Реализация органами «СМЕРШ» и командованием того же Северо=Западного фронта комплекса мер по борьбе с изменой Родине привела к положительным переменам. 10 октября 1943 года начальник фронтового контрразведывательного управления сообщал ГУКР о том, что «изменнические проявления» в частях фронта значительно сократились. Так, если в июне, сообщалось в этом докладе, к противнику перешли 10 человек, в июле — 4, то в сентябре только 227; в момент перехода через линию фронта в мае задерживались 15 человек, в июле — 828. Снизилось и количество арестованных за изменнические намерения. В мае, например, по этой причине всего по фронту было арестовано 97 военнослужащих, а в сентябре — 1129; в июне в войсках фронта было учтено «активного изменнического элемента», т. е. перешедших к врагу, уничтоженных при попытке перехода и арестованных за подготовку измены 99 человек, в августе — 42, в сентябре же — 1730.
Еще одним особо опасным видом воинских преступлений, с которым контрразведка «СМЕРШ» вела бескомпромиссную борьбу, было дезертирство. Под дезертирством принято понимать самовольное оставление военнослужащим своей части или места службы с целью уклонения от участия в боевых действиях или дальнейшего несения службы.
Как явствует из документов, работа УКР «СМЕРШ» фронтов в этой сфере велась по трем направлениям: информирование командования о состоянии дисциплины в частях, оперативные мероприятия по обнаружению намерений военнослужащих покинуть свою часть, организация заградительных мероприятий с целью недопущения случаев самовольного ухода военнослужащих в тыл. Главной причиной дезертирства «смершевцы» Северо-Западного фронта считали «нежелание служить в Красной армии из-за трусости».
Ведущая роль в борьбе с дезертирством отводилась заградительным мероприятиям, т. е. задержанию и тщательной проверке всех военнослужащих, появлявшихся в полосе фронта вне состава своих подразделений, следовавших в тыл, а также бойцов и командиров, в одиночку или группами передвигавшихся по тыловым дорогам фронта. Несли заградительную службу комендантские команды, войска НКВД, взводы и роты охраны «СМЕРШ». Для прочесывания лесов, задержания дезертиров на дорогах и железнодорожных станциях создавались подвижные заградотряды, куда были включены оперативные работники контрразведки. Они имели право задержания и предварительного расследования с дальнейшей передачей задержанных «по подсудности». Заградотряды Северо-Западного фронта выполняли большой объем работы. Только с мая по июль 1943 года они задержали 5815 подозрительных лиц, из которых 5333 человека были направлены в воинские части, 194 арестованы, а остальные переданы прокуратуре, органам НКВД или препровождены на сборно-пересыльные пункты для проверки. Однако анализ задержаний позволил контрразведчикам сделать в июне того же года вывод о том, что существовавшая на Северо-Западном фронте система заградительной службы была недостаточно эффективной.
В апреле — июне из состава фронта были выведены и переброшены на другие участки 11,27, 53 и 68-я армии. Интенсивное передвижение большой массы войск и техники осложняло работу заградительной службы и увеличило число каналов проникновения дезертиров в тыл. Так, в результате опроса задержанных дезертиров из числа среднего командного состава было установлено, что проезд от линии фронта в тыл практически свободен, так как из-за огромного потока транспорта на контрольно-пропускных пунктах документы тщательно не проверялись. Как правило, их спрашивали только у водителей, а тех, кто находился в кузове, «проверяли» лишь вопросами: «У всех имеются документы?» или «Это ваши люди?» и т. п… Получив утвердительный ответ, контролеры отправляли машины дальше.
Эффективность заградительных мер существенно снижалась из-за того, что занимавшиеся проверкой военнослужащие часто не знали правил заполнения документов и порядка передвижения командированных, не проявляли должной требовательности. По оценке «СМЕРШа», отсутствовал контроль за пассажирами поездов, курсировавших по железнодорожным магистралям Северо-Западного фронта, вследствие чего «проезд военнослужащих в поездах без билетов и предварительной проверки документов… создает дезертирам и проходимцам условия для быстрого и беспрепятственного продвижения».
Отмечали контрразведчики и характерные особенности действий различных групп дезертиров. Так, рядовые солдаты, дезертировавшие без документов, пробирались в тыл глухими проселочными дорогами, обходя посты заградотрядов. Лица же начальствующего состава, дезертировавшие из частей, обычно пытались открыто пользоваться транспортом, изображая командированных по спецзаданиям. У этого вида дезертиров, как правило, были поддельные командировочные предписания, продовольственные аттестаты и чистые бланки с печатями. Например, у задержанного старшего техника-лейтенанта Каратаева при обыске было обнаружено 15 командировочных предписаний с подчищенными датами и несколько чистых бланков.
Обозначившиеся каналы проникновения в тыл могли быть использованы не только дезертирами, но и агентурой немецкой разведки. Поэтому органы «СМЕРШ» стремились сделать все возможное, чтобы перекрыть эти каналы. Оперативные группы фронтовой контрразведки постоянно работали в прифронтовых городах: Демянске, Валдае, Осташкове, Крестцах. Наряду со своей основной задачей — задержанием агентуры противника они проводили мероприятия по задержанию пытавшихся укрыться в тылу дезертиров. Было сформировано еще 5 оперативно-розыскных групп, которые курсировали по железным и грунтовым дорогам фронта и с 1 мая по 20 июня 1943 года в ходе проверки документов у военнослужащих задержали в общей сложности 1915 человек, в том числе 134 дезертира, а в июне — июле было задержано 800 лиц, из которых 58 тоже оказались дезертирами.
