17 сентября Сталин назначается председателем вновь образованного Военно-революционного совета Южного фронта. Реввоенсовет Южного фронта в составе Сталина, Ворошилова, председателя Царицынского совета С.К. Минина и командующего фронтом П.П. Сытина работал крайне неэффективно, постоянно ухитрялись распылять свои силы и подкрепления, собираемые правдами и неправдами. Троцкий категорически требовал у Ленина отозвания Сталина из Царицина, а Ворошилова грозил отдать под суд. 19 октября Сталина отозвали из Царицына.
30 ноября 1918 г. Сталин был введен как представитель от ВЦИК в созданный Лениным для руководства всей работой по обороне на фронте и в тылу Совет рабоче-крестьянской обороны. В конце 1918 г., когда для Красной Армии создалось катастрофическое положение на Восточном фронте, Сталин вместе с Дзержинским выезжают в Вятку, чтобы расследовать причины поражения Красной Армии под Пермью и сдачи 25 декабря города силам адмирала Колчака. Комиссия Сталина — Дзержинского проработала почти месяц. В рекомендациях комиссии особое внимание было обращено на то, что чрезвычайный налог на крестьян провоцировал их враждебность по отношению к Советам. Работа комиссии, безусловно, способствовала реорганизации и восстановлению боеспособности разбитой 3-й армии. Однако, как считают военные историки, в целом положение на пермском фронте было выправлено тем, что Красной Армией была взята Уфа, и Колчак в начале января 1918 г. отдал приказ о сосредоточении сил на уфимском направлении и переходе к обороне под Пермью.
17 мая 1919 г. по решению Совета обороны Сталин был направлен на Петроградский фронт, чтобы организовать силы против генерала Н.Н. Юденича, прорвавшего фронт 7-й армии и начавшего наступление на Нарву. Сталин и здесь действовал в своем излюбленном ключе. С присущей ему энергией Сталин сразу взялся за работу. Уже 19 мая по его распоряжению в Петрограде была проведена мобилизация граждан в возрасте от 18 до 40 лет, которая позволила поставить под ружье более 10 тысяч человек. Довольно ясное представление о методах работы наркома дает его письмо, направленное Ленину уже после подавления силами красных мятежа в фортах Красная Горка и Серая Лошадь: «Быстрое вмешательство со стороны моей и вообще штатских в оперативные, доходившее до отмены приказов по морю и суше, и навязывание своих собственных. Считаю своим долгом заявить, что я и впредь буду действовать таким образом, несмотря на все мое благоговение перед (военной) наукой». За «твердость решений», приведших к поражению Юденича, Сталин был награжден орденом Красного Знамени.
Летом — осенью 1919 г. Сталину пришлось сначала инспектировать Западный фронт, где сложилась опасная ситуация в связи с наступлением польской армии на Вильнюс и Минск, а затем Южный. В конце июня войска А. Деникина заняли уже всю Донскую область и двигались в направлении Москвы. В ходе своего наступления белые широко использовали конницу. Одновременно в конце сентября возобновилось наступление армии Юденича, которая к середине октября вновь вышла к окраинам Петрограда. Сталин, прибыв на Южный фронт, тут же потребовал отменить уже недействительный план контрнаступления на деникинскую армию с флангов, заменив его планом основного удара из района Воронежа на Ростов. Сталин смог настоять на своем плане, и он принес успех. Уже 20 октября войска Красной Армии заняли Орел, 24 октября — Воронеж, а к марту 1920 г. войска Деникина были окончательно разбиты.
Последняя миссия Сталина в Гражданской войне связана с советско-польской войной. 25 апреля 1920 г. вооруженные силы Польши совместно с войсками Петлюры начали наступление на Украину, а затем на Белоруссию. Польский лидер Юзеф Пилсудский, вынашивавший планы создания «Великой Польши от моря до моря», начал свой поход «На советы». Польская армия к весне 1920 г. имела численность свыше 700 тыс. человек. Кроме того, в соответствии с секретным военным договором Пилсудский мог рассчитывать на поддержку Петлюры, который пытался захватить власть на Украине. Польша признавала Петлюру главой независимой Украины и обещала освободить ему Киев от большевиков. На первом этапе войны три польские армии при поддержке двух украинских дивизий разбили и оттеснили части Красной Армии. Были захвачены Житомир, Коростень. 7 мая поляки практически без сопротивления захватили Киев. За три года это была пятнадцатая смена власти на Украине.
