Нарушением порядка церковной жизни явилось и учреждение в XIV столетии в Грузии двух католикосатов в связи с разделением страны на два царства — Восточное и Западное. Один из Католикосов имел свою резиденцию в Мцхете при соборе Свети-Цховели и назывался Карталинским, Кахетинским и Тифлисским, а другой — сначала в Бичвинте (в Абхазии) при Богородицком соборе, воздвигнутом в VI ве ке императором Юстинианом, а затем, с 1657 года, в Кутаиси и назывался сначала (с 1455 г.) Абхазским и Имеретинским, а после 1657 года — Имеретинским и Абхазским. Когда в 1783 году царь Карталинский и Кахетинский Ираклий II формально признал покровительство России над Грузией, Имеретино-Абхазский Католикос Максим (Максиме II) удалился в Киев, где в 1795 году скончался. Высшее управление Церковью Западной Грузии (Имеретией, Гурией, Мингрелией и Абхазией) перешло к Гаенатскому митрополиту.
Тяжелое положение православных грузин вынуждало их обращаться с просьбой о помощи к единоверной России. Начавшись в XV столетии, эти обращения не прекращались вплоть до присоединения Грузии к России. В ответ на просьбу последних царей — Георгия XII (1798–1800) в Восточной Грузии и Соломона II (1793–1811) в Западной — 12 сентября 1801 года императором Александром I был издан манифест, которым Грузия — сначала Восточная, а затем и Западная — была окончательно присоединена к России.
После воссоединения Грузии с Россией Грузинская Церковь вошла в состав Русской Православной Церкви на началах Экзархата. Вместо последнего Католикоса Иверии Антония II в 1811 году, согласно императорскому распоряжению, был назначен Экзарх Иверии, получивший право быть членом Святейшего Синода. Так Грузинская Церковь вошла в прямую зависимость от Церкви Русской.
За время существования Грузинского Экзархата в его жизни произошли важные положительные явления. Так, в 1817 году была открыта Духовная семинария в Тифлисе. Эта семинария, выпуская из своих стен образованных пастырей для Экзархата и народных учителей для Грузии, принесла за годы своего существования немалую пользу. Из нее вышел известный историк-археолог Платон Иосселиан, обогативший церковно-историческую науку ценными трудами. В 1894 году была открыта Кутаисская Духовная семинария. Открывались также епархиальные женские училища и церковно-приходские школы, имевшие целью утверждение в народе православной веры и христианской нравственности.
В 60-х годах XIX века в течение нескольких лет при Экзархате издавался на грузинском языке журнал «Грузинский духовный вестник». «Прибавление» к нему печаталось на русском языке.
С 80-х годов начал выходить на грузинском и русском языках двухнедельный церковно-религиозный журнал «Мцкемси» («Пастырь», издавался в 1886–1902 гг.), а с 1891 года стал еженедельно на тех же языках выпускаться официальный журнал «Духовный вестник Грузинского Экзархата» с обязательной подпиской для духовенства. Издание журнала было прекращено в 1906 году в связи с тем, что в это время на его страницах стали появляться статьи с настойчивым требованием восстановления автокефалии Грузинской Православной Церкви. Только через три года, в 1909 году, увидел свет двухнедельный журнал «Вестник Грузинского Экзархата», издававшийся до провозглашения автокефалии Грузинской Православной Церкви — до 1917 года.
Большую культурно-просветительную деятельность проводило учрежденное при Экзархе архиепископе Павле (1882–1887) «Братство Пресвятой Богородицы». Оно издавало на грузинском и русском языках религиозно-нравственную литературу, организовывало религиозно-нравственные чтения, духовные концерты и т. п. В 1897 году состоялась реорганизация «Братства Пресвятой Богородицы» в «Миссионерское духовно-просветительное братство», обязанностями которого было обучение детей, организация библиотек и читален.
Важным событием на грани XIX и XX ве ков явилось исправление грузинской Библии.
В 1888 году в Тифлисе существовал церковно-археологический музей, в котором насчитывалось более 1000 рукописей и свыше 3000 других различных предметов, относящихся к V–IX векам. Данный музей явился местом научных исследований в области церковного искусства и древностей Грузии, а также очагом возрождения и распространения народной культуры.
