Медленно залечивались раны, нанесенные войной. Люди жили очень трудно. С. И. Вавилов понимал, что в это нелегкое время важно помочь ученым, от которых, в свою очередь, ждет помощи весь наш народ. Он предложил проект улучшения их быта. В 1946 году было решено улучшить материально-бытовое положение деятелей науки. Возросла заработная плата научных работников и преподавателей высшей школы, улучшилось снабжение их продовольственными и промышленными товарами. В Подмосковье для ученых был построен большой дачный поселок. Ученые ответили на заботу о них самоотверженным трудом.
С. И. Вавилов считал, что научные исследования нужно вести широким фронтом, с активным участием ученых не только центра, но и союзных республик. Академик Александр Васильевич Винтер отмечал, что при непосредственном участии Сергея Ивановича Вавилова была организована сеть филиалов Академии наук СССР на территории РСФСР и других союзных республик, в том числе Уральский филиал в Свердловске, Восточно-Сибирский в Иркутске, Карело-Финский в Петрозаводске, Красноярский и другие. В годы пребывания Вавилова на посту президента Академии наук СССР в Азербайджанской, Казахской, Латвийской и Эстонской ССР были созданы академии наук, а в Таджикской и Туркменской ССР проведена подготовительная работа к их созданию.
Вавилов придавал огромное значение координации научных исследований в стране. По его инициативе в 1945 году при Академии наук СССР был создан совет по координации научной деятельности академий наук союзных республик. Сергей Иванович был назначен председателем этого совета. Несмотря на огромные трудности, возникающие при планировании научных работ в таком гигантском масштабе, совет оказал очень большое влияние на развитие научных исследований в союзных республиках.
Выступая на одной из сессий совета, С. И. Вавилов сказал: «Наши ученые могут быть так организованны, работать так дружно и совместно, что именно благодаря социалистической природе нашего общества мы можем стать первой наукой в мире, и вот, мне кажется, что координационное объединение наших усилий — это как раз и есть источник громадных сил; их в капиталистическом обществе не имеется».
Свой долг руководителя Академии наук СССР С. И. Вавилов видел в том, чтобы поставить главные задачи перед академиями союзных республик, мобилизовать их коллективы на решение этих задач. Он считал, что усилия ученых как Академии наук СССР, так и республиканских академий должны быть подчинены единому плану, общим проблемам, решение которых будет способствовать подъему народного хозяйства, науки и культуры во всей стране.
Он говорил: «Академии наук союзных республик в своей работе должны сочетать три элемента. С одной стороны, необходимо, чтобы в академиях наук развивалась разработка больших проблем науки, широко ставились вопросы естествознания, философии и техники, которые невозможно решать в отраслевых институтах и высших школах. Для этого, собственно, и созданы академии наук. Вторая задача академий — концентрация лучших научных сил. В уставе Академии наук СССР, да и всех академий наук союзных республик указано, что в академиях наук должны работать лучшие специалисты. Третья задача союзных академий наук — это их теснейшая связь с запросами государства, промышленности и сельского хозяйства, с одной стороны, и запросами культуры — с другой. Академии наук должны правильно, гармонично сочетать все эти три элемента, что является залогом высокого качества их научной деятельности».
С. И. Вавилов живо интересовался жизнью союзных академий, знал их нужды, оказывал им всестороннюю помощь. По его мнению, работа этих академий должна была направляться прежде всего на изучение местных природных богатств республик и на развитие национальной культуры. Он организовал рецензирование планов научно-исследовательских работ союзных академий учеными Академии наук СССР. По его инициативе совет по координации научной деятельности Академии наук союзных республик посылал бригады ведущих ученых в эти академии для ознакомления с их деятельностью и оказания им практической помощи.
С большим вниманием относился Сергей Иванович к работам периферийных вузов и научно-исследовательских институтов. Так, он поддержал интересные работы старейшего профессора Одесского университета Елпидифора Анемподистовича Кириллова по изучению фотоэлектрических эффектов в галогенидах серебра и выяснению механизма образования скрытого фотографического изображения. По представлению С. И. Вавилова, А. Ф. Иоффе и Я. И. Френкеля Е. А. Кириллову была присуждена ученая степень доктора наук. В 1951 году исследования Кириллова были отмечены Государственной премией СССР.
За неподдельный интерес к их проблемам и нуждам, постоянную помощь ученые союзных республик глубоко уважали С. И. Вавилова. Он был избран почетным членом Армянской, Казахской, Узбекской академий. Кроме того, он стал членом Московского общества испытателей природы.
С 1945 года С. И. Вавилов занимал должность заместителя председателя секции физики, математики и астрономии Комитета по Государственным премиям СССР (председателем секции был академик А. Ф. Иоффе), с 1947 года он одновременно стал членом Комитета по Государственным премиям СССР в области науки и техники.
