За месяц до кончины отца Льва, в сентябре 1841 года, его посетил монах Парфений (Агеев, 1807-1878), афонский постриженник, в будущем основатель СпасоПреображенского Гуслицкого монастыря. Он давно мечтал увидеть старца и немедленно направился к нему в келию, а затем по свежей памяти записал произошедшее.
«И пришедши в его сени, убоялся, ово от радости ово от радости, яко сподобляюся видеть такого великого Отца, ово от мысли, что, как я недостойный явлюсь пред такого великого Старца; и долго стоя в сенях, опасался отворить дверь. Потом вышел его ученик. Аз же спросих: “можно войти к Старцу?” Он ответил: “можно”. Потом аз внидох к нему в келлию; но тамо еще более убоялся и вострепетал. Ибо почти полная келлия была людей разного звания: господ, купцов и простых; и все стоят на коленях со страхом и трепетом, как пред грозным судиею, и каждый ожидает себе ответа и наставления; и аз, такожде, позади всех, пал на колена. Старец же сидит на кроватке и плетет пояс: это было его рукоделие - плести пояски и давать посетителям за благословение. Потом Старец возгласил: “а ты, Афонский отец, почто пал на колени? Или ты хочешь, чтобы аз стал на колени?” Аз же устрашихся, что никогда мене не видал, и не знал, а в одежде аз бых простой, а назвал мене отцем Афонским. Аз же отвещах: “прости мя, отче св., Господа ради; аз повинуюсь обычаю; вижду, что все люди стоят на коленах, и аз падох на колени”. Он же паки сказал: “те люди - мирские, да еще и виновные; пусть они постоят; а ты - монах, да еще и Афонский; востани, и подойди ко мне”. Аз же, восставши, подошел к нему. Он же, благословивши мене, приказал сесть с ним на кровати, и много мене расспрашивал о св. Горе Афонской, и о иноческой уединенной жизни, и о монастырской общежительной, и о прочих Афонских уставах и обычаях; а сам руками беспрестанно плетет пояс. Аз же все подробно рассказал; он же от радости плакал и прославлял Господа Бога, что еще много у Него есть верных рабов, оставивших мир и всякое житейское попечение, и Ему, Господу своему, верою и любовию служащих и работающих. Потом начал отпускать людей, и каждому врачевал душевные и телесные болезни, телесные - молитвою, а душевные - отеческою любовию и кроткими словесами, и душеполезным наставлением, овых - строгим выговором, и даже изгнанием из келлии.
Между этими людьми стоял пред ним на коленах один господин, приехавший на поклонение в обитель и для посещения великого Старца. Старец спросил его: “а ты что хочешь от меня получить?” Тот со слезами ответил: “Желаю, Отче святый, получить от вас душеполезное наставление”. Старец же паки вопросил: “а исполнил ли ты, что я тебе прежде приказал?” Тот ответил: “нет, Отче святый, не могу того исполнить”. Старец же сказал: “зачем же ты, не исполнивши первого, пришел еще и другого просить?” Потом грозно сказал ученикам своим: “вытолкайте его вон из келлии”. И они выгнали его вон. Аз же и все тамо бывшие испугались такового строгого поступка и наказания. Но старец сам не смутился, и паки начал с кротостию беседовать с прочими, и отпускать людей. Потом един из учеников сказал: “Отче святый, на полу лежит златница”. Он же сказал: “Это господин нарочно выпустил из рук, и добре сотворил: ибо пригодится Афонскому отцу на дорогу”. И отдал мне. Это был полуимпериал.
Потом аз вопросил Старца: “Отче святый, за что вы так весьма строго поступили с господином?” Он же ответил мне: “Отец Афонский! аз знаю - с кем, как поступать: он раб Божий, и хощет спастися; но попал в одну страсть, и привык к табаку; аз же приказал ему отстать от табаку, и дал ему заповедь более никогда не употреблять его; и покуда не отстанет, не велел ему и являться ко мне. Он же, не исполнивши первой заповеди, еще и за другою пришел. Вот, любезный отец Афонский, сколько трудно из человека исторгать страсти!”
Беседующим нам привели к нему три женщины: одну больную, ума и рассудка лишившуюся, и все три плакали и просили Старца о больной помолиться. Он же надел на себя епитрахиль, и положил конец епитрахили на главу болящей и свои руки; и, прочитавши молитву, трижды главу больной перекрестил, и приказал отвести на гостиницу. Сие делал он сидя; а потому он сидел, что уже не мог встать, был болен и доживал последние свои дни. Потом приходили к нему ученики, монастырская братия, и открывали ему свою совесть и свои душевные язвы. Он же всех врачевал, и давал им наставление. Потом говорил им о своей смерти, что приближается кь нему кончина, и говорил им следующее: “Доколе вы, чада моя, не будете мудры, яко змия, и цели, яко голубие? И доколе вы будете изнемогать? И доколе вы будете учиться? Уже пора вам и самим быть мудрым и учителям, а вы сами ежедневно еще изнемогаете и падаете. Как же вы будете жить без мене? Ибо приходят ко мне последние дни, и должен я оставить вас, и отдать долг естеству своему, и отойти ко Господу моему”. Ученики же, слышавши сие, горько плакали. Потом всех отпустил, и мене такожде.
