Почему были прекращены поиски именно тогда, когда оставался необследованным как раз наиболее вероятный район нахождения затонувшего броненосца, можно только догадываться. Скорее всего, видя, что ажиотаж вокруг пропавшего без вести броненосца начал понемногу утихать, флотское начальство предпочло заняться делами более насущными. В конце концов генерал-адмирал великий князь Алексей Михайлович объявил:
— Задействовав все возможные силы и средства, я убедился, что «Русалку» отыскать немыслимо, если на помощь не придет сверхъестественное счастье.
Поиски броненосца закончились, однако расследование по факту его гибели только набирало обороты. В начале особой комиссией был произведен анализ технического состояния погибшего корабля, итогом которого стал соответствующий акт. Документ гласил, что по своему состоянию «Русалка» была вполне пригодна для плавания в прибрежной зоне еще в течение 18 лет. В 1891 году «Русалка» была поставлена в док, где были произведены необходимые корпусные работы. Тогда же на броненосец поставили новые котлы, рассчитанные на работу в течение 8–9 лет. Водоотливные средства были в полной исправности, их было достаточно, чтобы удалять воду, которая собиралась в трюме через щели в броневых болтах. Из официального заключения следственной комиссии о техническом состоянии «Русалки»: «…Корпус погибшего броненосца, служивший 26 лет, находится в той степени исправности, которая представлялась достаточной для судна, несшего службу в артиллерийском отряде исключительно на Ревельском рейде и имевшего возможность совершить свой переход к месту назначения и обратно при самых лучших условиях погоды… машина, котлы и водосливные средства… находились в исправном состоянии, которое само по себе, без содействия каких-либо побочных обстоятельств, не могло быть причиною гибели броненосца».
После предварительного расследования лично императором Александром III было велено назначить суд по делу «Русалки». В его состав вошли два военно-морских судьи, четыре временных члена в вице-адмиральских и контр-адмиральских чинах, в том числе начальник управления кораблестроения и старший морской флагман Балтийского флота. Председателем суда был определен опытнейший моряк вице-адмирал Пилкин 2-й. Обвинителем выступал младший флагман флота контр-адмирал Скрыдлов. Судебные заседания проходили в Кронштадте с 28 по 30 января 1894 года.
Старший судостроитель Глазырин, прекрасно знавший устройство и техническое состояние корабля, высказал на суде свое предположение, что причиной гибели «Русалки» могло стать попадание воды при особенно сильном волнении через люки в рубках, через закраины кожуха дымовой трубы и зазоры вращающихся орудийных башен. «Русалка» могла перевернуться, если из-за остановки машины ее развернуло бортом к волне. Сильный порыв ветра и мощный водяной вал могли положить ее на борт, вследствие чего броненосец должен был зачерпнуть бортом большую массу воды. Это еще более уменьшало его поперечную остойчивость. С верхней палубы, через имевшиеся отверстия, вода потоком лилась вниз. Нескольких минут было достаточно, чтобы ее скопилось столько, что при очередном крене она перелилась на подветренный борт и сместила центр тяжести корабля настолько, что он перевернулся и пошел ко дну.
Контр-адмирал Скрыдлов считал, что «Русалку» залило волнами в то время, как из-за порчи машины или повреждения руля она потеряла управление. При этом он допускал, что броненосец мог удариться об один из многочисленных камней в шхерах, по инерции пройти вперед и затонуть на глубине.
Взрыв парового котла, как и взрыв боезапаса, эксперты отвергли, поскольку все найденные вещи с «Русалки» были с верхней палубы и их смыло волнами. В случае взрыва были бы найдены и вещи из внутренних помещений.
Отвечая на вопросы обвинителя, контр-адмирал Бурачек заявил, что причиной гибели броненосца стала потеря капитаном 2-го ранга Иенишем ориентации из-за тумана, закрывшего маяки, что вынудило его уменьшить ход, а это сразу же увеличило воздействие на корабль ветра и волн. Командир изменил курс, вследствие чего корабль наткнулся на подводный камень.
30 января суд объявил предварительный приговор, а 14 февраля его окончательную редакцию, которая гласила: «Контрадмиралу Павлу Степановичу Бурачеку, 56 лет от роду, за недостаточную осторожность в выборе погоды для отправления броненосца „Русалка“ и лодки „Туча“ в море, противозаконное бездействие власти и слабый надзор за подчиненными объявить выговор в приказе, а командира лодки „Туча“, капитана 2-го ранга Николая Михайловича Лушкова, 39 лет от роду, за неисполнение приказаний начальника по небрежности и за противозаконное бездействие власти отрешить от должности…»
28 февраля 1894 года приговор утвердил император Александр III. 7 сентября 1902 года, в девятую годовщину гибели «Русалки», в Ревеле был открыт памятник погибшему броненосцу. Автором его стал известный скульптор Адамсон. Инициатором создания памятника выступил начальник Ревельского порта контр-адмирал Павел Вульф.
