Хотя польский сейм и ратифицировал Гадячский договор, но ему не было суждено претвориться в жизнь. Польские войска, которые по договору должны были прийти на помощь казакам для борьбы с московским царем, начали самовольничать на Украине, а шляхта стремилась снова поработить ее.
Московское царство, со своей стороны, весной 1659 года направило на Украину почти 100-тысячную армию под командой князя Трубецкого. Сражение произошло на Черниговщине под Конотопом. Казачьи войска под предводительством И. Выговского разгромили врага. Полки русской конницы были уничтожены, а московские воеводы попали в плен.
Но блестящая победа запорожцев под Конотопом не получила должного развития. Против И. Выговского восстали полковник И. Богун и кошевой И. Сирко. В октябре на казачьей раде И. Выговский сложил с себя полномочия гетмана. В 1663 году по обвинению польского суда в агитации украинцев против шляхты Выговский был расстрелян в Варшаве (История Украины. Киев, 2001. С. 61–63).
Российские источники свидетельствуют, что после смерти Богдана Хмельницкого новый гетман Иван Выговский заключил с поляками тайное соглашение против Российского государства. При этом он начал поспешно собирать войска, в том числе стараясь привлечь на свою сторону и крымских татар. Но его призыву последовали далеко не все украинцы. В частности, слободские казачьи полки (юго-восточная Украина) сообщили московскому правительству о призывах гетмана и о его намерениях совершить поход на их территорию. По данному случаю царь Алексей Михайлович в 1658 году прислал свою грамоту старшине и казакам Острогожского полка. В ней, в частности, говорилось: «А будет изменник Иван Выговский или его единомышленники под Острогожский городок придут, и вы бы, прося у всещедрого Бога милости, чинили над ними промысел, сколько вам милосердный Бог помощи подаст, а мы Великий Государь, за вашу службу и за соединение истинной православной веры пожалуем…»
По призыву царского правительства сотни Острогожского казачьего полка влились в состав русских войск, руководимых воеводой Григорием Григорьевичем Ромадановским, с которыми и совершили поход на Правобережную Украину.
После отставки Выговского новым гетманом, несмотря на юный возраст, все же был избран сын Богдана Хмельницкого Юрий Хмельницкий. Он родился в Суботове в 1641 году, долгое время проживал с матерью в родовом имении. По воспоминаниям современников, он не был лидером и не стремился к власти. Но она его настигла сама. Когда в 1658 году Выговский заключил с поляками Гадячский договор, Юрий Хмельницкий послал в Запорожье доверенного слугу своего отца, Ивана Брюховецкого, и просил запорожцев поддержать его кандидатуру на гетманство. На Раде, собранной возле Белой Церкви, Юрий Хмельницкий был провозглашен гетманом единогласно. Вслед затем на Раде, состоявшейся близ Ржищева, было постановлено ходатайствовать перед русским царем о расширении прав малорусского народа, в смысле усиления гетманской власти и утверждения самостоятельности малорусской церковной иерархии.
Русский воевода князь Трубецкой не принял этого ходатайства и потребовал созвать новую Раду в Переяславле, где снова был избран гетманом Юрий Хмельницкий. Но на этот раз российская администрация его сразу вынудила подписать так называемые Переяславские статьи, сильно ограничивавшие власть гетмана и автономию Украины. После этого положение нового гетмана стало чрезвычайно трудным ввиду предстоявшей войны с Польшей и разлада между старшиной и народом внутри сомой Малороссии.
Для того чтобы доказать свою силу, Юрий Хмельницкий решил провести военно-политическую акцию и занял столицу Чигирин, где находились склад казацкой артиллерии и казна бывшего гетмана Выговского. На некоторое время этот небольшой город становиться центром гетманской власти на землях Малороссии.
В 1660 году боярин Василий Борисович Шереметев выступил с большим отрядом из Киева против Польши. Юрий должен был принять участие в этом походе и шёл с казаками за русским войском. Но казаки не спешили, и вскоре русская армия была остановлена под Любаром, где воевода занял оборону, намереваясь дождаться подхода отрядов Юрия Хмельницкого. Но вскоре стало ясно, что Хмельницкий не придет. Тогда Б.П. Шереметев начал отвод своей армии к Чуднову, где рассчитывал соединиться с гетманом. Но на пути отхода под местечком Чудновым русские войска были окружены польско-татарской конницей. После этого поляки с татарами двинулись против гетмана и осадили его отряды под Слободищем.
Сын Богдана Хмельницкого оказался ненадежным союзником. Под давлением группы правобережных полковников во главе с генеральным обозным Тимофеем Носачом Юрий 15 октября вступил в переговоры с поляками и сдался им в плен, и даже принес присягу на верность королю. Капитуляция гетмана катастрофически сказалась на положении русской армии Шереметева, и 4 ноября она также капитулировала.
Когда слух о подданстве Юрия полякам распространился на левом берегу Днепра, дядя гетмана Яким Сомко поднял там казацкие полки. Борьба между ним и Юрием Хмельницким продолжалась с переменным успехом в течение всего 1661 года. Летом 1662 года Юрий Хмельницкий осадил Сомка в Переяславле, но на помощь тому двинулись русские полки из Слободской Украины под начальством князя Григория Ромодановского. Юрий решил отступить за Днепр и 16 июня в битве под Каневом потерпел сильное поражение от войск Сомка и Ромодановского.
