Весь огромный участок Ломоносова делился на две неравные части. Меньшая примыкала к парадному ансамблю зданий. Бо́льшую же часть участка занимал регулярный парк с крытыми зелеными аллеями, стрижеными деревьями, кустарниками и молодым фруктовым садом.
Великий русский ученый прожил на правом берегу реки Мойки восемь лет. Со своим любимым домом у Михаила Васильевича связаны многие интересные научные исследования и исторические события. Здесь, под сенью своих любимых пенатов, он переживал радостные минуты больших открытий, жизненных удач и горечь от происков давних недругов, приступов слабости от подкрадывающегося к ученому нездоровья. В обустроенной по последнему слову техники тех далеких времен научной обсерватории, расположенной в саду дома, Ломоносов вел собственные регулярные астрономические наблюдения. После зрительной «обсервации» редкого небесного феномена, наступившего 26 мая 1761 года (прохождения Венеры между Солнцем и Землей), Ломоносов впервые в истории мировой науки сформулировал программу наблюдения прохождения Венеры по Солнцу с точки зрения несуществующей еще в те времена науки – астрофизики.
Несмотря на все несовершенства своего оптического инструмента, М. В. Ломоносову удалось в своей домашней обсерватории на Мойке сделать сенсационное мировое открытие, ставшее новым словом в науке, – он впервые обнаружил, что Венера «окружена знатной воздушной атмосферой, таковою, какова обливается около нашего шара Земного».
Сюда, в дом ученого на Мойке, приходили известия об избрании его почетным членом Шведской академии наук, почетным членом Петербургской академии художеств и Болонской академии наук.
Вступившая на российский престол 28 июня 1762 года в результате «петербургского действа» Екатерина II была возмущена одой Ломоносова, преподнесенной в день ее коронации, в которой ученый осмелился давать советы державной императрице:
Услышьте, судии земные
И все державные главы:
Законы нарушать святые
От буйности блюдитсь вы
И подданных не призирайте,
Но их пороки исправляйте
Ученьем, милостью, трудом.
Вместите с правдою щедроту,
Народну наблюдайте льготу:
То Бог благословит вам дом.
Тогда Екатерина Алексеевна предпочла не заметить советов Ломоносова, включенные им в оду, но «милости» сыпавшиеся дождем от новой императрицы, ученого совершенно не коснулись. Более того, Екатерина II произвела в статские советники заклятого врага Михаила Васильевича в Академии наук – Тауберта, ставшего чином выше талантливого ученого. 28 января 1762 года новоиспеченный статский советник, не скрывая своего торжества, объявил во всеуслышание, что Ломоносов отстранен от руководства Географическим департаментом Академии. Затем 2 мая 1763 года Екатерина II направила указ Сенату: «Коллежского советника Ломоносова жалуем мы в статские советники и вечною от службы отставкою с половинным по смерть его жалованьем».
Однако скоро императрица поняла, что с указом об отставке великого русского ученого она поторопилась. По «Грамматике…» М. В. Ломоносова тогда учились все русские люди, по его «Риторике» они овладевали искусством родного слова, по его правилам стихосложения создавались стихи русскими поэтами. Открытия М. В. Ломоносова в физике, химии, геологии, оптики, метеорологии, астрономии признаны были во всем мире, его слава давно перешагнула за пределы государства Российского. Научившаяся соразмерять и рассчитывать свои действия с их возможными негативными последствиями, императрица вовремя поняла, что отстранить от Академии ученого, признанного авторитета среди академиков зарубежных государств, значило бы для нее скомпрометировать себя перед лицом мировой и русской общественности и известных просветителей Франции, Германии и Швейцарии, с мнением которых она так всегда считалась и даже периодически советовалась с ними.
Поэтому Екатерина II своевременно опомнилась и 13 мая 1763 года, после своего опрометчивого решения, делает срочный запрос: «Если Указ о Ломоносова отставке еще не послан из Сената, то сейчас его ко мне обратно прислать», а затем, выдержав в приличествующую случаю временную паузу, императрица в конце того же года жалует Ломоносову чин статского советника с годовым окладом в 1875 рублей. Спустя шесть месяцев она предпринимает следующий примиренческий дипломатический шаг – 7 июня 1764 года императрица в окружении фаворитов и придворных сама приезжает к Ломоносову домой на набережную Мойки. «Санкт-Петербургские ведомости» с широким размахом описали визит Екатерины II в дом ученого на Мойке: «Императрица с двором изволила осмотреть производимые ученым работы мозаичного художества для монумента вечнославныя памяти Петра I». Умудренный Ломоносов не обольщался видимыми знаками внимания со стороны Екатерины II, тем более что в Академии с ее приходом к власти подняли головы и весьма оживились его заклятые враги, а прежние покровители ученого постепенно, один за другим оттирались в сторону новыми фаворитами царицы. Он продолжал работать и публиковать результаты своих ученых деяний, способствующих славе отечественной науки.
Подытожив свой научный путь, Михаил Васильевич писал 30 января 1761 года в письме своему доброму приятелю Теплову, считая, что природа дала ему «терпение и благородную упрямость и смелость к преодолению всех препятствий к распространению наук в Отечестве…».
