«Император Александр II» продолжал нести свою нелегкую службу в водах острова Крит, отвечая за Ретимский округ, оккупированный десантными отрядами моряков с броненосца и канонерской лодки «Гремящий».
В марте 1898 года из Одессы пришел пароход РОПита, доставивший голодающему от не прекращающихся кровавых беспорядков населению острова триста пятьдесят тонн пшеничной муки. Название парохода было «Император Александр II». Два «Александра II» — броненосец и пароход — стали рядом на рейде. Экипажи перегружали муку на подошедшие баржи для пропорционального распределения между христианским и мусульманским населением района. Часть муки на отдаленные пункты побережья доставляла канонерская лодка «Гремящий». Адмирал Скрыдлов, будучи начальником всех русских сухопутных и морских сил на острове, в октябре 1898 года телеграфировал в Петербург, что ему удалось добиться умиротворения и добровольной сдачи оружия русским экспедиционным войскам как христианского, так и мусульманского населения подведомственного ему Ретимского округа. Адмирал Скрыдлов получил благодарность самого царя, а позднее в числе других адмиралов международного отряда он получил почетное гражданство города Афины. В 1899 году в Пирее адмирал Скрыдлов сдал командование эскадрой, и на «Императоре Александре II» поднял свой флаг адмирал Вальронд. Почти все лето 1899 года броненосец провел в водах острова Крит, базируясь главным образом на Пирей.
В ноябре 1899 года броненосец пришел в Смирну, куда затем пришли другие корабли эскадры: минный крейсер «Абрек», канонерская лодка «Запорожец» и миноносец №119. Проведя строевой осмотр, корабли вернулись в Пирей, куда вскоре прибыл и второй миноносец эскадры — №120.
Вскоре, по пути на Дальний Восток, в Пирей зашли эскадренный броненосец «Петропавловск», на котором в будущие было суждено погибнуть адмиралу С. О. Макарову, и канонерская лодка «Гиляк».
В Пирее корабли обоих отрядов встретили новый 1900-й год и начало нового века.
В январе под брейд-вымпелом капитана 1 ранга Хмелевского «Император Александр II» нанес визит в австро-венгерский порт Полу, доставив туда русского посланника из Афин, а затем вернулся в воды острова Крит, где 26 февраля 1900 года на броненосце поднял флаг новый командующий Средиземноморской эскадрой контр-адмирал Бирилев, прибывший в Судо на канонерской лодке «Запорожец».
В марте 1900 года в сопровождении минного крейсера «Арбек» броненосец посетил французскую военно-морскую базу Вильфранш, откуда под эскортом миноносцев №№ 119 и 120 вышел в Бриндизи, а затем — на Корфу. В мае 1900 года «Император Александр II», выполняя свою задачу демонстрации русского флага, посетил с «Абреком» Гравозу и Бизерту, в июне пришел в Воло, в июле — Еврипо-Халкис, а затем вернулся в греческие воды, где участвовал в морском параде по случаю освящения нового храма в Афоне.
В сентябре на рейде Смирны на броненосце произошла смена командиров. Капитан 1 ранга Хмелевский выехал в Россию, а командование кораблем принял капитан 1 ранга Броницкий.
28 ноября 1900 года броненосец «Император Александр II» в сопровождении канонерской лодки «Кубанец» и минного крейсера «Абрек» прибыл в Бейрут. Командование организовало экскурсию экипажей по святым местам в Иерусалиме с посещением русской православной общины и церкви Гроба Господня.
Новый 1901 год корабль встретил в Пирее, откуда в феврале вышел в Геную под эскортом канонерской лодки «Храбрый», минного крейсера «Абрек» и миноносцев №№ 119 и 120.
В марте «Император Александр II» посетил Барселону.
Первый океанский русский эскадренный броненосец продолжал вспарывать своим тараном воды Средиземного моря, демонстрируя русский флаг, а мимо него белыми призраками проходили отправляющиеся на Дальний Восток навстречу своей страшной судьбе корабли Русского Флота: «Полтава», «Севастополь», «Петропавловск», «Россия», «Амур», «Енисей», заказанные на заводах Франции миноносцы. Подавляющему большинству их них уже никогда не суждено было вернуться...
В апреле 1901 года эскадренный броненосец «Император Александр II» пришел в Тулон, где стал на длительный ремонт и докование.
Завершив в июле ремонт, «Император Александр II» стал готовиться к возвращению на родину, получил сообщение, что в сентябре на смену ему в Средиземное море прибывает его собрат-броненосец «Император Николай I».
4 августа 1901 года, выйдя из Алжира, «Император Александр II» взял курс на Балтику. Посетив по пути Кадис, Портленд и Копенгаген, корабль 2 сентября 1901 года прибыл в Кронштадт после пятилетнего нахождения в заграничном плавании.
По прибытии в Кронштадт, броненосец был осмотрен комиссией. Пятилетнее плавание подтвердило хорошее качество его постройки. Однако, за это время военно-морская техника уже шагнула так далеко (вперед), что броненосец не мог действовать вместе с новыми кораблями, из-за малой скорости хода, недостаточного бронирования и устаревшей артиллерии.
На кампанию 1902 года «Император Александр II» был включен в состав Учебно-артиллерийского отряда Балтийского флота. Учебно-артиллерийский отряд Балтийского флота имел большую историю и в 1902 году отметил свой столетний юбилей. Поскольку главным оружием флота являлась артиллерия, на отряде проходили подготовку практически все артиллерийские офицеры и комендоры, которые затем пополняли экипажи новейших кораблей. К 1900 году, в связи с ростом флота, число обучающихся достигло тысячи человек, а в отряд входило пятнадцать кораблей. В 1902 году Учебно-артиллерийским отрядом командовал капитан 1 ранга 3. П. Рожественский, которому всего через три года предстояло обессмертить свое имя Цусимской катастрофой. Но никто еще не знал этого...
