В начале царствования Феодора Алексеевича положение Никона ухудшилось. Это было связанно с тем, что в опалу попал его доброжелатель Артамон Матвеев. Его перевели в Кириллов монастырь, где над ним установили более строгий надзор. Страдая от угара в дымных кельях, теряя остатки здоровья, старец едва не скончался от «невыразимого томления», помышляя лишь о вечности, оставив мирские попечения и житейскую суету. Однако мудрая тетка царя, царевна Татьяна Михайловна, всегда относившаяся к Никону с большой любовью, убедила нового государя поставить перед Московским собором 1681 г. вопрос о дозволении старцу вернуться в Воскресенскую обитель, братия которой подала челобитную с мольбой о судьбе ссыльного первосвятителя. Патриарх Иоаким долго не соглашался, но весть о принятии Никоном схимы и его плачевном телесном состоянии решила дело: благословение на возвращение было дано.
День своего освобождения Никон предузнал заранее по тайному благодатному предчувствию. К всеобщему изумлению он вдруг велел своей келейной братии собраться и отдал распоряжение готовиться в путь. Путь этот, ставший его последним земным странствием, послужил одновременно дорогой его духовного торжества. Весь водный путь по рекам Шексне и Волге до города Ярославля народ с почестями встречал бывшего патриарха. В сретение старцу выходили насельники окрестных монастырей, стекавшиеся местные жители благоговейно просили архипастырского благословения. Но силы уже окончательно оставляли его, и 17 августа 1681 года в Ярославле, в обители Всемилостивого Спаса Никон мирно почил в кругу своих верных сподвижников и духовных чад. В день смерти ему исполнилось 76 лет 2 месяца и 24 дня, из коих низложенный патриарх Никон пробыл в ссылке 15 лет.
Царь велел перевести тело усопшего в Воскресенский монастырь. Патриарх Иоаким не пожелал приехать на погребение Никона, и погребальный обряд совершил новгородский митрополит Корнилий, причем Никона, по желанию царя, отпевали, как патриарха. После того царь написал Вселенским патриархам, чтобы они разрешили поминать его патриархом. Положительный ответ был получен уже после смерти царя, и Русская церковь так и поминает его сейчас.
Главным церковным вопросом в царствование Федора Алексеевича был Раскол. Царь хотел облегчить участь старообрядцев, но жестокосердие патриарха Иоакима не позволило ему это сделать. А Раскол тем временем быстро разрастался. Приверженцы старой веры убеждали в своей правоте народ и увлекали его за собой. Скрываясь от преследований, старообрядцы устраивали тайные скиты в лесах внутренних русских областей: костромской, брянской, керженской и др. Северное Поморье тоже сделалось приютом приверженцев старой веры; отсюда оно распространилось по Новгородской и Псковской областям. На юге Раскол распространился среди донских казаков, а на севере – в отдаленной Сибири.
Московский собор 1681 г. постановил усилить розыски раскольников, как их именовала официальная церковь, и придавать их сожжению на костре. Он также запретил продажу их сочинений и старых книг, учредил строгий надзор над домовыми церквями, молельнями, скитами и часовнями, где часто староверы совершали свои богослужения. Сила была, конечно, у правительства, но победить Раскол силой было невозможно, необходимо было духовное оружие, а его-то власти и недоставало. Вскоре после собора наступила развязка в судьбе пустозерских узников: Аввакума, Федора, Лазаря и Епифания.
За 14 лет заключения в Пустозерском остроге Аввакум написал около 70 произведений и множество писем. Он, то обращался к властям с увещеванием вернуться к старой вере, то писал к своим единомышленникам, ободряя их, возбуждая их фанатизм, призывая к страданиям за истинную веру. Аввакум обратился к царю Федору Алексеевичу с дерзкой челобитной, в которой устрашал сына загробными муками отца за потворство никонианам. Наконец, по его наущению в день Праздника Крещения 1682 г. московские старообрядцы ворвались в Архангельский собор в Кремле и вымазали дегтем надгробие царя Алексея Михайловича. Это было последней каплей. По настоянию патриарха Иоакима царь согласился предать пустозерских страдальцев сожжению в срубе.
Казнь последовала в пятницу – в день страстей Христовых, 14 апреля 1682 г. Всех их вывели на площадь, где был приготовлен сруб. Играло ясное весеннее солнце, точно приветствуя этих выходцев из ямы, в которой они так долго томились. Более четырнадцати лет не видели они света Божия, ни неба, ни других красот природы. Бодро и радостно вошли они в сруб. Толпа людей, сняв шапки, молчаливо окружила место казни. Подожгли дрова, и сруб запылал. Протопоп Аввакум успел еще обратиться к народу с прощальным словом. Подняв высоко сложенную в двуперстие руку, он завещал: «Вот будете этим крестом молиться, вовеки не погибнете». Когда мученики сгорели, народ бросился собирать на память их кости, чтобы разнести потом по всей русской земле.
