В это время молодой хан Золотой Орды Тохта осваивался с ролью правителя одного из самых могущественных государств. Это был способный и амбициозный молодой царь. В душе он наверняка завидовал всесильному Ногаю и мечтал о таком величии и славе, как у него. В отличие от Тула-Буги и Туда-Менгу, он, несомненно, обладал более твёрдым характером и совершенно иным складом ума. Имея желание выйти из подчинения Ногая, он сразу же занялся организацией сильной армии и администрации, как у Ногая. Лидеры оппозиционных кыпчакских и некоторых русских кланов всячески подогревали его самолюбие и настраивали против Ногая. Однако достаточно осторожный хан боялся влиятельного Ногая и, затаив свои коварные планы, пока не торопился и всячески избегал открытого столкновения с Ногаем. В отличие от мудрого Ногая, молодой, неопытный Тохта приверженность к тюркскому единству понимал совершенно примитивно и, по сути, начал формировать новую орду – моноэтническую.
Весь период своей относительной самостоятельности – 80-е и первую половину 90-х годов XIII века – Ногай надёжно сохранял власть, умело играя на противоречиях чингизидов, хулагидов и других игроков мировой политики. Многонациональное население Кыпчакского ханства воспринимало власть Ногая как гарант устойчивости. Неслучайно даже русская часть населения считала своею власть Ногая.
Однако о корыстных замыслах Тохты догадались отдельные лидеры различных кланов и решили воспользоваться ситуацией, играя на амбициях хана. Официальный великий князь Андрей Городецкий в сопровождении нескольких ростовских князей и ростовского епископа отправился к Тохте для возобновления ярлыка и изложил ему свои жалобы на креатуру Ногая – правящего великого князя Дмитрия Переяславского. Последний отказался появиться при дворе Тохты, считая себя вассалом Ногая. Князь Михаил Тверской (сын великого князя Ярослава II) также принял сторону Ногая и для подтверждения своего права на трон направился к нему, а не к Тохте. И князь Даниил Московский (младший сын Александра Невского) тоже отказался появиться при дворе Тохты. Таким образом, разделение властей в Кыпчакском ханстве привело к образованию двух соперничающих групп среди русских князей.
Тохта отказался мириться с подобным положением и предпринял энергичную попытку утвердить своё господство над всей Северной Русью. Он не только признал Андрея Городецкого Великим князем Владимирским, но и уполномочил его и великого князя Фёдора Смоленского свергнуть Дмитрия Переяславского. Как и следовало ожидать, князь Дмитрий не намеревался уступать стола и пренебрёг приказами Тохты. Тогда хан послал в поддержку своих русских вассалов армию под командованием своего брата Тудана, которого русские летописи называют Дюденем. Великое княжество Владимирское заплатило страшную цену за противостояние Дмитрия Тохте. Сам город Владимир, как и большинство городов, включая Москву, был немилосердно разграблен, а земли вокруг полностью разорены (1293 г.). Один лишь город Тверь оказал решительное сопротивление захватчикам; чтобы справиться с ним, Тохта направил ещё одну ордынскую рать под предводительством Тохтамира, которая принесла много несчастий тверичам.
Тем временем Дмитрий Переяславский бежал в Псков и вступил в переговоры с Андреем. Было достигнуто временное перемирие. Вскоре после этого Дмитрий умер, и Андрей Городецкий был признан Великим князем большинством северорусских земель.
Занятый на балканах, Ногай на сей раз не имел возможности вмешиваться в русские дела, но всё же решил напомнить, что высшая власть в делах в Кыпчакском ханстве принадлежит ему. Хорошо понимая, какие силы стоят за Тохтой, благодаря какой поддержке он позволял себе такие решительные действия, Ногай решил повлиять на хана Тохту и приостановить его неразумную политику. В 1293 году он отправил главную жену Байлак-хатын ко двору. Согласно царскому этикету, жена Ногая была принята с должным почётом, с подношением дорогих подарков. Только через несколько дней, после того как она попировала, дозволялось спросить у высокой гостьи причину её прибытия. Она ответила: «Отец твой говорит тебе, что на пути твоём осталось ещё несколько терний, так ты очисть его!» Она назвала имена двадцати трёх эмиров, которых, по приказу Ногая, нужно казнить. Тохта не посмел ослушаться Ногая и скрепя сердце вынужден был подчиниться. Как передают источники, Тохта вызывал каждого по очереди и всех казнил, одного за другим. Устранение наиболее одиозных фигур и непримиримых врагов на некоторое время успокоило Ногая. Теперь он мог вновь переключиться на балканские дела.
