Документально известно, что в середине XVI века черкасский и каневский староста князь Дмитрий Вишневецкий, прозванный в народе Байдой, желая укрепить южные границы Речи Посполитой, привлек на государственную службу часть украинского казачества, а на острове Малая Хортица построил укрепление — «сечь». Правда, до него были известны такие вожди крупных казачьих формирований, как Юрий Пац (1486–1492 гг.), Богдан Глинский (1488–1495), Дмитрий Путятич (1492–1505), Сенько Полозович (1510–1524), Евстафий Дашкевич (1514–1535), Предислав Лянцкоронский (1516–1528) и прадед Богдана Хмельницкого Венжик Хмельницкий (1534–1566). Но сведения об этих людях и их деятельности весьма расплывчаты.
Дмитрий Вишневецкий, по сохранившимся данным, родился в 1516 году и был потомком великого князя литовского Ольгерда. В 1560 году он даже некоторое время состоял на службе у московского царя Ивана Грозного, но в следующем году вернулся на Украину, где, не имея конкретной должности, собирал вокруг себя вольных казаков, обещая им большую добычу. В 1563 году он во главе казачьего отряда совершил поход в Молдавию, где велась борьба местных князей за власть. Однако так как дипломатом Вишневецкий был неважным, то вскоре против него возник заговор, казачье войско было разгромлено, а его предводитель оказался в плену. Он был переправлен в Стамбул, где казнен «лютой смертью».
20 ноября 1568 года Сигизмунд Август издал универсал, адресованный «подданным нашим, казакам», которые, как в нем говорилось «из замков и городов наших украинных, без приказа и уведомления господарей и старост наших украинных съехавшись на Низ, на Днепре, в поле и в других местах проживают… и живя своевольно, на подданных турецкого султана, чабанов и татар Перекопского хана, на улусы и кочевья набеги совершают». Также было предусмотрено создание из казаков отряда численностью в 300 человек, которые были переписаны и приняты на королевскую службу. Отряд был передан под команду снятинского старосты Миколая Язловецкого из Бучача, которому было поручено построить на Днепре деревянную крепость, но запрещалось вторгаться на территорию соседних государств (Россия, Польша и Причерноморье. С. 176).
Но так как казаки не слушались своего командира и продолжали грабить окрестности, то вскоре этот отряд был расформирован.
В то время бежавшие с южных земель Речи Посполитой начали группироваться на нижнем течении Днепра, за порогами, и вскоре оформились в своеобразную военную организацию — Запорожская Сечь. В отличие от казаков, живших в пределах Литовско-Польского государства, их называли запорожскими казаками или запорожцами, а все войско — Малороссийским Запорожским. В 80-х годах XVI века центр этот был на острове Томаковка, а в 90-х годах он был перенесен на остров Базавлук.
Сечь по существу была рядом укреплений («засек») с центром на одном из островов Днепра. Она представляла собой некоего рода вооруженный лагерь («кош») с выборным «кошевым атаманом». Кош делился на «курени», с выборными «куренными атаманами»; еще ниже шли «сотни» с выборными сотниками. Иногда же, в некоторые периоды, подразделений ниже «куреня» не было и куренной атаман единолично руководил всем куренем непосредственно. Женщины в Сечь не допускались совершенно. Источниками существования запорожцев были: война, охота и рыбная ловля, скотоводство и только отчасти земледелие.
Запорожцы жили за счет того, что нападали на татарские кочевья, грабили их и уводили скот, лошадей и пленных. Нередко на своих cудах-«чайках» они спускались по Днепру в море и разоряли не только татарские города в Крыму, но и города турецкие на берегах Черного моря, доходя иногда до самого Константинополя. В мирные периоды они занимались мирными промыслами. Поэтому в окрестностях Сечи (близких и более отдаленных) начали возникать сначала временные поселения запорожских казаков, а потом и постоянные, в которых уже появились и женщины. Казаки жили там семейной жизнью, не теряя однако связи с Сечью.
Ничьей власти над собою Сечь не признавала, хотя Польско-Литовское государство и считало их своей территорией. Сами запорожцы считали себя борцами и защитниками «веры православной» против всех, кто на нее покушался. Поэтому их врагами были и «бусурмане» — татары и турки, и поляки-католики, стремившиеся ополячить и окатоличить их народ, население Украины.
Формально все запорожцы были совершенно равнопpавными и на основании этого чисто формального признака, украинские шовинисты — сепаратисты изображают Сечь как идеальное бесклассовое общество. Они приписывают ему не только стремление бороться «за веру православную» и справедливый в их понимании социальный порядок, что действительно было, но также и конкретные планы создания независимого «Украинского» государства, о чем никаких исторических доказательств в богатейшей литературе и в исторических памятниках нет никакого следа.
Уже в начале XVI столетия началось классовое разделение в рядах самого казачества, а также и попытки феодалов, начавших продвижение на юго-восток, превратить казаков в своих крепостных крестьян. Создались классы зажиточных казаков, казаков-середняков и казачьей голытьбы. Выборные военные и административные должности все больше и больше захватывали более состоятельные казаки, чьи классовые интересы вовсе не были интересами всего казачества. К тому же эта казачья верхушка все время пополнялась выходцами из православной шляхты с запада, бежавшей от национально-религиозного давления польско-католической агрессии. Казачьи же низы также быстро пополнялись бегущими от тяжелого гнета крепостничества крестьянами западных областей Украины-Руси.
