После смерти Петра Великого Толстой поспешил избавиться от тяжелой обязанности начальника Тайной канцелярии. По указу императрицы Екатерины I (1725–1727 гг.) это учреждение со всеми нерассмотренными делами было передано в ведение главы Преображенского приказа князя Ю.Ф. Ромодановского. Но и сам Преображенский приказ просуществовал только до 1729 г.
Однако самодержавная монархия не могла обойтись без ведомства политического сыска. Упраздненное при малолетнем императоре Петре II (1727–1730 гг.), оно было восстановлено уже при императрице Анне Иоанновне (1730–1740 гг.). Указ от 6 апреля 1731 г. возродил Тайную канцелярию. Ее прежний руководитель Толстой не удержался на плаву среди бурных дворцовых событий. Будучи одним из главных виновников гибели царевича Алексея, Толстой пытался воспрепятствовать воцарению его сына Петра II. Поэтому окружение малолетнего императора распорядилось отправить Толстого в тюрьму Соловецкого монастыря. В камере, куда посадили 82-летнего старика, была такая сырость, что на нем истлела одежда. Там 30 января 1729 г. Толстой скончался.
Возрожденную Тайную канцелярию поручили Александру Ивановичу Ушакову. Он был типичным представителем петровской эпохи, человеком невысокого происхождения, прошедшим путь от солдата Преображенского полка до генерала и готовым взяться за любое поручение. Ушаков заведовал любимым детищем Петра Великого — корабельным строением. По приказу царя он занялся политическим сыском и был самым деятельным помощником Толстого.
Ушаков с необычайной ловкостью приспособился к последующим царствованиям. Как и Толстому, ему грозила опала при Петре II. Но в отличие от своего бывшего начальника Ушаков добился освобождения. Когда члены Верховного тайного совета в 1730 г. попытались ограничить самодержавную власть, Ушаков поставил свою подпись под прошением о восстановлении прерогатив монарха. Это обеспечило ему благосклонность императрицы Анны Иоанновны. После ее смерти в 1740 г. Ушаков сохранил свой пост при императоре-младенце Иоанне Антоновиче (1740–1741 гг.), когда регентом был герцог И. Бирон. И он же вел следствие над Бироном, когда его свергли фельдмаршал Б.К. Миних и вице-канцлер А.И. Остерман. А когда, в свою очередь, свергли Миниха и Остермана, то их опять-таки допрашивал Ушаков. При Иоанне Антоновиче начальник Тайной канцелярии вел дело группы лиц, отказавшихся присягать императору. А после свержения Иоанна Антоновича Елизаветой Петровной (1741–1761 гг.) Ушаков наблюдал за тем, чтобы из всех бумаг было вымарано имя императора-младенца. В глубокой старости Ушаков отошел от дел, уступив свой пост А.И. Шувалову, брату фаворита Елизаветы.
Русские цари и императоры не упускали из своих рук контроль над органами политического сыска. Все важнейшие дела докладывались царю Алексею Михайловичу, а его сын Петр Великий лично принимал участие в допросах. Было установлено, что по понедельникам с четырех часов дня Петр занимался розыскными делами в Тайной канцелярии. Анна Иоанновна писала развернутые резолюции на докладах Ушакова. Она расширила Тайную канцелярию, открыв московскую контору, которая по странному совпадению размещалась на Лубянке. Начальником московской конторы был назначен родственник императрицы С. Салтыков. Он рьяно принялся за дело. За первые четыре года московская контора рассмотрела 1055 дел и арестовала 4046 человек. Императрица Елизавета Петровна, несмотря на свою склонность к лени, постоянно выслушивала доклады Ушакова и Шувалова.
За полтора века через органы политического сыска прошли тысячи людей. Тайная канцелярия с подозрением относилась ко всему необычному. Руководители политического сыска при Петре I и его преемниках добились того, что их ведомство было окружено завесой тайны и страха. Слова, сказанные полушепотом в келье глухого монастыря или в избе на сибирском тракте, могли долететь до Москвы или Петербурга. Часто человеку приходилось держать ответ за неосторожное замечание, брошенное много лет назад. Были доносчики, намеренно вызывавшие собеседника на откровенный разговор, а потом сообщавшие о нем в Тайную канцелярию. Из этой сети не могла ускользнуть никакая мелочь.
Но все это еще не свидетельствует об эффективности политического сыска XVIII в. Поток мелких дел нередко заслонял от органов сыска действительно важные сообщения. Например, в 1707 г., в сентябре, в Преображенский приказ явился иеромонах Никанор и передал предупреждение генерального судьи В.Л. Кочубея об изменнических замыслах украинского гетмана И.С. Мазепы. Преображенский приказ сначала отмахнулся от иеромонаха, отправив его в Монастырский приказ. Но Никанор вернулся обратно к Ф.М. Ромодановскому. Тогда его допросили, заковали в цепи и отправили в ссылку. Кочубей был выдан гетману Мазепе. В июле 1708 г. ему отрубили голову, а в октябре того же года Мазепа выполнил свой долго вынашиваемый план, перейдя на сторону шведского короля Карла XII.
