В своём одиночестве истосковавшийся по живому учёному слову, всегда одержимый жаждой узнать что-нибудь новое, готовый к мирной беседе и к горячему диспуту, Иоанн соглашается видеть Рокиту и говорить о вере с приверженцем лютеранства. Рокита предстаёт перед ним и произносит изготовленную загодя речь. Однако он совершает непростительную ошибку, свойственную всем европейцам не только того до крайности нетерпимого времени. Воспитанный на ожесточённой распре, на самой неприличной и беззастенчивой брани, так свойственной религиозной вражде и резне, Рокита принимается бранить православие, тогда как миролюбиво настроенный Иоанн ждёт от него спокойного, обстоятельного изложения лютеранского символа веры. Мало того, что Иоанн никому ни при каких обстоятельствах не позволяет оскорблять православие, он терпеть не может эти поверхностные умы, которые неспособны изобрести сносного довода как в опровержение чужой веры, так и в защиту своей. Натурально, он тотчас вскипает, становится несдержан и резок и с громким криком прогоняет Рокиту вон из царских палат. Под этот крик польские послы и покидают Москву. Однако гнев и презрение продолжают душить Иоанна. В спину Роките он швыряет послание, полное брани как на самого Лютера, которого он именует Лютым, играя словами, так и на всё лютеранство.
Итак, все неотложные распоряжения сделаны, он точно отодвигает в сторону дела польские и ливонские и возвращается к другому, запутанному, сложному, тяжёлому новгородскому делу. Впоследствии услужливые перебежчики станут повествовать, будто он дни и ночи проводит в застенках, где тяжко пытают немыслимыми пытками тех, на кого даны показания об участии в заговоре, лично участвует в пытках и в истреблении пленных поляков, которых польский посол отказался обменять на икону, даже лично убивает несколько человек, разумеется, умалчивая о том, что Иоанн никогда меча в руках не держал, что ни разу в жизни не принял участия хотя бы в самом малом сражении, где только и учатся убивать и приобретают к кровопролитию страсть, и что все эти дни возвращения в Александрову слободу он занят переговорами с польским посольством, знакомится с десятками, с сотнями документов, которые обличают польскую сторону в преднамеренной недобросовестности, ломает голову над тем, какой ответ дать шведскому королю, от чего зависит война или мир на северо-западных рубежах, опять-таки вокруг Великого Новгорода и Пскова, следит за турками и татарами и учреждает Ливонское королевство, которое тоже отнимает и много времени, и много энергии, и обстоятельных соображений, там ведь тоже война. В действительности дознание ведёт дьяк Разбойного приказа Василий Щелкалов, младший из братьев, который по долгу службы заведует местами заточения, заплечных дел мастерами и палачами, то есть и в новгородском деле исполняет свои прямые обязанности, которые являются непременной принадлежностью государственной власти и ни у кого не могут вызывать ни возражений, ни нареканий, ни осуждений. Проводятся очные ставки с архиепископом Пименом и служилыми людьми архиепископского двора. Из московских участников заговора и воровства удаётся обличить очень немногих, большинство заговорщиков и воров разными путями уходит от следствия, о чём с подозрительной быстротой становится известно польскому королю. Проводятся аресты, Афанасий Вяземский пытается скрыться, тем обличая себя, в течение нескольких дней он хоронится в доме лейб-медика Лензея, однако его убежище обнаруживают, берут оружничего под стражу, предают торговой казни повелением Иоанна, то есть бьют на площади железными палками, и отправляют в расположенный на Волге Городецкий посад, где бывший любимец царя и великого князя, по уверению Штадена, вскорости умирает, разумеется, в непереносимо тяжёлых железных оковах. В деле дознания новые подозрения падают на одного из братьев Серебряных-Оболенских. Намереваясь взять под стражу князя Петра, опричники окружают его укреплённый двор, стоящий в земской части Москвы. По всей видимости, опытный воевода оказывает сопротивление. В этом не может быть ничего удивительного, поскольку каждый из подручных князей и бояр держит при себе полный двор вооружённых людей. Далее события разворачиваются привычным путём: опричники врываются за ограду, ломают, крушат, отрубают голову князю Петру, заодно убивают его племянника Александра Ярославова-Оболенского, может быть, кое-кого из служилых людей, прибежавших «на оборонь», и с их смертью в земской Боярской думе не остаётся ни одного представителя этого обширного рода, когда-то введённого в неё интригами Адашева и Сильвестра.
В середине июля 1570 года собирается освящённый собор. Архиепископ Пимен и духовные лица из его окружения предаются суду митрополита, епископов, игуменов и архимандритов. Суд, состоящий из высшего духовенства, признает доказанной вину новгородского владыки и его приспешников. Пимена постановлением суда лишают сана и заточают в венёвский Никольский монастырь, где он умирает спустя год и два месяца без шести дней, как выражается новгородская летопись. Сана лишают и рязанского епископа Филофея. Двадцать пятого июля начинаются казни. Опись Посольского приказа, сделанная в 1626 году, продолжает перечень дел, впоследствии затерявшихся во мраке истории:
«Да тут же приговор государя, царя и великого князя Иоанна Васильевича всеа Русии о тех изменниках, ково казнить смертию, и как государь, царь и великий князь Иоанн Васильевич всеа Русии и царевич Иван Иванович выезжали в Китай-город на полое место сами и велели там изменникам вины их вычести перед собою и их казнити. А подлиннова дела ис чего тот статейный список написан не сыскано. А приговор и государев выезд в Китай-город и список, за дьячьею пометою, кто как казнён, ветхи гораздо и изодрались. А большой статейный список ветх же...»
