Ведущие мировые аудиторские компании неоднократно заявляли, что Trout Cacheris, PLLC по сути своей не является аудитором. Сама Тимошенко в бытность свою премьер-министром регулярно привлекала к аудиту правительства всемирно известную аудиторскую компанию «Эрнст и Янг», которой все доверяли. В противоположность этому, постоянным клиентом Akim Gump являлся известный олигарх и конкурент Тимошенко Дмитрий Фирташ; услугами этой адвокатской компании пользовался и Ринат Ахметов. Компания «прославилась» и в России, где безуспешно искала золото КПСС, а затем занималась делом ЮКОСа. В Украине, проработав 86 дней, юристы компании получали от 1000 до 1500 долларов в час.
Незаметно, под шумок «дела Тимошенко», Конституционный суд Украины на закрытом заседании 30 сентября 2010 года отменил Конституцию 2004 года, признав неконституционным «Закон о внесении изменений в Конституцию» от 2004 года в связи с «нарушением процедуры его рассмотрения и принятия». Украина вновь вернулась к президентско-парламентской форме правления, на чем настаивали Янукович и его окружение.
Дождавшись окончания выборов в местные органы власти, Контрольно-ревизионное управление (КРУ) объявило об окончании американскими компаниями правительственного аудита. Тимошенко обвинялась в нецелевом использовании 320 млн евро, полученных в рамках Киотского протокола: полученную из Японии сумму правительство Тимошенко перенаправило в Пенсионный фонд, вместо того чтобы, как это было предусмотрено протоколом, реанимировать лесные насаждения в стране[37]. В 2009 году правительство Тимошенко заключило несколько соглашений с государственными органами и корпорациями Японии и Испании по продаже принадлежащих Украине квот на выбросы парниковых газов на общую сумму 319,9 млн евро, которые стали источником финансирования специального фонда госбюджета, откуда должны были финансироваться проекты, направленные на сокращение выбросов или увеличение поглощения парниковых газов в стране. Однако полученная сумма действительно была перенаправлена в Пенсионный фонд Украины для выплаты пенсий и надбавок, а также на покрытие текущих расходов ряда госучреждений. 2 декабря 2010 года Тимошенко впервые вызвали в Генеральную прокуратуру на допрос, где ей предъявили обвинение. 30 декабря допрос продолжился. Тимошенко допрашивали 12 часов. Все обвинения в свой адрес она отрицала и считала, что сам факт получения Украиной денег от Японии следует считать ее заслугой, а не преступлением.
В январе 2011 года ей предъявили новое обвинение — в закупке в конце 2009 года тысячи автомобилей «Опель Комбо» для нужд сельской медицины. Закупка не была предусмотрена госбюджетом. При этом Генеральный прокурор Пшонка заявил, что не обвиняет Тимошенко в хищении денег или причинении ущерба, но лишь «в нецелевом использовании бюджетных средств, превышении служебных полномочий; нарушении бюджетного законодательства и злоупотреблении служебным положением, приведшим к тяжким последствиям».
В свою очередь, Тимошенко обратилась к авторитетной американской юридической фирме Covington & Burling и крупной аудиторской компании BDO USA, которая имела филиалы в более чем ста странах мира, с просьбой расследовать обоснованность выдвинутых против нее обвинений. Выводы американских компаний были в пользу Тимошенко. В частности, американские юристы указали на то, что полученные от Киотского протокола деньги были сняты со счетов в декабре 2010 года, а правительство Тимошенко отправлено в отставку уже в марте 2010 года. Получалось, что деньги были нецеленаправленно потрачены правительством Азарова. В связи с этим Европейский парламент выразил обеспокоенность «ростом выборочного преследования лидеров политической оппозиции на Украине… особенно в случае Тимошенко» и подчеркнул «важность гарантирования максимальной прозрачности расследований, судебных преследований и судов», а также предостерег «против любого применения уголовного права как инструмента достижения политических целей». Более того, возникшая вокруг Киотского протокола ситуация привела к расследованию на уровне Организации Объединенных Наций, направившей в Украину своих экспертов.
24 мая 2011 года, в День международного праздника славянской письменности и культуры, Тимошенко была приглашена в Генеральную прокуратуру Украины для предъявления ей обвинения и ареста. Поставленная об этом в известность, Тимошенко «пригласила» на свой акт задержания послов ведущих европейских государств и США, а также посла Евросоюза, которые выразили свой протест в связи с незаконным задержанием Тимошенко. Многие иностранные дипломаты потребовали личных встреч с Пшонкой и президентом Януковичем. Ряд государственных деятелей Европы и США в связи с планируемым арестом Тимошенко звонили Януковичу, высказывая свою озабоченность. Янукович дал команду отступить. Вместо обвинения Тимошенко зачитали решение о закрытии уголовного дела и освобождении.
