11 мая 1918 г. ВЧК приняла положение об Отделе по борьбе с преступлениями по должности. Согласно ему отдел состоял из заведующего, секретаря и членов отдела. Отдел выбирал из своей среды президиум в числе не более трех человек, который совместно с заведующим руководил работой подразделения, а также подбирал штат сотрудников. При отделе имелись коллегии следователей и комиссаров, назначаемых заведующим отделом, число которых определялось на общем собрании отдела. Обязанности следователя состояли в самостоятельном ведении следствия, давая отчет только общему собранию отдела. Комиссары могли также вести обыски, выемки документов, аресты, а также проводить следствие под ответственностью отдельных следователей и исполнять по их указаниям отдельные следственные действия. Эта структура отдела сохранилась в неизменном виде вплоть до его расформирования в начале декабря 1918 г. На 25 сентября 1918 г. структура отдела по борьбе с преступлениями по должности была следующей: заведующий (А.И. Пузырев), заместитель (И.Ф. Чибисов), секретарь (В.Я. Ивановский), коллегия следователей (председатель М.К. Ихновский), коллегия комиссаров, уголовный подотдел (И.А. Визнер)[101].
31 марта 1918 г. постановлением ВЧК были конкретизированы задачи информационного отдела. В постановлении говорилось, что все сообщения печати о деятельности ВЧК и ее отделов сосредоточивались в информационном отделе, начальником которого назначался журналист Я.М. Лурье. Ему было выдвинуто требование отказа от всякого сотрудничества с буржуазной прессой, а в социалистические газеты разрешалось давать статьи о тех делах, которые признавались Комиссией подлежащими опубликованию. В распоряжение этого же отдела было передано Бюро печати, контролирующее оппозиционную прессу. О значении, придаваемом в ВЧК информационному отделу, говорит тот факт, что 15 апреля 1918 г. его начальником был назначен вместо отстраненного от чекистской работы Лурье «как не соответствующего по своей прошлой деятельности задачам Комиссии и до настоящего времени ничего не сделавшего по организации отдела» член ВЧК Петерс[102]. При этом в информационный отдел были влиты аналогичные по функциям подразделения контрреволюционного отдела, в том числе восстановленное 19 марта 1918 и возглавлявшееся все тем же Лурье бюро «по борьбе с контрреволюционной печатью (не только в этом качестве, но и как начальник информотдела материалы прессы он должен был предоставлять для чтения всем заведующим отделами). Уже на третий день Петерс сделал доклад о необходимости принять меры к отмене существующего порядка, установленного Моссоветом, по которому газеты могут быть закрываемы лишь по постановлению ревтрибунала. Комиссия под председательством Александровича постановила войти в Совнарком с предложением «передать в руки ВЧК все дело борьбы с контрреволюционной печатью», для чего было решено делегировать председательствующего. Впоследствии у ВЧК с Моссоветом неоднократно возникали трения по поводу полномочий в отношении печати.
К началу мая 1918 г. штат информационного отдела состоял из 6 человек. В него входили заведующий Петерс, секретарь Дроздов, делопроизводитель К.С. Гобов, заведующий бюро печати В.Я. Забельский, заведующая бюро иногородней печати Ю.Ю. Янель, заведующий иногородним бюро П.А. Мюллер[103]. По-видимому, в середине июня информационный отдел был расформирован. Бюро печати на правах отделения было передано в отдел по борьбе с контрреволюцией, а остальные подразделения — в формирующийся иногородний отдел. Петерс же остался на должности только зампреда ВЧК. Нужно отметить, что в литературе часто, по нашему мнению, ошибочно говорится, что он был вторым лицом в ВЧК еще с января 1918 г. Однако доступные нам опубликованные и архивные документы свидетельствуют лишь об одном заместителе Дзержинского в период с января по начало мая 1918 г. — В.А. Александровиче. Петерс же в этот отрезок времени наряду с руководством казначейским и информационным отделами являлся помощником председателя по Президиуму. Зампредом же он стал, по имеющимся косвенным данным, не раньше второй половины мая, но не позднее первой половины июня 1918 г., и 7 июля в связи со сложением председательских полномочий Дзержинским был назначен руководителем ВЧК, каковым являлся до возвращения в председательское кресло Феликса Эдмундовича 22 августа.