Сжигание пустоозерских сидельцев как вида казни был выбран не случайно. Оно преследовало цель пресечения почитания их могил и останков. Но со временем на месте сожжения появился крест, называемый Аввакумовым, и власти его не посмели тронуть.
Аввакум предсказал, что царь умрет через две недели после казни старообрядцев. Так оно и получилось. 27 апреля 1682 г. хилый и болезненный с малых лет царь Федор Алексеевич скончался.
Но проблема Раскола осталась. Остро стояла она и в правление царевны Софьи (1682 – 1689). Патриархом при ней оставался Иоаким, человек крутой и жесткий, яро ненавидевший старую веру и ее последователей. Он не ограничился преследованием только живых исповедников древней святой веры. Так, он вычеркнул из лика святых княгиню Анну Кашинскую, скончавшуюся за триста лет до Раскола, запретил службу ей и самые мощи ее скрыл под спудом только потому, что руки святой были сложены в двуперстие. Запретил он и службу преп. Евфросина Псковского, потому что в ней, как и в его житии, удостоверялось древность сугубой аллилуйи.
Последней попыткой старообрядцев овладеть церковью стали стрелецкие восстания 1682 года. Первое восстание было в мае 1682 г. Оно закончилось казнью некоторых, ненавистных стрельцам, бояр и воцарением на русском престоле Петра и Ивана при регентстве царевны Софьи. Второй стрелецкий бунт, получивший название «хованщины» был в июле 1682 года.
«Хованщина» была самым лучшим временем для восстановления старой веры. Начальником стрельцов был князь Иван Андреевич Хованский, тайный приверженец старообрядцев. Бунт поддержали не только стрельцы, но и многие посадские. Его целью было не только восстановление старой веры, но отмщение за соловецкую осаду и сожжение Аввакума, Лазаря и других вождей старообрядцев в Пустозерске.
Сторонники старой веры, опираясь на стрельцов, затеяли спор о вере. Это произошло 5 июля 1682 г. в Грановитой палате Кремля. Нововведения защищали патриарх Иоаким, ряд епископов и духовенства. На стороне старообрядцев был поп Никита Добрынин, прозванный Пустосвятом, инок Савватий Соловецкий, о. Сергий, Савва Романов и другие в сопровождении охраны и выборных от стрельцов и посада. При споре как посредники присутствовала царевна Софья, другие царские особы и знатные бояре. Упорство и страстность староверов произвели более сильное впечатление на присутствующих, чем богословская аргументация епископов и психологически победа склонялась в их пользу. Чтобы не дать староверам возможности воспользоваться начальным успехом и этим подорвать авторитет церковных и государственных властей, Софья прервала прения и пригрозила, что в случае дальнейшего проявления неуважения к иерархии и власти она с царями уедет из Москвы.
Староверы покинули Грановитую палату торжествующими. Современники писали: «Победихом, победихом», – кричали они и поднимали руки, – «Тако слагайте персты, веруйте люди по-нашему. Тако веруйте. Мы всех архиереев перепрахом и пострамиша. Нам-де государи приказали по-старому креститися». Они пели церковные песнопения и благодарили Бога за победу.
Но их торжество продолжалось не долго. Следующий соборный диспут был назначен на 7 июля. Однако он не состоялось, так как Софья решил устранить сторонников старой веры силой и подкупом. За ней стояли дворяне – хребет московского государства – и регулярные полки. Часть стрельцов заколебалась после того как выборным от стрельцов и их начальникам было выплачено годовое жалование, а некоторые получили повышение в чинах. А когда остальным стрельцам были жалованы винные царские погреба, все московское стрелецкое войско в течение трех дней отошло от мятежа.
В это время вожди раскола из духовенства были схвачены верными власти частями. Рано на рассвете 11 июля на Красной площади Никита Добрынин был обезглавлен, а другие отцы были сосланы.
Хованский побоялся защитить своих единоверцев. Он даже через несколько дней после казни Никиты женился на вдове дьяка Лариона Иванова. Между стрельцами и холопами началась рознь. Софья тем временем со всем двором уехала из Москвы и этим поставила себя и правительство вне пределов досягаемости стрельцов и московской черни.
Затем вызванный к Софье под предлогом обсуждения вопроса церемониала князь Хованский был схвачен, обвинен в злоупотреблениях и превышении власти и казнен 17 сентября. Вместе с ним казнили еще несколько стрелецких выборных. Оставшиеся без военных и духовных вождей стрельцы очень быстро присмирели. Не выступив ни в защиту старообрядцев, ни на помощь Хованскому, они пропустили последнюю возможность захватить власть, восстановить старую веру и усилить свое влияние в Москве.
Давая оценку «хованщины» А.А. Безгодов в календаре Древлеправосланой Поморской Церкви на 2002 год писал: «Хованский со своими мечтами о старой Вере так же был одинок при дворе, как и десять лет до этого боярыня Морозова и княгиня Урусова. Сами старообрядцы, мало интересовались вопросами политики, были совершенно не подготовлены к борьбе за власть, многие считали «борьбы за Веру» неприемлемой для истинных христиан».