Весной 1765 года Ломоносов тяжело заболел. Понимая безысходность своего положения, академик мужественно встретил последний день своей жизни, сумев оставить письмо близким и своим верным друзьям: «Я не тужу о смерти, пожил, потерпел и знаю, что обо мне дети Отечества пожалеют. Жалею только том, что не мог я свершить всего того, что предпринял я для пользы Отечества, для приращения наук и для славы Академии, и теперь, при конце жизни моей должен видеть, что все мои полезные намерения исчезнут вместе со мной…». Гений русской науки скончался 4 апреля 1765 года в пятом часу дня.
Не все знали, что Михаил Васильевич являлся не только разносторонне талантливым ученым с мировым признанием, но и изобретателем, мастером на все руки. Но лишь узкий круг друзей и коллег знал его как заядлого коллекционера и собирателя редких книг. Его домашняя библиотека в доме на правом берегу реки Мойки считалась одной из лучших и ценных в Санкт-Петербурге. В ней хранились уникальные экземпляры старинных книг, напечатанных в разных странах, древних художественных альбомов, старинных гравюр и офортов. Знавшие о его страстной любви к собирательству книг высоко ценили его домашнюю библиотеку и даже завидовали ее владельцу.
В связи с этим уместно упомянуть, что через несколько дней после смерти М. В. Ломоносова представители Академии наук отправились на Мойку к его наследникам, чтобы забрать для академического архива его научные бумаги и, конечно, библиотеку академика. Однако, к их огромному удивлению, растерянные близкие покойного с извинениями рассказали представителям Академии, что все рабочие помещения Михаила Васильевича и его комнату с библиотекой опечатали по высочайшему распоряжению. К этому краткому сообщению тогда более не было добавлено ни одного слова. Таинственное исчезновение библиотеки и архива академика М. В. Ломоносова оставалось многие годы тайной за семью печатями. Лишь в советское время завеса таинственности стала постепенно приоткрываться. В результате научного поиска исследователя Елены Сергеевны Кулябко оказалось, что наследники Ломоносова по личному указанию Екатерины II вынуждены были продать библиотеку русского ученого фавориту императрицы и одному из главных участников дворцового переворота 1762 года графу Григорию Григорьевичу Орлову, после которого ее владельцем становится великий князь Константин Павлович. Книжные раритеты Ломоносова позже унаследовал его внебрачный сын – флигель-адъютант П. К. Александров, которого больше интересовали военные дела, а не книги. В 1832 году часть книг из коллекции М. В. Ломоносова (юридическая литература и раритеты по истории Прибалтики) он презентует Дерптскому университету (ныне – Эстония, город Нарва), а остальные книги дарит Александровскому университету Финляндии. После подобного открытия Е. С. Кулябко в Хельсинки в научную командировку отправили опытного сотрудника Архива Академии наук СССР Юлию Платоновну Тимохину, которая взяла с собой книгу сотрудника Института русской литературы (Пушкинского дома) доктора филологических наук Г. Н. Моисеевой «Ломоносов и древнерусская литература», послужившую тогда советскому архивисту своеобразным справочным пособием.
Суть дела заключалась в том, что профессор Г. Н. Моисеева, работая в архивах Ленинграда, Москвы и Киева, длительное время специально находила издания и рукописи, на которых сохранились своеобразные для Ломоносова отметки (маргиналии). В обширном «Приложении» к своей книге ленинградский ученый дала список многочисленных фотокопий с типичными ломоносовскими пометами на книгах. Поэтому Ю. П. Тимохина пользовалась в Хельсинки этими фотокопиями как справочным пособием и довольно легко идентифицировала хранящиеся в библиотеке финского университета фолианты книг из библиотеки ученого. В этой заграничной научной командировке в Хельсинки архивист Ю. П. Тимохина сумела обнаружить в финском Александровском университете 57 экземпляров книг из персонального собрания М. В. Ломоносова. 28 июня 1977 года президент Академии наук Анатолий Петрович Александров и ректор Хельсинкского университета профессор Эрнст Пальмен завизировали своими подписями исторический акт передачи финским университетом в дар советской Академии наук комплекта старинных книг из библиотеки М. В. Ломоносова. В своем выступлении на церемонии передачи раритетных фолиантов в Ленинград Эрнст Пальмен демонстративно акцентировал, что «подобный шаг предпринят как свидетельство высокого уважения к русской и советской науке, как вклад в научное и культурное содружество СССР и Финляндии».
После смерти М. В. Ломоносова в 1765 году участок, дом и хозяйственные строения на правом берегу реки Мойки переходят по наследству его единственной дочери – Елене Михайловне, вышедшей замуж за переводчика, а позже – личного библиотекаря Екатерины II Алексея Алексеевича Константинова. Следует упомянуть, что при своей жизни М. В. Ломоносов неоднократно отказывал в благословлении молодых людей, и потенциальный жених – выпускник столичного Университета и сын протопопа несколько раз уходил из дома на Мойке, получив очередной решительный отказ несговорчивого отца своей любимой. Свадьба молодых людей состоялась уже после кончины ученого. Брак оказался счастливым, и в доме на Мойке вскоре зазвенели голоса и смех внуков М. В. Ломоносова. У четы Константиновых родились три красавицы дочери и сын.