Докладывало руководство водной ЧК и о трудностях, очень характерных для работы всех чекистских аппаратов того времени: «Комиссары затонов не имеют теплой одежды, некоторые совсем раздеты и не могут выполнять своей работы ввиду наступивших морозов. Некоторые сотрудники не посещают занятия за неимением одежды, нет канцелярских принадлежностей: бумаги, лент, перьев. Запрошено неоднократно СибОКТЧК о получении аванса, но ответ таков, что денег в СибОКТЧК нет. По получении из Москвы аванс будет выдан и нам».
В 1922 г. в ходе общей реорганизации органов госбезопасности водный и железнодорожный аппараты были вновь объединены, и на их базе создано Омское линейное отделение Сибирского окружного транспортного отдела ГПУ (ЛООКТОГПУ). В основном оно осуществляло задачи, уже сформировавшиеся в деятельности чекистских аппаратов на транспорте. Так, в мае 1922 г. ЛООКТОГПУ сообщало об уличении командира парохода «Европа» и двух его помощников в соучастии в хищении 23 мешков пшеницы — на одной из пристаней матросами был взломан замок на дверях склада. Часть виновных были задержаны, похищенное обнаружено на пристани Усть-Каменогорска, были установлены личности скрывшихся. В июле 1922 г. отделением были выявлены рабочие — инициаторы забастовки в депо станции Омск.
Продолжалась оперативная работа и в отношении бандформирований. Так, в мае 1922 г. ЛООКТОГПУ в Славгородском уезде были внедрены в повстанческую группу секретные сотрудники. В июле на стыке Семипалатинской, Омской и Новониколаевской губерний была обнаружена банда под руководством Славченко численностью до 200 штыков. «Для ликвидации Славгородским начальником гарнизона, — сообщали чекисты-транспортники, — выслан эскадрон кавалерии. С нашей стороны выслан разведчик, который в случае появления банды должен выявить таковую».
С образованием в 1923 г. ОГПУ претерпели изменения и транспортные аппараты. Омскую железную дорогу обслуживал Дорожно-транспортный отдел (ДТО) ОГПУ с подчиненными ему отделениями (ОДТО) на станциях Тюмень, Купино, Ишим, Курган, Петропавловск и уполномоченными ОГПУ на водном транспорте. В Омске дислоцировался и окружной транспортный отдел ОГПУ Сибири и Дальнего Востока. В 1923–1925 гг. при нем существовала Сибирская школа по подготовке агентов ТООГПУ, готовившая оперативных сотрудников для работы на транспорте.
После окончания Гражданской войны тактика иностранных государств в части ведения подрывной деятельности против Советской России несколько изменилась. Не отказываясь на протяжении всех двадцатых годов от использования непосредственной военной угрозы, иностранные правительства через свои разведывательные службы усилили работу по агентурному проникновению в страну. Используя тот факт, что многочисленные белоэмигрантские организации были настроены на активную борьбу с советской властью, иностранные разведки нацелили их на осуществление диверсий, террористических актов на территории СССР, организацию военного, политического и экономического шпионажа, вербовку агентуры в государственных органах. Создание явок агентов-нелегалов шло в основном по пути использования ими родственных или дружеских связей. Исходя из этого, контрразведывательные отделения органов ГПУ — ОГПУ на местах осуществляли систему сложившихся в этом направлении мероприятий. В их число входили розыскные мероприятия, обыски гостиниц, общежитий, ночлежных домов, установка родственников и близких знакомых лиц, находившихся в эмиграции. Известно, например, что в 1927 г. Тарский окротдел ОГПУ осуществлял мероприятия по выявлению нелегалов по подложным документам среди эстонцев, латышей и поляков, живущих на территории округа.
В феврале 1925 г. тарскими чекистами был задержан бывший житель Муромцевского района Г., бежавший в Китай с колчаковцами и вновь появившийся дома с документами на другое имя.
Во второй половине 1920-х гг. в поле зрения сибирских чекистов попала германская организация «Аусланддойче», которая вела активную работу в местах компактного проживания лиц немецкой национальности. Кроме того, «Аусланддойче» вербовала корреспондентов «для немецких газет» из числа немцев-специалистов, причем было замечено, что гонорар этих газет «сплошь и рядом превышает обычную сумму вознаграждения за газетные статьи». Зарегистрированы были также случаи группировки корреспондентов вокруг отдельных лиц, выполняющих роль резидентов. В конце 1929 г. в Омском округе началось сильное эмиграционное движение немцев-меннонитов, за два месяца выехали более ста семей.
Омским окружным отделом ОГПУ были арестованы девять агитаторов-проповедников и приняты меры к пресечению выезда: прекращена выдача билетов на поезда, для проверки в поездах создавались летучие бригады, снимавшие выезжающих с поездов и водворявшие их к месту жительства.
