Достоинства отца Макария были быстро оценены в Оптиной. С 1836 года он был духовником пустыни, с 30 ноября 1839 года - скитоначальником. На этой должности он проводил в последний путь любимого учителя, старца Льва. После его смерти в 1841-м именно отец Макарий считался главным духовным столпом Оптиной пустыни, ее светочем.
Жил отец Макарий там же, где и все другие скитоначальники, - в корпусе слева от Святых ворот, где занимал южную половину. Она состояла из двух комнат -приемной и жилой. Келия старца была 4,2 метра в длину и 3,1 метр в ширину, с одним окошком, занавешенным зеленой шторой. Перед окном - белый деревянный стол, обитый старой вытертой клеенкой. Стол всегда был завален письмами - прочитанными и еще не прочитанными, книгами и духовными журналами: «Христианским чтением», «Православным собеседником», «Православным обозрением» и многими другими. Там же стояли чернильница и деревянная песочница, искусно выточенная самим старцем (мелким песком в то время посыпали для просушки только что сделанную чернилами запись). У стола стояло кресло с овальной спинкой. В углу - большой келейный иконостас, где особенно почетное место занимала икона Владимирской Божией Матери. Там же -многочисленные подаренные старцу иконы и кресты, аналой, на котором лежала Псалтирь, а по сторонам -Евангелие и Апостол. К западной стене приткнулась узкая деревянная кровать, в головах которой помещались распятие и образ Пастыря Доброго. Над самой же кроватью висели портреты, а начиная с 1850-х годов - и фотографии дорогих старцу людей. Так, в келии можно было увидеть изображения братьев архимандрита Моисея и игумена Антония, святителя Тихона Задонского, схимонаха Афанасия (Захарова), схимонаха Феодора (Перехватова), старца Льва (Наголкина).
Вставал старец около двух часов ночи и сам будил своих келейников к утреннему правилу. В шесть утра читал богослужебные часы с изобразительными, после чего выпивал две чашки чаю и начинал писать письма или читать (для этих занятий он пользовался очками в стальной оправе). Одновременно шел прием пришедших к нему людей. Колокольчик звонил почти беспрерывно, и отец Макарий, отложив книгу или письмо, выходил на крыльцо к тем, кто ждал его благословения или мудрого слова. Там он принимал женщин (уже в конце его жизни, в 1860-м, для приема посетительниц была сделана специальная пристройка, которую называли хибаркой); мужчины сами заходили в келию. Об этом можно было узнать по пронзительному скрипу несмазанных петель двери. Когда келейники, которым надоел постоянный визг петель, смазали их и дверь перестала скрипеть, старец встревожился: «Кто испортил мою дверь?!» Пришлось снимать ее с петель и тщательно вытирать масло, чтобы дверь скрипела по-прежнему... «Изумительно было спокойствие старца в минуты его наставнической деятельности! - вспоминал оптинский инок отец Евфимий. - Он с одинаковым терпением выслушивал нелепое суеверие и безумное вольнодумство, бессмысленную жалобу крестьянской женщины и замысловатую пытливость эмансипированной барыни, бесхитростный рассказ простолюдина и хитросплетенную фразу: ничто не могло возмутить его христианского терпения, его полного духовного спокойствия - все было покорено им в себе глубочайшему смирению. Это был истинный учитель нравственного богословия и духовного делания. Не цветисты были поучения его, но в них слышался дух, чувствовалась теплота; размягчалось самое ожесточенное сердце».
В одиннадцать часов отец Макарий шел на трапезу, после чего отдыхал с полчаса и снова начинал прием. Иногда занимался в токарной, переплетной или футлярной мастерской (этими ремеслами он владел великолепно). Через час-два шел в монастырскую гостиницу, где его благословения и наставлений ожидали десятки, а иногда и сотни людей, после чего слушал краткое молитвенное правило и до вечерней трапезы принимал оптинских братий, пришедших для откровения помыслов. После трапезы (щи и кашу в глиняных горшках ему приносили в келию) слушал вечернее правило вместе с келейниками и ближайшими учениками, а затем отходил к недолгому сну. В келии отец Макарий носил белый холщовый балахон, заношенный и покрытый заплатами, и вязаную черную шапочку. В храм ходил, как и все оптинские монахи, в простой мантии, летом надевал поверх подрясника рясу, зимой набрасывал на одно плечо легкую темно-зеленую шубу, обувался в грубые башмаки на босу ногу.
Внешность отца Макария современники описывали как «неправильную» и даже «вовсе некрасивую». На сохранившихся портретах и фотографии - простое, суровое морщинистое лицо с крупным крючковатым носом, строго нахмуренными бровями и как бы недовольно поджатыми губами... Но одновременно это самое лицо «сияло какой-то неземной красотой». Стройный и подвижный, старец отличался большой живостью характера и не любил в других вялости и медлительности. Говорил он также быстро, причем страдал некоторым речевым недостатком -от чрезмерной скорости произношения слов его язык иногда заплетался (по этой причине он не участвовал в монастырских церковных службах, ведь на них нужно было четко и внятно помянуть всех членов Императорской фамилии). Крепким здоровьем не отличался - к мучившей с юности бессоннице прибавилась сильная одышка, по-видимому, астматического происхождения. А вот простуд батюшка не боялся: когда зимой в его башмаки набивался снег, он совершенно спокойно, не торопясь, вытряхивал его.