После присоединения Грузии к России должное внимание было обращено на христианскую миссию. По этому вопросу необходимо отметить, что грузинское духовенство занималось проповедью христианства среди горцев и в глубокой древности, однако условия для миссии в окружении иноверцев были тяжелыми. Лишь по мере продвижения России на Кавказ обстановка для миссионеров постепенно улучшалась. В 1724 году на поприще утверждения Православия в Дагестане начал трудиться святой Иоанн Манглисский. Через несколько лет он основал Крестовоздвиженский монастырь в Кизляре, вскоре ставший центром обращения в христианство Осетии. Благодаря ходатайству святого Иоанна русское правительство отпустило необходимые средства для организации специальной миссии из грузинского духовенства во главе с архимандритом Пахомием. Трудами этой миссии немало осетин, ингушей и других горцев было обращено в Православие. В Моздоке миссионеры открыли школу для детей, в которой, наряду с Законом Божиим и другими предметами, изучались грузинский и русский языки. В 1771 году состоялась реорганизация миссии в постоянно действующую Осетинскую духовную комиссию с центром в Моздоке. В ее состав вошло грузинское и русское духовенство. Но в начале 90-х годов того же века деятельность Комиссии прекратилась. Возобновление ее состоялось в 1815 году, лишь после учреждения Грузинского Экзархата. С того времени сфера деятельности Комиссии была значительно расширена. Согласно правилам работы Комиссии, разработанным Экзархом Феофилактом (Русановым, 1817–1821), проповедь должна была вестись в строго апостольском духе по всем епархиям Грузии. Из миссионеров того времени необходимо упомянуть архиепископа Моздокского Гайоза (Бараташвили), выпускника Московской Духовной академии. Все свои духовные силы он отдал делу просвещения Осетии.
На базе Осетинской Духовной комиссии в 1860 году возникло Общество восстановления христианства на Кавказе (Комиссия в него влилась). В задачу Общества входила не только миссионерская работа, но и вообще просвещение местного населения.
В организации этого Общества деятельное участие принимал митрополит Московский Филарет (Дроздов).
Улучшен был и материальный быт грузинского духовенства.
Любопытны статистические данные о состоянии Грузинского Экзархата в первое десятилетие XX столетия. В начале XX века в Экзархате имелось: 4 епархии (Грузинская, Имеретинская, Гурийско-Мингрельская и Сухумская), 1 278 397 человек православного вероисповедания, 2 354 храма, 26 мужских и 5 женских монастырей, 1 716 священников, 231 диакон, 526 монахов, 100 монахинь, 179 церковных библиотек, 590 церковно-приходских школ (с 23 070 учащимися) и 13 монастырских училищ (с 546 учениками). Кроме того, насчитывалось большое количество послушников, послушниц, приходских опекунов и монастырских больниц.
До присоединения Грузии к России Грузинская Православная Церковь насчитывала: 13 епархий, 7 архиереев, 799 храмов 746 священников, 146 диаконов, 75 монахов.
Вхождение Грузинской Православной Церкви в состав Русской Церкви предусматривалось на началах церковной автономии. Однако вскоре от автономных прав либо ничего не осталось, либо осталась одна форма. С 1817 года Экзархами в Грузию назначались архиереи русской национальности; церковное имущество Грузии было передано в распоряжение также русских властей. Против такого положения грузины протестовали. Особенно усилились автокефалистские устремления православных грузин в конце XIX века, и более всего в ходе работы так называемого Предсоборного Присутствия (1906–1907), созванного с целью подготовки и изучения проекта предстоящих реформ в Русской Православной Церкви. С тех пор вопрос об автокефалии уже не снимался с повестки дня. 12 марта 1917 года, после свержения в России императорской власти, православные грузины сами приняли решение о восстановлении автокефалии своей Церкви. В официальном документе по этому случаю говорилось: «1917 года, марта 12, в воскресенье, мы, архипастыри Грузинской Церкви, клир церковный и представители мирян, собравшись во Мцхете в католикосском всея Грузии храме Двенадцати Апостолов, по совершении литургии… приняв во внимание, что: 1) в Грузинской Церкви, имевшей, согласно с канонами Вселенских Соборов, автокефальное существование, уничтожение или упразднение которого не подлежало компетенции никакой силы, за исключением Вселенского Собора, совершенно антиканонически приостановлено было автокефальное управление и что 2) в России установилась новая форма государственного управления, с которой не гармонирует бесправное существование Грузинской Церкви, признали необходимым и единогласно и единодушно постановили: с этого момента считать восстановленным автокефальное церковное управление в Грузии и пока произведены будут канонические выборы Католикоса Грузинской Церкви, местоблюстителем его назначить преосвященного Леонида, епископа Гурийско-Мингрельского, и при нем для управления Церковью, под его председательством, учредить Временное Управление Грузинской Церкви в составе духовных и светских лиц».
Экзархом Грузии в то время был архиепископ Платон. Представители Управления во главе с епископом Леонидом заявили ему, что он перестает быть отныне Экзархом и лишается всех связанных с этим званием прав. На это архиепископ Платон ответил: «Я не могу подчиниться постановлению Мцхетского Собора. Только высшая духовно-правительственная власть, которая поставила меня Экзархом Грузии, архиепископом Карталинским и Кахетинским, может лишить меня законно данной мне должности и звания, а не Собор из канонически подчиненных мне клира и мирян, отложившихся притом от подчинения не только мне, но и Святейшему Синоду или, что то же, Правительствующему Российской Церкви Собору. Я доложу об этом Святейшему Синоду и буду ожидать от него распоряжений, а пока остаюсь, конечно, вашим Экзархом и буду пользоваться правами Экзарха и властью». Епископ Леонид не замедлил на это заметить, что, какой бы ответ архиепископ Платон ни получил, это грузин совершенно не будет касаться.