К половине XVI века население и социальный строй южных и юго-западных окраин Великого княжества Литовскогo уже окончательно теряет характер бесклассово-демократический, каковым он был в конце XV века, и получит свое разделение на классы, с разными, свойственными каждому классу интересами. Новые владельцы начали постепенно накладывать на крестьян разные обязательства, стремясь ввести тот крепостнический гнет, который был в Польше, Галиции, Западной Волыни и Подолии.
Горожане, мещане и ремесленники, начали облагаться разными повинностями, преимущественно денежными, в пользу тех, в сферу чьих владений попадали их городки и местечки. Кроме того, на них не был наложен ряд обязательств, подлежащих непосредственно государству. Посредниками при взыскании всяких повинностей все чаще и чаще начали выступать евреи, прибывшие вслед за магнатами и шляхтой. Желая и удовлетворить владельцев, и уделять побольше для себя за свою посредническую деятельность, они изощрялись в изыскании способов увеличить свои доходы, чем озлобляли городское население. К тому же они еще успешно конкурировали с городскими торговцами и ремесленниками и также и по этой причине вызывали их недовольство.
Крестьян землевладельцев, тех которые еще не были крепко организованы в казачестве, новые владельцы попросту обращали в крепостных, сначала накладывали на них разные натуральные повинности: поставку владельцу-помещику разных продуктов крестьянского хозяйства (птица, мясо, зерно, сено, полотно). А потом, постепенно, начали вводить барщину («панщину») — обязательный труд в хозяйстве помещика. С ростом этих хозяйств, вызванных ростом спроса на сельскохозяйственные продукты, как на внутреннем, так и на внешнем рынке, росло и количество дней барщины.
В 1578 году правительство Речи Посполитой в связи с поражением в Ливонской войне было вынуждено вернуться к идее о создании казачьих формирований на службе у государства. Тогда на государственную службу был принят отряд из 500 казаков. Члены этого отряда освобождались от государственных податей и получали во временное владение землю. Главная задача этого отряды заключалась в охране границы и «наблюдении» за остальными казаками, не принятыми на государственную службу. В последующем число реестровых казаков постоянно возрастало, и к 1590 году их насчитывалось тысяча человек.
В 1590 году сейм принял постановление «Порядок со стороны низовых казаков и Украины». Число казаков, вписанных в «реестр» и состоявших на государственном жалованье, возросло до 3000 человек (2000 пеших и 1000 конных). Правда, одновременно с этим король был уполномочен раздавать шляхте «пустынные» места на Украине.
В 1591 году вспыхнуло восстание Косинского, которое из споров между магнатами вскоре превратилось в настоящее восстание казаков против Речи Посполитой. Вместе с казаками в нем участвовали крестьяне и горожане Киевского, Брацлавского, Волынского и Подольского воеводств. На подавление этого восстания были направлены польские регулярные войска во главе с украинским магнатом князем Осторогожским. Эти войска нанесли поражение восставшим у города Пятки (к юго-западу от Житомира), после чего Косинский был вынужден подписать договор о прекращении борьбы. Казаки обратились к московскому царю с просьбой о принятии в подданство с теми землями, на которых они жили. Но из этого ничего не получилось. Весной 1593 года казацкий отряд Косинского был разбит польскими войсками под Черкассами, Косинский погиб, и переговоры казаков с Москвой были прерваны.
В 1593 году варшавский сейм принял конституцию «О низовых казаках», в которой бунтующие, грабящие и переходящие государственную границу без разрешения казаки были названы врагами отечества и изменниками, которых можно убивать, не опасаясь за это никакого наказания. Но и это не помогло. Местное украинское население откровенно враждебно относилось к полякам и постоянно совершало нападения на их имения.
В 1594 году началось восстание под предводительством Северина Наливайко, Григория Лободы и Мавулы. Оно приобрело столь большой размах, что во главе 18-тысячного отряда правительственных войск, высланных для борьбы с бунтовщиками, был поставлен сам польный гетман Станислав Жулкевский. Наливайко, стремясь уклониться от генерального сражения, в начале 1596 года отвел свои отряды в район Уманских лесов, а затем в район Белой Церкви, где соединился с реестровыми казаками. Отбиваясь от врагов, отряды восставших сумели переправиться через Днепр и уйти на Левобережье. Однако в районе города Лубны они были настигнуты и окружены войсками Жулкевского. В такой обстановке реестровые казаки, стремясь спасти свои жизни, сговорившись, схватили Наливайко и других командиров восставших и выдали их полякам. Отряд сложил оружие. Но поляки не считали своим долгом соблюдать слово, данное «холопам». Все сдавшиеся повстанцы вместе с женщинами и детьми были перебиты, и лишь небольшая часть казаков прорвалась из вражеского кольца и ушла в Запорожье. Пленного Наливайко и шесть его соратников отправили в Варшаву, где более года продержали в тюрьме. В мае 1597 года их всех публично казнили — отрубили голову, а тела четвертовали (Всемирная история. Т. VI. С. 442).