Обвинения в измене, как нельзя более подходили для расправы над неугодными князями Шуйскими, тем белее компрометирующий материал всегда можно было собрать, без особых усилий.
Пётр Фёдорович Басманов, проводивший расследование, арестовал множество лиц, по подозрению в участии в заговоре Шуйских. Задержанных допрашивали с применением пыток. Под пытками можно заставить человека, дать какие угодно показания. И такие показания в измене князей Шуйских действительно были собраны. Вместе с тем многие из подследственных всё отрицали.
Видимо это повлияло на окончательное решение Лжедмитрия, намеревавшегося в начале провести большой показательный процесс над изменниками, с привлечением к суду многих лиц. После решено было судить лишь братьев Шуйских, и их ближайшее окружение.
Возможно, заказное расследование не совсем удалось. Да и бояре, стремясь не допустить возрождения опричных времён, негласно встали на защиту Шуйских.
Князей Шуйских судили на большом соборе в присутствии бояр. От самосуда самозванец отказался, потому что был связан договором с Думой, так как именно бояре расчистили ему путь к престолу. Ещё, возможно, самозванец хотел повязать бояр на крови Шуйских.
Суд над князьями Шуйским начался сразу же после казни их сторонников. Это, по мнению обвинителей, должно было повлиять на самообладание подсудимых. Выбить почву у них из-под ног. В тоже время проведённая казнь должна была послужить предупреждением для судей, в том, что дело принимает серьёзный оборот. Шутить никто не намерен.
С обвинительной речью против изменников выступил сам Лжедмитрий. Он утверждал, что род князей Шуйских всегда был изменническим. На суде не проводились допросы свидетелей. Это было излишним.
По некоторым сведениям Василий Шуйский признал свою вину и просил судей и царя о прощении. Как опытный царедворец князь Василий Иванович принял единственно возможную в данной ситуации манеру поведения. Он ухватился за шанс сотрудничества со следствием. Упорное отрицание вины могло ещё более озлобить Лжедмитрия. Признание вины и просьбы о помиловании давали шанс сохранить жизнь, а уже после, собравшись с силами, попробовать побороться с узурпатором.
Суд, в угоду самозванцу, осудил Василия Шуйского на смерть, а его младших братьев, Дмитрия и Ивана, приговорил к тюремному заключению и ссылке.
Казнить князя Василия Шуйского должны были публично. Самозванец спешил с казнью, которую назначили на следующий день, после вынесения приговора, то есть на 25 июля.
Перед казнью, верные Лжедмитрию войска заняли все ключевые посты в городе, с тем, чтобы в случае необходимости подавить любое выступление горожан.
Казнь происходила при стечении большого количества народа. Пётр Басманов зачитал приговор. Вслед за тем палач сорвал с Василия Шуйского одежды и подвёл к плахе, «ему на месте публичных казней должны были топором запретить заниматься изменами».
Есть заявления, что на эшафоте князь Василий выступал перед народом с обвинительными речами, стремясь обличить самозванца. Это явно вымысел. Не таким человеком был князь Шуйский, чтобы в минуты наивысшей опасности вести себя столь не осмотрительно. Наоборот он продолжал просить о пощаде.
С расправой медлили. После появился один из приближённых самозванца и приостановил казнь. Дело кончилось тем, что прибывший из Кремля дьяк огласил указ о помиловании.
Князю Василию Ивановичу сохранили жизнь.
Есть много версий о причинах побудивших самозванца отменить казнь Василия Шуйского. Наиболее точная на наш взгляд, это версия, выдвинутая Русланом Григорьевичем Скрынниковым, который ссылаясь на заявление польского сподвижника самозванца Станислава Борха, предположил, что за Шуйского заступились члены Боярской думы. Не смея открыто противостоять Лжедмитрию во время суда, после они сделали всё, чтобы не допустить расправы над старейшим думцем.
Пойти против Думы самозванец не решился. Тем более, по его мнению, он уже уничтожил клан Шуйских, и более мог их не опасаться.
У князей Шуйских конфисковали имущество и заключили в тюрьму в «Галицких пригородах».
30 июля 1605 года Лжедмитрия торжественно венчали на царство. По этому случаю, новоявленный монарх простил многих осуждённых, в том числе и братьев Шуйских, которых вернули из ссылки. Видимо, получив корону, Лжедмитрий так уверовал в свои силы, что перестал кого-либо опасаться, как говориться, потерял осторожность. Возможно, новый Московский царь желал видеть в своём окружении высшее боярство, это могло льстить его самолюбию и утвердить легитимность власти.
Шуйским доверили командные посты в армии. В марте 1606 года Иван Иванович Шуйский стоял во главе дружины в Мценске, а Василий и Дмитрий Шуйские командовали отрядами на Оке, против татар.
Дальнейшее правление Лжедмитрия вызвало большое недовольство в народе, среди бояр и служилых людей. Казалось, уверовав в свою звёздную судьбу, он сам нисколько не заботился о своей популярности.
Ему ставили в вину приверженность к полякам. Несоблюдение церковного поста. Отказ от православия и женитьбу на полячке Марине Мнишек. Раздачу боярских званий незнатным лицам и многое другое.
