Летом 1918 г. при ВЧК был создан отдел, занимающийся контролем столичных складов, возглавлявшийся неким А.Г. Антоновым — личностью с весьма неясной биографией. Наконец, в начале сентября 1918 г. при ВЧК был создан отдел, руководивший создающимися районными ЧК. Повсеместная организация районных ЧК в Москве началась летом 1918 г. Они должны были в условиях разгоравшейся по всей стране Гражданской войны принять на себя некоторые столичные функции ВЧК. К 30 августа 1918 г. районные чрезвычайные комиссии (РЧК) приступили к работе почти во всех районах Москвы. Они содержались на средства ВЧК, которой направляли крупные и групповые дела, тогда как мелкие дела, наоборот, передавались из центрального аппарата в РЧК[107]. Отдел районных ЧК возглавил бывший член коллегии Уральской областной ЧК и комендант дома Ипатьева, руководивший расстрелом царской семьи, Я.М.(Х.) Юровский.
С первых месяцев существования ВЧК перед ее руководством встала проблема создания внутри нее подразделения, призванного осуществлять контроль за деятельностью самого карательного органа. 13 мая 1918 г. на заседании ВЧК была организована контрольная комиссия, первоначальными функцими которой стали наблюдение за внутренним порядком охраны и ведение выдачей пропусков в здание ВЧК. Ее председателем был назначен комендант ВЧК Л.М. Заковский. Однако на этом же заседании говорилось, что функциями организованной комиссии должна была стать и борьба со злоупотреблениями сотрудников, а также предотвращение различных конфликтов. Дзержинскому и членам ВЧК Г.Д. Заксу и И.С. Кизельштейну (представителю Совнаркома Москвы и области) было поручено обратиться во ВЦИК, а также в ЦК большевистской и левоэсеровской партий с просьбой о делегировании в контрольную комиссию надежных и работоспособных партийных товарищей. Наконец, 20 мая 1918 г. Президиум ВЧК, обсудив вопрос об организации ревизионной комиссии, принял решение соединить с функциями контрольной.
В принятой 11 июня 1918 г. на 1-й Всероссийской чекистской конференции резолюции говорилось, что контрольно-ревизионная коллегия ставит своей задачей борьбу со всякими злоупотреблениями, чинами, отдельными лицами, имеющими то или иное соприкосновение с комиссией и учреждениями, входящими в состав ВЧК. Она должна была состоять из трех представителей ВЧК. Коллегия во внутренней своей работе была автономна. Ей предоставлялось право самой набирать штат своих служащих: секретаря, бухгалтера, машинисток и т. д. Однако когда реально она начала функционировать, нам неизвестно. Первые достоверные данные о ее работе относятся к концу сентября 1918 г.[108] Возглавил контрольно-ревизионную коллегию член ВЧК В.И. Савинов. Он являлся сотрудником ВЧК почти с самого ее основания, с марта 1918 г. входил в состав ее членов и до назначения в контрольно-ревизионную коллегию был заместителем начальника и заведующим секретной частью спекулятивного отдела. От Московского комитета партии в коллегию вошел бывший военком Сокольнического района Ф.Д. Медведь. К сентябрю 1918 г. контрольно-ревизионная коллегия при ВЧК состояла уже из пяти членов[109].
Еще одним подразделением при ВЧК был созданный летом 1918 г. для руководства чекистскими отрядами Военный штаб. С марта по конец апреля 1918 г. численность вооруженных формирований ВЧК в центре серьезно возросла за счет прикомандирования нескольких отрядов. 18 марта 1918 г. после включения в состав ВЧК отряда балтийских матросов под командованием А.Я. Полякова чекистские отряды было решено объединить в единый боевой отряд под временным руководством члена оперативного штаба С.П. Чернова. 8 апреля 1918 г. Дзержинский обратился в МВО с просьбой передать в ВЧК прибывший из Гельсингфорса Красный советский финляндский отряд, получил согласие, и 13 апреля он был признан за основной в боевом отряде. Общее руководство боевым отрядом было возложено на оперативный штаб, который возглавил Д.И. Попов, а Чернов стал его помощником[110].
Самостоятельным был оставлен только Свеаборгский отряд ввиду надежности его личного состава из-за довольно высокого процента коммунистов, причем был признан желательным переход свеаборжцев на оперативную работу в качестве комиссаров и разведчиков. Кроме того, в него не были включены отряды шоферов и разведчиков. Фактически боевой отряд представлял собой лишь группу чекистских вооруженных формирований, располагающихся в столице, и как мощная боевая единица до конца оформлен не был. Его функциями были несение караула, охрана ВЧК, участие в подавлении антибольшевистских восстаний, а до середины мая — и производство облав, арестов и обысков. 15 мая ВЧК постановила лишить отряд права самостоятельно производить операции обысков и арестов и не выдавать на него книги ордеров. С этого времени участие бойцов отряда в этих операциях носило эпизодический характер. Боевой отряд находился в распоряжении Президиума ВЧК.
На 1-й Всероссийской конференции ЧК с докладом о необходимости создания особого корпуса, включающего уже не только отряд ВЧК, но и вооруженные формирования местных чрезвычайных комиссий, выступил член ВЧК Полукаров. По его докладу конференция приняла соответствующее постановление. Согласно ему корпус должен был являться подразделением при ВЧК. Во главе его стоял председатель Комиссии, при котором создавался военный штаб из четырех лиц (членов ВЧК), распределяющий оперативные, строевые, инструкторские, инспекционные и снабженческие функции. 13 июня в соответствии с решением конференции ВЧК подчинила отряды в центре организованному военному штабу, который начал функционировать спустя примерно месяц.
