Второй семестр предусматривал освоение армейских операций с участием всех видов вооруженных сил и родов войск. Особое внимание уделялось теории глубокой операции. Учебных пособий по ведению армейских операций тогда, по сути дела, не было. Слушателям приходилось вместе с преподавателями создавать новую теорию. Очень скоро многие разработки академии по армейским операциям в соответствии с указаниями Генерального штаба стали рассылаться в войска, другие академии, управления Наркомата обороны. Академия реально становилась важнейшим военно-научным центром РККА.
Зимой слушатели досконально изучили стратегию боевых действий соединений и теорию армейских операций. С наступлением весны практические вопросы стали отрабатываться не только на картах, но и на местности. Начались ежедневные полевые занятия, на которых во всех группах вырабатывалось умение глубоко оценивать обстановку, принимать решения на операцию, бой.
Так же, как в первом семестре, при проведении оперативных игр на картах, каждый слушатель пробовал свои силы в различных должностях в полевом управлении армии: оператора, разведчика, начальника связи, даже начальника рода войск или службы. Ну и, конечно, командира и начальника штаба. Из всех докладов выбирались самые-самые смелые, оригинальные, и на их основе разрабатывались основные документы. Ватутин и здесь выделялся в лучшую строну. Достаточно сказать, что его в числе немногих слушателей преподаватели привлекли к работе в качестве помощника руководителя занятий и посредника на учениях. А через некоторое время вместе с А.И. Антоновым, А.М. Василевским, Л.А. Говоровым и М.В. Захаровым Николай Федорович назначается руководителем военных игр в группах.
Весь период обучения слушатели чувствовали на себе пристальное внимание Генерального штаба, руководства Наркомата обороны. Многие военачальники часто посещали академию, выступали с лекциями, докладами.
Большое впечатление произвели на слушателей показные военные игры на картах, проведенные командующим войсками Белорусского военного округа Уборевичем «Прорыв подготовленной обороны противника» и командующим войсками Киевского военного округа Якиром «Ввод в сражение механизированного корпуса». Блестяще владея материалом, используя только карты, схемы и личные записи, эти военачальники аргументированно и доходчиво раскрыли суть глубокой операции, показали, как новая теория находит практическое воплощение в деятельности войск. Слушая прославленных маршалов и командармов, Николай Федорович даже не мог подумать, что видит их в последний раз, что через несколько месяцев ему и его друзьям предстоит занять их место.
С 1 июня по 15 июля 1937 года, перед заключительным семестром, слушателям предоставили очередной отпуск.
Ватутины впервые поехали на курорт. Теплое, ласковое море, солнце, неповторимая красота сочинского побережья навсегда запомнились Николаю Федоровичу. Это был последний отпуск, который он использовал.
В последнем семестре состоялись поездки на Балтийский и Черноморский флоты, где слушатели знакомились с боевыми кораблями различных классов, их вооружением, боевыми возможностями и способностью взаимодействовать с сухопутными войсками на Приморском ТВД. На Украине, в приграничном районе, для слушателей организовали оперативное командно-штабное учение со средствами связи. Из них сформировали армейские управления сокращенного состава; за штаб фронта, командиров дивизий и корпусов подыгрывали преподаватели. После этого слушателей привлекли к участию в крупном учении войск Киевского военного округа. Они работали в армейских и корпусных штабах концевыми посредниками. После учений предстояла подготовка к экзаменам и завершение первого курса. К сожалению, наиболее подготовленным слушателям не пришлось закончить курс обучения в академии.
Совершенно неожиданно в августе—октябре 1937 года более 30 слушателей были отозваны из академии и назначены на высокие командные должности. Полковник А.М. Василевский последовательно назначается преподавателем кафедры оперативного искусства академии, начальником кафедры Тыла и затем начальником отдела Оперативного управления Генерального штаба. Полковник
А.И. Антонов назначается начальником штаба Московского военного округа, полковник М.В. Захаров — начальником штаба Ленинградского военного округа, полковник С.Г. Трофименко — начальником оперативного отдела штаба Киевского военного округа, полковник Л.М. Сандалов — начальником оперативного отдела штаба Белорусского военного округа. Заместителем начальника штаба Киевского военного округа стал и Николай Федорович Ватутин.
В то лето многие получили неожиданные назначения, но еще больше лишилось не только постов, званий, но и жизни. По стране прокатилась волна чудовищных беззаконий, репрессий. Ушли в небытие сотни тысяч ни в чем не повинных людей. Не минула сия горькая чаша и Вооруженные Силы.