Словно по контрасту с суровой внешностью, характер отца Макария был мягким, добрым, смиренным. Никто никогда не видел его раздраженным, если его отвлекали в краткие минуты отдыха. Несмотря на то, что буквально с первых же лет его пребывания в пустыни к нему не иссякал поток посетителей, он никогда не считал себя достойным подобного почитания. «Мне-то горе, бедному! - писал он. -О людях рассуждаю, а сам низлежу во всех злых; и гордости не чужд. Принимаю от подобных себе слепцов ублажение на свое осуждение. А ежели бы Вам открыть глаза, и видели бы хотя часть некую моих злых деяний, то воззрети бы не восхотели на такое чудовище». Искренне горевал, если кто-то из его подопечных не выдерживал искушений, и винил в этом себя. Так, когда молодой офицер П. А. Жерве, поступивший в монастырь послушником, перешел на жительство из скита в саму обитель, старец писал: «Петр Александр <ович> Жерве из одной крайности мнимой высоты жительства перешел в другую, низшую; оставил скит, вышел в монастырь, стал жить порассеянней. Очень жаль его бедного; вот мое искусство в окормлении! А слепцы все слепцы, <но> мнятся нечто быти. Горе мне!» Если кто-то отзывался о старце плохо, он радовался и говорил: «Слава Богу, он один только и уразумел обо мне правильно». А похвалы себе считал клеветой и расстраивался, если слышал их.
Одним из главных его душевных качеств была любовь к ближнему. Он трогательно ухаживал за больными монахами, многих снабжал деньгами и вещами, причем всегда старался скрыть свое благодеяние от посторонних глаз. Иеросхимонах Савватий (Нехорошев) вспоминал: «Около скита в это время стояла какая-то бедная девочка с набранной ею для продажи земляникой. Вдруг выходит из скита батюшка Макарий. Завидев у бедной ягоды, он начинает с нею торговаться: “Что просишь? Что просишь?” Та говорит: “Гривенчик пожалуйте, батюшка”. Но батюшка, заметив, что неподалеку от него я тут нахожусь, чтобы скрыть свое добродеяние от меня, отвечает: “Дорого, дорого! Пятак, бери пятак! Больше не дам, больше не дам!” А сам сует ей в руку рубль серебряный».
Иногда, впрочем, он мог преподать близким урок смирения. Однажды, когда из цветущего в скиту плодового сада начали пропадать соловьи (на них охотились кошки), духовный сын батюшки, послушник Павел Покровский (впоследствии иеросхимонах Платон), пришел к нему с необычной просьбой:
- Благословите, батюшка, побить кошек!
Известный своей любовью к котам, старец нахмурился:
- За что их побить?
- Да как же, они всех соловьев поели.
- Ну так что же? Это их естественное свойство! - И начал выгонять послушника из келии: - Ах ты, такой-сякой, что удумал!..
И мало того что вытолкал вон, так еще и надавал подзатыльников. Оскорбившись, Павел решил про себя покинуть монастырь. Но через три дня старец сам пришел к нему со словами раскаяния:
- Павел, ты обиделся на меня? Обиделся?.. Ну, прости. - И поклонился молодому человеку в ноги.
«Это глубочайшее смирение великого старца, имя которого в свое время славно было не только по всей России, но и за пределами ее, поразило меня до глубины души, -вспоминал отец Платон. - Весь в слезах, мгновенно я сам бросился старцу в ноги, прося простить меня». А отец Макарий тихо сказал:
- Что же ты уж и от меня-то ничего не хочешь понести? И если от меня не терпишь, то от кого же возможешь потерпеть что-либо? Терпеть скорби необходимо, душевные потрясения необходимы нам для нашего же спасения...
В другой раз отец Макарий вразумил послушника Алексея Зерцалова (впоследствии Оптинского старца архимандрита Анатолия, 1824-1894). Летом 1856 года, пообщавшись с архимандритом Игнатием (Брянчаниновым), тот поспешил поделиться со старцем своей радостью, тем более что Игнатий очень хвалил его и даже сравнил с Иосифом Прекрасным.
- Я сейчас от петербургского архимандрита! Что он мне сказал, батюшка! Что я Иосиф Прекрасный, что он очень рад меня видеть и утешается мной.
Но старец на полуслове прервал этот поток:
- Да как же ты смеешь так думать? А? Да ты. - и замахнулся палкой.
Присутствующие замерли, ожидая, что сейчас отец Макарий обрушит свою трость на голову провинившегося. Но старец вместо этого сказал:
- Смотрите-ка, какой большой! Ну-ка, ну-ка, давай смеряем... - И, подойдя к Алексею вплотную, начал палкой «измерять» его немалый рост, а сам зашептал в ухо: - Ну не дурак ли ты? Ведь архимандрит - вельможа петербургский. Он день и ночь со знатью, да и с какою знатью-то! Там похвала необходима, он привык хвалить. А ты уж и в самом деле думал, что ты великий человек? Ты длинный человек, вот и всё тут. Плюнь. Забудь всё это. Ступай, Бог тебя благословит.