Создаваемую книгу Золя определяет как «довольно короткий роман страсти, с очень небольшим количеством действующих лиц, очень простой». В этом письме любопытно замечание Золя о том, что новый роман «будет в некотором роде заключением серии „Ругон-Маккары“, но заключением не совсем, как бы сказать, окончательным, в точном смысле этого слова, так как здесь, на земле, ничто, в сущности, не кончается». Золя, конечно, имеет здесь в виду главную философскую идею романа, благодаря которой двадцатитомная эпопея, содержащая столь многочисленные картины «безумия и позора», должна была завершиться оптимистическим аккордом, — идеей бесконечности и благости жизни, оправданной в себе самой и непрерывно очищающейся от скверны.
Золя, являвший собой пример дисциплины и организованности в творческом труде, с точностью до дней знал, сколько времени займет у него работа над романом. В уже цитированном письме от 25 января 1893 года он извещает Сантен-Кольфа, что начал писать роман 7 декабря и закончит его в половине мая, начнет печатать его 18 марта в «Ревю Эбдомадэр» («Revue Hebdomadaire») и закончит в субботу 17 июня, а около 20 июня роман появится отдельной книгой у издателя Шарпантье. Золя точно выполнил этот план: 7 мая 1893 года была написана последняя строка романа. Печатание его также состоялось в предусмотренный срок. Уже первые публикации в «Ревю Эбдомадэр» вызвали бурные нарекания ряда читателей из числа ярых противников натуралистической школы и ее главы. По их требованию издатели Плон, Нурри и К° ограничили печатание романа частью тиража, заменив его в остальной части другим романом.
21 июня 1893 года издатели Шарпантье и Фаскель устроили в Булонском лесу празднество в честь выхода романа «Доктор Паскаль» и окончания «Ругон-Маккаров». На банкете председательствовал Раймон Пуанкаре, в ту пору молодой министр народного просвещения. Через несколько недель Золя был награжден орденом Почетного легиона. Этим заигрыванием с авторитетным писателем, беспощадным критиком буржуазного общества, правительство буржуазной Третьей республики хотело продемонстрировать свою «радикальность» и снискать себе популярность в демократических кругах. Реакционеры, злобно ненавидевшие Золя, возмутились этим жестом республиканских властей. О степени их озлобления свидетельствует статья Э. Дрюмона в «Либр Пароль» («Libre Parole»): «…Вы осмеливаетесь, г-н Пуанкаре, предоставить почетный знак, обрывок славного пурпура, писателю, который изобразил Мукетту, показывающую свой зад, описал противоестественную связь Нана и Атласной. Г-н министр, вы просто смешны».
Работа над романом шла быстро, так как к тому моменту, когда Золя стал писать его первую страницу, у него на столе, как всегда, уже лежала объемистая пачка подготовительных материалов. Эти предварительные записи, хранящиеся в Национальной библиотеке в Париже, содержат уже все существенные компоненты романа. Сюда занесены данные, необходимые для правдивого, с точки зрения натуралистической эстетики, изображения «среды» и обстоятельств действия, обильные сведения по различным важным для романа вопросам, почерпнутые из книг, сообщений компетентных специалистов и личных наблюдений. Здесь же мы находим окончательный план произведения, полную характеристику персонажей, заметки философского рода. Непосредственному созданию самого романа предшествовало составление его наброска, резюме отдельных глав с указанием времени, необходимого для их написания, и полной «канвы» (т. е. подробного конспекта по главам). Последние документы, однако, в архиве Золя в Национальной библиотеке отсутствуют. Изъятые оттуда по неизвестной причине, они попали за границу, дважды, в 1925 и в 1927 годах, продавались за большую сумму с аукциона и, оказавшись в чьем-то частном владении, бесследно исчезли для всех изучающих творчество Золя.
На подготовительной стадии Золя делает новые записи о Плассане, вымышленном южном городе, который уже не раз был местом действия романов серии, составляет подробный план усадьбы Сулейяды, собирает сведения, касающиеся различных финансовых махинаций, чтобы описать аферу с состоянием Паскаля. Клиническую картину развития грудной жабы он заимствует из учебника терапии профессора Дьелафуа, а для описания кончины Паскаля использует рассказ о смерти бывшего премьер-министра Жюля Ферри, умершего в начале 1893 года. Терапия, применяемая Паскалем в 1873 году, воспроизводит медицинскую практику того времени, когда создавался роман. Так, подкожные впрыскивания нервного вещества — это не что иное, как нашумевший в ту пору метод известного французского физиолога Броун-Секара. Дальнейшее развитие этого метода — впрыскивание воды, а также разработка законов гиподермии были осуществлены доктором Морисом де Флери, который показал на практике, что дистиллированная вода оказывает то же действие, что и препарат Броун-Секара — «секардин» и нервная вытяжка К. Поля. Впоследствии Морис де Флери опубликовал свои свидетельства относительно источников, использованных по этим вопросам Золя. Ряд других медицинских сведений доставили романисту видный естественник Пуше и психиатр Моте (последний положительно, хоть и с оговоркой о малой возможности такого случая, ответил на вопрос, возможно ли внезапное пробуждение сознания у старухи ста пяти лет, около четверти века пребывающей в безумии).
