Храм Николы в Кленниках имел давнюю и сложную историю. Деревянный храм на этом месте стоял начиная с 1468 года; каменный начали строить рядом в 1657-м, в 1690-м его перестроили, а в 1701-м - поновили после пожара. В 1749-м, после очередного пожара, возвели колокольню. Современный внешний вид храм приобрел уже в XIX столетии. В последний раз перед приходом в него отца Алексия он обновлялся в 1868 году. Но ничего выдающегося в нем не было - обычный небольшой московский храм, каких в городе были тогда десятки. Главной его святыней был пожертвованный в 1869 году московской почетной гражданкой Анной Васильевной Левиной список с чудотворной иконы Феодоровской Божией Матери.
Так же запутанна и история типичного для Москвы дополнительного названия храма - «в Кленниках». По общепринятой версии, так церковь называлась еще в 1490-х годах из-за обилия росших поблизости кленов. Однако в 1689 и 1698 годах название отмечено как «в Блинниках», в 1701-м - «в Клинниках». Название «в Кленниках» окончательно закрепилось в 1770-х годах.
Семья нового настоятеля заняла ветхий деревянный домик, стоявший во дворе храма. Окна выходили на соседние дома, поэтому в квартире всегда царил полумрак. В сильный дождь потоки воды, струившиеся вниз по Маросейке, заливали квартиру, а в церковном дворе застаивались такие лужи, что дети священника плавали по ним на досках. Такой убогий быт был характерен для бедных московских приходов.
Церковная жизнь также ничем не отличалась от обычной. Как и во всех малых приходах, храм имел одного священника (он же настоятель). Иногда в штате состоял диакон; псаломщик совмещал обязанности чтеца, певца, свещеносца, звонаря. Алтарничал в храме сторож, он же дворник. Богослужение совершалось не каждый день, а два-три раза в неделю. Храм вечно был полутемным, потому что освещался несколькими свечами и лампадами. Особенного религиозного рвения среди прихожан не наблюдалось. Ходили в церковь по воскресеньям, на праздники да если нужно было крестить, венчать или отпеть; по будням на богослужениях бывало по два-три человека, а иногда и совсем никого.
Мы не знаем и никогда не узнаем в точности, что именно подтолкнуло молодого отца Алексия изменить этот заведенный десятилетиями порядок. Но первое, что он сделал, став настоятелем Николы в Кленниках, - ввел ежедневное богослужение. Ежедневно приходил в храм к пяти утра, открывал его, сам начинал готовить все необходимое для Таинства Евхаристии. Затем -проскомидия, потом начиналась утреня, за которой батюшка сам и читал, и пел. За утреней следовала литургия. Позднее отец Алексий начал ежедневно служить праздничную всенощную святому, праздник которого отмечался днем. Такой порядок держался в храме с 1893 по 1919 год. По средам и пятницам служилась поздняя литургия. В среду отец Алексий служил водосвятный молебен перед иконой Феодоровской Божией Матери, в пятницу - перед иконами Казанской Божией Матери и святителя Николая Чудотворца, которого он называл «хозяином» своего храма. Кроме того, ежедневно служилась панихида, на которой отец Алексий обязательно вычитывал все поминовения, которые ему подавали.
По воскресным дням и праздникам батюшка произносил проповеди, к которым всегда тщательно готовился. Как правило, он говорил о житии дневного святого или Евангельском чтении дня. Проповеди молодого священника были просты и безыскусны, каждое слово было понятно любому пришедшему в храм, будь то купец, чиновник, студент или оборванец с близлежащего Хитрова рынка (там отец Алексий какое-то время проповедовал). Абсолютно новым для Москвы был также установленный отцом Алексием порядок исповеди и причастия. По старым городским традициям москвичи конца XIX столетия говели раз в год, Великим постом. А вот в Николе в Кленниках исповедаться и причаститься можно было каждый день. «Причащайтесь часто и не говорите, что недостойны, -убеждал батюшка прихожан. - Если ты так будешь говорить, то никогда не будешь причащаться, потому что никогда не будешь достоин. Вы думаете, что на земле есть хотя бы один человек, достойный причащения Святых Таин? Никто этого не достоин, а если мы все-таки причащаемся, то лишь по особому милосердию Божию. Но мы созданы для причастия, а причастие для нас. Именно мы, грешные, недостойные, слабые, более, чем кто-либо, нуждаемся в этом спасительном источнике... Я вас причащаю часто, я исхожу из того, чтобы вас приобщить ко Господу, чтобы вы почувствовали, как это хорошо -пребывать со Христом».
Новаторство молодого священника поначалу не встретило понимания ни у прихожан, ни у его собратий. Отец Алексий впоследствии вспоминал: «Один протоиерей говорил мне: “Как ни пройду мимо твоего храма, все у тебя звонят. Заходил в храм - пусто. Зря стараешься, ничего у тебя не выйдет”». И действительно, восемь лет - с 1893 по 1901 год - «служил я литургию каждый день при пустом храме». Звучит просто, но стоит только вдуматься в эти слова. Восемь лет! Другой человек отчаялся бы, махнул рукой на свои «ненужные» нововведения через месяц, может быть, через год. Возможно, не обходилось без непонимания близких - родителей, жены. Но отец Алексий, не обращая ни на что внимания, ревностно продолжал служить так, как будто у него была большая паства. И понемногу положение стало меняться.