Столичный журнал «Нива» так описывал церемонию его открытия:
«7 сентября в г. Ревеле происходило торжественное освящение памятника морякам, погибшим на „Русалке“. В описываемый день еще с утра на берегу моря, на бульваре, стал собираться народ Море было особенно бурным и невольно напоминало своим грозным видом о той ненастной поре, когда погибла „Русалка“. Вокруг памятника был выстроен почетный караул из всех частей войск, находящихся в Ревеле. На первом фланге находилась прибывшая из Кронштадта депутация Учебно-артиллерийского отряда и 16-го флотского экипажа, к которым принадлежал экипаж погибшего броненосца В 12 часов дня к памятнику прибыли губернатор, адмирал Вульф, представители дворянства, города, всех учреждений и ведомств, учащиеся всех школ с учителями и родственниками погибших моряков. В половине первого, по прибытии министра Тыртова и адмирала Авелана, послышалась команда снять с памятника завесу. Наступил торжественный момент: полотно, прикрывающее монумент, было сдернуто, и взору собравшихся открылся памятник погибшим морякам».
Памятник «Русалки» никого не оставляет равнодушным. Стилизованный гранитный нос корабля пробивается через неотесанные каменные глыбы, символизирующие штормовые волны. Пьедестал окольцован картушкой компаса, а венчает его бронзовый ангел с крестом в поднятой правой руке. На скале высечены имена погибших и барельеф с изображением тонущего в волнах броненосца. На фронтоне памятника славянской вязью надпись: «Россияне не забывают своих героев-мучеников».
Впрочем, с момента открытия памятника и до сего дня все таллинцы считают, что на пьедестале стоит вовсе не ангел, а сама русалка, которая машет рукой уходящим в море. Удивительно и направление ее руки — норд-ост 23°. Это именно тот курс, которым шла в Цусимский пролив в мае 1905 года Вторая эскадра Тихоокеанского флота, шла, чтобы полностью там погибнуть. Что это: случайное совпадение, озарение скульптора Адамсона или пророчество нечестивой «Топлянки»?
Судьбы людей, имевших то или иное отношение к делу «Русалки» и их потомков, сложились не слишком счастливо. Контр-адмирал Бурачек вскоре после окончания суда был отстранен от должности командира Учебно-артиллерийского отряда и назначен председателем комиссии по производству артиллерийских опытов в Петербурге. В 1899 году его уволили. Спустя несколько лет Бурачек умрет, всеми забытый, от сердечного приступа. Сын Бурачека мичман Павел Бурачек служил в Порт-Артуре флаг-офицером у вице-адмирала Макарова и погиб вместе с ним на броненосце «Петропавловск». Там же, на «Петропавловске», погиб и сын бывшего начальника Ревельского порта контр-адмирала Вульфа лейтенант Владимир Вульф.
Бывший командир канонерской лодки «Туча» капитан 2-го ранга Лушков до конца своих дней крайне тяжело переживал все случившееся. Уже во время суда одна из вдов погибших офицеров бросила ему в лицо: «Убийца!» Чтобы избежать осуждения сослуживцев, он почти сразу предпочел уйти с военно-морской службы и уехать в далекую Нахичевань. Позднее он работал начальником речного порта в Ростове. Однако душевное спокойствие к Лушкову так и не вернулось. С годами у него все чаще стали случаться припадки безумия, во время которых он пытался утопиться. Свой век бывший командир «Тучи» окончил в отделении для умалишенных Кронштадтского военно-морского госпиталя. Умирая, старый капитан шептал, что видит перед собой гибнущий корабль и полуженщину-полурыбу, зовущую за собой в пучину.
Старший сын Лушкова Александр в годы Первой мировой войны служил старшим артиллеристом на линейном корабле «Петропавловск», а затем эмигрировал во Францию. Второй сын Владимир в звании капитана 2-го ранга воевал против Красной армии в составе армии Юденича, затем осел в Таллине. Там в 1940 году был арестован органами НКВД и отправлен в лагеря. Впоследствии вернулся в Таллин, где и умер в 1960-х годах.
Неудачно искавший «Русалку» лейтенант Л.В. Ларионов будет участвовать в несчастливом Цусимском походе на броненосце «Орел», попадет в японский плен. Впоследствии он работал в Центральном музее ВМФ и умер во время Ленинградской блокады от голода.
Обвинитель на судебном процессе по делу «Русалки» адмирал Скрыдлов спустя несколько лет будет не слишком удачно командовать Тихоокеанским и Черноморским флотами. Командуя Тихоокеанским флотом в годы Русско-японской войны, он находился во Владивостоке, а так как весь боевой состав флота был в то время в осажденном Порт-Артуре, то командование Скрыдловым Тихоокеанским флотом было чисто номинальным По одним сведениям, адмирал Скрыдлов умер в 1919 году от тифа в Петрограде, по другим — был в том же году утоплен на барже с другими заложниками во время «красного террора» в Финском заливе. Вдова Иениша, Мария Александровна, коротала свой горький вдовий век в Кронштадте, где и умерла в полной нищете в 1925 году.
Старший сын Иениша Николай после гибели отца был сразу же принят в Морской кадетский корпус, потом воевал в Порт-Артуре и в Первую мировую войну. Затем эмигрировал во Францию, где и умер в 60-х годах. Прошел сквозь горнило Первой мировой и Гражданской войн и младший сын командира «Русалки» Владимир.