22 ноября неаполитанское правительство предъявило французам требование об эвакуации войск из Папской области и с Мальты. Под командованием английского генерала Мака и короля Фердинанда неаполитанская армия двинулась на Рим. Одновременно Нельсон на своих кораблях перевез и высадил в Ливорно четыре тысячи пехотинцев и 600 кавалеристов для облегчения наступления. 15 тысяч французов отступили перед 30 тысячами неаполитанцев. Фердинанд с помпой въехал в Рим.
Через несколько дней французы перешли в контрнаступление, но «лучшая армия Европы» не оказала им никакого сопротивления. Неаполитанские солдаты не только бросали оружие, а переодевались и в штатской одежде бежали к Неаполю. При этом повальное бегство возглавлял король Фердинанд. Тем временем в Неаполе бурно распространялись республиканско-либеральные настроения.
Нельсон понял, что это катастрофа. Ведь он, английский контр-адмирал, сам был повинен в катастрофе, которой закончился поход неаполитанцев. Ведь он не обладал ни знаниями, ни опытом ведения сухопутных операций и в то же время требовал выступления неаполитанской армии. Если бы не его подстрекательские речи, Фердинанд не рискнул бы пойти на такую авантюру.
Правда, в начале октября Нельсон предупредил Эмму Гамильтон, что английская колония в Неаполе должна быть готова к выезду в любой момент. Сэр Уильям воспользовался любезностью контр-адмирала и на корабле «Какосус» отправил в Англию свои наиболее ценные вазы и картины. 14 декабря король Фердинанд бесславно возвратился в Неаполь. Теперь главной заботой Нельсона стала эвакуация королевского семейства. Действия нужно было произвести тайно. Ведь неаполитанцы могли расправиться с монархом за то, что он бросает их на произвол судьбы.
Под покровом ночи, начиная с 15 декабря, королева Каролина переправляла в палаццо Эмме Гамильтон бочонки, ящики, корзины. Это были королевские сокровища – золото в монетах и изделиях, бриллианты и другие драгоценности. Их общая сумма превысила 2,5 млн фунтов стерлингов. Английские морские пехотинцы перевозили это имущество в упаковках с надписью «Припасы для Нельсона» на флагманский корабль.
Королевскую семью на «Вэнгард» доставил сам Нельсон, который проник во дворец через подземный ход. Тем же путем ночью королевскую семью доставили на пристань. Их ожидали лодки с вооруженными матросами. Обстановка на корабле была мрачная, судно было перегружено. Начинался шторм, судно раскачивалось под порывами ветра, удерживаемое одним якорем.
23 декабря вечером «Вэнгард» в сопровождении нескольких судов вышел из порта и взял курс на Сицилию. Нельсон признавался, что переход был трудным. Он сам не припомнит такого тяжелого плавания. Море бурлило, и пассажиры ожидали своей гибели в волнах. Лишь Эмма держалась твердо, заботясь о королевской чете и о больном младшем принце, который, несмотря на все хлопоты, скончался у нее на руках. Вскоре «Вэнгард» прибыл в Палермо, ставший резиденцией короля. Через месяц французские войска заняли Неаполь. В январе 1799 года там была провозглашена Партенопейская республика, которая просуществовала всего шесть месяцев. После разгрома от русско-австрийских войск в Северной Италии, в начале мая, французские войска покинули новоявленную республику. Команда в составе сил влиятельного кардинала Фабрицио Руффо и русского отряда под командой капитан-лейтенанта Григория Белли первой вошла в Неаполь 13 июня 1799 года.
Одновременно английская эскадра пыталась подойти к Неаполю, но республиканский флот под командованием адмирала Франческо Караччиоло заставил их вернуться обратно в Палермо. Только 24 июня эскадра Нельсона прибыла в Неаполь. В расправе с мятежниками адмирал Нельсон и прибывший король Фердинанд проявили особую жестокость: 99 человек (среди них адмирал Ф. Караччиоло, Ф. М. Пагано и В. Руссо) были казнены. Более 500 человек были заключены в тюрьму, и около 350 депортированы.
Как считают многие историки, здесь крылась ещё и личная неприязнь. Совершённый Нельсоном поступок бесчестен для офицера страны, которая в то время считала себя светочем цивилизации. Адмирала осуждали даже подчинённые его собственной эскадры. А в самой Британии парламентская оппозиция потребовала отдать его под суд. Но, как это всегда бывает, всё списали на войну.
Получается, что адмирал Нельсон и его непосредственный помощник капитан Траубридж лично проявили полную беспощадность и бессовестность в расправе с капитулировавшими республиканцами Неаполя. Из-за личной неприязни Нельсон решил повесить адмирала Караччиоло, командовавшего флотом республиканцев. Первоначально Караччиоло был отдан под суд, который приговорил его к пожизненному заключению. Узнав об этом, Нельсон настоял на повешении и добился своего. Он наскоро организовал военный суд и, побуждаемый своей любовницей леди Гамильтон, которая, собираясь уезжать, хотела до отъезда непременно поприсутствовать на казни, приказал немедленно же исполнить приговор. Караччиоло был повешен в день суда 29 июня 1799 года на борту линейного корабля «Минерва». Тело Караччиоло весь день продолжало висеть на корабле. «Необходим пример», – пояснял английский посол Гамильтон своей супруге, стоявшей рядом.
