Это означало, что слушание дела состоится не в Особом присутствии Правительствующего сената, а в окружном суде Петербурга. Судьбу Засулич должен был решать суд присяжных, но чиновники не сомневались в вынесении обвинительного приговора. Поэтому было решено придать делу широкую огласку. Считалось, что такое отвратительное преступление дискредитирует революционное движение в целом. В истории империи не было более сенсационного судебного процесса. Зал суда был переполнен (присутствовало много представителей высших классов), более полутора тысяч студентов собрались на улице, чтобы выразить свою солидарность с Засулич. Когда слово предоставили адвокату Засулич, ему удалось обойти прокурора и заговорить о политике.
Доказывая невиновность Засулич, защитник обвинил Трепова в провокации. Этот высокопоставленный чиновник приказал выпороть революционера Боголюбова; совершенно естественно, что такой бесчеловечный поступок вызвал в Засулич справедливый гнев и негодование, которые оказались сильнее здравого смысла, и она решила убить Трепова. Виновата не она, а царский чиновник. Пресса подробно комментировала все, что происходило в суде, репортеры сидели в зале и записывали каждое выступление.
Суд присяжных, состоявший из мелких чиновников и служащих, согласился с мнением защитника и 31 марта 1878 г. оправдал Засулич, что вызвало громкие аплодисменты всего зала. В тот день жандармы не могли повторно арестовать Засулич без письменного распоряжения царя (только император отменял приговоры суда), ей удалось выйти из зала суда, и ее тотчас окружили восторженные единомышленники. Получив необходимые бумаги, жандармы настигли Засулич у здания тюрьмы, где оставались ее вещи, но друзья помогли революционерке скрыться от жандармов и вскоре сбежать в Швейцарию.
Через три дня после того, как суд присяжных публично скомпрометировал правительство, Александр II созвал Комитет министров, чтобы обсудить положение и решить, что делать дальше. Военный министр Милютин позднее вспоминал неожиданное заявление Палена при обсуждении политических дел, что правительство нуждается в судьях, которые готовы действовать «по приказанию начальства». Другими словами, он призывал правительство отказаться от независимых судов с их судьями и присяжными.
Разрабатывая стратегию борьбы с политическими врагами, царь в июле 1878 г. созвал Особое совещание, состоявшее из министра юстиции, помощника министра внутренних дел и начальника Третьего отделения генерала Николая Владимировича Мезенцова. Мезенцов говорил о необходимости расширения штата секретных агентов, считая, что лучший способ борьбы с революционерами состоит в проникновении в их группы, особенно в таких городах, как Харьков, Одесса и Киев. Агенты смогут опознать заговорщиков и раскрыть их планы; кроме того, если удастся войти к ним в доверие, можно попробовать спровоцировать революционеров на действия, которые вызовут общественное негодование и обратятся против них. Местные власти не имеют средств, а местные полицейские не располагают необходимыми навыками, чтобы провести эту операцию, поэтому, убеждал Мезенцов, выбирать двойных агентов, готовить их и руководить ими должно Третье отделение.
Во всеподданнейшем докладе, представленном императору, Особое совещание рекомендовало увеличить число жандармов и секретных агентов Третьего отделения. Кроме того, высказывались пожелания отменить ряд запретов, наложенных на жандармов при проведении расследований (в частности, запрет на обыски в типографиях без специального на то разрешения), более бдительно следить за политическими ссыльными, ужесточить меры борьбы с антиполицейской пропагандой.
1878 год, начавшийся с покушения Засулич, был продолжен другими террористическими актами. В мае был убит адъютант начальника Киевского губернского жандармского управления штабс-капитан Г.Э. Гейкинг. Покушавшийся Г.А. Попко напал на него поздним вечером, нанес удар кинжалом и скрылся от погони. Полковник В.Д. Новицкий предупреждал генерала Мезенцова, что в скором времени следует ожидать покушений на руководителей Третьего отделения. Мезенцов отвечал, что «власть шефа жандармов так еще велика, что особа шефа недосягаема, обаяние к жандармской власти так еще сильно, что эти намерения стоит отнести к области фантазий и бабьих сплетен, а не к действительности».
Генерал недооценил дерзости террористов. 4 августа Сергей Кравчинский убил шефа жандармов в самом центре столицы. После этого он вскочил в пролетку, запряженную кровным рысаком, и легко оторвался от преследователей. Третье отделение проявило полное бессилие. Кравчинский, писавший под литературным псевдонимом Степняк.