В июле 1943 года контрразведывательное управление «СМЕРШ» Северо-Западного фронта представило военному совету перечень выявленных недостатков, способствовавших «совершению самого факта дезертирства» и продвижению дезертиров от передовой линии фронта в тыл. К этим недостаткам были отнесены: нарушение режима военного времени на транспорте и в населенных пунктах прифронтовой полосы, «медлительность введения в действие» приказов командующего фронтом, «самоустранение» гарнизонов тыловых частей от несения заградительной службы, беспорядочное движение по дорогам команд и групп военнослужащих, беспечность в хранении различного рода документов, бланков и печатей. В связи с перечисленным предлагалось осуществить ряд мероприятий по повышению надежности заградслужбы: ввести обязательное для всех гарнизонов несение этой службы на перекрестках проселочных дорог подходах к крупным населенным пунктам, потребовать от штабов строгой отчетности за использование командировочных документов, ввести единые образцы командировочных предписаний. Кроме того, по мнению контрразведчиков, следовало для наведения порядка и проверки документов высылать патрули на железнодорожные станции из расположенных поблизости воинских частей, практиковать поголовную одновременную проверку документов у пассажиров в поездах.
Некоторое затишье на фронте позволило армейскому командованию и военной контрразведке Северо-Западного фронта уделить значительное внимание развитию системы заградслужбы. К этому подталкивала и активизация германской разведки, которая пыталась определить силы и возможности фронта. Оперативные группы «смершевцев» сумели выявить значительное число «осевших» и легализовавшихся дезертиров, которым удавалось прежде благополучно проходить через все проверки. Так, в Вышнем Волочке опергруппой «СМЕРШ» был задержан человек, назвавший себя старшим лейтенантом Титовым. Проверкой было установлено, что все его документы — липа. Титов в ноябре 1941 года дезертировал из коммунистической роты 31-й армии, раздобыл чистые бланки, печать и сфабриковал себе новые документы. Он поселился в Вышнем Волочке и, пока его сослуживцы бились за Родину, занимался спекуляцией, периодически выезжая за товарами в Москву, вел разгульный образ жизни. До встречи с группой «СМЕРШ» Титов все проверки проходил без осложнений, хотя его бумаги были очень грубо сработаны. Более того, за пьяные скандалы Титова дважды задерживал патруль военной комендатуры, но комендант после проверки документов отпускал его с миром, советуя «не употреблять спиртных напитков».
В поезде, следовавшем из Осташкова в Бологое, опергруппа «СМЕРШ» задержала лейтенанта Водлина. У него имелся пакет с надписью: «Совершенно секретно» и указанием «всем надлежащим властям» оказывать ему содействие. Оперативники вскрыли пакет и обнаружили внутри лишь пачку старых газет. На допросе задержанный сознался, что его настоящая фамилия — Водкин, а воинское звание — старшина. Он сообщил, что сам факт задержания стал для него полной неожиданностью, поскольку до этого он благодаря пакету больше месяца свободно разъезжал по тыловым дорогам, дважды побывал в Москве, Горьком и Калинине.
Управление контрразведки фронта обратило внимание на значительное количество военнослужащих, отставших от своих частей. Проверка выявила частые случаи умышленного отставания. Еще в годы Первой мировой войны в русской армии стал широко известен один весьма примитивный, но трудно поддающийся выявлению в боевых условиях способ дезертирства. Военнослужащие (как правило, нижние чины) умышленно отставали от своих частей, следовавших на фронт, а затем являлись к местному воинскому начальству, которое, чтобы побыстрее избавиться от неорганизованных одиночек, спешно направляло их в ближайшую тыловую часть, где они прочно закреплялись. «Опыт» Первой мировой пригодился некоторым и во Вторую мировую. Так, с 1 мая по 20 июня 1943 года опергруппами «СМЕРШ» на дорогах Северо-Западного фронта были задержаны 675 отставших. Но тут же контрразведчики неизбежно сталкивались с проблемой: как в массе задержанных отделить тех, кто отстал от своей части случайно либо по уважительной причине, от проходимцев, пытавшихся избежать участия в боях? Внимательное изучение документов и проверка причин отставания в каждом случае помогали выявлять долго и умело скрывавшихся дезертиров. Так, отдел «СМЕРШ» 140-го запасного стрелкового полка арестовал сержанта Богданова, прибывшего в часть с направлением от коменданта станции Вышний Волочек. Следствие установило, что Богданов за два года, прошедших с момента его призыва в армию, на фронте так и не был. Всякий раз во время движения его части к зоне боевых действий он умышленно отставал, а затем являлся к коменданту ближайшего гарнизона и сообщал об «отставании». В итоге Богданова оставляли в тылу для прохождения службы в другой части. По признанию дезертира, он с сентября 1941 по июль 1943 года таким образом отставал от частей четыре раза. Военный трибунал приговорил Богданова к высшей мере наказания.