«Доктор Паскаль» был задуман как роман во славу науки, познания законов бытия неутомимо ищущим интеллектом ученого. Преклонение перед наукой, как средством проникновения в самую сокровенную сущность человеческой жизни и активного воздействия на ее развитие, определило всю деятельность Золя — писателя и мыслителя. Хорошо известно, под какими влияниями сложилась эта философская концепция Золя, преломившаяся в стремление построить на научной основе и эстетику, создать научный, «экспериментальный» роман. Ошеломительные успехи естественных наук, развитие позитивистской философии, видевшей в переходе к научному мышлению путь к разрешению всех задач, стоящих перед человечеством, — вот те факторы, под воздействием которых сложилась концепция «научного» романа, сформировавшаяся у Золя еще до начала работы над задуманной серией. Впоследствии свои идеи о построении художественного творчества на научной основе он развил в ряде теоретических работ, собранных в сборниках «Романисты-натуралисты», «Экспериментальный роман», «Кампания» и др., опубликованных, главным образом, в начале 80-х годов.
Теперь проблема роли науки в жизни человеческого общества составила самое содержание романа, естественнонаучное исследование стало объектом художественного изображения. Золя снова обращается к источникам по этому вопросу. Он делает длинные выписки из статьи Мельхиора де Вогюэ о философе-позитивисте Эрнесте Ренане, чья книга «Будущее науки» проникнута пафосом прославления научного познания. Вогюэ так излагает концепцию Ренана: «Вселенная подчиняется неизменным законам, отступления от этих законов быть не может. Будущее человечества в прогрессе разума, в помощи науки. Единственный способ научного познания — индуктивный. В первом ряду стоят естественные науки, затем — исторические, поскольку они пользуются аналитическими методами естествоиспытателя или химика. Познание истины при помощи науки есть тот высший идеал, к которому должен стремиться каждый человек. Все, за исключением истин научных, лишь химеры и суета сует, истины эти трудно познаются, но никогда не пропадают».
Разрабатывая замысел серии, Золя, под влиянием концепции Ипполита Тэна, пришел к убеждению, что определяющими регуляторами психики и деятельности человека являются наследственность и среда. Действие этих факторов он решил показать на судьбе рода Ругон-Маккаров.
Находясь в круге идей позитивистской философии, Золя придал чрезмерно большое значение физиологическому началу и склонен был считать, что от него, главным образом, зависит эмоционально-психический склад и поведение человека.
Еще в конце 60-х годов Золя тщательно изучал научные труды по физиологии и медицине.
Особенную роль для формирования его представлений сыграли труды знаменитого Клода Бернара «Введение в изучение экспериментальной медицины» и «Лекции по экспериментальной физиологии в приложении к медицине», исследование Шарля Летурно «Физиология страстей» и сочинение доктора Проспера Люка под названием «Философский и физиологический трактат о естественной наследственности». В романах серии, однако, биологический фактор — дурная наследственность в роду Ругон-Маккаров — играет весьма малую, подчиненную роль.
Характеры персонажей определены в основном социальной средой, и даже в качестве наследственных признаков им приданы такие особенности, которые могли быть порождены только общественными условиями. В книге «Экспериментальный роман» Золя писал: «Я полагаю, что вопрос наследственности оказывает сильное влияние на интеллектуальную и эмоциональную деятельность человека. Я придаю также большое значение среде. Когда-нибудь физиология объяснит нам механизм мысли и страсти. Мы узнаем, как функционирует индивидуальный организм человека, как он думает, как любит, как приходит от разума к страсти и к безумию. Но эти процессы совершаются не изолированно, не в пустоте, человек живет не один, а в обществе, в социальной среде, а потому для нас, романистов, приобретает значение социальная среда, постоянно изменяющая эти явления. Больше того, главный предмет нашего изучения — это постоянное воздействие общества на человека и человека на общество».
Таким образом, даже самые физиологические особенности человека Золя ставил до известной степени в зависимость от общественных условий жизни.
Но так или иначе, в своем последнем романе он решил поручить главному герою изучение проблемы наследственности на примере рода Ругон-Маккаров, показать, какими сочетаниями психо-физических признаков, унаследованных от предков, определяются характеры и судьбы членов этого семейства. В интервью журналисту Луп де Роберу Золя сообщал: «Прежде чем начать „Доктора Паскаля“, я хотел знать, какой путь совершил вопрос о наследственности п