К этому времени союзный турецкий флот требовал возвращения в отечество. Перед Ушаковым стоял вопрос, что было делать с турками. Матросы Кадыр-бея взбунтовались и грозили выбросить за борт всех своих офицеров и самого командующего, так как им надоело воевать так далеко от Турции. Отсутствие дисциплины на судах привело к тому, что турецкие матросы стали грабить жителей Палермо. Но сицилийцы оказали сопротивление, и произошло большое побоище на берегу. В результате столкновения турки потеряли четырнадцать человек убитыми, пятьдесят три ранены, а сорок человек пропали без вести. Это были серьёзные потери личного состава. Происшествие так напугало турецких матросов, что они заявили своему начальству о своем непреложном решении отправиться поскорее домой. Перепуганный Кадыр-бей явился к Ушакову в Палермо и просил восстановить дисциплину. Ушаков посетил турецкую эскадру и навёл порядок, но после неубедительных переговоров с офицерами и матросами отпустил турецкую эскадру в Константинополь. Хорошо, что в Палермо к Ушакову присоединилась пришедшая из Англии эскадра контр-адмирала П. К. Карцова.
Ко всему прочему к этому добавились недоброжелательные действия англичан. Согласно планам русского правительства, Ушаков намеревался помочь англичанам в овладении занятого французами острова Мальты, но Нельсон под разными предлогами уклонялся от этого намерения. Ему вторил король обеих Сицилий, опасаясь усиления республиканцев. В начале сентября Ушаков из Палермо перешел с эскадрой в Неаполь, имея полномочия короля располагать его войсками, и стал готовиться к овладению Римом и Чивитавеккьей, где еще держались французы. Но когда 19 сентября соединенные неаполитанский и русский отряды двинулись к Риму, английский коммодор Трубридж из Неаполя вдруг перешел в Чивитавеккью и по приказанию Нельсона, тайно от Ушакова, вступил в переговоры с французами. Поспешив предложить «великодушные» условия неприятелю, он убедил французов сдать город. Благодаря таким хитростям англичане пытались оказаться освободителями Рима. Ушаков, узнавший о коварных действиях английского адмирала накануне подписания капитуляции, протестовал; но, разумеется, безрезультатно.
После предательских действий союзников адмирал Ушаков распорядился прекратить движение на Рим русского отряда, который состоял из 818 человек морской пехоты и матросов под командой начальника десантных войск эскадры полковника Скипора и лейтенанта П. И. Балабина. К тому времени в Риме находился французский гарнизон в 2500 человек. Кардинал Руффо немедленно написал адмиралу Ушакову письмо, умоляя его не возвращать русский отряд в Неаполь. Во-первых, потому что французы согласились уйти только под влиянием известий о приближении русских; во-вторых, потому что если русские не войдут в Рим, то «невозможно будет спасти его от грабежа и установить в нем добрый порядок»; в-третьих, «без российских войск королевские (неаполитанские) подвержены будут великой опасности и, возможно, отступят назад». Кроме того, Ушакова возмутило намерение англичан, если гарнизон французов капитулирует, отправить их Северную Италию, чтобы воевать против войск Суворова. Стало понятно, что англичане ведут собственную политику.
Немедленно адмирал Ушаков приказал Скипору и Балабину вновь идти на Рим. Уже 11 октября 1799 года впервые за всю историю Рима русские войска вступили в Вечный город. Вот отчёт лейтенанта Балабина адмиралу Ушакову: «Вчерашнего числа с малым нашим корпусом вошли мы в город Рим. Восторг, с каким нас встретили жители, делает величайшую честь и славу россиянам. От самых ворот св. Иоанна до солдатских квартир обе стороны улиц были усеяны обывателями обоего пола. Даже с трудом могли проходить наши войска. “Виват, Павло Примо! Виват, московито!” – было провозглашено повсюду с рукоплесканиями. Эта страница в истории Европы – освобождение русскими Рима в 1799 году – старательно замалчивается западными историками и политиками.
Из свидетельств очевидцев: «Вот, вот те, кои бьют французов и коих те боятся! Вот наши избавители! Недаром французы поспешили отсюда удалиться!»; «Вообразите себе, ваше высокопревосходительство, какое мнение имеет о нас большая и самая важная часть римлян и сколь много радости произвела в них столь малая наша команда! Я приметил, что на всех лицах было написано искреннее удовольствие». Ликование римского населения объясняется простой причиной: в городе уже начали хозяйничать бандитские шайки французских грабителей-«революционеров». Приход безукоризненно державших себя, дисциплинированных русских войск спас Рим от грозивших ему ужасов экспроприации. Дней 11 продолжалось ликование народа в Вечном городе.
Успехи русских на суше и море, популярность России у итальянцев встревожили Англию и Австрию, которые вынудили Павла I выйти из коалиции. Спустя год Италия снова и уже надолго подпала под власть Франции.
Дальнейшие действия наших моряков на берегах Италии остановились, так как появились слухи о вступлении в Средиземное море до 50 кораблей соединенного французско-испанского флота. Английский адмирал Нельсон даже снял блокаду Мальты, чтобы собрать свои суда в Палермо. Капитаны А. А. Сорокин и П. В. Пустошкин получили приказание немедленно следовать со своими отрядами в Корфу. Ушаков полагал оттуда отправиться на соединение с Нельсоном. Но тревога оказалась напрасной. Многочисленному флоту противника не повезло: Средиземное море встретило его сильным штормом. Сильно потрёпанные испанцы пошли на ремонт в Картахену, а французы в Тулон.
