Болезненный Федор Иванович достиг только сорокалетнего возраста. Он тяжко занемог и скончался 7 января 1598 года. Так как с ним прекращался царствовавший род, то, естественно, все ожидали, какое распоряжение он сделает относительно престолонаследия. На этот счет существуют различные известия. По одним, перед смертью на вопросы патриарха и бояр, кому приказывает царство и царицу, он отвечал: «в сем моем царстве и в вас волен создавший нас Бог; как Ему угодно, так и будет; а с царицей моей Бог волен, как ей жить, и о том у нас улажено». Но прощаясь наедине с Ириной, он, по тому же сказанию, «не велел ей царствовать, а повелел иноческий образ принять». По другим, более достоверным известиям, наоборот, он завещал престол своей супруге Ирине, а исполнителями своей духовной или своими душеприказчиками назначил патриарха Иова, двоюродного брата своего Федора Никитича Романова-Юрьева и шурина своего Бориса Федоровича Годунова. Когда звон большого Успенского колокола возвестил о кончине Федора, народ толпами устремился в Кремлевский дворец, чтобы проститься с усопшим государем; причем поднялся громкий плач и раздались многие стенания. Верим, что народная горесть была вполне искренняя; ибо давно уже Россия не испытывала такого сравнительно тихого и благополучного времени, как четырнадцатилетнее царствование Федора Ивановича, которое особенно выигрывало в общем мнении после столь бедственной второй половины царствования Ивана IV. При всем своем слабоумии, Федор за свою набожность и целомудренную жизнь, очевидно, был любим народом и почитаем почти за святого человека. А главное, вследствие прекращения царского рода, русских людей удручали опасения за будущее. Более всех плакала и убивалась сама Ирина Федоровна. Кроме нежной привязанности к почившему супругу, она выражала глубокое горе о своей бездетности. По словам современника, причитая над телом супруга, она, между прочим, восклицала: «увы мне смиренной вдовице, без чад оставшейся… мною бо ныне единою ваш царский корень конец приял». На другой день, 8 января, последний государь из дому Владимира Великого с обычными обрядами был погребен в Архангельском соборе.
Бояре, чиновники и граждане беспрекословно присягнули Ирине Федоровне; таким образом, повторялся случай, бывший в малолетстве Грозного, с тем различием, что Ирина могла не только править государством подобно Елене Глинской, но и прямо царствовать. Но характер ее был совсем иной: весьма набожная и чуждая властолюбия, она уже привыкла руководствоваться в делах политических исключительно советами своего брата, и теперь, по-видимому, имела только одно честолюбие, одно намерение: посадить его на престол Московского государства. С этим намерением вполне согласовалось ее дальнейшее поведение. На девятый день по кончине супруга Ирина удалилась в московский Новодевичий монастырь и там вскоре постриглась под именем Александры, предоставляя духовенству, боярам и народу избрать себе нового царя. По наружности управление государством перешло в руки патриарха Иова и боярской думы; но душой правительства по-прежнему оставался Борис Годунов, которому патриарх Иов был предан всем сердцем. А правительственные грамоты продолжали выдаваться «по указу» царицы Ирины.
Теперь, когда выступил на первый план вопрос об избрании царя, естественно, между знатнейшими русскими боярами находилось немало потомков Владимира Великого, которые еще живо помнили о своих удельно-княжеских предках и считали себя вправе занять праздный московский трон. Но никто из них не решался заявить какие-либо притязания, не имея для них никакой надежной опоры в народе. В последнее время ближе всех стояли к трону две боярские фамилии: Шуйские, или Суздальские, ведшие свой род от Александра Невского, и Романовы-Юрьевы, близкие родственники последних государей с женской стороны, двоюродные братья Федора Ивановича. Однако и они ясно видели, что их время еще не наступило. Законной царицей почиталась теперь Ирина Федоровна, а у нее был родственник еще более близкий, родной брат Борис; на его стороне были все выгоды и все обстоятельства. В его пользу действовали два самых могущественных союзника: патриарх Иов и царица-инокиня Александра; говорят, что первый разослал по России надежных монахов, которые везде внушали духовенству и народу о необходимости избрать в цари Бориса Годунова; а вторая тайно призывала к себе военнослужилых сотников и пятидесятников и раздавала им деньги, чтобы они в той же необходимости убеждали своих подчиненных. Но еще более сильным аргументом в пользу Годунова говорила его прошедшая деятельность и умное управление делами: народ привык к его управлению; а наместники и чиновники, лично им поставленные и возвышенные, естественно, тянули общественное мнение в его сторону. Поэтому нет достаточных оснований отвергать следующий рассказ некоторых иностранцев. Когда Ирина удалилась в монастырь, то дьяк и печатник Василий Щелкалов вышел к народу, собравшемуся в Кремле, и предложил принести присягу на имя боярской думы. «Не знаем ни князей, ни бояр — ответила толпа — знаем только царицу, которой присягали; она и в черницах мать России». На возражение дьяка, что царица отказалась от правления и что государству нельзя быть без правительства, толпа воскликнула: «да здравствует (или да царствует) брат ее Борис Федорович!» Никто не дерзнул противоречить сему восклицанию. Тогда патриарх с духовенством, боярами и народной толпой отправился в Новодевичий монастырь, куда, вслед за сестрой, часто стал удаляться и ее брат. Там патриарх начал просить царицу, чтобы она благословила своего брата на царство; просил Бориса принять это царство. Но последний отвечал решительным отказом и клятвенными уверениями, что ему никогда и на ум не приходило помыслить о такой высоте, как царский престол. Таким образом, это первое открытое предложение короны было отклонено Борисом. Но дело просто объясняется тем, что избрание царя должно было совершиться по приговору великой земской думы, собиравшейся из всех выборных людей всей Русской земли, и Борис только от нее мог принять свое избрание.