Однако затишье продолжалось недолго. С середины 1290-х годов до Ногая доходили вести, что при дворе повзрослевшего Тохты стало расти недовольство всевластием западного юрта. В центре его оказались ранее вполне лояльные Ногаю Салчидай-нойон Конгырат, женатый на Беклемыш-ака, внучке Тулуя; дед Тохты по матери и одновременно сват Ногая (его сын был женат на дочери Ногая Кабак-хатун), по всей видимости, имевший достоинство беклярбека, и потомок Шибана, полководец Тама-Токту. Располагая достоверными сведениями о кознях Салчидая, Ногай потребовал удалить Салчидая от ханского двора, на что Тохта ответил отказом. Враждебность между Салчидаем и Ногаем усилилась из-за Кабак-хатун, которая, будучи мусульманкой, стала жаловаться отцу на притеснения со стороны мужа, который всячески препятствовал соблюдению ею исламских обрядов. В условиях нарастания напряжённости супруге Ногая удалось уговорить нескольких эмиров Тохты перекочевать к Ногаю, который радушно принял их и даже за одного из них, Таза, выдал замуж свою дочь Тугулчу. Тохта предъявил Ногаю требование вернуть беглецов, но тот потребовал на это выдать ему Салчидая, его сына Яйлага и Тама-Токту. Тохта, естественно, отказал, заявив посланцам Ногая: «Он мне как отец и воспитатель, и он старый нойон, как же я отдам его в руки врага?» Не достигнув между собой согласия, Ногай и Тохта решили не уступать друг другу. Тохта же под влиянием своего близкого окружения стал ещё сильнее тяготиться могуществом Ногая и решил избавиться от него.
Он отправил к Ногаю посла и вместе с ним послал соху, стрелу и горсть земли, заложив в них тем самым скрытый смысл. Ногай без труда разгадал его намёк, объяснив своему окружению: сохой он хочет достать нас из-под земли, стрелой достанет даже в небе, а что касается земли, то он ждёт, чтобы ему назвали место, где мы сразимся. Отпуская посла, он сказал: «Наши кони хотят пить, и мы их напоим водою из Дона».
Раз Тохта желает сразиться с ним и так явно хлопочет о войне, то Ногай решил удовлетворить стремления молодого хана. Для этго Ногаю не потребовалось много времени. Под его началом находилось множество туменов, преданных ему предводителей: Таз, сын Мунджука, который был уже его зятем; Тунгуз, сын Каджана; Абаджи, сын Курмыши; два его брата – Каранджин и Янджи; Маджи, Судун, Аладж, Сангай, Кушуб, Салгай, Ашык, Кунджук, Шубуткай, Теркер, Кутлубуга, Могултай – которые по первому зову Ногая мобилизовали двухсоттысячное войско. В сумерках они двинулись к реке Яса (Аксай), лежащей между владениями Тохты и Ногая. По свидетельству египетского историка Рукн-ад-Дина Бейбарса, у берегов реки Яса при первом же сражении превосходящие силы Ногая разгромили авангард войск Тохты, которые, не выдержав натиска ногайских воинов, пустились наутёк. Дойдя до реки Дон, Ногай дал Тохте возможность скрыться с остатками своих войск, не разрешив своим воинам преследовать его. Вдоволь напоив своих коней водой из Дона, Ногай приказал своим войскам вернуться назад.
В этот период столкновение с Тохтой и дальнейшее продолжение войны с ним было невыгодно, это отнимало у Ногая силы и время. В этот период он был занят ограничением продвижения генуэзцев вглубь Крыма. С начала XIII века генуэзские купцы начали всё активнее создавать в Крыму и в Приазовье свои колонии. Основным видом деятельности генуэзских купцов являлась, конечно, торговля. Однако по мере продвижения они начинали заниматься и работорговлей, и постепенно на Чёрном море образовался крупнейший невольничий рынок.
В городе Солдайе (Судаке) генуэзцы впервые появились с разрешения кыпчаков в 1206 году и совместно с кыпчакскими купцами вели торговые дела. В дальнейшем, оказав помощь Михаилу Палеологу в борьбе с Римом, генуэзцы получили исключительное право торговли на Чёрном море. С XIII века Чёрное море стало доступным и для итальянских купцов. С 1260-х годов они начинают активную торговлю в Крыму и на других территориях Кыпчакского ханства. В 1266 году они получают разрешение от хана Кыпчакского ханства основать торговую факторию и колонию в Каффе, на месте старой (античной) Феодосии, с условием платить ему пошлины за ввоз и вывоз товаров и с предоставлением всем купцам права покупать и продавать на этой земле привозимые из других стран товары. Благодаря окружению кыпчакских, византийских и иных владений разворачивается бурная торговля, и город становится столицей генуэзских владений в Крыму. По мере разрастания их богатств генуэзские купцы решили поставить Крымский полуостров и Приазовье под свой контроль. Опираясь на важный торговый форпост, Генуя теперь проводила политику, направленную на достижение торговой монополии в Причерноморье. Византийцев возмущали действия генуэзцев, ведь «…задумали они немало, они желали властвовать на Чёрном море и не допускать византийцев плавать на кораблях, как будто море принадлежит только им».
Ногай, проанализировав крымскую ситуацию со своими советниками, понимал, что пришло время остановить дальнейшее продвижение генуэзских купцов. Чаша терпения переполнилась, когда стало известно, что в Каффу из Генуи был послан первый консул, а город принял специальный устав, и Каффа стала самоуправляющейся городской коммуной. К тому же генуэзцы недобросовестно платили пошлину и налоги. Ногай намеревался призвать к порядку генуэзских купцов. После разгрома войск хана Тохты Ногай в 1298 году направил в Крым своего внука Ак-тайджи в сопровождении эмира Таш-Тимура. Прибыв в Солхат, Ак-тайджи послал весточку купцам в Каффу о своём приезде и целях прибытия. Однако, как только он вступил в Каффу, посланец Ногая был вероломно убит, отравленный ядом из рук генуэзских купцов.