Уход неприятеля позволил Ушакову снова послать к Анконе четыре фрегата (три русских и турецкий) и три мелких судна под начальством капитана 2-го ранга М. Войновича. У самой Анконы держалась только крепость Лагоци с 3000 вооруженных поселян и 12 пушками. Начальник Анконского французского гарнизона генерал Монье, желая уничтожить Лагоци, двинулся в атаку на его укрепления. Но показавшийся в море отряд Войновича заставил французов ретироваться. К десанту русских и турок в количестве 600 человек с тремя пушками присоединилось 200 вооруженных жителей с двумя пушками. У берегов появились пять австрийских канонерских лодок. Находившиеся на берегу русские войска при содействии судовой артиллерии, преодолев сильное сопротивление противника, овладели крепостью Фано, а потом беспрепятственно заняли оставленный французами Сенигальо и приступили к блокаде Анконы.
Порт Анкона был важнейшим стратегическим пунктом на западном берегу Адриатического моря. Положение города, стоящего на выдающемся в море мысе, позволяло установить для него надёжный заслон. Во-первых, со стороны моря её блокировали суда отряда Войновича, а на берегу возведена была целая линия укреплений, в которой на левом фланге располагался русско-турецкий десант под начальством капитан-лейтенанта Ф. Ф. Мессера. В центре и на правом фланге находились местные милиционеры. Эти союзники при содействии отряда русско-турецкого десанта под начальством лейтенанта М. И. Ратманова смогли принудить французов к отступлению. Правда, борьба шла с переменным успехом.
Во время осады, продолжавшейся полтора месяца, выстрелы с наших береговых батарей и отряда произвели такое разрушение городских зданий, что гарнизон крепости был выведен из казарм на биваки. Беспрестанные вылазки значительно уменьшили численность защитников Анконы. В крепости не хватало съестных и военных припасов. В это время к Анконе подошел восьмитысячный корпус австрийцев под начальством генерала Фрейлиха. Он всеми способами старался заставить русских покинуть Анкону. Несмотря на требование Войновича общими силами штурмовать крепость, Фрейлих более месяца бездействовал. Наконец, он решился выбить французов из передовых укреплений. Дело кончилось тем, что при атаке австрийцы были успешно отражены и потеряли 300 человек убитыми. При этом отряд капитан-лейтенанта Ф. Ф. Мессера, который пробился к самым воротам крепости, по приказу австрийского генерала должен был отступить.
После ряда неудачных попыток штурма генерал Фрейлих, пользуясь численным превосходством своих сил перед союзниками, 2 ноября заключил капитуляцию с начальником французского гарнизона, занял Анкону одними своими войсками. При этом он запретил впускать туда русских и турок. Войнович в ту же ночь послал в гавань десант и велел на моле и на сдавшихся французских судах поднять русские и турецкие флаги, там же поставил свои караулы. Разъярённый австрийский командующий приказал согнать силою русские караулы и также силою спустить русские флаги, заменив их австрийскими. Впоследствии, по требованию императора Павла, австрийское правительство осудило дерзость генерала Фрейлиха, а также исключило его из службы, но уже было поздно. Видимо, долготерпение русских истощилось.
Как было упомянуто, Ушакову пришлось послать часть своих сил к Генуе в помощь австрийцам, которые долго и совершенно безуспешно ее осаждали. Придворный военный совет Австрийской империи не хотел пускать Суворова к Генуе, как на юге Нельсон не хотел пускать Ушакова к Мальте. Подобно англичанам, бесконечно долго осаждавшим Мальту, австрийцы бесконечно долго осаждали Геную. Но поддержка со стороны русской эскадры и небольшого десанта могла казаться военному совету, с одной стороны, очень желательной, а с другой – небезопасной, ведь русский союзник мог захватить этот богатый и крайне важный пункт.
Генуя была захвачена французами при первом завоевании Северной Италии генералом Бонапартом. Взять Геную можно было не с моря, а с суши – силами пехоты. Но на суше австрийцы не имели достаточно сил, поэтому ничего путного у них не выходило. Прошёл один месяц, затем другой, а Генуя всё держалась.
Руководил осадой австрийский генерал Кленау – один из множества австрийских военачальников, которые прославились разве что рукоприкладством. Прибыв под Геную со своей эскадрой, вице-адмирал П. В. Пустошкин «был обнадежен, что Генуя в скорости взята будет». На самом же деле Генуя была занята только 4 июня 1800 года, когда у французского генерала Массена, оборонявшего город, истощились все припасы. Правда, уже через полторы недели Бонапарт разгромил австрийцев при Маренго, и Генуя тотчас же была возвращена французам. Но до всех этих событий было еще очень далеко и летом, и осенью 1799 года; а пока Кленау убеждал Пустошкина в близости австрийской победы, только требовал при этом высадки русского десанта в помощь австрийской сухопутной армии. Пустошкин мог дать лишь батальон в 200 человек. У австрийцев было несколько тысяч. Предпринятый штурм французы отбили. Австрийцы были жестоко разбиты, они потеряли до трех тысяч человек, в том числе больше взятых в плен, чем убитых. Здесь необходимо привести одну характерную деталь сражения. Разбежавшаяся австрийская армия бросила маленький русский отряд на произвол судьбы. У русских пехотинцев выбыли из строя 75 человек, в том числе убитыми 38, ранеными 18 и взятыми в плен 19. Пустошкин доложил, что русский отряд «показал отличное мужество и храбрость». Надо заметить – в отличие от позорного поведения австрийцев, практически сдавшихся в плен. Сражались русские превосходно.