В его состав, помимо начальника и секретаря, входили заведующие снабжением, оперативной и дежурной частями. Создание же самого корпуса пока осталось только проектом. Первым начальником военного штаба был назначен военком Западного фронта подполковник царской армии В.В. Каменщиков[111]. На данном посту он пробыл недолго. Уже 1 августа Каменщикова откомандировали в распоряжение Наркомвоенмора, и врид начальника штаба был назначен его помощник Полукаров. 1 октября 1918 г. Полукарова сменил полковник старой армии К.М. Валобуев, до своего назначения командовавший Московской резервной дивизией. Однако до декабря 1918 г. и он оставался врид начальника штаба, возможно, по причине позднего вступления в партию — в 1918 г. Таким образом, перед чекистским руководством встала проблема подбора руководителя чекистского войскового штаба, имеющего, с одной стороны, серьезный военный опыт, а с другой — дореволюционный партийный стаж. Однако решить ее в то время так и не удалось, и Валобуев в декабре 1918 г. был утвержден в своей должности. В ноябре 1918 г. все закрепленные за центральным чекистским аппаратом отряды были объединены в 1-ю отдельную роту ВЧК, командовать которой стал комендант ВЧК Я.М. Дабол.
Все возраставшее число политзаключенных потребовало создания 18 марта 1918 г. Тюремного отдела, который возглавил Д.Г. Евсеев. Отдел не имел своего аппарата и в июле 1918 г. на правах отделения был передан в комендатуру (Евсеев еще в июне стал работать инструктором-инспектором Иногороднего отдела и, кроме того, входил в Военный штаб). После объявления «Красного террора», в связи с передачей 16 сентября 1918 г. Бутырской тюрьмы из Наркомюста в ВЧК, Тюремный подотдел стал мощной структурой в системе лубянского ведомства, хотя и оставался формально в системе комендатуры. Подразделение возглавил Я.А. Бялогродский, одновременно назначенный комендантом Бутырской тюрьмы[112]. С этого времени в чекистском ведомстве сложилось положение, когда заведующий Тюремным отделом одновременно руководил главной подведомственной ВЧК тюрьмой (впрочем, оно не всегда соблюдалось).
После роспуска Оргкомиссии 24 февраля 1918 г. прием новых служащих осуществлялся через чекистский Президиум. Однако после переезда в Москву Дзержинский сделал попытку взять кадровые вопросы под свой личный контроль. 18 марта на заседании ВЧК, где присутствовали Дзержинский, Александрович, Гуркин, Ксенофонтов, Фомин, Полукаров, Емельянов, Ильин и Чернов, было решено, что каждый отдел обязан сообщать о поступающих на службу председателю ВЧК. Только с согласия последнего те могли считаться принятыми, а зарегистрированными они должны быть в создаваемом столе личного состава.
Прием на службу сотрудников осуществлялся через созданное 5 апреля 1918 г. управделами ВЧК, куда было переданы частично функции расформированного оперштаба (заведующий А.П. Пятницкий). Пятницкий 18 апреля был уполномочен по предоставлению отделами числа вакансий следователей и комиссаров производить соответствующий подбор из лиц, имеющих личные и партийные рекомендации. На начало мая 1918 г. оно включало в себя организованную М.Ф. Емельяновым по решению ВЧК от 18 марта общую канцелярию со столом справок численностью в 8 руководящих и старших канцелярских работников[113]. Летом 1918 г. Управделами ВЧК было расформировано, а канцелярия была переведена в оперативное подчинение секретарю Президиума (позднее секретарь Президиума официально являлся руководителем общей канцелярии). На 25 сентября 1918 г. общая канцелярия, которую возглавлял бывший помощник управделами ВЧК И.В. Шилов, включала в себя стол личного состава (Э.П. Рутенберг), стол ордеров (В.В. Скоринко), стол отправлений (Ф.Н. Шепелинский), справочное бюро, архив (Е.Н. Шилова)[114].
К началу мая 1918 г. в ВЧК было сформировано 5 технических и обслуживающих отделов: казначейский (заведующий Петерс), хозяйственный (заведующий М.Ф. Емельянов), хранилищный (заведующий П.Ф. Сидоров), автомобильный (заведующий Н.И. Якушенко) и санитарный (заведующая А.Н. Терентьева). В июле 1918 г. после назначения Петерса временным председателем ВЧК и отстранения от чекистской работы из-за участия в левоэсеровском восстании Емельянова казначейский и хозяйственный отделы были слиты в единый финансово-хозяйственный отдел, начальником которого назначили бывшего секретаря хозотдела А.Я. Рамана, а заведующими казначейскими и хозяйственными подотделами, соответственно, А.А. Рутенберга (бывшего секретаря казначейского отдела) и П.П. Матросова. Хранилищный отдел, в котором сдавались реквизированные деньги и ценности, был летом 1918 г. на правах отделения передан в отдел по борьбе с контрреволюцией. В оперативном подчинении автомобильного отдела находились воинские отряды самокатчиков и шоферов (его служа