В ночь на 23 марта из Новороссийска ушел английский транспорт «Бургмейстер Шредер», взяв на борт почти 5 000 человек. В это же время, закончив погрузку войск из Новороссийска, ушли пароходы «Анатолий Молчанов» с более чем тысячью пассажиров, а также зафрахтованный донским правительством пароход «Дунай» с чинами донских правительственных учреждений и отступившими от Анапы казаками Атаманского полка, общим числом в 900 человек. В этот же и последующий день с пассажирами на борту взяли курс на Крым русский пароход «Лазарев», австрийский «Буени» и несколько других небольших судов.
Почти всех раненых, находившихся в госпиталях Новороссийска, все же удалось вывезти, но прибывающих с войсками ожидала нелегкая участь. В нескольких километрах от города санитарные поезда с тяжело раненными солдатами и офицерами застряли, а медперсонал их разбежался.
Верховное командование ввиду стремительно развивающихся событий скорректировало план эвакуации войск, отведя для нее два дня и одну ночь. Теперь основную массу соединений и частей нужно было принять в порту Новороссийска 26 марта с утра и быстро погрузить их первую партию. Во второй половине дня по расчету должны были сниматься с обороняемых участков уже арьергардные части и тоже прибывать в порт, свои последние позиции они занимали в 3—5 километрах от городских окраин. На левом фланге находилась небольшая часть корниловцев и 3-й полк дроздовцев, правее их, у Борисовки и на дороге из Тоннельной — алексеевцы и спешенная конница — недавно сведенные в бригаду кавалерийские дивизии генералов П.В. Чеснакова и И.Г. Барбовича. С юга и юго-востока оборону заняли донские части: 6-я, 8-я партизанские дивизии и 7-я конная бригада. Ставка на конницу и донцов была не случайной. Кавалерийские части могли быстро сняться и успеть на погрузку, а донцам все равно кораблей не хватало, они могли рассчитывать только на счастливый случай. В самом городе два батальона 1-го офицерского генерала Маркова полка, в который были сведены все остатки дивизии, едва насчитывавшей 350 человек, несли службу по охране порта и ставки Верховного главнокомандующего.
Как и было указано в приказе, после обеда к порту начали подходить арьергардные части. Отход их происходил неорганизованно, вперемешку с другими запоздавшими частями. Батальон марковцев прибыл в порт, бросив позиции севернее бухты к 16.00, и именно с этого направления рано утром на следующее утро красные ворвались в порт. Поздно вечером прибыли корниловцы, которые держали фронт у тоннеля, и почти вместе с ними появились подразделения Самурского полка. В тот же день станцию Тоннельная, которая уже находилась под артиллерийским и пулеметным огнем, покинули три последних бронепоезда белых. Однако дальше станции Гайдук, находящейся в 10 километрах от Новороссийска, они продвинуться не могли. Дальше, до самого города, пути уже были заняты плотно стоявшими эшелонами, которые не могли продвинуться к железнодорожному вокзалу. Бронепоездные команды бросили их и пешком направились в порт, прибыв туда в 23. 00. Однако транспорт № 412, предназначенный им, уже три часа назад покинул причал.
Основная шоссейная дорога, которая вела в Новороссийск, стала не проходимой тоже. Она была забита беженскими обозами, артиллерией, повозками. Связь между ставкой и войсками была нарушена и кое-как поддерживалась только конными ординарцами. Чтобы облегчить отход арьергардов, английский линкор «Император Индии» периодически вел огонь 343 мм. снарядами по районам, прилегающим к железной и шоссейной дорогам, а также по окрестным высотам. Огонь был достаточно эффективным. Снаряды образовывали огромные воронки и оказывали сильное психологическое воздействие на противника. По этой причине красноармейцы опасались высовываться из-за высот и поворотов дороги, что снижало темпы их наступления. Под прикрытием английских кораблей, а также французского крейсера «Вальдек Руссо» и одной своей батареи части сводно-кавалерийской дивизии, находившиеся у шоссейной дороги из Абрау-Дюрсо, смогли удерживать позиции до исхода дня 26 марта.
Корниловцы и алексеевцы засветло бросили позиции и устремились тоже в порт. На фронте оставались только казаки 1-й Донской дивизии генерала Дьякова, Партизанская дивизия и сводная дивизия генерала Барбовича. С высот они видели, как постепенно опустел город. Обыватели, опасаясь возможных уличных боев и грабежей, позакрывали все дома, лавки и магазины, только порт и прилегающие к нему улицы представляли из себя людской муравейник. Там во всю шла погрузка на корабли, именно там теперь, а не на фронте разворачивались главные драматические события. Это понимал и руководивший обороной Новороссийска генерал А.П. Кутепов. Он, поскольку почти все его части были уже в порту, передал полномочия на фронте своему начальнику штаба и тоже убыл туда. Вскоре в город увел свою дивизию и генерал И.Г. Барбович, оставив на позициях подчиненную ему кавалерийскую бригаду генерала П.В. Чеснакова.
