимущественно члены ЦК партии кадетов; издательство «Книга» находится в руках ЦК меньшевиков. В записке подчеркивалась «необходимость решительного проведения ряда мероприятий, могущих предотвратить возможные политические осложнения».
На основании записки Политбюро в июне 1922 г. создало специальную комиссию в составе И.С. Уншлихта, Д.И. Курского и Л.Б. Каменева. Она должна была подготовить предложения по арестам и высылке интеллигенции, закрытию органов печати. Инициатива высылки принадлежала Ленину, а контроль за исполнением операции был возложен на Сталина. «Надо бы несколько сот подобных господ выслать за границу безжалостно. Очистим Россию надолго», — писал Ленин. Политбюро несколько раз рассматривало работу комиссии по высылке интеллигенции, находя ее неудовлетворительной «как в смысле недостаточной величины списка, так и в смысле его недостаточного обоснования».
С июля 1922 по апрель 1923 г. из России в несколько приемов (в том числе на пароходах) было выслано более ста старых интеллигентов (вместе с семьями 228 человек). Среди них были профессора Московского университета, Московского высшего технического училища, Петровско-Разумовской сельскохозяйственной академии, Института инженеров путей сообщения, Археологического института; лица, проходящие по делу издательства «Берег» и по делу группы В.В. Абрикосова — священника Римско-католической церкви в Москве, сторонника объединения Римско-католической и православной церквей; агрономы, кооператоры, врачи, инженеры, литераторы. Среди высланных были также бывший ректор М.М. Новиков и декан физико-математического факультета Московского университета В.В. Стратонов; экономисты С.Н. Прокопович и Б.Д. Бруцкус, историк А.А. Кизеветтер, писатель М.А. Осоргин, философы Н.А. Бердяев, Л.П. Карсавин, Н.О. Лосский, П.А. Сорокин, Ф.А. Степун, С.Л. Франк. Нашумевшая высылка вошла в историю под названием «философский пароход», хотя на пароходах в изгнание отбыло около 50 ученых, с членами семей — примерно 115 человек. Всего после революции из 1024 крупных российских ученых, возглавлявших ранее кафедры и целые научные направления, из страны выехало примерно 500 человек. Только Академия наук в 1917–1922 гг. по разным причинам (смерть, эмиграция и т. д.) потеряла более половины своего состава, лишившись 24 членов из 45.
Высланные представители старой интеллигенции пополнили почти двухмиллионную эмиграцию, оказавшуюся за пределами России в результате революции и Гражданской войны. Многие другие ее представители оказались среди репрессированных по политическим мотивам внутри СССР. Согласно официальным данным, общее число арестованных органами ВЧК — ОГПУ за все виды преступлений в 1921–1928 гг. составило 842 232 человека, из них 152 633 осуждено. В числе арестованных за контрреволюционные преступления насчитывалось 457 347 человек. Удельный вес «контрреволюционеров» среди всех арестантов вырос с 38 % в 1921 г. до 64 % — в 1928 г. и 82 % — в 1929 г. (См. таблицу 13).
ГПУ — ОГПУ — НКВД. Созданная в 1917 г. ВЧК (Всероссийская чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и саботажем) в феврале 1922 г. преобразована в ГПУ (Государственное политическое управление) при НКВД РСФСР, в сентябре 1923 г. — ОГПУ (Объединенное ГПУ) при СНК СССР. В 1934 г. ОГПУ упразднено с включением его состава в Главное управление государственной безопасности (ГУГБ) НКВД СССР. Органы госбезопасности в 1917–1926 гг. возглавлял Ф.Э. Дзержинский, в 1926–1934 гг. — В.Р. Менжинский.
«Орден русских фашистов». В ноябре 1923 г. ОГПУ пыталось сфабриковать дело по обвинению в антисемитизме С. Есенина, его друзей А. Ганина, С. Клычкова, П. Орешина. Затравленный поэт покончил жизнь самоубийством в 1925 г. (по другой версии, убит), позднее погибли и другие обвиняемые. В ноябре 1924 г. арестовали группу писателя А. Ганина, объединенную идеей борьбы с «интернационально-коммунистическим режимом во имя спасения национальной России». Группа получила название «Орден русских фашистов». В марте 1925 г. Ганина с шестью товарищами расстреляли, семерых отправили на Соловки, откуда вернулись лишь двое.
