К концу шестого часа бой возобновился. Японские броненосцы сосредоточили огонь по ближе к ним идущему броненосцу «Александр III» и по концевому «Адмиралу Нахимову», на котором вспыхнул пожар. А затем, по мере того, как они нагоняли русскую эскадру, огонь был перенесён также на головной русский корабль «Бородино». По наблюдению адмирала Того, огонь русских кораблей потерял значительную часть своей меткости, а огонь японских броненосцев, наоборот, стал ещё более действительным. Но на самом деле «Император Николай I» и броненосцы береговой обороны просто недостреливали до японских броненосцев, а огонь «Бородино», «Орла» и «Александра III», естественно, ослабел после того, как огонь всего японского флота был в течение многочасового боя сосредоточен на них. Не только у героической команды, но и у стали имеется предел прочности. Если по броне бить в течение многих часов снарядами, как мощными ударами молота, то и самая крепкая сталь не выдержит и, в конце концов, разлетится. Это и случилось с многострадальными русскими броненосцами.
Вскоре после шести часов с «Адмирала Ушакова» передали, что «Александр III» терпит бедствие, крен его увеличивается, но броненосец, хоть и отстаёт, продолжает идти по курсу и отстреливаться. В это время миноносец «Безупречный» нагнал флагманский корабль адмирала Небогатова и сообщил ему, что адмирал Рожественский передаёт ему командование эскадрой. Броненосцы 3-го отряда увеличили ход и постепенно обошли отстававший «Александр III».
В 6 часов 30 минут на «Александре III» в результате новых попаданий показалось пламя между дымовыми трубами, корабль потерял способность управляться, но продолжал стрелять. Его бросило влево наперерез курса остальных броненосцев. Сильно накренившись и оставляя полосу густого дыма, «Александр III» перерезал строи впереди «Сисоя Великого» и «Адмирала Нахимова», и в 6 часов 48 минут броненосец, не прекращая стрельбу из уцелевших орудий, опрокинулся, вероятно, в результате острого поворота при слишком большом крене. Вода, разливаясь по внутренним палубам, хлынула к накренившемуся борту и, подобно тому, как падает сражённый топором ствол дерева, броненосец, увеличивая крен, перевернулся на глазах поражённых ужасом экипажей русских концевых броненосцев.
Было видно, как герои-гвардейцы бросаются в воду, но, увидев, что их опрокинувшийся корабль не тонет, они начали вылезать на его днище, цепляться за водоросли и ракушки, которыми за долгое плавание в тропических морях покрылась подводная часть броненосца, и, в последней надежде сохранить жизнь, махать руками по направлению к уходящим от них броненосцам. Слёзы стояли в глазах команд этих броненосцев при расставании с ними, но бой шёл дальше, их корабли уже обстреливались не только японскими броненосцами, но и японскими броненосными крейсерами, которые в это время приближались с юга в строе пеленга к месту боя. Нашим концевым броненосцам пришлось отстреливаться на два борта: правым против ушедших вперёд броненосцев адмирала Того, а левым против нагонявших их броненосных крейсеров Камимуры. В это время «Сисой Великий» и «Адмирал Нахимов» получили много новых попаданий. На место гибели «Александра III» спешил полным ходом лёгкий крейсер «Изумруд», готовясь спустить свои шлюпки. Но огонь кораблей Камимуры был чрезвычайно губителен и бессмысленно жесток, недолёты без пощады убивали тонущих, русский крейсер смог только сбросить на воду пояса, круги и койки и спешить за своей эскадрой, которая уже удалилась кабельтовых на 20, а японские крейсера приблизились на ту же дистанцию к «Изумруду».
Скоро днище «Александра III» скрылось в набежавших волнах. Ещё долго плавали люди, обломки дерева, пояса и койки. В сгустившихся сумерках проскользнули чёрные тени японских крейсеров. Ни один из них не остановился. Ночь спустилась. Никто не спасся из девятисот чинов Гвардейского Экипажа, составлявших команду этого героического корабля. Никто не расскажет об индивидуальном геройстве их командира — капитана 1-го ранга Бухвостова, его офицеров, кондукторов и матросов. Некому поведать, какую драму они пережили и каким страданиям они были подвергнуты в течение пятичасового боя с неприятелем и с огнём и ещё более долгого боя с ледяной водой. Их геройство осталось безымянным. Их совместный подвиг связан навеки с именем их корабля — «Император Александр III».
Теперешние хозяева России никогда не посмеют этим именем назвать новый корабль, на котором будут плавать и так же геройски сражаться потомки доблестно погибших в Цусимском сражении. Но придёт время, когда одним из первых кораблей, на котором снова взовьётся славный Андреевский флаг, будет опять «Император Александр III». И это славное имя никогда не переведётся, пока будут плавать корабли под флагом синего креста на белом фоне.
Согласно донесению адмирала Того, в последней фазе сражения на склоне дня 14 мая участвовало с каждой стороны по шесть кораблей. С японской стороны это были четыре броненосца и два броненосных крейсера, составлявшие первый боевой отряд, находившийся под командованием самого Того. С русской стороны в начале этой фазы боя принимали участие пять броненосцев и один броненосный крейсер, оставшиеся от 8 кораблей, составлявших первые два броненосных отряда адмиралов Рожественского и Фёлькерзама. Отряд адмирала Небогатова в это время поддерживал своим огнём русские лёгкие крейсера в перестрелке последних с японскими лёгкими крейсерами.