В эпоху дворцовых переворотов органы политического сыска были вовлечены в придворные интриги. Особенно запомнилось современникам дело А.П. Волынского. Всего год занимал он пост кабинет-министра императрицы Анны Иоанновны, но за это время успел нажить ярых врагов среди немецкой партии, верховодившей при дворе. По инициативе фаворита императрицы герцога Бирона Тайная канцелярия занялась кабинет-министром. Изъятые Ушаковым черновики документов свидетельствовали о намерении кабинет-министра ограничить самодержавную власть. Поднятые на дыбу единомышленники Волынского приписали ему замыслы узурпировать трон, хотя, скорее всего, планы кабинет-министра не шли дальше борьбы с герцогом Бироном. Биограф Волынского писал: «23 мая (1740 г.) Волынского подвергли в застенке Тайной канцелярии пытке, но и с дыбы он отрицал намерение провозгласить себя государем. Хотя Волынскому дано было только 8 ударов и пытка его продолжалась полчаса, но Ушаков так постарался прикрутить Артемия Петровича, что правая рука у него была вывихнута из плечевой кости, и с тех пор он уже не мог подписывать своих показаний». Перед казнью Волынскому в присутствии Ушакова отрезали язык, чтобы он ничего не смог крикнуть с эшафота.
Жестокие расправы вызывали глухое недовольство населения Тайной канцелярией и вообще всей системой «слова и дела». При императрице Елизавете Петровне политический сыск велся с меньшим размахом, чем при Анне Иоанновне. 21 февраля 1762 г. Петр III, вступивший на престол после Елизаветы Петровны, опубликовал манифест об уничтожении Тайной канцелярии. В нем подчеркивалось, что Петр Великий учредил Тайную канцелярию в связи с особыми обстоятельствами и неисправными в народе нравами; с тех пор обстоятельства изменились, и надобность в канцелярии отпала. Императорский указ провозглашал: «Тайная розыскных дел канцелярия уничтожается отныне навсегда», а «ненавистное изражение, а именно слово и дело, не долженствует отныне значить ничего».
Высказываются различные предположения о побудительных мотивах Петра III. Некоторые исследователи полагали, считая императора человеком недалеким, что эта мысль пришла ему в голову под влиянием высокообразованного канцлера М.И. Воронцова. Возможно, однако, что Тайная канцелярия вызвала недовольство Петра III (известного своим преклонением перед прусскими порядками) тем, что в 1762 г. вела следствие о немецком шпионаже в русской армии. Так или иначе, но эту меру одобряли и люди, скептически относившиеся к новому императору. Автор известных воспоминаний А.Т. Болотов писал: «Превеликое удовольствие учинено было и сим всем россиянам, и все они благословляли его за сие дело».
Но фактически ведомство политического сыска было не ликвидировано, а видоизменено. Еще до опубликования своего манифеста об уничтожении Тайной канцелярии Петр III выразил пожелание создать Тайную экспедицию при Сенате. Характерно, что Екатерина II (1762–1796 гг.), охотно толковавшая при подготовке дворцового переворота о безумных поступках своего супруга, подтвердила ряд решений Петра III после его низложения и насильственной смерти. В октябре 1762 г. она почти дословно повторила манифест о ликвидации Тайной канцелярии и тут же создала Тайную экспедицию.
В принципе, передача дел о государственных преступлениях одному из подразделений Сената могла бы ввести политический розыск в рамки законности. Но просвещенный абсолютизм Екатерины II не заходил так далеко, чтобы упустить контроль над этой важнейшей отраслью.
Тайная экспедиция почти не зависела от Сената. В нее в полном составе перешли все чиновники упраздненной Тайной канцелярии. Сама экспедиция размещалась в Петропавловской крепости, а ее московская контора — на Лубянке. Возглавил Тайную экспедицию Степан Иванович Шешковский. Ему довелось дышать воздухом застенка буквально с детства. Отец Шешковского, мелкий чиновник, пристроил 11-летнего сына писцом в московскую контору Тайной канцелярии. Потом Шешковский служил в других учреждениях, но в конце концов вернулся в Тайную канцелярию — на сей раз в Петербурге. При Шувалове он был секретарем канцелярии, а в экспедиции дослужился до чина тайного советника. Подобную карьеру, учитывая его недворянское происхождение, можно объяснить только особыми заслугами. Недаром Екатерина II питала огромное доверие к начальнику Тайной экспедиции.
В царствование Екатерины II продолжалась практика создания временных следственных комиссий. Они расследовали особо важные дела, например попытку подпоручика В.Я. Мировича освободить из Шлиссельбургской крепости Иоанна Антоновича. Двадцатичетырехлетний секретный узник, который провел в одиночном заключении 23 года, так и не узнал ни о своем настоящем имени, ни об императорском титуле. Офицеры охраны, действуя в соответствии с тайными инструкциями, убили бывшего императора. Мирович был предан суду и казнен.
Обстоятельства чумного бунта в Москве в 1771 г. расследовал фаворит императрицы граф Г.Г. Орлов. В 1775 г. для расправы с участниками крестьянского движения под предводительством Емельяна Пугачева были созданы две комиссии, подчиненные генералу П.С. Потемкину. Этим комиссиям оказывали помощь специалисты из Тайной экспедиции. Екатерина II писала Потемкину: «В Москву теперь я отправляю Шешковского в Тайную экспедицию, который особливый дар имеет с простыми людьми и всегда весьма удачно разбирал и до точности доводил труднейшие разбирательства». Шешковский допрашивал предводителя крестьянской войны днем и ночью. Вместе со священником он сопровождал Емельяна Пугачева на казнь. Следует отметить, что императрицу особенно интересовал вопрос, почему бунтовщик выдавал себя за ее покойного мужа Петра III.