Кроме «Императора Александра II», в Учебно-артиллерийский отряд входили броненосцы береговой обороны «Адмирал Ушаков» и «Адмирал Синявин», крейсер «Память Азова», броненосный крейсер «Минин», броненосная батарея «Кремль» и другие корабли. На их фоне «Император Александр II» выглядел столь же импозантно и величественно, как и в былые времена.
Весной и летом 1902 года на Балтике царила лихорадочная активность. Один за другим приходили построенные за границей по русскому заказу боевые корабли. У достроечных стенок столичных заводов достраивались новейшие броненосцы и крейсера. Под гром артиллерийских салютов спускались на воду новые бронированные чудовища. По корабельному составу Россия выходила на третье место среди ведущих морских держав мира.
В мае 1902 года броненосец «Император Александр II» участвовал в торжественной встрече французского Президента Лубэ, прибывшего в Кронштадт на борту крейсера «Монкальм», где его встретил Николай II на яхте «Александрия».
Затем броненосец в составе Учебно-артиллерийского отряда перешел на Ревельский рейд, где началась подготовка к грандиозным учениям по случаю предстоящего визита кайзера Германии Вильгельма II, который в Ревеле должен был встретиться с русским Императором Николаем II.
«По случаю встречи высоких гостей, — передавали из Ревеля корреспонденты русских газет, — Ревель принарядился эффектным образом: он весь сплошь убран хвойной зеленью. Ряды гирлянд протянулись поперек улиц, переплетали дома и висели длинными шпалерами вдоль старых крепостных стен... Суда Учебно-артиллерийского отряда стройными силуэтами обрисовывались на светлом фоне воды и неба. Сюда собрались грозные великаны-красавцы: «Император Александр II», «Память Азова», «Адмирал Синявин», «Адмирал Ушаков»...»
Черно-золотая окраска кораблей Учебно-артиллерийского отряда резко контрастировала с белоснежными корпусами стоявших на Ревельском рейде новейших боевых кораблей: построенного в США и только что пришедшего в Россию эскадренного броненосца «Ретвизан», построенного в России эскадренного броненосца «Победа» и пришедшего из Германии крейсера «Новик». Из новых кораблей спешно формировали отряд, направляющийся на Дальний Восток, где всем им суждено было погибнуть в непродуманной колониальной авантюре, навсегда подорвав силы Российской империи. Но никто не мог предвидеть подобного исхода в этот прекрасный июльский день 1902 года — торжественный день встречи двух Императоров.
23 июля в 11 часов утра императорская яхта «Штандарт», конвоируемая императорской яхтой «Полярная звезда» и крейсером «Светлана», под эскортом миноносцев пришла на Ревельский рейд, начав обход кораблей, построенных в пять кильватерных колонн. Ветер рвал яркие флаги расцвечивания.
На броненосце «Император Александр II», как и на других кораблях отряда, при прохождении императорской яхты, команда кричала «Ура!», оркестр играл Николаевский марш, барабанщики били «поход».
Тишину разорвал гром артиллерийского салюта, которым корабли приветствовали главу государства, и над рейдом полились плавные звуки русского национального гимна. Побывав на крейсере «Минин», флагмане Учебно-артиллерийского отряда, Государь в сопровождении моряков осмотрел памятник, воздвигнутый в Ревеле в память броненосца «Русалка», погибшего на Балтике 7 сентября 1893 года при загадочных обстоятельствах.
«Вечером, — сообщал из Ревеля корреспондент журнала «Нива», — на всех судах зажгли иллюминацию — и, благодаря наставшей тихой погоде, ее эффект вышел полным. Картина рейда, иллюминированного таким образом, была неописуемой, и потребовалась бы кисть художника, чтобы запечатлеть на холсте всю неподражаемую, чисто волшебную красоту огненных переливов и световых эффектов».
Утром 24 июля с мостика «Императора Александра II», стоявшего в парадном строю, заметили дымы на горизонте. На рейд входила яхта германского Императора «Гогенцоллерн».
«Взошедшее солнце заиграло искрами на волнах Ревельского рейда, — красочно сообщал корреспондент журнала «Солнце России», с места событий, — и, словно позолоченные ради праздничного дня, пенистые гребни стали весело вздыматься вдоль темных бортов колоссальных русских броненосцев и крейсеров, сплошь расцвеченных флагами».
С тех пор, как кайзер Вильгельм II с мостика своей яхты любовался видом броненосца «Император Александр II» во время торжеств по случаю открытия Кильского канала, прошло семь лет. За этот микроскопический с точки зрения истории срок военно-морская техника шагнула так далеко вперед, продолжая развиваться невиданными доселе темпами, что любой корабль устаревал, едва успев войти в строй. А «Императору Александру II» уже было без малого тринадцать лет. Его можно было считать уже безнадежно устаревшим. Конечно, он принес известную пользу Русскому Флоту, готовя в последующие годы комендоров для новых кораблей, но услуга, которую он окажет кайзеру Вильгельму в деле вывода России из войны и ее дальнейшего расчленения, навсегда сохранит этот, в принципе забытый, броненосец Русского Флота в анналах истории. Возможно, что-то предчувствуя, кайзер с некоторым волнением долго смотрел в подзорную трубу на старый броненосец и только потом перевел ее на новейший броненосец «Ретвизан» американской постройки...