Наконец, сомнительным представляется признание в убийстве Сингаевского. Он категорически отрицал, что говорил об этом Караеву и Махалину. Трудно поверить, что опытный и хитрый преступник выдал себя малознакомым людям. Гораздо легче предположить, что два друга-провокатора просто придумали весь этот эпизод, так же как пристав Красовский в свое время фабриковал улики против родственников Ющинского.
Несомненно, все это учитывалось следователем Машкевичем. Он считал, что в своем втором заявлении Бразуль-Брушковский вел более умелую, но столь же ложную игру, как и в первом заявлении. В то же время Машкевич показал себя крайне пристрастным следователем. Не доверяя участникам неофициального расследования, он совсем иначе оценивал слова Веры Чеберяк. Между тем хозяйка воровского притона раскрыла тайну исчезновения Ющинского. По ее словам, за Ющинским и тремя ее детьми, игравшими на территории завода, погнался Бейлис и два еврея в необычных одеяниях. Потом «Мендель Бейлис поймал Андрюшу за руку и повел вниз, по направлению к оврагу».
Машкевич закрыл глаза на то, что Чеберяк припомнила о погоне через 16 месяцев после исчезновения мальчика и вдобавок именно в тот момент, когда ей самой пришлось отбиваться от обвинения в убийстве. Обвинительный акт пополнился рассказом о евреях, похитивших мальчика. По существу, это было единственным результатом доследования.
Инициаторами дела Бейлиса явились крайне правые организации, их пресса и фракция в Государственной думе. Нет ничего удивительного, что черносотенцы, провозгласившие антисемитизм своей политической программой, говорили о возможности ритуальных убийств и о существовании всемирного еврейско-масонского заговора. Гораздо сложнее позиция правительства и подчиненных ему прокуратуры и полиции. Юрист Тагер считал, что правительство и «черная сотня» с самого начала действовали по единому плану. Историк М. Самьюел соглашался с ним и полагал, что основной целью этого плана было «повернуть вспять силы прогресса». В отличие от них, американский исследователь X. Рогтер не обнаружил в действиях властей ни глубокого замысла, ни даже тактического плана. По его оценке, дело Бейлиса являлось скорее попыткой небольшой группы политических деятелей и фанатиков навязать свои взгляды всей стране. «Они преуспели сверх всякого ожидания: они нашли добровольных союзников в двух могущественных министерствах, обеспечили одобрение императора и молчаливое содействие других членов правительства».
Мотивы чиновников, вставших на сторону ритуальной версии, могли быть различными. Одни увидели в загадочном убийстве очень редкое, но все-таки встречавшееся в судебных анналах преступление на религиозной почве. Они доказывали, что в иудаизме, так же как в христианстве и исламе, могут существовать отколовшиеся от канонического учения секты или помешавшиеся на религиозных вопросах фанатики, которые время от времени совершают изуверские обряды. Другие откровенно считали ритуал замшелой легендой, зато смотрели на громкое судебное дело как на великолепную возможность выдвинуться и сделать карьеру. Очевидно, большинство сторонников ритуального обвинения руководствовались не столько голым карьеризмом, сколько политическими интересами. Они стремились оградить исконные основы Российской империи, которые, по их убеждению, расшатывали инородцы. Дело Бейлиса возникло не сразу после убийства Ющинского и даже не одновременно с арестом приказчика кирпичного завода. Ему предшествовало внесение в Думу законопроекта об отмене черты оседлости и его отклонение, оно разворачивалось на фоне убийства евреем председателя Совета министров и разрыва американским Конгрессом торгового договора с Россией из-за ограничения прав евреев русским законодательством. Многим представителям власти пришлось отстаивать ритуальное обвинение не по внутреннему убеждению, а в силу корпоративной солидарности, что называется «по должности», так как в защиту Бейлиса сплотились все противники самодержавия.
Главным режиссером ритуального спектакля принято считать министра юстиции Щегловитова. В молодые годы он отдал дань распространенному среди юристов либерализму. Но по мере продвижения по служебной лестнице его взгляды становились все более консервативными. На министерском посту он запомнился снисходительностью к погромщикам и предупредительным отношением к крайне правым. Поверил ли он в виновность Бейлиса или сделал вид, что верит? На сей счет имеются самые разноречивые свидетельства. Во всяком случае, Щегловитов приложил немало усилий, чтобы приказчик кирпичного завода предстал перед судом.
За время следствия над Бейлисом сменилось три министра внутренних дел. Начало этой истории пришлось на эпоху Столыпина. Но каких-либо значительных следов его участия в этом деле не видно. Андрей Ющинский был убит как раз в тот день, когда Столыпин с большим трудом добился выхода из «министерского кризиса» 1911 г. В обстановке почти единодушного недовольства его действиями глава правительства вряд ли имел время контролировать расследование в Киеве. Стараясь восстановить связи с умеренной оппозицией и не желая окончательно портить отношения с крайне правыми, он занял позицию стороннего наблюдателя. Дело об убийстве окончательно приняло ритуальную окраску в последний месяц жизни Столыпина, но даже пребывание в Киеве не заставило его нарушить нейтралитет. Прокурор Чаплинский докладывал о ходе расследования сначала товарищу министра внутренних дел П.Г. Курлову, а затем непосредственно Николаю II.
