Ехать предстояло далеко - в поселок Токтогул, что находился уже не в Узбекистане, а на территории Киргизской АССР (в то время это была автономия в составе Советской России). До нового шахтерского города Таш-Кумыр шла железная дорога, дальше предстояло добираться на попутном грузовике. В Токтогуле отец Серафим отдал рекомендательное письмо надежным людям, и буквально через день Григорий Козулин увез недавнего заключенного в отдаленный горный поселок Берейнок (сейчас это территория природного парка «Алатай»). Места были очень красивые и по-настоящему дикие - туда наведывались разве что пасечники. В горах можно было запросто встретить волков, медведей и илбирсов - так местные называли снежных барсов.
Первую зиму, 1935/36 года, отец Серафим прожил дома у Козулиных, а летом 1936-го ему сделали рядом со скотным двором отдельную каморку из веток и глины. Вся обстановка состояла из печи, лежанки и столика. Приходили к нему в эту хибарку по ночам: исповедовались, причащались, выслушивали душеполезные советы... Отправлял отец Серафим и службы, которые совершались в глубокой тайне. Один из старейших священников Ташкентской епархии, отец Димитрий Козулин (19352016), во время войны бывший ребенком, вспоминал, что старец Серафим «облачение прятал, тайно служил в поселке. От детей скрывали, отсылали орехи собирать, чтобы не проговорились. Говорили: “Дедушка приедет”, а что служить - не говорили. Когда приезжал в Ташкент -зимой он всегда приезжал - кто-то ему, не знаю, может быть тот же самый отец Николай, дал антиминс и ризу, и чашу, и всё - всю церковь. Он научил тетю печь просфоры. Она была бездетная, свободная, хорошо просфоры пекла. И мы служили Литургию. А петь все умели.»
Когда летом к Козулиным начали часто приходить покупатели за мёдом и отцу Серафиму стало трудно часами скрываться в каморке на жаре, кто-то подал идею выстроить еще одну хибарку - летнюю. Так и поступили. На склоне, под сенью нескольких валунов, соорудили небольшую деревянную хижину, где внутри помещался только плетеный из лозы стул, а скала заменяла собой стол. Там отец Серафим молился, читал Писание и святоотеческие книги. В праздники и воскресные дни он совершал всенощное бдение, на которое сходились местные жители - конечно, далеко не все. Еду ему приносили из поселка дети, а воду отец Серафим брал из родника, который бил рядом с его хибаркой.
«Отцу Серафиму отводили туда пару бычков, и он за ними смотрел - вроде как работа у него есть - он их пасет, -вспоминала Н. Г. Козулина. - Один раз папа понес туда кушать - это уже через много лет, как он прожил у нас. А когда в гору поднимаешься, то далеко видно этот камень наклоненный. И вот папа смотрит - батюшка молится - как в огне весь, весь в огне. Он заволновался, к земле присел и сидел, пока батюшка молился. Батюшка закончил, сел на камень, и папа тогда к нему подошел. Папа сказал мне: “Вот я тебе рассказал эту тайну, а ты молчи, не рассказывай эту тайну, потом когда-нибудь, когда придет время, расскажешь”. И я рассказала, когда о. Серафим уже от нас уехал. А как-то я приехала на каникулы с сестричками со своими, и на Петровский или Успенский пост мамочка нам напекла пирожков с картошкой, и мы к нему пошли. Поднимаемся, поднимаемся - видим, под камнем стоит батюшка, улыбается. Мы к нему пришли, он благословил, принял нас. Он мог так ласково разговаривать! Такое доброе лицо у него было! Мы его угостили, сели, я ему рассказываю: того арестовали, того расстреляли... Какое же страшное время - 36-37 годы. Он слушал-слушал и говорит: “Наденька, я и рад, что ты приехала рассказать, и не рад. Я, что приобрел, сейчас все потерял. Так жалко мне, сколько расстрелянных братьев моих иеромонахов”».
Место «летнего» проживания старца было обнаружено в июле 2017 года поисковой экспедицией, предпринятой по благословению епископа Бишкекского и Кыргызстанского Даниила (Кузнецова). Местные жители показали поисковикам во главе с отцом Виктором Реймгеном «намаз-таш» - молитвенный камень, вернее, несколько огромных валунов, образовавших естественную пещерку. Она находится на территории бывшего поселка Алатай, в 77 километрах от Токтогула, в конце участка за несохранившимся домом Козулиных, если подниматься в гору.
Каждой зимой отец Серафим непременно бывал в Ташкенте. В то время там жили многие монахини из разоренной в 1920-м Никольской женской общины. Матушки уже тогда глубоко почитали отца Серафима как старца и с нетерпением ждали его приездов. Нет сомнения, что в Ташкенте отец Серафим неоднократно встречался с жившими там в то время архимандритом Гурием (Егоровым, 1891-1965) и иеромонахом Иоанном (Вендландом, 1909-1989). Причем вполне вероятно, что с отцом Гурием отец Серафим был знаком еще по Беломорканалу - оба отбывали там заключение в одни и те же годы. До июля 1937-го он мог встречаться также с епископом Лукой (Войно-Ясенецким, 1877-1961, прославлен в лике святителей в 2000 году), знаменитым хирургом, доктором медицинских наук, возглавлявшим в городе клинику. По воспоминаниям архиепископа Михея (Хархарова), отца Серафима в Ташкенте не раз приглашали исполнить требы на дому: в большом городе было всего два храма (один из них обновленческий), и оба к концу 1930-х закрылись.