В 1924–1928 годах КРО ОГПУ были получены сведения об усиливающейся разведывательной деятельности 2-го отдела польского Генерального штаба, отмечалось, что имеющиеся в СССР польские патриотические и религиозные организации превращаются в его ячейки. Значительное количество своей агентуры забрасывал на территорию СССР польский Генштаб и среди перебежчиков — лиц белорусской и польской национальностей, по разным причинам нелегально бежавших из Польши в СССР. В ноябре 1925 г. Полномочное представительство (ПП) ОГПУ по Сибири сообщало, что были зарегистрированы случаи, когда некоторые перебежчики, направленные сюда на жительство, посещают национальные секции местных партийных органов и «выпытывают фамилии партийных работников, заводят несомненно провокационные разговоры о посылке их на закордонную работу».
В июне 1928 г. ПП ОГПУ направило в окротделы письмо, в котором требовало «принять меры через соответствующие партийные и советские инстанции к недопущению возникновений на местах каких-либо организаций и замкнутых групп перебежчиков, не препятствуя, однако, им поступать на службу и заниматься трудом, не входящим в список запрещенных для перебежчиков производств и занятий».
В 1922–1925 годах объектами контрразведывательной деятельности Омского ГООГПУ являлись также расположенные в Омске различные иностранные представительства. Среди них были датское, эстонское и латвийское консульства, эстонская контрольно-оптационная комиссия в Сибири и т. д.
Традиционно активную разведывательную деятельность вела в Сибири и японская разведка. В общей сводке по Сибири ПП ГПУ отмечало в 1922 г., что в связи с выводом своих оккупационных войск из Приморья Япония усиливает разведывательные органы в полосе отчуждения Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД), увеличивает штаты военных миссий, организует шпионские базы под видом пушнинных и других коммерческих фирм, которые, в свою очередь, создают на русском Дальнем Востоке и в Сибири свои отделения. Большинство японских коммерческих фирм действовало себе в убыток. Кроме того, японские разведывательные органы в массовом количестве посылали свою агентуру под видом перебежчиков и репатриантов из числа бывших белогвардейцев. Широкое распространение получили также подставы японской агентуры под видом коммунистов, желающих служить «революции и партии».
В марте 1923 г. Омский ГОГПУ предписывал своему уполномоченному по Тарскому уезду «обратить серьезное внимание на подозрительные торговые фирмы и отдельных представителей, прибывающих с востока. Вести разработку на проживающих в уезде китайских и корейских подданных, так как под их маской скрываются японцы, а также эти национальности определенно ведут шпионскую работу в пользу Японии». Во второй половине 1920-х гг. чекистскими органами Сибири были зафиксированы многочисленные случаи сбора разведсведений японскими дипломатами. Причем им удавалось получать не только устные сведения от официальных лиц, но и знакомиться с технической документацией. Так было, например, в случае с получением японскими разведчиками исчерпывающих сведений о построенном через Иртыш в районе Турксиба мосте.
В апреле 1928 г. ПП ОГПУ Сибирского края отмечало, что имеющиеся данные КРО ОГПУ «свидетельствуют о значительной активности японской разведки. Редкое серьезное политико-экономическое событие в жизни Сибири остается без соответствующего внимания с ее стороны». Японский Генеральный штаб по-прежнему интересовали сведения о дислокации войск в Сибири, личном составе и вооружении, порядке проведения мобилизации, количестве паровозов, требующихся для перевозки войск, и т. д. Анализ полученных данных свидетельствовал об агентурном характере ряда сведений. Было установлено, что для сбора разведывательных данных японцы использовали китайцев и корейцев, проживающих в Сибири. Китайская торговля, как это было и до революции, обосновывалась в районе железной дороги, кроме того, различные военные части нередко заключали с китайцами договоры на поставку овощей, стирку белья и другие услуги. Местным чекистским аппаратам предлагалось взять на персональный учет всех японцев. На оперативный учет брались также бывшие белые офицеры, связанные с Маньчжурией, возвратившиеся в СССР служащие КВЖД, специалисты-востоковеды.
Особой страницей в летописи сибирских органов государственной безопасности стала разработка действовавших на территории СССР Союзов китайских и корейских рабочих и возникавших в их среде нелегальных «тайных братств».
Еще в первой половине 1920-х гг. руководство «Союза китайских рабочих», используя свои связи с Коминтерном (многие китайские лидеры участвовали в Гражданской войне на стороне красных), предпринимало неоднократные попытки формирования вооруженных отрядов, целью которых было ведение партизанской войны в Маньчжурии. В 1923 г. после ряда провокаций Коминтерн отказался от деятельности в этом направлении, руководство Китайского союза в Москве было арестовано органами ОГПУ. По сведениям органов госбезопасности эта работа, однако, не прекратилась. Так, ПП ОГПУ по Сибири сообщало окружным отделам в августе 1925 г., что бывшим председателем Союза китайских рабочих Ти Ши Шеном проводится военно-организационная работа в китайских колониях, для чего в Сибирь и Туркестан им направлены специальные агенты-вербовщики.