В 1946 году С. И. Вавилов выступил с инициативой создания Добровольного научно-технического общества приборостроительной промышленности, которое должно было объединить широкие круги инженеров и научных работников и направить их усилия на развитие советского приборостроения. Такое общество было создано. Первым его председателем сделался С. И. Вавилов. Он возглавлял работу общества до последних дней своей жизни.
Общество стало массовой организацией. Оно принесло огромную пользу стране. В 1973 году на 6-м Всесоюзном съезде общества, по предложению его нового председателя профессора П. К. Ощепкова, ему было присвоено имя академика С. И. Вавилова. Центральное правление общества учредило ежегодный конкурс на лучшие работы в области приборостроения. Каждый год 24 марта, в день рождения Сергея Ивановича, жюри подводит итоги конкурса и присуждает три премии С. И. Вавилова лучшим работам года.
Сергей Иванович Вавилов блестяще справился с исключительно трудной и ответственной задачей управления наукой такой огромной страны, как наша. Еще никому из его предшественников на посту президента не удавалось столь полно овладеть делом руководства академией. Ни одно новое научное начинание или даже мероприятие чисто хозяйственного плана не проходило мимо него.
Просматривая «Вестник Академии наук СССР» за эти годы, удивляешься разнообразию вопросов, которыми занимался С. И. Вавилов. Здесь и планирование советской науки, и проблемы подготовки кадров, и штатно-бюджетные вопросы, и история науки, и ее методология, и издательская деятельность, и постройка памятников, и организация юбилеев советских и зарубежных ученых, и хлопоты, связанные с возвращением из Швейцарии рукописей Леонарда Эйлера, и тысячи других больших и малых дел.
О том, как Сергей Иванович работал в президиуме Академии наук СССР, его референт Наталия Алексеевна Смирнова писала: «Вспоминаю, что буквально через несколько дней после своего избрания Сергей Иванович собрал в конференц-зале в Нескучном всех работников аппарата и в краткой, но очень выразительной речи сказал о задачах президиума, о том, какие требования он, как президент, будет предъявлять, а именно: не пытаться подменять руководство президиума, а лишь помогать руководству в меру своих сил и способностей. И очень скоро все работники президиума убедились в том, что Сергей Иванович обладает способностью руководить и отдельными людьми, и большими и малыми учреждениями, и академией в целом. Мне в первой же беседе о моей работе Сергей Иванович сказал: «Не думайте, что вам удастся писать за меня статьи. Вы должны будете только подбирать нужный мне материал, справки, и это все, а уж писать я буду сам».
Главный ученый секретарь Академии наук СССР академик А. В. Топчиев писал, что за годы руководства Вавиловым Академией наук не было ни одного более или менее важного начинания, душой которого бы не был Сергей Иванович. Порой невозможно было понять, как с таким колоссальным объемом работы может справляться один человек. Конечно, этим он обязан своему блестящему таланту не только ученого-исследователя, но и ученого-организатора, своей исключительной трудоспособности.
Сергей Иванович чрезвычайно ценил свое и чужое время. С годами у него выработался свой, особый, как говорили, вавиловский стиль работы. Несмотря на фантастическую занятость, он никогда не спешил, не суетился, не бросался от одного дела к другому, не прекращал беседы, не завершив ее. При этом он не терпел пустых, ненужных разговоров. Он был предельно точен, никогда никуда не опаздывал и строго требовал пунктуальности от других.
Академик А. Л. Минц рассказывал, что один из академиков регулярно опаздывал на совещания. Однажды Сергей Иванович вызвал своего референта Анну Илларионовну Строганову и при всех громко попросил ее: «Анна Илларионовна, позвоните и спросите, изволили ли они уже встать. Скажите, что все давно уже собрались и ждут их». Этот эпизод был доведен до сведения опаздывающего академика. Опозданий больше не было.
С. И. Вавилов приучал своих сотрудников принимать четкие решения. Профессор Николай Николаевич Соболев, работавший с 1941 по 1943 год заместителем директора ФИАНАа, рассказывал автору книги, что Сергей Иванович укорял его за то, что он за все берется сам, объясняя, что все дела самому сделать невозможно. Главная задача руководителя — дать четкие задания подчиненным и своевременно проверить сроки и качество их выполнения.
Академик С. Н. Вернов, в свою очередь, рассказывал, что Сергей Иванович был жестким администратором. Он не терпел случаев многократного рассмотрения одних и тех же вопросов. Приходящий к нему должен был иметь с собой проект решения вопроса для подписи. Если этого не было, Вавилов считал вопрос неподготовленным и немедленно прекращал разговор.