Сам суд над Тимошенко по «газовому вопросу» начался в Печерском суде Киева 24 июня 2011 года. Судья для ведения дела был назначен лично президентом Януковичем, без объявления конкурса и сдачи необходимых экзаменов в высших судебных инстанциях, что, конечно же, являлось серьезным нарушением законодательства и говорило о сговоре президента и суда, ведущего дело Тимошенко. Накануне утром перед зданием суда собралась многотысячная толпа сторонников экс-премьера, депутаты и представители международных организаций. Тимошенко потребовала объединить ее дело с другими делами, в частности по таможне и «Нафтогазу», или даже прекратить дело без рассмотрения «как явно сфальсифицированное», но суд отклонил ее просьбу. Тогда Тимошенко выступила с 40-минутной речью, где раскрыла многие тайны по газовым соглашениям, заключенным украинским правительством до нее. Она требовала привлечь к уголовной ответственности бывших премьер-министров и даже президентов, покупавших российский газ по еще более высоким ценам.
22 июля прокуратурой было зачитано обвинение Тимошенко, подготовленное в явной спешке и содержащее многочисленные ошибки. Все обвинения в свой адрес Тимошенко отвергла. Начались допросы свидетелей, среди которых были министры, чиновники, депутаты и даже экс-президент Ющенко. Судья разрешил также выступить двум представителям защиты Тимошенко. Однако выступавшие со стороны обвинения свидетели дали показания в пользу Тимошенко, из-за этого была прекращена прямая трансляция заседания суда (и оставшиеся там депутаты снимали процесс на свои мобильные телефоны).
Многие из свидетелей, приглашенных обвинением, показали, что подписанные Тимошенко газовые соглашения не нанесли ущерба государству, так как цена была оптимальной с учетом скидки на газ, которую добилась экс-премьер, и за счет выкупа газа из газовых хранилищ Украины. Представитель Института государства и права Украины попытался разъяснить суду, что премьер не превысила своих полномочий, так как подписала «директивы премьер-министра», а не «директивы Кабинета Министров». По своему статусу Тимошенко имела право давать указания и поручения «Нафтогазу Украины» как структуре, подчиненной Кабинету министров Украины, и закон, таким образом, не нарушила. Олег Дубина, бывший глава «Нафтогаз Украины», также выступавший в качестве свидетеля, указал, что Россия сознательно повышала цену на газ, дабы проблема «газовых соглашений» из экономической переросла в политическую.
Из-за частых пререканий с судьей и непредвиденных реплик со стороны Тимошенко во время выступления свидетелей судья неоднократно выдворял Тимошенко из зала, а 5 августа она была арестована прямо в зале суда «за системные нарушения» и за то, что она «препятствовала допросу свидетелей». Арестовали ее как раз в тот день, когда в суде выступал в качестве свидетеля премьер-министр Украины Николай Азаров.
По мнению самой Тимошенко, ее арестовали из-за ее неудобных вопросов премьер-министру по поводу коррупционных связей Азарова и РосУкрЭнерго, а также бизнеса его сына, основанного на бюджетных ассигнованиях. Арест Тимошенко в зале суда можно было объяснить и тем, что в этот период многие «свидетели обвинения», в частности бывший замгенпрокурора Татьяна Корнякова и экс-министр экономики Украины Юрий Продан, стали давать показания, оправдывавшие Тимошенко, что явно не понравилось «сценаристам» судебных слушаний.
Факт ареста Тимошенко вызвал волну возмущения со стороны митингующих, каждый раз собиравшихся у здания суда и пытавшихся прорваться в здание через задний дворик. Однако бойцы ОМОН (отряд милиции особого назначения) сумели вывезти Тимошенко в следственный изолятор Лукьяновской тюрьмы в Киеве. Ситуация была неоднозначной. Тимошенко справедливо считала, что Янукович планирует ее убийство. Поэтому после ареста она выступила с соответствующим заявлением: «Я хочу заявить, что у меня нет никакой склонности к самоубийству. Трюки, которые они проделали с Кирпой и Кравченко, им повторять не стоит. Я никогда не покончу свою жизнь самоубийством».
Разразился международный скандал. Многие страны высказали неудовлетворение ходом судебного процесса, имеющего политический характер. Европейский союз, США и лидеры ряда государств выразили свою озабоченность случившимся и потребовали немедленно освободить бывшего премьер-министра Украины. Даже российский МИД выступил с заявлением, что все договоры между двумя странами были заключены в соответствии с национальным законодательством обоих государств, международным правом и указаниями президентов России и Украины.
С большим интересом общественность ожидала выступления Ющенко. Его показания вызвали полярную реакцию: «радостную» у сторонников власти, негативную у сторонников Тимошенко. Ющенко заявил, что Тимошенко скрывала от него реальную цену на газ и что он не отзывал главу «Нафтогаза» Дубину с переговоров. Между тем многочисленные свидетельства очевидцев указывали на обратное, а российская сторона подчеркнула, что переговоры были прекращены по указанию Ющенко. Поведение на суде Ющенко было явно продиктовано защитой интересов посреднической фирмы РосУкрЭнерго, хотя сам Ющенко на суде свою причастность к этой компании отрицал.