Благодаря помощи благочестивой семьи Козулиных отец Серафим смог восстановить после лагеря силы и, самое главное, пережить в относительной безопасности 1930-е годы, когда практически все ссыльные представители духовенства получили новые тюремные сроки, а многие -расстрельные приговоры. Известно, что скрывался он и в других местах Киргизии - Фрунзе, Токмаке, Кетмень-Тюбе, работая то пастухом, то сторожем.
Во время Великой Отечественной войны отношение к религии в СССР начало меняться. И после того как в августе 1946-го архимандрит Гурий был хиротонисан во епископа Ташкентского и Средне-Азиатского, отец Серафим наконец смог выйти из своего десятилетнего горного «затвора». В ноябре того же года владыка Гурий назначил его в штат кафедрального собора Успения Божией Матери в Ташкенте. Этот красивейший храм, освященный еще в 1879-м, после революции перешел к обновленцам, а в 1933-1945 годах его занимал медицинский склад. Впервые батюшка смог выйти на ташкентскую улицу не таясь, спокойно. Духовником Успенского собора отец Серафим был на протяжении года... А потом до Узбекистана добрались новости с Украины. Оказывается, Глинская пустынь. снова действовала! Иначе как чудом назвать это было нельзя. Ведь после того как в 1928 году с ее территории выехал «детский городок», там размещалась сельхозартель (с 1934-го - колхоз) «Красный Октябрь», затем - машинно-тракторная станция и промкомбинат по производству сельхозтехники. Казалось, о былом молитвенном настрое не напоминало больше ничего. Но началась война. И оказавшаяся на оккупированной территории Глинская пустынь вновь открыла двери для верующих.
Понятно, что нацистские оккупанты открывали храмы и монастыри вовсе не потому, что жаждали помочь возрождению Православия. Им было важно завоевать симпатии народа, подчеркнуть, что они - совсем не то, что безбожные большевики. Но важен оказался сам факт возвращения обители верующим.
Правда, возвращать, собственно, было особо и нечего. К 1942 году сохранились всего шесть строений обители -больница постройки 1896-го с домовой церковью Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня, архиерейский корпус и четыре братских корпуса, - да и те в полуразрушенном состоянии. К тому же в распоряжение монастыря передали не все эти дома, а только больницу и архиерейский корпус - в остальных зданиях разместился местный инвалидный дом. А в 1922-м в Глинской были, напомним, четыре храма (не считая храмов Дальнего скита), колокольня и более тридцати зданий. Для того чтобы построить пустынь, потребовалось столетие, чтобы разрушить ее - всего двадцать лет.
Возрождать обитель из руин довелось ее последнему настоятелю - 79-летнему архимандриту Нектарию (Нуждину). После разгрома монастыря Господь уберег его от ареста и расстрела, и он двадцать лет прожил в Путивле, в глубоком затворе, постоянно пребывая в молитве и строгом посте. Отец Нектарий чудом сумел сохранить крохи монастырского имущества, которые и легли в основу «новой» пустыни. Сначала не хватало буквально всего: иконы украшали просто рушниками, литургии совершали в лаптях, ели в лучшем случае вареную свеклу, хлеб пекли по рецепту «на 25 килограммов муки - 6 ведер картошки», не было вина для совершения литургии... Соратников тоже почти не было - иеросхимонах Серафим (Амелин), иеромонах Гордий (Тюшин) да два послушника.
Но весть о возрождении Глинской распространялась быстро, и уже к концу 1942-го в монастыре было 12 насельников, из которых восемь - иноки «старой» пустыни. В их числе был и духовный наставник отца Серафима (Романцова) - отец Аристоклий (Ветер), который незадолго до этого принял постриг в великую схиму с именем Антоний.
Работы в возрождаемом монастыре было много. Нужно было восстановить сохранившиеся здания, придать им благолепный вид, возродить устав по образцу Афонского . В этом настоятелю помогали отец Антоний (Ветер) и другой опытный ветеран, иеросхимонах Никодим (Калиуш). Число братии возрастало - в 1943-м в пустынь пришли архимандрит Антоний (Прохода), иеросхимонах Алексий (Заярный), иеродиакон Нил (Логвинов), монах Аполлинарий (Трупчанинов), рясофорный монах Самуил Конобаев, послушники Андрей Коробов, Самуил Ситник, Антоний Мисник, Симеон Нестеренко, Михаил Петренко. Из 25 человек братии 17 подвизались в пустыни до ее закрытия.
Труды по возрождению обители подорвали здоровье старого настоятеля, и 29 мая 1943 года отец Нектарий (Нуждин) передал руководство монастырем отцу Серафиму (Амелину), возведенному в сан игумена. Когда именно скончался старец Нектарий, неизвестно, но в списке братии, составленном 6 апреля 1944 года, он уже не значится.
Выбор отца Нектария оказался чрезвычайно удачным. Серафим (Амелин), подвизавшийся в Глинской с 1893 года, глубоко почитался братией как многоопытный в духовной брани монах. С одним его появлением везде водворялись мир и спокойствие. Смиренный, молчаливый, исполненный любви, он, даже находясь в своей келии, знал, что и как происходит в монастыре. Каждый день он обходил все послушания, но видеть его было дано только духоносным старцам - старые монахи кланялись, а на недоуменные вопросы молодых отвечали: «Отец настоятель пошел».