В конце 1662 года Юрий Хмельницкий созвал в Корсуне Раду, отказался от гетманства и решил постричься в монахи. Он был пострижен в Корсунском монастыре и получил имя Гедеона. Затем по обвинению в заговоре казацкой старшины он был в 1664 году арестован, отвезен во Львов и посажен в крепость, откуда его освободили только в 1667 году.
Но в 1676 году, когда Пётр Дорошенко отказался от гетманства и отдался под власть России, на его место Турция решила поставить гетманом Юрия Хмельницкого, который к тому времени сбросил с себя монашескую рясу и сопровождал турецкое войско.
В 1678 году Чигирин был взят турками и разрушен, а русские войска ушли за Днепр. Правобережная Украина была разорена вконец. Юрий Хмельницкий поселился в Немирове и правил под надзором турецкого паши. В 1681 году Юрий Хмельницкий был отстранен от гетманства. На его место был назначен молдавский господарь Дука, но в конце 1683 года он был захвачен в плен поляками, а на его место снова был назначен Юрий Хмельницкий.
Но постоянные бесцельные казни и угнетения народа заставили турецкого пашу арестовать Юрия. В конце 1685 года он был привезён в Каменец-Подольский, приговорен к смертной казни, задушен, а труп его брошен в воду.
Период правления Юрия Хмельницкого украинские историки описывают следующим образом: «Пока на Украине продолжались междоусобицы, московское войско снова заняло Левобережье. Не решаясь продолжать войну против Москвы, Ю. Хмельницкий выехал на переговоры с ее представителями в Переяславль. Там он был вынужден подписать новое соглашение с Москвой, которым значительно ограничивались права Украины. Сразу же после этого в Киеве, Нежине, Переяславле, Брацлаве и Умани были расположены русские гарнизоны.
Давление Москвы постоянно усиливалось. Поэтому Ю. Хмельницкий вскоре пошел по пути И. Выговского. В 1660 году он подписал с польским правительством Слободищенский договор, в соответствии с которым Украина разрывала союз с Москвой и признавала власть польского короля. Это вызвало неудовольствие части старшин. На Украине началась гражданская война. В 1663 году Ю. Хмельницкий отказался от гетманской булавы и постригся в монахи» (История Украины. Киев, 2001. С. 64).
После отставки Ю. Хмельницкого, в 1663 году украинское казачество разделилось на два лагеря. Гетманом Правобережной Украины был избран Павел Тетеря, а Левобережной — Иван Брюховецкий. Правобережная часть Украины (без Киева и его окрестностей) была под протекторатом Польши, Левобережная (с г. Киевом) — под протекторатом Московского государства. На этом основании между украинцами постоянно велась война, в результате которой край был разорен, а само время народом прозвано «Руиной» (Развалина).
В это время левобережные полки, которые ориентировались на Россию, на раде в Козельце, состоявшейся в 1662 году, избрали своим гетманом Якима Сомка, мещанина по происхождению, сестра которого Анна была первой женой Богдана Хмельницкого. Но Сомко не долго оставался на этом посту. Царским правительством он был обвинен в сепаратизме и по приговору суда казнен. В июне 1663 года на раде, собранной в окрестностях Нижина, московские воеводы добились избрания гетманом Левобережной Украины кошевого Запорожской Сечи Ивана Брюховецкого.
«Москали помогли Брюховецкому стать гетманом, потому что надеялись, что он будет верным царю и поможет ему овладеть Украиной. Так и случилось. Брюховецкий сразу же в виде залога согласился давать москалям хлеб и другие продукты. Затем он отдал царю большую часть денег, которые в то время были в войсковой сокровищнице. Он даже просил царя, чтобы тот прислал на Украину русского митрополита. Чтобы выслужиться еще больше, он поехал в Москву, чтобы лично встретиться с царем. Это было большое унижение гетманской власти — до того времени ни один гетман не ездил в Москву. Там Брюховецкий всячески угождал русским, и даже согласился жениться на москвичке».
Однако после того, как Россия заключила в 1667 году с Польшей Андрусовское перемирье на 13 лет, Брюховецкий также начал бунтовать против Москвы. В истории Украины записано: «В 1665 году Брюховецкий подписал договор с Москвой, по которому сильно усиливалось административное и финансовое давление царского правительства на Украину, а ее земли провозглашались владением московских монархов. Однако, в результате усиления гнета крестьян, в 1668 году на Левобережной Украине вспыхнуло восстание и И. Брюховецкий был убит» (История Украины. Киев, 2001. С. 64).
Петр Дорошенко
«Видя, что как Польша, так и Москва к Украине относятся враждебно, он начал искать помощь у Турции… На его призыв султан прислал большое войско против Польши, и вместе с Дорошенко занял Подолье и в 1672 году осадил Львов. Поляки были вынуждены вывести свои войска с украинских земель. Правобережная Украина стала отдельным государством в союзе с Турцией.