Для Советской России война с Польшей стала, прежде всего, войной против внешней агрессии. Не случайно вторжение поляков вызвало в стране патриотический подъем. Генерал А.А. Брусилов призвал всех бывших офицеров записаться в Красную Армию. 5 июня 1-я Конная армия С. Буденного прорвала польский фронт и перешла в наступление. 12 июня поляки оставили Киев и начали отступать. Войска Западного и Юго-Западного фронтов Красной Армии под командованием М.Н. Тухачевского двинулись на Варшаву и 13 августа оказались в ее предместье. На волне эйфории, связанной с быстрым продвижением Красной Армии, советское руководство предприняло попытку превратить войну оборонительную в войну революционную. Вместе с лозунгом революции в Польше в повестку дня был поставлен вопрос о победе революции в Германии, а потом и во всей Европе. «Если бы Польша, — утверждал впоследствии Ленин, — стала советской, Версальский мир был бы разрушен, и вся международная система, которая завоевана победами над Германией, рушилась бы». Однако этот утопический сценарий не был осуществлен. 12 июля 1920 г. министр иностранных дел Великобритании лорд Д. Керзон отправил ноту советскому правительству с требованием приостановить наступление Красной Армии против Польши. Временная разделительная полоса должна была пройти по Бугу, в основном по границе этнической Польши.
Командование Западного фронта приняло решение о штурме Варшавы. Однако неожиданно для советского командования польская армия под командованием В. Сикорского нанесла успешный контрудар, и польские воска перешли в наступление. По некоторым оценкам, до двух третей советских войск было уничтожено. Главная причина столь трагического исхода польской кампании — серьезные политические просчеты большевистских вождей. Лозунг Польской Республики Советов не нашел поддержки у большинства поляков. Немалую роль в поражении сыграли, безусловно, и военные просчеты.
18 октября 1920 г. война с Польшей была прекращена, армии противников были истощены. В соответствии с условиями Мирного договора, подписанного в Риге в марте 1921 г. между Польшей и Советским государством, государственная граница теперь прошла восточнее «линии Керзона», при этом значительная часть Украины и Белоруссии оказалась отторгнутой от России.
Находясь на Юго-Западном фронте, Сталин вновь ссорится с военными. Камнем преткновения стал вопрос о правомерности наступлении на Варшаву. Вначале Сталин был солидарен с Троцким, который не поддерживал идею наступления. Но он быстро изменил точку зрения и присоединился к стороннику наступательных действий командующему Западным фронтом М.Н. Тухачевскому, поскольку главным инициатором похода на Варшаву был сам Ленин. 23 июля главком Юго-Западного фронта С.С. Каменев приказал овладеть Варшавой. Однако войска красных оторвались от линий снабжения, связь между Западным и Юго-Западным фронтом нарушилась. Сталин пытался перенести направление главного удара с Варшавы на Львов и отказался передать в распоряжение Тухачевского дополнительные силы, на чем настаивало Политбюро. Пилсудский, получив в результате мобилизации мощное подкрепление, вынудил Тухачевского отступить. Поскольку Сталин не выполнил распоряжение Политбюро, он был отозван в Москву. Для Сталина это не имело серьезных последствий, ибо в 1921 г. он был назначен членом Реввоенсовета Республики.
В целом многочисленные факты говорят о том, что именно Гражданская война способствовала выходу Иосифа Джугашвили из кулис на политическую авансцену. В эти годы Сталин из второстепенной фигуры превращается в политического деятеля общенационального масштаба. В 1919 г. Сталин входит в первое ленинское Политбюро ЦК РСДРП(б), а также в первое Оргбюро, возглавляет два народных комиссариата.
Все три года войны он старался продвинуться вперед в большевистской иерархии, занять более видное, может быть, даже первое место. Три года чрезвычайных условий сформировали и укрепили в Сталине качества, позволившие после окончания Гражданской войны претендовать на единоличную власть в стране, прежде всего привычку командовать и требовать беспрекословного подчинения. Как заметил Троцкий, «фронт привлекал Сталина потому, что здесь он впервые столкнулся с наиболее законченным из всех аппаратов, именно с военным… Он мог приказывать. Приказание получало почти автоматическое выполнение, не так, как в Комиссариате национальностей, где ему приходилось скрываться от оппонентов на кухне коменданта…» Сталин получил опыт решения крупных вопросов волевым, административным путем. И этот опыт вскоре был востребован. Опыт военных лет также во многом определил сталинское видение организации государственной власти и самого «пролетарского» государства.
Сталин и Ленин. Новый шаг к вершиннам власти Иосиф Сталин делает во время болезни Ленина, когда по его прямому указанию он в апреле 1922 г. на пленуме ЦК избирается генеральным секретарем РКП(б). Благодаря усилиям Ленина в том же году Сталин становится фактически вторым лицом в партийно-государственном руководстве, являясь одновременно членом Политбюро и Оргбюро вместо Крестинского.
Выдвижение «замечательного грузина» на пост генсека явилось крупным политическим маневром вождя революции в его стремлении остаться в изменившихся условиях безоговорочным лидером в партии и государстве. Дело в том, что идея чистки партии, созревшая у Ленина после обострения вопроса о «верхах и низах» и усиленная в период дискуссии о профсоюзах недоверием к новым партийным кадрам, трансформировалась у него в идею фикс о коренном перетряхивании и реформировании партии. В это время Оргбюро и секретариат ЦК были вынуждены заниматься всякого рода мелочевкой, «вермишельными делами».