Первыми к отцу Алексию потянулись обитатели окрестных домов на Маросейке. И, конечно, это были не те, кого принято считать «благополучными» людьми. Сохранилось несколько историй тех лет. Так, однажды под Рождество священника позвали на дом причастить больную. С трудом отыскав ее комнату, он был потрясен, увидев ободранный чердак, по полу которого ползали голодные полуголые дети. Причастив больную мать, священник незаметно оставил на столе свой кошелек и вернулся домой без копейки. Между тем жена попросила денег - купить продуктов к празднику. Попросив обождать, отец Алексий задумался: правильно ли он поступил? Ведь там - дети чужие, а дома - собственные. Незнакомые люди живут в нищете, но ведь и его семья не роскошествует. Сомнения помогла разрешить молитва. И когда священник начал собираться ко всенощной, в дверь неожиданно постучали и передали пакет с деньгами и записку с просьбой помянуть родственников. Отец Алексий горячо возблагодарил Господа за Его милость... А та, неведомая женщина, которой он оставил содержимое своего кошелька, наверняка не смолчала - рассказала о чудесном священнике знакомым.
Ранним утром на берегу Москвы-реки городовой заметил бродившую туда-сюда женщину. Это показалось ему подозрительным, и он подошел к незнакомке. Выяснилось, что она собиралась топиться. Полицейский вступил с ней в разговор и убедил не совершать губительного поступка, а сходить в храм Николы в Кленниках: «Там можно исповедаться и причаститься каждый день». Нет сомнения в том, что молитвы отца Алексия за отчаявшуюся женщину были услышаны.
В другой раз в храм вошел какой-то пьяный, с трясущимися руками оборванец. Ухватив батюшку за рукав, он, еле выговаривая слова, косноязычно забормотал:
- Я совсем погиб, спился. Погибла душа моя. Спаси, помоги мне. Не помню себя трезвым. потерял образ человека.
Отец Алексий с любовью заглянул в мутные глаза падшего, положил руки на его плечи:
- Голубчик, пора нам с тобой уж перестать винцо-то пить.
- Помогите, батюшка дорогой, помолитесь!
Взяв пьяного за руку, священник подвел его к алтарю Казанского придела, раскрыл Царские врата и, поставив оборванца рядом с собой на амвоне, начал служить молебен. Пьяный, заливаясь слезами, горячо молился вместе с ним. В конце отец Алексий трижды перекрестил человека, подал ему просфору и трижды поцеловал.
А через некоторое время в храм вошел хорошо одетый мужчина, который заказал благодарственный молебен. Увидев его, отец Алексий радостно воскликнул: «Василий, да ты ли это?!» Тогда недавний оборванец с рыданиями бросился к нему в ноги. Выяснилось, что он совершенно бросил пить и устроился на хорошую работу.
В другой раз к храму подъехала красивая карета с лакеем на запятках. Из кареты вышли четыре молодые дамы в дорогих нарядах. Купив свечи, они встали было в очередь на исповедь, но отец Алексий внезапно сам направился к ним со словами:
- Не только не могу вас исповедовать, но даже и начать литургию, пока вы не оставите храм.
Смутившись, дамы начали упрашивать его, но священник неумолимо выпроводил их наружу. Видимо, ему было открыто что-то такое об этих женщинах, что не позволило приступить к богослужению в их присутствии...
Конечно, такие случаи передавались из уст в уста. Молва о «добром Батюшке», у которого можно исповедаться и причаститься каждый день, по молитвам которого совершаются исцеления, который никогда не оставит в беде, а к богослужению и прихожанам относится строго, невзирая на лица, постепенно распространялась по городу. И в начале ХХ столетия в Николу в Кленниках потянулись не только жители Маросейки и окрестностей, но и москвичи из других кварталов. Женщины и мужчины, чиновники и офицеры, знатные и безродные, дворяне и купцы, мещане и приехавшие в город крестьяне - все они находили утешение и помощь в маленьком храме на Маросейке. Понемногу на свет отца Алексия начали стремиться и состоятельные прихожане. Их стараниями был проведен капитальный ремонт храма, сделаны электрические паникадила вместо свечных, куплены новые облачения вместо ветхих.
Между тем в семейной жизни Мечёвых надвигалась беда -здоровье Анны Петровны, подорванное многочисленными родами, ослабевало с каждым месяцем. Лечение в Крыму не помогало. Водянка дошла до такой степени, что Анна Петровна не могла обуться самостоятельно: стоило ей нагнуться, как она начинала задыхаться. Она умоляла мужа перевестись на другой приход, сменить сырую и холодную квартиру на более достойную. И, как отцу Алексию ни было грустно расставаться со «своим» храмом, он благословил свояченицу Ольгу подыскать подходящий дом для причта, чтобы начать хлопоты о переводе. Но из этого ничего не получилось.
Страдания Анны Петровны были так велики, что отец Алексий, уходя из дома, каждый раз не знал, застанет ли супругу в живых. А она просила его перестать молиться о ее здоровье - настолько ей было тяжело... Первым словом его, когда он открывал дверь квартиры, стал короткий вопрос: «Жива?..» 29 августа 1902 года Анна Петровна не отозвалась на него. На момент смерти ей было тридцать шесть лет.