Он изложил мотивы покушения в брошюре, которая распространялась по почте. А тайная полиция не могла обнаружить преступников и даже не подозревала, что двое второстепенных участников покушения случайно попали в ее руки. На докладе исполняющего обязанности начальника Третьего отделения генерала Николая Дмитриевича Селивестрова против фразы «В городе спокойно, розыски продолжаются энергично, но все-таки не столь успешно, как бы желалось» Александр II раздраженно приписал: «Пока не вижу никакого результата». Сторонники революционного террора впоследствии отстаивали свою правоту, утверждая, что жестокость Мезенцова по отношению к народникам, которые умерли, не дождавшись суда, требовала справедливого возмездия.
Немедленно созвав очередное Особое совещание, император согласился принять чрезвычайные меры. Военно-полевым судам разрешили на месте судить тех, кто совершил нападение на должностных лиц или оказал им вооруженное сопротивление; многие чиновники надеялись, что эти судьи будут, по словам Палена, «действовать по приказанию начальства». Дела задержанных решили рассматривать сразу на закрытых процессах, а апелляций не принимать.
Военный министр Милютин одобрил эту необходимую меру. В своих мемуарах он высказывает собственную точку зрения на убийство Мезенцова, которую многие разделяли: «Убийство подобного человека не может быть иначе объяснено как сатанинским планом тайного общества навести террор на всю администрацию. И план этот начинает удаваться».
Генерал Селивестров в беседе с Милютиным признавался, что полицейская часть представляется ему «в жалком виде» из-за недостатка средств и способных сотрудников. 8 августа Комитет министров попытался исправить положение, но только в отношении местной полиции. Были выделены дополнительные средства на местную полицию в девяти «важных центрах деятельности агитаторов» и на увеличение числа «сыщиков в штатском» во всех губерниях, за исключением самых отдаленных провинций. Кроме того, было решено ссылать политических преступников, покушавшихся на побег, в Якутскую область, далекую северо-восточную окраину империи, потому что многие ссыльные, отправленные в более близкие к центру места, нелегально возвращались и возобновляли свою революционную деятельность.
Временные правила, принятые в начале сентября, давали жандармам право арестовывать всех подозрительных лиц «за участие в уличных беспорядках или сходках, имеющих политический характер», а также тех, кого они считали «политически неблагонадежными». В свою очередь начальник Третьего отделения и министр внутренних дел могли отправить арестованных в ссылку, если на то имелись «достаточные основания», предварительно поставив в известность министра юстиции.
Закон разрешал использовать чрезвычайные полномочия только в отношении явных революционеров, но он повсеместно нарушался. В каждом задержанном чиновникам мерещился убийца. Самые невероятные политические расследования оправдывались угрозой политической безопасности империи.
25 сентября генерал Селивестров был вынужден издать секретную директиву для жандармов, запрещавшую им злоупотреблять недавно полученными полномочиями на арест. Он предупреждал, что неправильное толкование жандармами закона от 1 сентября «тяжело отзовется на людях, неосновательно подвергнутых преследованию и лишенных свободы… и неминуемо возбудит против правительства общественное мнение».
Административные меры, продолжал Селивестров, в отношении политических преступников должны применяться только в том случае, если собранные улики не могут быть представлены на рассмотрение суда, т. е. если они собраны тайно и не являются бесспорными. Для тех случаев, когда улики могли быть представлены суду, оставался в силе закон от 19 мая 1871 г.
Принимая во внимание численный рост тайных сотрудников, как наружных агентов, ведущих расследования, так и секретных агентов, Селивестров особо остановился на вопросе тайных свидетельств и улик. В сентябрьской директиве говорилось, что если собранные тайно улики доказывают вину подозреваемого, государство имеет полное право прибегнуть к административным, а не к юридическим процедурам, поскольку как только дело подозреваемого передано в суд, административные меры к нему уже неприменимы.
В октябре 1878 г. начальником Третьего отделения стал генерал Александр Романович Дрентельн. Его первым распоряжением было прекратить все попытки убедить швейцарское правительство выдать Веру Засулич России. Швейцарское правительство уже отказалось сделать это на том основании, что обвинения, выдвинутые против нее, были признаны русским судом недействительными.
Дрентельн утверждал, что дальнейшие попытки вернуть Засулич и предать ее повторному суду не принесут никакой пользы, а, напротив, несомненно вызовут волну демонстраций протеста.
В конце 1878 г. обсуждался вопрос централизации полиции в целях повышения эффективности борьбы с политическими врагами империи. Представлялось необходимым создание нового органа, например Министерства полиции, которое заменит Третье отделение и в которое войдет Отдельный корпус жандармов. Этот план был продиктован глубоким недовольством Третьим отделением, которое не могло обеспечить безопасность ни своих начальников, ни императора. В марте 1879 г. террористы попытались убить генерала Дрентельна, а менее чем через месяц, 2 апреля, народник Александр Соловьев стрелял в Александра II на Дворцовой площади. Покушавшийся успел сделать три выстрела, и только неисправность револьверного прицела спасла жизнь царю.