На другой день аз паки приидох к нему. Он же паки принял меня с любовию, и много со мной беседовал; потом пришли вчерашние женщины, и больная с ними, но уже не больная, а совершенно здрава; и пришли благодарить Старца. Аз же, видевши сие, удивлялся, и сказал Старцу: “Отче святый, како вы тако дерзаете творить такия дела? Вы этой славой человеческой можете погубить все свои труды и подвиги?” Он же в ответ сказал мне: “Отец Афонский! аз сие сотворил не своею властию, но это сделалось по вере приходящих, а действовала благодать Святаго Духа, данная мне при рукоположении; аз же человек грешный есмь”. Аз, слышавши сие, весьма воспользовался его благим разсуждением, верою и смирением. Потом, паки приходил вчерашний господин, и просил у Старца прощения со слезами. Он же простил, и приказал исполнять то, что приказано было прежде. Потом отпустил нас всех».
...С начала сентября 1841-го отец Лев начал сильно страдать водянкой. Его мучили сильные боли в животе и правом боку. До 15 сентября он еще ходил по келии, хотя и с трудом, а затем начал готовиться к кончине. 28 сентября старец попросил пропеть канон на исход души, что и было исполнено братией. Когда же монахи с плачем начали просить не оставлять их, отец Лев произнес:
- Дети! Если у Господа стяжу дерзновение, всех вас к себе приму. Я вас вручаю Господу. Он вам поможет течение сие скончати, только вы к Нему прибегайте. Он сохранит вас от всех искушений. А о сем не смущайтесь, что канон пропели. Может быть, еще раз шесть или семь пропоете.
Шли дни. Старец ничего не ел, только пил воду и причащался. С 6 октября он уже не мог вставать. Болезнь причиняла ему тяжкие страдания, и было слышно, как он молится:
- О Вседержителю, о Искупителю, о премилосердный Господи! Ты видишь мою болезнь. Уже не могу более терпеть - приими дух мой в мире!
За три дня до смерти келейник отца Льва, послушник Иаков, попросил у него сказать «что-либо на пользу». Старец, перекрестившись на икону, произнес:
- Благодарю Тебя, милостивый Создателю мой Господи, что я избежал тех бед и скорбей, которых ожидает грядущее время, но не знаю, избежите ли их вы.
«Я, как был в то время млад и неопытен, не спросил батюшку, какие это беды и скорби, - вспоминал Иаков. - А после его кончины и желал бы знать, до уже было поздно». Наступила суббота 11 октября 1841 года. В восьмом часу утра отец Лев приобщился Святых Таин. Вскоре в его келию вошел юродивый Василий Петрович Брагузин, который жил в 180 верстах от Оптиной и находился в духовном общении со старцем. Отец Лев попросил его молиться, чтобы Господь избавил его от вечной смерти. «Авось избавит!» - отвечал юродивый.
Около 11 часов утра присутствующие заметили, что, хотя страдания умирающего не прекратились, его лицо разгладилось и просветлело. «Ныне со мною будет милость Божия», - произнес отец Лев. Простившись с братией, он оставил подле себя одного келейника, который вскоре увидел, что старец смотрит на икону Богородицы. Иаков поспешно позвал монахов, но говорить отец Лев уже не мог. Он перекрестил учеников, осенил крестным знамением себя, еще раз взглянул на икону Божией Матери и закрыл глаза. На часах было 17.30.
Три дня тело почившего иеросхимонаха стояло в соборном храме, не источая запаха тления. Руки его были белые и теплые. Все вспомнили, что незадолго до смерти старец сказал: «Если получу милость Божию, тело мое согреется и будет теплое». С утра до ночи церковь была полна окрестным народом, который шел проститься с любимым отцом и духовным наставником.
Похоронили отца Льва рядом с соборным Введенским храмом, за южным приделом святителя Николая Чудотворца. Там же был похоронен его друг, ученик и благотворитель Алексей Иванович Желябужский, умерший совсем недавно, 11 июня. При жизни отец Лев не раз говорил ему: «Мы с тобой рядышком ляжем, бок с боком». Даже надгробные памятники им поставили одинаковые -чугунные, украшенные позолотой и обнесенные решеткой. На надгробии отца Льва была сделана надпись: «Кто есть человек, иже поживет и не узрит смерти; но блажени умирающие о Господе; ей, почиют от трудов своих. Памятник сей покрывает тело почивающего о Господе с миром иеросхимонаха Леонида (Льва), понесшего благое Христово иго в монашестве 46 лет; родом был из карачевских граждан, по фамилии Наголкин. Уснул сном смерти в надежде воскресения и жизни вечныя. Оставил о себе память в сердцах многих, получивших утешение в скорбях своих. Скончался 11 октября 1841 г.; всего жития его было 72 года. Памятник сей воздвигнули усердие и любовь к нему».
Весть о смерти отца Льва болью отозвалась в сердцах всех знавших и любивших его людей. Любимый ученик и преемник его по старчеству Макарий (Иванов) писал: «Нельзя сомневаться, чтобы он не удостоился получить милость от Господа и верно будет ходатайствовать о нас, грешных, странствующих в юдоли сей плачевной и боримых страстьми душевными и телесными». Настоятель Оптиной, отец Моисей, писал: «Какие я получаю известия из девичьих монастырей! Что там было по получении писем о кончине его! Плач и рыдание и вопль мног.
В Севске учредили неусыпаемую Псалтирь до 40 дней и думали, что только некоторые приверженные будут читать, но вместо того все наперерыв бегут почтить память его славословием Божиим и молением о нем, - до двухсот человек произвольно читают. Тверская игумения пишет, что не осушает слез... Из Борисовки пишет М. Т., что всех расположенных к батюшке огорчило до зела известие о кончине его; только что-то всех надежда одушевляет об обретении им вечного блаженства, и сим разгоняется мрак печали».