Непосредственно в порту все находившиеся там люди двигались к причалам, протиснуться можно было только верховым, и сзади них выстраивались цепочки людей, чтобы таким образом приблизиться к кораблям. В порту и на железнодорожной станции горело множество вагонов, нефтехранилище и просто костры, где сжигалось все то, что обременяло движение. Те военные, кто решил остаться, занимались откровенным грабежом, особым вниманием пользовались склады со спиртными напитками и цистерны со спиртом. По мере заполнения корабли уходили в открытое море, ушел приспособленный под госпиталь пароход «Владимир», взяв на борт 983 раненых и больных. Примерно столько же взял на борт и пароход «Тигр».
Всего надо было вывезти около 100 000 человек. Но эта цифра обозначилась только в последний день, так как до этого твердое намерение эвакуироваться изъявляли только «добровольцы». Они и действовали соответствующим образом. Выделенных им кораблей тоже не хватило, и они стали захватывать их у других — силой завладели пароходом «Дунай», а последовавшие их примеру кубанцы отобрали у донцов «Аю-Даг». Но только у тех кораблей, где грузились «добровольцы», наблюдалось некое подобие порядка. Команды от их частей прибыли в порт заблаговременно, перед проходами к кораблям они установили заграждения с пулеметами и выставили часовых, а те никого другого, кроме своих однополчан к сходням не пропускали. Например, когда несколько посторонних человек попытались проникнуть на пароход к корниловцам, то их просто сбросили за борт. Были даже случаи, когда в воду сталкивали носилки с ранеными.
Зная, что кораблей всем не хватит, Деникин распорядился принимать на борт только офицеров и тех, кому угрожает реальная опасность в плену у красных. Даже раненых, которым не хватило госпитальных судов, решено было оставить в Новороссийске. Терзаемые угрызениями совести некоторые офицеры, пройдя на корабль, стали потом с помощью веревок поднимать на палубу и своих солдат. Так была погружена значительная часть солдат 3-го Дроздовского полка. Их командир, однорукий полковник В.В. Манштейн только 26 марта к вечеру прибыл в порт и хотел самовольно разместить остатки своего полка на транспорт, который был предназначен для Алексеевской дивизии. Однако ее начальник — генерал А.Н. Третьяков был категорически против, заявив, что свободных мест больше нет. Тогда полковник Манштейн вызвал генерала на дуэль и, когда тот отказался, стал стрелять в него, но не прицельно. Потом сказал, что все равно пристрелит его в Севастополе «как собаку».
Свою угрозу Манштейн не осуществил, генерал Третьяков в Крыму застрелился сам. Став начальником Марковской дивизии, он не удачно провел с ней ряд боев в Заднепровье и был снят Врангелем с должности. Получив телеграмму о своем назначении комендантом крепости Керчь, генерал Третьяков покончил с собой. Кстати сказать, и сам Манштейн тоже ушел из жизни таким же образом. После Гражданской войны он, став к тому времени начальником Дроздовской дивизии, вместе с ней переехал в Галлиполи, а оттуда в Болгарию. Проживал в Софии, где, будучи одноруким инвалидом, очень нуждался и в 1928 г. покончил жизнь самоубийством.
Как уже ранее отмечалось, в Новороссийске, накануне его сдачи красным, скопилось большое количество офицеров. Это были те, кто не стал возвращаться в свои части после излечения в госпитале, или после окончания командировки и просто дезертиры. Некоторые из них, потеряв надежду эвакуироваться организованно, сколотили свои команды для захвата кораблей. На этой почве в порту имели место несколько вооруженных столкновений. Пожалуй, в самом критическом положении оказалась Донская армия. Не сумев, по объективным причинам, эвакуироваться с Таманского полуострова, она оказалась вне расчетов штаба Деникина для получения мест на кораблях. Сказалось и то, что командующий Донской армией генерал В.И. Сидорин при разговоре с Деникиным накануне эвакуации сказал, что ему потребуется всего 5 000 мест на кораблях. Когда же в Новороссийск на погрузку прибыла вся армия без одного корпуса, он стал говорить, что, называя эту цифру, имел в виду только офицеров, и стал требовать, чтобы эвакуировали всех.
Деникин напомнил ему его недавнее заявление и ввиду отсутствия кораблей предложил на выбор три варианта выхода из положения. По первому, он должен сменить всех, кто защищает Новороссийск, дать им возможность спокойно эвакуироваться, а сам 2—3 дня будет оборонять город, пока корабли не вернутся за ним из Крыма. По второму варианту Сидорину было предложено возглавить свои войска и пойти с ними на прорыв красных войск, перекрывших дорогу на Туапсе, соединиться со своим 4 корпусом, двигаться к Грузии и укрыться на ее территории. Если оба варианта не устраивают, тогда оставаться в порту и ожидать подхода запоздавших и случайных кораблей. Сидорина не устроил ни один из вариантов, и он с обидой бросил Деникину: «Вы предали казаков!»
Донцам все же достались транспорты «Россия», «Пегас», а таюке частично «Цесаревич Георгий» и «Николай». На «Пегасе» генерал Сидорин вместе с командиром Партизанской дивизии генералом Дьяковым убыли в Крым. При этом оба генерала заверили остающихся в том, что они обязательно пришлют за ними корабли и те заберут их или в Новороссийске или перехватят в районе Геленджика.