Первоначально батальон состоял из парашютного и мотоциклетного взводов, а также четырех рот, организованных по этническому признаку: 1-я рота — русские и прибалтийские немцы; 2-я рота — английские и африканские немцы; 3-я рота — судетские и югославские немцы; 4-я рота — польские немцы. Так как численность личного состава батальона постепенно увеличивалась, в нем были образованы новые структурные единицы, в том числе не только из немцев, но и из представителей других национальностей (украинцев, индусов, арабов и т. д.).
Солдаты «Бранденбурга», помимо постоянной лингвистической практики, осваивали рукопашный бой, работу с картой, взрывное дело, маскировку на местности, тактику боя в одиночку и малыми группами, навыки изготовления фальшивых документов, тактику засад, борьбу с танками, досконально изучали свое и трофейное стрелковое оружие и многое другое, а так же технику прыжка с парашютом, десантирование на побережье, движение по пересеченной местности (в том числе и на лыжах). Они были также обучены вести боевые действия в сложных погодных условиях и ночью. Главная задача «бранденбуржцев» сводилась к тому, чтобы с помощью маскировки и введения противника в заблуждение добиться эффекта внезапности, который должен был использоваться идущими за ними немецкими войсками. При этом внезапность носила тактический, а иногда и оперативно-стратегический характер. Применение «Бранденбурга» было таким разнообразным, что охватывало все мыслимые формы и методы, присущие операциям разведывательно-диверсионного характера при полной или частичной маскировке. При частичной маскировке использовались характерные части формы одежды противника и его вооружение. При открытии огня эти атрибуты должны были сбрасываться, что полностью соответствовало законам ведения военных действий. Полная же маскировка была нужна для того, чтобы вызвать у противника панику стрельбой «своих войск» и за счет этого быстро выполнить поставленную задачу. Подобные боевые действия осуществлялись вне законов и обычаев войны. Численность «бранденбургских» подразделений варьировалась в зависимости от характера планируемой операции — это могли быть и группы диверсантов от 5 до 12 человек, и целые роты, приданные армиям.
Но поскольку весь объем знаний усвоить одинаково хорошо невозможно, то всех солдат дифференцировали по способностям и склонностям. В борьбе допускались все средства: применение любых видов оружия, пытки при допросе пленных, захват заложников, убийство женщин и детей, террор и ряд других мер, противоречащих традиционным обычаям войны. Самим же бойцам подразделения «Бранденбург» выдавали капсулы с ядом (цианистым калием), дабы избавить их от плена.
В «Бранденбурге» был разработан новый принцип ведения боя, который теперь используют спецназы всех стран мира — тактика работы в «боевой двойке», или «работа в паре». Двойки тренировались во взаимодействии в составе подразделения из 12 человек (условно — боевое отделение). Эти отделения формировались в тактическое боевое подразделение из 300 человек — батальон.
Роты батальона проходили усиленную специальную подготовку в местечке Квенцгут на Квенцзее. Там, помимо казарм и учебного здания, имелось стрельбище и саперно-технический полигон. На нем были установлены части всевозможных реальных объектов — мостов, переездов, участков шоссе и т. п. Большое внимание уделялось практике незаметного, скрытного подхода к объекту, бесшумного снятия постов, а также установке подрывных устройств и минированию.
Подразделение «Бранденбург» принимало активное участие в боевых действиях. В начале 1940 года абверу было поручено, сообразуясь с общим планом оккупации Голландии, Бельгии и Люксембурга, подготовить мероприятия, которые позволили бы захватить важнейшие шоссейные и железнодорожные мосты через реку Маас у Маастрихта и Геннепа. Только при этом условии немецкие войска могли быстро достигнуть укрепленной линии Пеель в Голландии, а в дальнейшем деблокировать свои парашютные десанты, сброшенные у Роттердама. Акцию с захватом мостов через Маас у Маастрихта провело подразделение добровольцев, подготовленное центром абвера в Бреслау. Ранним утром 10 мая 1940 года передовой отряд, которому были приданы диверсанты «Бранденбурга», переодетые в голландскую униформу, выехал на велосипедах в направлении Маастрихта. В ходе боевого столкновения с голландскими пограничниками часть группы, включая ее командира, лейтенанта Хоке, была уничтожена, а все три моста через Маас взлетели на воздух, так как диверсанты не успели их разминировать. Однако акция близ Геннепа удалась. Силой одного разведдозора из 1-й роты «Бранденбурга» мост через Маас был захвачен, и пока ошеломленные голландцы приходили в себя, по мосту уже двигались немецкие танки. Хитрость «бранденбуржцев» заключалась в том, что в составе дозора было несколько «военнопленных немцев», которых дозор якобы конвоировал в штаб, а у каждого «пленного» под одеждой были спрятаны автоматы и гранаты. Одетые в форму голландских пограничников «конвоиры» были агентами абвера, работавшими в Голландии. Таким образом, именно у Геннепа было впервые достигнуто тактическое взаимодействие диверсантов вермахта и агентов разведки.