Но после того, как «Александр III» был подбит и отстал, вместе с ним задержались «Наварин», «Сисой Великий» и «Адмирал Нахимов». Только через некоторое время на их место вступили в линию четыре корабля, подчинённые Небогатову, и количество русских кораблей, сражавшихся против шести кораблей адмирала Того, осталось всё тем же. Тем временем отставшие русские корабли завязали бой с подоспевшими броненосными крейсерами адмирала Камимуры; бой этот был вскоре из-за темноты прекращён.
Все эти перестроения русской эскадры остались незамеченными со стороны адмирала Того. При возобновлении боя японская эскадра находилась в более светлой части горизонта, а русская — в более тёмной, что и помогло утаить русские перестроения. Но по мере того, как японские корабли, пользуясь преимуществом в ходе, постепенно нагоняли русскую эскадру, они оказались на восток от неё, и роли переменились. Теперь японские корабли было очень трудно различить на потускневшем восточном горизонте, тогда как русские корабли отчётливо выделялись на освещённом заходящим солнцем западном горизонте. Это обстоятельство помогло японским броненосцам нанести последние решительные удары уже измученным русским кораблям, а самих себя уберечь от тяжёлых повреждений русскими снарядами.
Главными участниками этой фазы сражения с русской стороны были по-прежнему три наших лучших броненосца, которые несли на себе всю тяжесть сражения с того времени, как «Князь Суворов» вышел из строя, то есть в течение более чем четырёх часов. Ими были «Император Александр III», «Бородино» и «Орёл». Остальные броненосцы участвовали или в начальной стадии этой фазы сражения, или только в заключительной. После того как «Александр III» был окончательно подбит, огонь японских броненосцев был сосредоточен на остальных двух русских броненосцах, шедших головными, и в первую очередь на «Бородино».
До тех пор «Бородино», имея большие потери в личном составе, не получил значительных материальных повреждений. Броненосец энергично отвечал на неприятельский огонь из своей кормовой башни с 12-дюймовыми орудиями и из трёх башен правого борта с 6-дюймовой артиллерией. Но теперь под сосредоточенным огнём японцев его сила быстро истощалась. Выходили из строя орудия, падали убитыми или истекали кровью чины экипажа, количество пробоин росло, всё больше и больше воды вливалось в корабль, и крен броненосца увеличивался. Но «Бородино» по-прежнему держал курс на Владивосток, лишь немного уклонившись влево, и не сделал попытки уйти со своего места, когда губительный огонь японских кораблей достиг апогея.
Кто в это время командовал «Бородино», осталось неизвестным. Капитан 2-го ранга Макаров был уже давно ранен. Его заместители оказались такими же доблестными и настойчивыми офицерами, каким себя показал Макаров. Командир, капитан 1-го ранга Серебренников, потеряв много крови, лежал, но, согласно рассказу Ющина, всё время интересовался боевой обстановкой и, очевидно, своими советами поддерживал дух офицеров, исполнявших обязанности командира броненосца, за которым послушно следовала вся эскадра.
Наконец, под ураганным огнём японских броненосцев, «Бородино» запылал. Высокие языки пламени и клубы густого дыма повалили из середины броненосца ближе к корме. Японцы, заметив пожар, ещё усилили стрельбу по обречённому кораблю. В это время солнце, слепившее глаза японских комендоров, скрылось за горизонтом, и «Бородино» проектировался на светлой части неба, как на ладони. Попадания японских снарядов участились. Но «Бородино» по-прежнему отвечал из своих орудий, хотя его огонь заметно слабел. Чёрные тени японских броненосцев уже слились с тёмным небосклоном. Набегающие волны стали тяжёлыми, как свинец. Серая пелена окутала соседние корабли. Но ночь всё ещё не хотела спуститься и прикрыть своим покровом израненный корабль.
Носовой каземат, где находился Ющин, наполнился дымом и удушливыми газами. Стало тяжело дышать. Тяжело раненный поручик Беннигсен вернулся после перевязки снова в батарею. Вскоре сюда прибежал сигнальщик с верхней палубы, чтобы позвать Беннигсена принять командование броненосцем, но Беннигсен уже недвижно лежал на палубе, сражённый наповал новым осколком. Сигнальщик побежал дальше, на корму, надеясь отыскать там кого-либо из офицеров. В командование орудиями в каземате вступил кондуктор Иван Чупахин.
Новый крупный снаряд разорвался перед казематом. Из всей прислуги орудий остались в живых только Чупахин и Ющин. Пламя после разрыва быстро распространилось в сторону поднятых из погреба патронов. Рядом валялась чья-то голова. Ющин инстинктивно поднял руки, чтобы убедиться, что его голова находится на месте. Тем временем Чупахин не растерялся и начал выбрасывать патроны за борт, чтобы они не начали от пламени взрываться, а Ющину он приказал: «Беги на корму, зови людей, нам вдвоём с огнём не справиться».