«А литва и поляки в Московском государстве учали насильства делать. У торговых людей жен и дочерей имать силно и по ночем ходить с саблями, и людей побивать, и у храмов вере крестьянской и образом поругатца» — сообщает летописец.
Словом, за несколько месяцев царствования самозванца его популярность среди москвичей уменьшилась настолько, что можно было без труда составить заговор и отстранить его от власти.
Поэтому дождавшись подходящего момента, возможно приложив к этому некоторые усилия, Шуйские начали объединять недовольных людей и разрабатывать план свержения самозванца с престола.
Инициаторами заговора выступили братья Василий, Дмитрий, Иван Ивановичи Шуйские, князья Иван, Василий и Андрей Васильевичи Голицыны, князь Михаил Васильевич Скопин-Шуйский, его дядя князь Борис Петрович Татев, Михаил Игнатьевич Татищев, окольничий Иван Крюк Колычев и другие лица, рангом пониже.
Ключевой датой для переворота стала свадьба Лжедмитрия, назначенная на 8 мая 1606 года. Шуйские на свадьбе самозванца выполняли, как и положено знатным вельможам, почётные поручения. Василий Шуйский был главным распорядителем свадебных торжеств. Он держал речь перед молодоженами в Грановитой палате. Вёл под руку невесту из собора. Дмитрий Шуйских был «дружкой» жениха, а его супруга княгиня Екатерина Григорьевна свахой. Они разыгрывали роли покорных слуг, ничем, не выдавая своих замыслов.
Тянуть с заговором было больше нельзя. По сложившейся традиции, после женитьбы монархов, родственники невесты, получают думские чины и другие важные должности. Отец невесты, Сандомирский воевода пан Юрий Мнишек (умер 1613), уже прибыл в Москву, ему выделили в Кремле бывший двор покойного царя Бориса Годунова.
В ночь на 15 мая, всё было готово к перевороту. Все приготовления делались в строжайшей тайне, так как в Москве было много вооружённых поляков и иезуитов, а также прибывших на свадебные торжества, поддерживавших самозванца, служилых людей из Путивля и Рязани.
Заговорщики рассчитывали на успех, так как опирались на широкие массы московского населения. Известно, что перед переворотом, московские купцы отказывались продавать иноземцам порох и свинец для пуль.
17 мая на рассвете князь Василий Шуйский собрал у себя на подворье вооружённых участников заговора, и двинулся к Кремлю. В это время в Кремле происходила смена караула.
В городе ударили в набат. Горожане покинули свои дома и устремились на Красную площадь «с копьями, мечами, самопалами, Дворяне, Дети Боярские, стрельцы, люди приказные и торговые, граждане и чернь».
На Красной площади народ встречали хорошо вооружённые и облачённые в броню бояре, которые стали призывать горожан потешиться над царским дворцом.
Князь Василий Иванович Шуйский, держа в одной руке меч, в другой распятие верхом на коне въехал в Кремль. Князь «сошел с коня, в храме Успения приложился к святой иконе Владимирской и, воскликнув к тысячам: „во имя Божие идите на злого еретика!“ указал им дворец, куда с грозным шумом и криком уже неслися толпы, но где еще Царствовала глубокая тишина!».
Звуки набата и крики толпы разбудили самозванца. Находившийся во дворце и посвящённый в планы заговорщиков князь Дмитрий Иванович Шуйский успокоил Лжедмитрия, пояснив, что в Москве начался пожар и опасаться не чего.
Поверив объяснением князя Дмитрия, самозванец вернулся в свои покои, чтобы успокоить молодую супругу.
Лишь, когда толпа уже ворвалась во дворец, Пётр Басманов уведомил Лжедмитрия, что в столице бунтует народ. Он же первым поплатился, за свою преданность самозванцу, его ударили ножом в сердце, затем сбросили с крыльца на потеху ревущей толпе.
Защищать самозванца было не кому, за исключением горстки поляков и немецких наёмников. Их быстро обезоружили.
Лжедмитрий в ужасе бегал по дворцу, ища для себя спасения. Он выскочил из палат через окно на двор, но при падении вывихнул себе ногу, разбил грудь и голову. Лежащим на мостовой в лужи крови, он был обнаружен стрельцами, которые его защитили, требуя выслушать показания царицы.
Тем временем заговорщики, решились использовать вдовствующую царицу Марфу Нагую, которую вывели к народу, и она всенародно объявила, что её сын, истинный царевич Дмитрий скончался на её руках в Угличе.
Лишь после этого стрельцы выдали самозванца. По приказу бояр, Лжедмитрия перенесли во дворец, где беснующаяся толпа его умертвила. Толпа ещё долго издевалась над телом самозванца. Его убивали тысячу раз подряд: пинали, секли мечами, кололи пиками, топтали.
Поляки не могли прийти на помощь своему ставленнику, так как ещё при первом звуке набата их дома были окружены вооружёнными людьми. Дома многих поляков были сожжены и разграблены.
Когда дело было сделано, бояре и первый из них Василий Шуйский усмирили народ, прекратив разбои и убийства.