Перед 3-й ротой «Бранденбурга» стояла задача не допустить подрыва 24 стратегических объектов в Бельгии. Подразделения роты скрытно подошли к намеченным объектам и атаковали их. Противник был так ошеломлен, что «бранденбуржцам» удалось сохранить 18 из 24 объектов! Во второй фазе Западной кампании вермахта один из взводов 1-й роты «Бранденбурга» был задействован 19 июня 1940 года на «линии Мажино» в Верхнем Эльзасе. После прорыва передовых отрядов немцев через укрепленные районы Маттсталь и Виндстейн взвод должен был выйти к нефтепромыслам у Пешельброна и не допустить их подрыва. Благодаря быстрым действиям войск, взводу удалось незаметно подобраться к объекту и внезапным ударом его захватить. Занятые последними приготовлениями к взрыву, французские саперы были захвачены врасплох и взяты в плен.
В мае 1940 года немецкое командование, обеспокоенное концентрацией на севере Норвегии остатков разбитой норвежской армии, поручило «бранденбуржцам» задание по выявлению и уничтожению группы норвежских солдат, укрывавшихся в северных областях страны. Истребительный отряд из 100 человек, переодетых в форму солдат норвежской армии, провел успешный рейд.
В апреле 1941 года немецкие войска вторглись на территорию Греции и Югославии. Согласно планам командования вермахта, бойцам 2-го батальона «Бранденбурга» предстояло захватить ряд ключевых объектов на Дунае. Параллельно с этим они должны были координировать действия наступающих немецких частей и осуществлять разведку вражеской территории. С возложенными на них задачами «бранденбуржцы» справились в очередной раз блестяще. Например, в Греции 27 апреля 1941 года группа диверсантов «Бранденбурга» первой вошла в Афины, обеспечила охрану важнейших городских объектов и подняла германские флаги над зданиями афинской управы и полицейского управления.
Летом 1941 года, когда немецкая группа армий «Север» продвигалась по Латвии, одно из подразделений «Бранденбурга» захватило мост через Западную Двину (Даугаву) и предотвратило его подрыв. Солдаты этой группы были замаскированы под раненых красноармейцев и подъехали к мосту вместе с отрядом отступавших советских войск. Достигнув моста, они внезапно напали на его охрану и в течение нескольких минут овладели им. Благодаря этому продвижение немецких войск к Риге было осуществлено быстро и практически без потерь.
25 июня 1941 года усиленный взвод «Бранденбург-800» под командованием лейтенанта Лекса был выброшен на парашютах в полосе наступления группы армий «Центр» между Лидой и Первомайским (Белоруссия) с заданием перерезать железнодорожную линию Лида — Молодечно, захватить и удержать до подхода главных сил переправы через Березину. Это был один из первых опытов ночного десантирования со сверхмалой высоты (50 м). При подлете к точке высадки транспортные самолеты Люфтваффе были встречены сильным огнем советских зенитных батарей, так что первые потери группа понесла еще в воздухе. 35 «коммандос» соединились после успешного приземления в районе станции Богданово и вышли к реке. Охрана была уничтожена в ходе внезапной атаки, а подготовленные к взрыву мосты разминированы. Бойцы Лекса заняли круговую оборону в ожидании танков вермахта, но те ввязались в затяжные бои на подходе к Березине и не смогли выйти к месту высадки диверсионной группы в контрольные сроки. Уже на рассвете русские начали отбивать захваченные мосты силами танковой и пехотной рот. Свыше суток десантники сдерживали яростные атаки превосходящих сил противника. Лекс и четверо парашютистов погибли, еще 16 бойцов получили ранения разной степени тяжести. Когда к вечеру 26 июня танковый авангард вермахта пробился к переправам, в строю оставалось только 14 «бранденбуржцев», но задание было выполнено.
Летом 1941-го в ходе операции «Ксенофон» диверсанты 1-го батальона «Бранденбург» под командованием лейтенанта Каттвица, переодетые в советскую военную форму, уничтожили позиции батареи прожекторов на мысе Пеклы, дав возможность немецким и румынским дивизиям переправиться из Крыма на Таманский полуостров через Керченский пролив.
При наступлении на Львов в ночь на 29 июня 1941 года роль передового отряда выполнял батальон украинских националистов «Нахтигаль», действовавший в составе полка «Бранденбург». Основная задача, стоявшая перед батальоном, заключалась в том, чтобы как можно быстрее пробиться к центру города и захватить его основные транспортные и хозяйственные объекты — электростанцию, вокзал и радиоузлы. Сопротивление советских войск было сломлено еще на подступах к городу, и в самом Львове серьезных боев уже не было. В результате хорошо скоординированных действий «бранденбуржцев» к 10 часам утра все намеченные объекты оказались в руках немцев.
Летом 1941 года бойцы «Бранденбурга» захватили и уничтожили ряд стратегически важных объектов на советской территории, а также осуществили множество локальных разведывательно-диверсионных операций в советском тылу. Позднее «группа береговых диверсантов» нанесла несколько весьма ощутимых ударов по советским коммуникациям на черноморском, азовском и балтийском побережьях. Известны «бранденбуржцы» и своими ночными вылазками, которые сеяли панику в тылу. В последующие годы войны «Бранденбург», помимо своих основных функций, также занимался обычной фронтовой разведкой и борьбой с партизанами.