Местом казни назначается Поганая лужа, как именуется рыночная площадь в Китай-городе. Площадь оцепляет конная стража. На площадь выводят около трёхсот человек, вина которых признается судом. Позднее в подлой Литве немец Шлихтинг измышляет по этому поводу, будто московский народ, объятый ужасом, разбегается, окрестные улицы пустеют, тогда как царь и великий князь, вооружённый до зубов и в броне, разъезжает по площади, оцепленной стражей, но тем не менее каким-то фантастическим образом опустелой, лично уговаривает укротить страх и призывает подойти поближе попрятавшихся по домам и подвалам посадских людей, и далее наёмный клеветник, который без зазрения совести служит врагам Московского царства, несёт уже вовсе несуразную дичь, будто бы приводя признание самого Иоанна, «что, правда, в душе у него было намерение погубить всех жителей города, но он сложил уже с них свой гнев», то есть должны зарубить себе на носу польские и литовские шляхтичи, возжелавшие именно московского царя и великого князя принять к себе в короли, что этот варвар, этот дикарь, московский медведь сам оповестил немца Шлихтинга, что возжелал было ни много ни мало и, уж разумеется, ни с того ни с сего, без ума истребить всю Москву, да вдруг передумал, завидя, что жители города испугались одного его грозного вида, так глядите, шляхетство и панство, он и вас этак-то задумает всех истребить, выродок, зверь, не принимайте его к себе в короли, не миритесь, подите на него священной войной, петая-перепетая, но всё ещё не допетая подлая песнь всех изгоев и перебежчиков.
В действительности московский люд тихо и мирно и с большим любопытством заполняет Поганую лужу: как всякий народ, москвичи страсть как любят на казни глазеть, тем более что русский народ только и уважает того государя, который бестрепетно предаёт казням оголтелых вельмож, этих неисправимых мздоимцев, казнокрадов, насильников, «волков», которые, как искони повелось, во все времена для народа хуже татар. Иоанн знает эту непреложную истину лучше всех этих мелкотравчатых шлихтингов, штаденов, курбских и вкупе с ними десятков и сотен историков, романистов, балалаечников и кинематографистов, которые изо всех сил и в меру своего невежества и злобной фантазии порочат его, знает как раз потому, что именно от этого народа получил власть и право казнить этих «волков», пока их не растерзал сам народ. Он говорит не грозя, не оправдываясь, не испрашивая прощения, поскольку казнить «волков» ему сам народ поручил, уверенный в том, что народ поддержит его, иначе удавил бы супротивников втихомолку, в тёмных подвалах Кремля или Александровой слободы:
— Народ православный, увидишь муки и смерть, но я караю изменников.
И вновь, как пять лет назад, когда затворялся в Александровой слободе, вопрошает:
— Ответствуй: прав ли мой суд?
И православный народ, не имеющий причин любить князей и бояр, отвечает, как отвечал той тревожной зимой, когда князь и великий князь, оставив Москву и престол, испрашивал его благословения на опалы и казни:
— Живи, царь преблагий! Ты хорошо делаешь, что наказуешь изменников по делам их!
Может быть, дружное одобрение московского люда хотя бы отчасти утишает тот неумолкаемый ропот израненной совести, которая побуждает его каждое имя казнённого его повелением заносить в поминальный листок и за каждую жертву коленопреклонённо вымаливать прощенье у Бога. Он не изверг, он не злодей, он государь, чьё правление пришлось на многомятежное, окровавленное, жестокое время, когда не сыскать государя, у которого руки не были бы по локоть в крови, он именно вершит суд над изменниками, предателями, мздоимцами и казнокрадами, а не стреляет исподтишка в безоружных, безвинных из амбразуры окна, как французский король в ночь святого Варфоломея, он стремится к тому, чтобы это был правый суд. Именно Иоанн, царь московский, Грозный, единственный среди озверелой своры европейских правителей, не позволяет себе взять на свою бессмертную душу тяжкий грех умертвлять всех и каждого без разбора, оттого народ нарекает его не Кровавым, как английскую королеву Марию, но Грозным, грозой на «волков». Напротив, тотчас после одобрительных кликов толпы, его указанием из рядов осуждённых выводят около двухсот человек. Вина этих ста восьмидесяти девяти служителей архиепископа Пимена и новгородских подьячих не доказана ни свидетельскими показаниями, ни очными ставками, ни изощрёнными пытками, или доказательства показались ему недостаточно вескими, при всём честном православном народе царь и великий князь даёт им свободу и передаёт на поруки земским князьям и боярам, произнеся: