Датские исследователи[112] секвенировали полный геном из более чем четырехсот образцов P.aeruginosa, взятых у тридцати четырех детей и подростков. В нескольких случаях штаммы у разных людей были очень похожими, и это говорило о том, что бактерия переходила от одного пациента к другому, несмотря на максимальные усилия врачей предотвратить подобную передачу [57].
Однако огромное количество геномов бактерий очень сильно отличались друг от друга, указывая на то, что пациенты заразились P.aeruginosa от разных природных штаммов.
И тогда возник вопрос, насколько похожими были эволюционные пути развития разных бактерий.
Сравнивая ДНК P.aeruginosa у определенного пациента в разные периоды времени, исследователи получили хронологию генетических изменений, произошедших после того, как бактерия колонизировала организм этого человека. Всего они обнаружили свыше двенадцати тысяч мутаций, что составляет в среднем более трех сотен на колонизирующий штамм.
Проблема заключалась в том, как разобраться в этом объеме информации. Какие изменения представляли адаптацию к новому окружению – человеческим легким, – а какие были случайными, не имеющими адаптивной значимости?[58] Геном P.aeruginosa содержит более пяти тысяч генов и шести миллионов участков ДНК. И хотя прогресс в изучении бактерии значительный, у нас все равно очень ограниченное понимание того, как работает геном бактерии. Следовательно, у датских ученых было смутное представление о последствиях практически всех обнаруженных ими двенадцати тысяч генетических изменений.
Столкнувшись с этой дилеммой, исследователи испытали приступ вдохновения. Они сделали вывод, что конвергентная эволюция популяций, обитающих в похожем окружении, является ярким свидетельством адаптивной эволюции. Более того, известно, что микробы конвергентно используют одни и те же гены, чтобы адаптироваться к похожим условиям. И если мы хотим определить гены, участвующие в адаптации P.aeruginosa к жизни внутри организма человека, почему бы не попробовать поискать те, которые повторно мутируют у разных больных муковисцидозом?
Ученые составили список всех мутаций, сведя воедино количество штаммов, у которых наблюдались мутации в одном и том же гене. Всего мутации возникли почти в четырех тысячах генов, в трети они происходили во множестве штаммов.
Конечно, два штамма могут приобрести мутации в одном и том же гене совершенно случайно.
Статистический анализ устанавливает порог на пяти: крайне маловероятно, что мутации в одном и том же гене в столь многих штаммах происходили случайно[59].
Пятьдесят два гена приобрели мутации в пяти и более штаммах. Рекорд поставил один ген, в котором двадцать штаммов – более половины от общего количества – претерпели генетическое изменение. Ученые рассматривали эти пятьдесят два гена в качестве возможных генов-кандидатов на конвергентную адаптацию – «кандидатные патоадаптивные гены, в которых мутации оптимизируют патогенную активность», говоря их языком.
Один из способов проверить эффективность данного метода – посмотреть, поможет ли он определить гены, уже участвовавшие в процессе адаптации P.aeruginosa. И действительно, половина обнаруженных ими генов были теми, которые уже определялись, в особенности гены, участвовавшие в эволюции сопротивляемости антибиотикам и формировании биопленки. Опираясь на конвергенцию, действительно можно установить гены, задействованные в патогенной адаптации.
Многообещающий итог данного исследования в том, что оно помогло определить ряд генов, которые, как считалось ранее, не участвовали в процессе адаптации к муковисцидозу. Биохимическое функционирование[113] семи этих генов уже известно, так что теперь исследование сконцентрировано на том, как изменение данных функций путем мутации может позволить P.aeruginosa адаптироваться к организмам больных муковис-цидозом. Кроме того, девятнадцать конвергентных генов были «терра инкогнита», их функционирование оставалось тайной (что неудивительно, ведь мы не знаем, как работает почти половина генов P.aeruginosa). Понятно, что если мы не в курсе, что делает ген, мы не имеем представления о том, каким образом изменения в этом гене приведут к адаптации к окружению в виде человеческих легких. Выяснить, как работают эти гены, несомненно, является главным приоритетом.
Как бы я хотел завершить этот рассказ заголовком «Конвергентная эволюция спасает пациентов с муковисцидозом»… Но говорить об этом пока еще рано. Тем не менее ясно, что изучение конвергентной эволюции – предмет интереса не одной только науки: эти знания могут помочь нам разобраться, как патогенные (вызывающие заболевания) организмы атакуют людей, и, возможно, понять, какие терапевтические меры нам предпринять, чтобы бороться с ними.
В то же время результаты данного исследования касаются вопроса эволюционной предсказуемости и контингентности. Большинство идентифицированных генов претерпели мутации меньше, чем у половины из тридцати четырех пациентов. Более того, делая анализ на основе конвергенции, не смогли определить адаптивные мутации, произошедшие только у одного или нескольких пациентов. Общая повторяемость, с помощью которой P.aeruginosa адаптируется к организмам больных муковисцидозом, сравнительно низкая. Предстоит выяснить, является ли эта неповторяемость результатом случайного характера мутаций, различного генетического состава разных инфицирующих штаммов, биологических различий среди пациентов или адаптации к разным частям легких.
Еще одно исследование дало[114] очень похожие результаты. Burkholderia dolosa был неизвестным для науки микробом, когда он поразил пациентов с диагнозом муковисцидоз из бостонской больницы в начале 1990-х, заразив в конечном итоге тридцать девять человек. Точно так же, как в случае с исследованием P.aeruginosa в Дании, повторные взятия образцов у одних и тех же пациентов позволили исследователям проследить генетические изменения микроба внутри каждого организма.
И так же как в исследовании P.aeruginosa, там было большое количество мутаций. Учитывая то, что бактерия плохо изучена, вычислить последствия большинства изменений было сложно. А потому команда, возглавляемая Тами Либерман из Гарвардской медицинской школы, стала искать гены, повторно мутировавшие у большинства пациентов с муковисцидозом. Те семнадцать генов, которые они определили, включали одиннадцать генов, которые связаны с сопротивляемостью антибиотикам и развитием заболевания. Но о действии трех из множества мутировавших генов ничего не было известно, а другие три гена никогда прежде не ассоциировались с развитием легочных болезней.
Если бы не было этой информации, то никто бы и не подумал о том, что они причастны к заражению Burkholderia. В настоящее время исследуются несколько мутаций с целью понять, как они становятся патологическими.
И так же как в исследовании P.aeruginosa, даже у половины пациентов мутировало относительно мало генов, и, следовательно, в целом процент предсказуемости был снова низким. Исследование концентрировалось на генах, конвергентно мутировавших у множества пациентов, и оно не смогло определить адаптивные изменения, которые произошли только у одного или нескольких пациентов.
Оба этих исследования проводились на пациентах с диагнозом муковисцидоз, потому что они более подвержены инфекциям. Стандартный мониторинг обеспечивает исследователей образцами на ранних стадиях заражения, что позволяет им изучать, как бактерия адаптируется со временем. Однако получить множественные образцы от каждого пациента для большинства заболеваний невозможно. В большинстве случаев такие образцы даже не пригодятся, так как многие бактерии поступают в организм своей самой последней жертвы с уже эволюционировавшими ранее патогенными адаптациями.
Альтернативный метод определения конвергентных генетических изменений заключается в том, чтобы следовать примеру эволюционных биологов и выстраивать филогенез с целью изучить эволюцию признака. Сравнивая опасные штаммы с их безвредными родственниками, врачи-микробиологи ищут похожие изменения, эволюционировавшие множество раз в патогенных штаммах.
Наиболее часто ученые применяли данный подход, чтобы изучить генетическую основу сопротивляемости лекарственным препаратам. К примеру, Mycobacterium tuberculosis, бактерия, ответственная за туберкулез, много раз вырабатывала устойчивость к антибиотикам. Международной команде ученых[115] удалось секвенировать геном из ста двадцати трех штаммов М. tuberculosis, сорок семь из которых демонстрировали сопротивляемость антибиотикам, используемым для лечения туберкулеза. Как и ожидалось, филогенез подтвердил, что не все антибиотикорезистентные штаммы были близкородственными. Скорее сопротивляемость антибиотикам эволюционировала конвергентно много раз.
В одном лишь образце исследователи определили почти двадцать пять тысяч позиций ДНК, в которых происходила мутация как минимум одного штамма. Далее ученые сконцентрировали свое внимание на мутациях, которые эволюционировали множество раз, причем исключительно в тех штаммах, которые были резистентны. Крайним проявлением была мутация, которая эволюционировала независимо в восьми резистентных и ни в одном нерезистентном штаммах.
Исследование имело бешеный успех. Было обнаружено, что в одиннадцати областях генома M.tuberculosis – либо в генах, либо в ДНК между генами – ранее происходили мутации, породившие сопротивляемость антибиотикам. В процессе исследования были установлены все одиннадцать областей. Но, кроме того, обнаружилось еще тридцать девять областей, которые прежде не ассоциировались с возникновением туберкулеза. Одиннадцать находились в тех генах, чья функция уже известна. Несколько этих генов участвуют в определении проницаемости стенок клеток бактерии. Это говорит о том, что подобные изменения могут каким-то образом иметь отношение к резистентности антибиотикам: возможно, они затрудняют антибиотику вход в клетку бактерии. Остальные двадцать восемь изменений происходили в ген