Здесь следует напомнить, что Нельсон в момент его бегства на Сицилию приказал сжечь неаполитанский флот. Это жестокое предписание было исполнено. Но память об английской карательной акции в Неаполе оказалась столь живуча, что деяния Нельсона и его друзей там помнили и через сто лет. Английский историк Карола Оман пишет: «…И через столетие англичане-туристы, посещавшие неаполитанские общественные и частные художественные галереи, со страхом смотрели на портреты представителей знати, придерживавшихся либеральных настроений, и женщин с детскими личиками. О каждом из них рассказывали страшные истории, как они были казнены, когда восемнадцать английских кораблей под командованием Нельсона стояли на якоре в Неаполитанском заливе…» в период неаполитанского бунта летом 1799 года.
К этому времени в Неаполь пришла и эскадра адмирала Фёдора Ушакова. С появлением в городе русских патрулей стихли последние погромы и прекратились убийства. Ремонтируя потрепанные штормами корабли, Ушаков деятельно готовился к походу на Мальту и штурму Ла-Валлетты. Однако вскоре пришло известие о разрыве русско-английских отношений и немедленном отзыве эскадры в Севастополь.
В начале лета 1800 года сэр Уильям Гамильтон достиг предельного для дипломата возраста (70 лет) и, уйдя в отставку, отбыл с супругой в Лондон. Нельсон последовал за ними, пожертвовав положением, славой и почти готовой победой над Мальтой.
10 июня 1800 года Нельсон и супруги Гамильтон, а также королева Каролина на корабле «Фоудройант» вышли из Палермо в Ливорно. В день прибытия туда английского линейного корабля по городу разносится новость, что австрийская армия разгромила генерала Бонапарта в битве при Маренго.
Однако уже утром приходит новое ошеломляющее известие: оказывается, при Маренго были разгромлены не французы, а австрийцы. Мгновенно в городе начались волнения. Республиканцы восстали и захватили городской арсенал. К городу двинулись французы.
13 июля Нельсон спустил свой флаг на «Фоудройанте». Матросы флагманского корабля заявили, что готовы служить под началом Нельсона, где бы он ни приказал. В последний раз обойдя строй и попрощавшись с каждым членом команды, Нельсон покинул свою эскадру. Закончился еще один этап жизни адмирала Нельсона на Средиземном море.
Из Ливорно до Анконы королевская семья, Гамильтоны и Нельсон проследовали по суше. Путешественники, заполнив 17 карет, покинули Ливорно, крадучись, глубокой ночью. Поездка была опасной. Между Ливорно и Флоренцией путешественники разминулись с французскими дозорами всего на какие-то две мили, но в самый ответственный момент перевернулась карета, в которой ехали Гамильтоны и Нельсон. Пока меняли сломанное колесо, Нельсон стоял на страже. В анконском порту Марию Каролину ждал австрийский фрегат. Однако за несколько дней до приезда путешественников команда фрегата, набранная из портового сброда, взбунтовалась из-за задержки жалованья, и офицеры, боясь вооруженного мятежа, сняли с судна все пушки. Королева осталась в Анконе, а Нельсон и Гамильтоны добрались до Триеста на борту российского фрегата «Казанская Богородица», предоставленного адмиралом Федором Ушаковым. Далее путешественники в каретах покатили в Вену. Народ по пути встречал их радостными приветствиями. В Вене прибывших встречал весь королевский двор и английский посол в Австрийской империи лорд Минто. Супруга посла леди Минто вспоминала позднее о приезде Нельсона в Вену: «Вы не представляете, какое любопытство и желание видеть его возбуждает Нельсон. У входа в дом всегда толпятся люди; они ждут на улице, если его карета стоит у парадного; когда он появляется в театре, ему аплодируют, а такое здесь редко бывает. То же самое происходит, когда он куда-то едет; простые люди подносят детей, чтобы они прикоснулись к адмиралу. Одного ребенка Нельсон взял на руки, а когда отдал его матери, та заплакала от радости и сказала, что теперь он будет счастливым всю жизнь… Он так предан Эмме; он считает ее ангелом и говорит ей об этом прямо в лицо, а также и за глаза… Она неразлучна с ним, как цыган с медведем; она обязательно сидит рядом за обедом и разрезает ему мясо, а он носит в кармане ее носовой платок».
Посещение Вены немного затянулось из-за болезни Уильяма Гамильтона. Пока королевские врачи ставили бывшего дипломата на ноги, влюбленные посещали всевозможные приемы, балы и концерты. Вот впечатление венского аристократа Франца Колленбаха о посещении знаменитостей: «Леди Гамильтон привезла к нам свою собственную моду, а также и ту, что видела в чужих краях. Говорят, что это от нее пришли к нам легкие прозрачные туники, не скрывающие ничего от любителей прекрасного пола. После остановки в Вене эта дама уехала и увезла с собой Нельсона – самого знаменитого в коллекции покоренных ею сердец. Я часто бывал в обществе этой странной пары; леди Гамильтон говорила без умолку, пела, смеялась, жестикулировала и гримасничала, и в это время “любимый сын Нептуна” был рядом с ней, как тень. Он все время искал взгляда огромных очей своей возлюбленной и при этом был неподвижен и нем, как статуя. Он стеснялся своей невзрачной фигуры и многочисленных орденов, лент и крестов, которыми был увешан. Словом, “повелитель Нила” был столь же неуклюж и неярок на земле, сколь был искусен и знаменит на море».