Однако вслед за этим против Тимошенко стали возбуждать новые уголовные дела. Прежде всего вспомнили о газовых соглашениях с Россией, подписанных ее правительством в 2009 году. В Верховной Раде в этой связи по инициативе Партии регионов была создана Временная следственная комиссия с целью поиска «признаков государственной измены в сфере экономической безопасности Украины». Через месяц, 11 апреля, комиссией был представлен доклад, в котором Тимошенко обвиняли в подделке директив по газовым соглашениям при переговорах с Россией, а регионалы обвинили Тимошенко в «предательстве национальных интересов Украины», подписании «кабальных для Украины соглашений» и сговоре в пользу России при подписании газовых контрактов.
В тот же день Генеральная прокуратура, основываясь на выводах комиссии, возбудила против Тимошенко уголовное дело «за превышение власти и служебных полномочий при заключении газовых соглашений». Тимошенко подозревалась в нанесении ущерба в размере 195 млн долларов. Обвинения против Тимошенко поддержали владелец РосУкрЭнерго Дмитрий Фирташ и (что уж совсем не ожидалось) бывший президент Украины Виктор Ющенко и лидер партии «Фронт перемен» Арсений Яценюк, заявившие, что «Тимошенко работала на Россию», «предала Украину за год до Януковича» и «тянет нас в кабалу к Москве».
24 июня 2011 года Генпрокуратура Украины предъявила Тимошенко обвинение по части 3-й статьи 365-й Уголовного кодекса Украины: «Превышение власти или служебных полномочий, повлекшее тяжкие последствия» (от 7 до 10 лет лишения свободы). В обвинении указывалось, что «премьер-министр Украины Тимошенко Ю. В., действуя умышленно, в личных интересах, осознавая беспочвенность и необоснованность требований российской стороны на переговорах при ее участии и участии руководства правительства Российской Федерации, ОАО «Газпром» и НАК «Нафтогаз Украины»… решила согласиться на указанные невыгодные для Украины условия»[38]. Тимошенко также инкриминировали превышение полномочий по закону «О Кабинете министров» о единоличном подписании «директив правительства». Экс-премьера обвинили в нанесении ущерба в 195 млн долларов, что имело тяжкие последствия для компании «Нафтогаз Украины».
Тимошенко и ее адвокаты отрицали предъявляемые обвинения и доказывали, что проведенный в 2009 году международный аудит компании «Нафтогаз Украина» не выявил превышений затрат, а общая стоимость «технологического газа, израсходованного в 2009 году», была меньше чем в 2008 году[39]. Относительно «директив Кабмина» Тимошенко парировала, что директив правительства она не подписывала, а подписала директиву премьер-министра министру топлива и энергетики, который в свою очередь дал указание «Нафтогазу Украины» подписать договор. И поскольку министерство, возглавляемое Дубиной, имело исключительное право по управлению «Нафтогазом Украина», для подписания договоров директив правительства не требовалось[40].
В свою очередь Юлия Тимошенко подала в окружной суд Манхэттена (Нью-Йорк) встречный иск против швейцарской компании Фирташа РосУкрЭнерго с требованием вернуть Украине газ в объеме около 12 млрд кубометров. Дело в том, что «Нафтогаз Украина» выкупила этот объем газа по решению Стокгольмского арбитражного суда (от 8 июня 2010 года), где украинскую сторону представлял министр Юрий Бойко, имевший отношение к компании РосУкрЭнерго. Однако это разбирательство ничем не закончилось, так как Тимошенко и Фирташ, вызванные в Нью-Йорк в качестве свидетелей, в суд не явились[41].
Временная депутатская комиссия, занимавшаяся расследованием деятельности правительства Тимошенко, вспомнила и о якобы имеющемся долге принадлежавшей Тимошенко компании ЕЭСУ перед Министерством обороны России на сумму более 300 млн долларов, которую Тимошенко так и не вернула. Из этого комиссия сделала вывод, что Тимошенко потратила эти деньги на свою президентскую кампанию в обмен на подписанные газовые соглашения. При этом правительство Азарова официально заявило, что Украина не будет рассчитываться с Россией за долги ЕЭСУ.
Российская сторона никак не отреагировала на эту дискуссию в Украине. Между тем в октябре 2008 года премьер-министры России и Украины Путин и Тимошенко подписали межправительственный меморандум о цене на газ на 2009 год — 250 долларов за 1000 кубометров. Ющенко этим остался крайне недоволен и потребовал прекратить переговоры и отозвать украинскую делегацию из Москвы. Формальным предлогом для отзыва послужило заявление главы Газпрома А. Миллера о том, что российская сторона не подпишет новый договор по газу, пока не будет погашена имеющаяся украинская задолженность перед Россией.
В ответ на демарш украинского руководства Газпром в январе 2009 года предложил новую цену для Украины за российский газ — 400 долларов за 1000 кубометров (с учетом накопившегося долга со стороны РосУкрЭнерго на сумму 1,7 млрд долларов). Из-за этого переговоры зашли в тупик. Однако Тимошенко удалось в результате длительных и сложных консультаций найти взаимоприемлемое решение как по цене за газ, так и по транзиту российского газа через Украину. В конечном итоге ей фактически удалось даже снизить цену на 2009 год до 232 долларов за 1000 кубометров при том, что мировые цены за газ были значительно выше.