Искоренение религиозного сознания. Особой ожесточенностью отличалась борьба по искоренению религиозного сознания и священнослужителей, которые были зачислены в стан контрреволюции. Пионеры и комсомольцы оказались наиболее отзывчивыми на призывы покончить с «поповским мракобесием». К 1922 г. было закрыто более двух третей из примерно 1200 православных монастырей, а в Москве — все домовые церкви, составлявшие около четверти общего числа столичных храмов (в 1917 г. в Москве действовало 845 храмов различных конфессий). Началось планомерное разрушение церковных сооружений. В Москве первым снесли выдающийся памятник церковной архитектуры — часовню Александра Невского на Манежной площади. Кампания по изъятию церковных ценностей, предпринятая в голодном 1922 г., обернулась дальнейшим разгромом культурно-исторического достояния страны. Однако сломить пассивное сопротивление церкви властям не удавалось.
«Дело» патриарха Тихона. В начале мая 1922 г. Политбюро, по предложению Ленина, дало директиву московскому трибуналу немедленно привлечь патриарха Тихона к суду. Патриарха арестовали и намеревались судить по обвинениям в антисоветских преступлениях. До суда дело не дошло. И не столько из-за того, что патриарху пришлось «раскаяться в своих поступках», сколько из-за опасения бурной реакции в зарубежных странах. Например, британское правительство заявило об отзыве дипломатической миссии, если начнется намеченный на апрель 1923 г. процесс по его делу.
Созданные в СССР и издававшиеся большими тиражами газеты «Безбожник» (1922–1934, 1938–1941), «Атеист» (1922), журналы «Безбожник» (1923–1941; в 1923–1932 «Безбожник у станка»); «Атеист» (1922–1930), «Воинствующий атеизм» (1931), различные антицерковные семинары, кружки, образованное в 1924 г. Общество друзей газеты «Безбожник» (c 1925 — «Союз безбожников», в 1929–1947 — «Союз воинствующих безбожников») вели целенаправленную работу по атеизации верующих.
Стремясь ослабить Русскую православную церковь, власти поддерживали «обновленцев» — появившиеся с мая 1922 г. группировки духовенства, которые пытались провести в РПЦ реформы, нацеленные, по сути, на разрушение церкви. Различные группы «обновленцев», возглавлявшиеся протоиереем А. Введенским, священником В. Красницким, епископом Антонином (А. Грановским) и другими, заявляли о своей приверженности «христианскому социализму», отрицали патриаршество «как монархический и контрреволюционный способ руководства церковью», требовали изменений в церковных обрядах, выступали за разрешение епископам вступать в брак, овдовевшим священникам жениться вторично. Среди «обновленцев» была «Свободная трудовая церковь», призывавшая к слиянию всех религий. В течение 1922–1923 гг. «обновленцы» захватили многие приходы, 37 из 73 епархиальных архиереев подчинились созданному на «Соборе» «Живой церкви» и других обновленческих группировок (апрель 1923 г.) Высшему церковному совету. Однако большинство верующих не пошли за «обновленцами».
Надеясь спасти церковь от разгрома, патриарх Тихон 16 июня 1923 г. обратился в Верховный суд РСФСР с письмом, которым подтверждал лояльность установившейся в России власти, признал ошибочность ряда своих действий (в частности, обращения по поводу Брестского мира, анафематствования в 1918 г. власти, воззвания против декрета об изъятии церковных ценностей). «Я заявляю Верховному суду, — писал он, — что я отныне советской власти не враг. Я окончательно и решительно отмежевываюсь как от зарубежной, так и от внутренней монархическо-белогвардейской контрреволюции». После этого письма Тихон был освобожден из-под стражи и получил возможность вернуться к руководству церковью. Решения обновленческого собора он объявил «неканоническими и раскольническими». Большинство «обновленцев» вернулось в патриаршую церковь. К концу 1920-х гг. неканоническое движение фактически прекратило свое существование, но официально «Обновленческая церковь» во главе с А. Введенским существовала вплоть до послевоенных лет. Его смерть 25 июля 1946 г. считается концом обновленчества.
С прекращением судебного «дела» патриарха гонения на церковь не прекратились. После смерти Тихона (1925) был арестован патриарший местоблюститель митрополит Петр (П.Ф. Полянский, расстрелян в 1937 г.). Главным местом заточения церковных иерархов в 1920-х гг. стал Соловецкий лагерь, куда к 1926 г. были помещены 24 епископа. Многие епископы были высланы из епархиальных городов на север, в Сибирь, Казахстан и Среднюю Азию. В 1922 г. только по суду было расстреляно 3447 священнослужителей.