18 марта 1918 г. организационный отдел был преобразован в иногородний, ведавший создающимися региональными чрезвычайными комиссиями. В течение первых трех месяцев он представлял собой коллегию по управлению чрезвычайными комиссиями на местах, в которую входили три полноправных члена — представителя от каждого ведущего отдела. По итогам состоявшейся в июне 1-й Всероссийской чекистской конференции был организован аппарат отдела, основной частью которого стал инструкторский подотдел, состоящий из штата инструкторов-организаторов местных ЧК, командированных в провинцию. Отдел возглавил заведующий спекулятивным отделом В.В. Фомин, ранее от спекулятивного отдела входивший в его коллегию. Внутренние функции отдела постоянно менялись, в течение короткого времени ему ставились все новые задачи, в соответствии с этим изменялась и его структура. Если на 17 июня 1918 г. отдел состоял из трех подотделов: инструкторского, инспекторского и снабжения, — то уже на 11 июля в него входили следующие подотделы: инструкторский, железнодорожный, пограничный, связи, а также информационное бюро. На 25 сентября 1918 г. структура иногороднего отдела была следующей: заведующий (В.В. Фомин); секретарь (Г.С. Мороз), инструкторская часть (Ю.Ю. Янель), бюро информации (Я.Ю. Клявин), железнодорожный подотдел (М.Н. Смирнов), пограничный подотдел (Д.И. Гразкин), подотдел связи (П.А. Мюллер)[104]. Создание в системе иногороднего отдела пограничного подотдела было обусловлено тем, что некоторые из создающихся региональных чрезвычайных комиссий являлись пограничными, поскольку находились в приграничной зоне с оккупированными германскими войсками территориями, что накладывало на эти органы дополнительные функции по охране границы. Подотдел первоначально возглавил сам начальник отдела Фомин, а в августе 1918 г. его сменил бывший следователь Спекулятивного отдела Д.И. Гразкин.
Разгорающаяся гражданская война и проведение политики военного коммунизма привели к установлению чекистского контроля и за транспортом, в первую очередь за наиболее важным — железнодорожным. 1-я Всероссийская конференция ВЧК поставила вопрос о передаче железнодорожной охраны в ВЧК, мотивируя это ее ненадежностью в подавляющем большинстве мест Советской России. 15 июня ввиду саботажа на железных дорогах, а также для охраны путей Президиум ВЧК признал необходимым организовать железнодорожный отдел. Членами коллегии этого подразделения, организованного через некоторое время на правах подотдела иногороднего отдела, стали Фомин, Полукаров и Закс. 7 августа 1918 г. вышло подписанное В.И. Лениным постановление Совнаркома, в котором говорилось о создании при ВЧК особого железнодорожного отдела.
Однако постановление о создании самостоятельного железнодорожного отдела реализовано не было. Железнодорожный подотдел в то время так и остался подразделением иногороднего отдела. Причин этому было несколько. Первая заключалась в том, что, по мнению начальника иногороднего отдела В.В. Фомина, для успешной охраны железных дорог необходима была более тесная связь соответствующего отдела с провинциальными ЧК, находившимися в ведении иногороднего отдела. Кроме того, не была до конца организована система железнодорожных ЧК. Наконец, важной причиной невыделения подотдела в самостоятельный орган было то, что, по словам Фомина, на предстоящей конференции чрезвычайных комиссий планировалось организовать «более общий орган борьбы за восстановление транспорта». «Поскольку “Главвод”, — писал Фомин, — также пришел к правильному решению вопроса о передаче борьбы с контрреволюцией, саботажем и спекуляцией на всех водных системах в руки Чрезвычайных комиссий, этот вопрос борьбы за восстановление транспорта становится более централизованным… Как в центре, так и на местах, после Конференции надо будет вместо железнодорожных отделов создать «Отдел путей сообщения», в состав которых, как подотделы, войдут железные дороги, водно-речные и морские пути, шоссейные дороги и, как однородный по сложности аппарат, почтово-телеграфный, где ЧК также необходимо иметь своих комиссаров, выделенных из коммунистических фракций этих ведомств»[105].
Следствием августовского (1918 г.) постановления Совнаркома стали изменения в кадровом составе железнодорожного подразделения. Заведующим подотделом стал М.Н. Смирнов, членами коллегии — А.Н. Горбунцев, С.А. Коротков и В.Л. Мазия (секретарь подотдела). Трое из четверых членов новой коллегии до своего перехода в августе в ВЧК имели прямое отношение к системе наркомата путей сообщения. Двое из них — М.Н. Смирнов, ставший заведующим подотделом, и С.А. Коротков — были членами исполкомов соответственно Александровской и Самаро-Златоустовской железных дорог, а третий — А.Н. Горбунцев служил непосредственно в Народном комиссариате путей сообщения (НКПС)[106].
Помимо основных отделов, занимавшихся борьбой с противниками большевистской власти, должностными преступлениями и т. д., во второй организационный период в системе ВЧК создавались отделы, предназначенные для решения некоторых важных задач, стоящих перед столичными властями. Так, с 21 августа 1918 г. при ВЧК начал функционировать отдел стратегического уплотнения (заведующий Э.И. Карповиц). В его функции входило обследование и реквизиция помещения верхних этажей, признанных новой властью важными в стратегическом отношении. Отдел наблюдал за ходом выселения из реквизированных у буржуазии квартир и заселении их «советским» элементом по ордерам президиума Моссовета и центральной жилкомиссии. Кроме того, у подразделения были полномочия накладывать штрафы или реквизировать имущество лиц, не исполняющих распоряжения ВЧК.