А.А. Макаров, сменивший убитого Столыпина, добросовестно выполнял просьбы министра юстиции, касавшиеся киевского дела. Только однажды, да и то не по своей инициативе, министр внутренних дел вмешался в дело Бейлиса. Получив письмо от киевского губернатора Гирса о том, что назначенный на осень 1912 г. судебный процесс может осложнить выборы в IV Государственную думу, министр внутренних дел слово в слово повторил его аргументы в письме к Щегловитову и присоединился к просьбе губернатора перенести процесс на другое время. Щегловитов немедленно ответил: «Сообщить совершенно конфиденциально старшему председателю Киевской судебной палаты, прося его содействия к удовлетворению желания министра внутренних дел».
Н.А. Маклаков (управляющий министерством с декабря 1912 г., министр с февраля 1913 г.) был личным ставленником царя и крайне правых кругов. По свидетельству Белецкого, Маклаков видел в ритуальном деле способ воспрепятствовать движению за равноправие еврейского населения. Впрочем, надо отметить, что молодой министр не считался серьезным государственным деятелем. Злые языки утверждали, что он сделал головокружительную карьеру благодаря изумительному таланту имитации животных: «Наследника Маклаков привел в восторг, катаясь по полу, рыча и, говорят, бесподобно изображая резвящуюся пантеру». Член Государственного совета П.П. Кобылинский отзывался о новом министре: «…по формуляру ему 40 лет, по внешнему виду не более 30, а когда раскроет рот — не более пяти». Неудивительно, что он полностью подчинился Щегловитову в деле Бейлиса.
Между тем позицию полицейских чинов, непосредственно занимавшихся расследованием преступления, можно оценить скорее как скептическую. Не говоря уже о Мищуке и Красовском, все остальные сыщики выражали сомнения в виновности Бейлиса. Отрицательное заключение представил съездивший в Киев детектив Кунцевич. Серьезные колебания испытывал подполковник Иванов. Ему поручили проверить одну из косвенных улик, появившуюся уже после ареста Бейлиса. У некоего Козаченко, сидевшего в одной камере с Бейлисом, нашли перед выходом из тюрьмы записку, в которой Бейлис рекомендовал посыльного как надежного человека и просил дать ему денег «на расход, который нужен будет». На допросе Козаченко сказал, что должен был за большое вознаграждение отравить двух свидетелей — Фонарщика и Лягушку. Козаченко пояснил: «Мендель мне сказал, что в усадьбе завода Зайцева есть больница, откуда достанут стрихнин и дадут мне».
Фонарщик — прозвище Шаховского, являвшегося по существу единственным свидетелем против Бейлиса. Выбор другой жертвы представлялся весьма странным, так как Лягушкой звали сапожника Наконечного, изобличавшего Шаховского в преднамеренном оговоре Бейлиса. Тем не менее перехваченная записка чрезвычайно заинтриговала следствие — ведь совсем недавно скончались дети, являвшиеся потенциальными свидетелями против приказчика завода. Полиция отправила Козаченко с запиской в усадьбу Зайцева, установив за ним секретное наблюдение. Козаченко встречался с управляющим кирпичным заводом, но никакого яда, разумеется, не получал. Более того, филеры доложили, что Козаченко пытался ввести в заблуждение жандармов относительно переговоров с родственниками Бейлиса. По словам подполковника Иванова, «когда я призвал для очной ставки лиц, наблюдавших за ним, то Козаченко упал передо мною на колени и признался мне, что он все наврал…
Иванов хотел направить официальный протокол об этом эпизоде, однако получил от прокурора Чаплинского ответ, что ему не нужен такой материал. С формальной точки зрения Чаплинский не нарушал закон, так как Козаченко не признавался в том, что он оговорил Бейлиса. Вместе с тем было ясно, что прокурор поступает предвзято, внося в обвинительный акт показания такого ненадежного свидетеля. Об этом эпизоде подполковник Иванов рассказал редактору влиятельной консервативной газеты, члену Государственного совета Д.И. Пихно.
Жандармы предвосхитили выводы частного расследования Бразуль-Брушковского. После первого заявления журналиста полковник Шредель назвал его недостоверным. В донесении вице-директору Департамента полиции Харламову он сообщал, что имеются твердые основания предполагать виновниками убийства саму Веру Чеберяк и нескольких уголовных преступников. В другом донесении Шредель подчеркивал: «Обвинение Менделя Бейлиса в убийстве Андрея Ющинского при недостаточности собранных против него улик и всеобщем интересе к этому делу может повлечь за собой большие неприятности для чинов судебного ведомства».