Иоанн тоже не в состоянии отказаться от того заповеданного Писанием принципа, что государь обязан миловать добрых и наказывать злых. По его убеждению, более полугода Филипп сеет злейшее зло, возбуждая смиренную паству против своего государя, тогда как обязан сеять добро и не озлоблять, а умиротворять сердца непросвещённых и тёмных. Следовательно, Филиппа надлежит свести с первосвятительского престола, в необходимости этого для государства полезного шага у Иоанна не остаётся сомнений. И всё-таки пока что и для безропотной паствы, и для Филиппа, и для него самого было бы полезней и легче, если бы Филипп доброй волей оставил престол. Как всегда в критических обстоятельствах, Иоанн пробует действовать устрашением. В течение августа погибает ещё около сотни служилых людей, которые сидят по поместьям, расположенным главным образом в вотчинах конюшего Фёдорова. Едва совершается это новое душегубство и составляется новый поминальный листок, с Соловков возвращаются Пафнутий и Темкин, которые доставляют игумена Паисия и несколько старцев, готовых дать показания против Филиппа на церковном суде. Предварительно ознакомившись с результатами розыска, Иоанн направляет послание новгородскому архиепископу Пимену, как первому человеку в церковной иерархии после митрополита, которым призывает его без промедления явиться в Москву. В сентябре он отправляет, подальше от греха, Владимира Старицкого с его после обмена уделов заметно поредевшим удельным полком в Нижний Новгород, на охрану юго-восточных украйн, которым угрожают татары и турки. В те же дни разорённого, лишённого едва ли не всех его вооружённых людей в Москву доставляют конюшего Фёдорова. Для суда над главой заговорщиков Иоанн собирает земскую Боярскую думу, опричных и земских думных дворян и предъявляет почтенному Ивану Петровичу обвинение в заговоре, целью которого был арест законного государя и выдача его враждебному королю. Позднее немец Шлихтинг, сперва служивший Москве, но после благополучно перебежавший в Литву за большими деньгами, сочинит безобразную сцену, которой не был и не мог быть очевидцем. Он преднамеренно не упоминает никакого суда, зато описывает зверскую и бессмысленную расправу Иоанна над абсолютно безвинным, понятное дело, конюшим. Ещё более понятно, что бессовестный перебежчик именует себя очевидцем, хотя, будучи иноземцем, из мелких сошек к тому же, не мог быть допущен на суд думных бояр и думных дворян, Боярская дума твёрже камня стоит на страже векового обычая, вполне вероятно, что злоумышленный клеветник о состоявшемся суде даже не знал. Тем не менее его подкупленная фантазия едва ли в чём-нибудь уступает озлобленной фантазии беглого князя. В его изложении сцена происходит такая. Будто бы, не прибегая ни к какому суду, Иоанн в присутствии множества князей и бояр сбрасывает с себя царское одеяние, которое в действительности уже заменил чёрным опричным кафтаном, чуть не до бешенства доводившим митрополита, и повелевает конюшему Фёдорову надеть на себя мантию и венец, стало быть, стоя перед всем честным народом в исподнем, сажает его на царский престол, вручает державу, низко склоняется перед ним и ёрничает, унижая свой сан, которым дорожит пуще глаза:
— Буди здрав, великий государь всея Руси! Се принял ты от меня честь, тобою желаемую! Но, имея власть сделать тебя царём, могу и низвергнуть с престола!
Недобросовестность мнимого очевидца не может не бросаться в глаза. Почтенный Иван Петрович не обвиняется в злоумышлении лично занять московский престол, такого безобразия ему не позволят сами князья и бояре, поскольку у него не имеется наследственных прав, оттого они и кружатся вокруг Владимира Старицкого, который владеет именно истинным, наследственным правом. Его обвиняют в государственной измене, в злоумышлении арестовать Иоанна, передать его вражеской стороне и на его место посадить не кого иного, как действительного, хоть и не прямого, претендента Владимира Старицкого, из чего следует, что и на этот раз мнимый очевидец соврал. В том же клеветническом духе мнимый очевидец продолжает повествовать, будто после такого рода нелепых речей Иоанн собственной рукой, это непременное условие всех россказней, всаживает нож прямо в сердце покорно сидящего Ивана Петровича, что практически невозможно в таком положении сделать, причём остаётся загадкой, раздевает ли он предварительно осмеянную издевательски жертву своего бесчеловечного произвола или разрезает и заливает его чёрной кровью собственный бесценный венценосный наряд. Кажется, довольно и этого ужаса. Так нет, после удара в сердце ножом набросившиеся опричники добивают ещё живого конюшего, поражённого, помнится, в сердце, выволакивают из царских палат бездыханное тело и швыряют псам на съеденье, а заодно убивают его старуху жену, князя Ивана Куракина-Булгакова и князя Дмитрия Ряполовского, понятное дело, абсолютно безвинных.