В феврале съехались в Москву выборные из городов и вместе с московскими чинами составили Земский собор. Число его членов простиралось свыше 450; большинство принадлежало духовному и военно-служилому сословию, которое было предано Годунову; да и самые выборы производились по распоряжению патриарха Иова и под надзором преданных Годунову чиновников. Следовательно, заранее можно было предвидеть, на ком остановится соборное избрание. 17 февраля, в пятницу, патриарх открыл заседание великой земской думы, и в речи своей прямо указал на Бориса. Тотчас все собрание постановило «неотложно бить челом Борису Федоровичу и кроме него никого на государство не искать». После того два дня сряду, в субботу и воскресенье, в Успенском соборе служили молебны о том, чтобы Господь Бог даровал им государем Бориса Федоровича. А 20 числа в понедельник на масляной неделе патриарх и духовенство с народом отправились в Новодевичий монастырь, где подле сестры пребывал тогда Годунов, и со слезами молили его принять избрание. Но и на сей раз получили все тот же решительный отказ и все те же уверения. Тогда святейший патриарх Иов прибегает к крайним мерам, чтобы сломить упорство Бориса. На следующий день, 21 февраля, после торжественных молебнов по всем церквам столицы он поднимает хоругви и иконы и идет крестным ходом в Новодевичий монастырь, призывая туда же не только граждан, но и их жен с грудными младенцами. Между собой патриарх и все архиереи уговорились, что если и на сей раз царица и брат ее откажутся исполнить народную волю, то отлучить Бориса от церкви, а самим сложить с себя архиерейские ризы, одеться в простое монашеское платье и запретить везде церковную службу.
Крестный ход был встречен в монастыре звоном колоколов; из монастыря вынесли икону Смоленской Богородицы. За ней вышел Годунов; пал ниц перед иконой Владимирской Богородицы и со слезами говорил патриарху, зачем он воздвигнул чудотворные иконы. Патриарх со своей стороны укорял его в противлении воле Божией. Иов, духовенство и бояре вошли в келию царицы и со слезами били ей челом, стоя на коленях; в то же время народ, толпившийся около монастыря, с плачем и рыданием падал на землю и также молил царицу дать своего брата на царство. Наконец, инокиня Александра, глубоко тронутая этими мольбами, объявляет свое согласие и приказывает брату исполнить желание народа. Тогда и Борис, как бы приневоленный ею, со вздохом и слезами произносит: «Буди, Господи, святая Твоя воля!» После того все отправились в церковь, и там патриарх благословил Бориса на царство.
Трудно сказать, насколько во всех этих действиях было искренности с той и другой стороны и насколько тут участвовали лицемерие и заранее назначенные роли. С вероятностью, однако, можно предположить, что в общих чертах все делалось по тайному руководству самого Бориса и его близких клевретов. Есть известия, что приставы почти насильно сгоняли народ к Новодевичьему монастырю и принуждали его плакать и вопить; прибавляют, что клевреты, вошедшие с духовенством в келью царицы, когда сия последняя подходила к окну, из-за нее давали знак приставам, а те приказывали народу падать на колени; причем непокорных толкали в шею. Говорят также, что многие желавшие изображать плачущих, слюной мазали себе глаза. Это со стороны народа. А со стороны Бориса неоднократные отказы объясняются сначала ожиданием избрания от великой земской думы, потом желанием придать своему согласию вид принуждения или подчинения настойчивой всенародной воле, а наконец и самым русским обычаем, который требовал, чтобы всякая почесть, даже простое угощение, принималась не вдруг, а только после усиленных просьб. Рассказывают, что Шуйские едва не испортили всего дела: после отказа 20 февраля они стали говорить, что далее упрашивать Годунова не подобает и что надобно приступить к избранию другого царя. Но патриарх отклонил их предложение и устроил крестный ход на следующий же день. Рассказывают также, что бояре хотели избрать Годунова на условиях, ограничивающих его власть, и в этом смысле готовили грамоту, на которой он должен был присягнуть. Узнав о том, Годунов тем долее отказывался, чтобы при всенародных мольбах всякие ограничивающие условия сделались неуместными