При выходе из зала суда сторонники Тимошенко, скандируя «Позор!», закидали автомобиль экс-президента Украины яйцами. Комитет противодействия диктатуре, состоявший из одиннадцати оппозиционных партий, потребовал от «Нашей Украины» исключить Ющенко из числа почетных председателей партии, а Тимошенко в знак возмущения отказалась задавать Ющенко вопросы, отметив только, что не согласна с его показаниями. Она отметила, что будет давать свидетельские показания только после того, как к делу будут приобщены подписанные в 2009 году контракты между «Нафтогазом Украины» и Укртрансгазом о закупке технического газа, определявшие цену за газ, и аудиторский отчет международной аудиторской компании Ernst & Young по деятельности НАК «Нафтогаз Украины» за 2009 год, свидетельствовавший об отсутствии убытков у «Нафтогаза Украины» по «техническому газу» при реализации договоренностей между Украиной и Россией. Эти важные документы, однако, так и не были приобщены к делу. Вместо них судья принял во внимание «Комиссионную справку по отдельным вопросам финансово-хозяйственной деятельности НАК «Нафтогаз» за 2008—2009 год», составленную по указанию Азарова группой экспертов без привлечения международных независимых аудиторов. К делу не были приобщены также документы, представленные экс-министром экономики Проданом, показывавшие, что никаких директив Кабмина не было, а были «директивы» премьер-министра Тимошенко, допускаемые законом.
Генеральная прокуратура строила свои обвинения на том, что регламент Кабинета Министров не предусматривает за премьер-министром права издавать личные директивы. Поэтому Тимошенко судили не только «за нарушение закона», но и за «действия, которые в законе не описаны как «разрешенные»», хотя в ходе судебного разбирательства было выявлено, что на документах, выданных экс-главе «Нафтогаза Украины» Дубине, было написано только слово «директивы» (без слова «правительства»), а внизу стояла подпись Тимошенко как премьер-министра.
В судебном процессе в сентябре 2011 года был объявлен небольшой перерыв «для ознакомления с материалами дела». Политические аналитики считали, что это было связано с проводившимися тогда переговорами Украины и ЕС в связи с подготовкой договора об ассоциации Украины с Европейским союзом. Европейская комиссия поставила одним из условий такого подписания «прекращение преследования оппозиции» и, в частности, Юлии Тимошенко. Пункт этот оставался одним из важных требований ЕС к политическому руководству Украины во время всего переговорного процесса об ассоциированном членстве страны в ЕС.
11 октября 2011 года суд признал Тимошенко виновной по части 3-й статьи 365-й Уголовного кодекса Украины (превышение власти и служебных полномочий) и приговорил ее к семи годам тюрьмы с запретом занимать государственные должности в течение трех лет после отбытия срока. Суд также удовлетворил гражданский иск «Нафтогаза Украины», который требовал от Тимошенко компенсации убытков, причиненных этой компании в результате подписания соглашений в январе 2009 года на сумму 189,5 млн долларов США. Сама Тимошенко заявила, что ее судят не за подписание соглашений, а за то, что в результате был устранен посредник РосУкрЭнерго. Одновременно Янукович захотел убрать ее как своего политического противника и конкурента на президентских выборах 2015 года. Янукович в ответ назвал арест Тимошенко «досадным случаем», мешающим европейской интеграции Украины, и этим ограничился, не подчеркнув, что приговор зачитывал назначенный им судья.
Харьковские соглашения 2010 года
Упрятав Тимошенко за решетку, Янукович активно занялся внешней политикой. Первым делом он решил отблагодарить Россию за поддержку в президентской гонке, поэтому 21 апреля 2010 года без предварительного обсуждения с парламентом Украины или с общественностью Янукович подписал в Харькове с президентом Российской Федерации Дмитрием Медведевым так называемые Харьковские соглашения, предусматривавшие кардинальные изменения в условиях договора по базированию Черноморского флота России в Крыму.
Харьков был выбран местом для подписания соглашений не случайно. В народе Харьков давно именовали «столицей украинско-российских отношений» из-за проводимых там регулярных встреч первых лиц обоих государств. И на этот раз «первая столица Украины», находившаяся на поддерживавшем Януковича востоке, была избрана местом для подписания важных внешнеполитических документов с Россией.
Переговоры проводились по широкому спектру вопросов украинско-российских отношений, но главными из них были взаимосвязанные договоренности по газу и Черноморскому флоту. В соответствии с дополнением к контракту от 19 января 2009 года, подписанному еще Тимошенко, Россия пошла на уступки в цене на газ, согласившись снизить цену на 30%, но не более чем на 100 долларов за тысячу кубометров. Формально говоря, снижена была не цена, а таможенные платежи, которые Украина теперь не должна была России платить. Правда, для снижения таможенных платежей требовалось решение правительства России, а оно принято в конечном итоге так и не было. Кроме того, в соглашении указывалось, что фактическая цена на природный газ, поставляемый в объеме свыше 30 млрд кубометров в 2010 году и 40 млрд кубометров в год, начиная с 2011 года снижению не подлежит. Но фактическая цена в документе не была зафиксирована, поэтому стороны могли в будущем эту цену корректировать.