Всё это вымышленные, неправдоподобные страсти. Иоанн не покидает свой трон, не сбрасывает публично своих строгих чёрных полумонашеских опричных одежд, тем более не обагряет собственные руки в крови. Боярский суд идёт своим чередом, вероятно, суду предъявляется и послание короля Сигизмунда английским купцам, и список участников заговора, попавший в руки царя и великого князя благодаря трусливому предательству Владимира Старицкого. Рассмотрев доводы обвинения, боярский суд признает конюшего Фёдорова виновным и приговаривает к смерти, как четырнадцать лет назад в сходных обстоятельствах признал виновным и приговорил к смерти князя Семёна Ростовского. Вместе с конюшим Фёдоровым к смерти приговаривают ещё несколько человек, далеко не всех из крамольного списка. Каждое имя казнённого по приговору суда богомольный Иоанн заносит в поминальный листок: Иван Фёдоров, Михаил Колычев и его сыновья Булат, Симеон и Миноу, князь Андрей Катырев, князь Фёдор Троекуров и Михаил Лыков с племянником. Того же ноября четвёртого дня высшее православное духовенство и та же земская Боярская дума собираются вновь в той же царской палате Кремля, а не в Успенском соборе, как позднее станет с намерением кощунствовать беглый князь. На этот раз судят митрополита Филиппа, и едва ли кто-нибудь из прибывших на суд сознает, а отчётливо понимает лишь Иоанн, что в данном деле благоглупости бывшего игумена служат только предлогом для решения вопроса громадной, непреходящей государственной важности, что в действительности на этом суде предпринимается обдуманная, хорошо подготовленная попытка разрешить главнейший, принципиальнейший спор между светской властью и церковью о праве на верховенство в делах государства. Православная церковь в этом отношении мало чем отличается от католической, заявляет о превосходстве духовной власти над светской, приблизительно в той же недосягаемой мере, в какой инок превосходит мирянина, и на этом основании в течение веков пытается подмять под себя светскую власть, диктовать ей, будто бы ради того, чтобы облагородить её, а также решения государственной важности и активно влиять на исполнение этих решений, естественно, никак не отвечая за них, ответственность полностью остаётся на государственной власти. Ещё дедушка Иоанна, обладавший государственным умом и сильным характером, пробовал охладить этот малопродуктивный и малодостойный пыл митрополитов и иерархов, однако в те времена у него не оказалось достаточно материальных средств, чтобы поставить церковь на её настоящее место. От этого первого серьёзного натиска светской власти церковь довольно быстро оправилась, попутно предав смерти с десяток еретиков, а в мрачные годы одинокого Иоаннова детства и возмущения подручных князей и бояр воспользовалась наступившей анархией, такой сладостной своевольному сердцу витязей удельных времён, смело, но с осторожностью выдвинулась на первое место. С той поры ни одно серьёзное решение не принимается без совета с митрополитом Макарием, его благословением великий князь становится московским царём, его вмешательство позволяет ещё юному, неокрепшему Иоанну отменить ненавистное местничество хотя бы на время походов. Когда же преклонные лета понуждают митрополита Макария отодвинуться в сторону, такую же важную роль в управлении государством пытается играть благовещенский поп Сильвестр. Выждав подходящий момент, возмужавший Иоанн избавляется от назойливой, не всегда праведной опеки Сильвестра, однако и после удаления благовещенского попа в монастырь претензии церкви на верховенство не уменьшаются. Ощутив неудобство, подчас прямой вред этих самодовольных претензий, он пробует ладиться миром, с митрополита Филиппа, прежде всего лишь игумена, берёт крестную клятву, что духовная власть отныне и впредь станет заниматься исключительно духовным устроением церкви и государства и прекратит вмешательство в светские дела государя. Бывший соловецкий игумен крест целует, клятву даёт, однако, едва его кровный родственник попадается на государственном преступлении, которое не касается церкви, нарушает, казалось бы, самую крепкую крестоцеловальную клятву и учиняет такое публичное безобразие, которое не только порочит царя и великого князя, но и указывает светской власти на её второразрядную, подчинённую роль. И теперь, на этом представительном, правомочном суде, Иоанн вовсе не испрашивает самовлюблённой головы митрополита Филиппа. Неожиданно для него против бывшего соловецкого игумена выдвигаются столь серьёзные обвинения в неподобающем образе жизни, что митрополиту грозит ни больше ни меньше, как сожжение на костре, и, по некоторым сведениям, царь и великий князь в разгар обвинительных прений даже пытается его защитить, скорее всего не этого, лично для него неудобного, не особенно умного человека, который так грубо и принародно его унижал, но его звание, его положение, авторитет высшего церковного иерарха, поскольку никогда и ни при каких обстоятельствах он не ронял и неспособен ронять авторитет и достоинство церкви. Он всего лишь стремится, в интересах Московского царства, как он их понимает, разделить духовную и светскую власти, поставить каждую из них на её законное, в жизни общества одинаково необходимое место, чтобы ни одна из них не мешала другой, чтобы Богу отдавалось