Начав репрессии против ленинской гвардии, видных партийных, хозяйственных работников, деятелей культуры, да и простых людей, Сталин не мог не коснуться армии. Более того, он считал совершенно необходимым найти и разоблачить «врагов народа» прежде всего в Красной Армии, сменить, уничтожить старое военное руководство, обезопасить себя от реальной силы, способной противостоять ему в борьбе за власть. Авторитет Сталина в партии и народе был огромен, спорно говорить о каком-то военном заговоре. И тем не менее...
Через двадцать лет на XX съезде партии Н.С. Хрущев впервые заявил, что немцы через свои спецслужбы подбросили сфабрикованные документы — «доказательства» заговора, возглавляемого маршалом Тухачевским и другими видными военачальниками, а также сведения об их сотрудничестве с немецким генеральным штабом. Немецкая разведка рассчитывала на подозрительность, мнительность, жестокость Сталина и не без оснований.
Вопрос о том, существовал ли «заговор» Тухачевского, до сих пор остается открытым. Что там ни говори, а есть свидетельство известной спутницы жизни Маяковского Лили Брик, в те годы жены одного из «заговорщиков» — Виталия Примакова, командующего войсками Ленинградского военного округа. На их даче не раз тайно собирались те, кого Сталин вывел на знаменитые военные процессы 1937—1938 годов. До сих пор не верится, что эти мужественные, не раз глядевшие в лицо смертельной опасности люди, могли согласиться с теми обвинениями, которые им были предъявлены на процессах, если бы не чувствовали за собой хоть какой-то вины. Нет, не исключена попытка создания оппозиции, если не самому вождю, то его приспешникам. Но это только предположения, делающиеся на основе тех сфабрикованных документов, которыми располагал Сталин. Тщательно исследовавший эту проблему германский историк И. Пфафф, использовавший архивы, мемуары государственных, политических и военных деятелей, пишет в своей работе: «Представляется достоверным, что Гейдрих приблизительно в середине декабря 1936 года доложил Гитлеру свой план дать ход фальшивым документам, которые должны были подтвердить существование мнимых связей Тухачевского с германским генштабом». В качестве передаточного звена гитлеровская разведка выбрала Чехословакию. Ставка была сделана продуманно и безошибочно: СССР и Чехословакию связывал договор о дружбе и взаимной помощи. Сама Чехословакия была объектом большой игры фашистских правителей и западных демократий. И фальшивые документы, попавшие в руки президента Чехословакии Бенеша, не могли не взволновать его.
Трагична ошибка чехословацкого президента, но она произошла. 7 мая 1937 года Бенеш уведомил в Праге советского посла Александровского о существовании в СССР «военного заговора», а 8 мая переслал все документы по этому вопросу Сталину.
Сталин получил-таки «доказательства», которые так долго ждал. 11 мая 1937 года по его приказанию первая группа военных «заговорщиков» была арестована, и уже через месяц по приговору Военной коллегии Верховного суда СССР были осуждены и расстреляны Тухачевский, Уборевич, Путна, Эйдеман, Корк, Примаков. Позднее их судьбу разделят и судьи — Егоров, Блюхер, Дыбенко, Белов и другие. 44 тысячи командиров и политработников различного ранга (более половины всего командного состава РККА) унесла с собой волна сталинских репрессий. Пострадали их дети, жены, родственники. Из пяти маршалов репрессировали трех, из четырех командармов 1 ранга — двух, всех 12 командармов 2 ранга, из 67 комкоров — 60, 136 комдивов из 199, 221 комбрига из 397.
И это все за три с небольшим года до начала кровопролитнейшей войны! Кто их заменил? Лейтенанты стали командирами полков, майоры — командирами дивизий. Все они стремились постигнуть сложнейшие задачи, поставленные перед ними жизнью, но далеко не все сумели подняться за короткое время до уровня настоящих военачальников.
Практически погиб весь высший состав Вооруженных Сил. Насколько же должен быть силен, талантлив народ, если он сумел дать новое поколение командиров, которому предстояло выдержать мощнейший удар гитлеровской военной машины и победить. Жуков, Конев, Василевский, Рокоссовский, Малиновский, Толбухин, Черняховский, Говоров, Мерецков — вот только самые знаменитые из них. В этот список можно смело поставить и Николая Федоровича Ватутина.
Сейчас, анализируя причины неудач, особенно в начале войны, мы вновь вспоминаем имена погибших в те годы военачальников. Безусловно, гибель их трагична, почти невосполнима для армии. Но, когда некоторые журналисты, историки бросаются в другие крайности, видят причину всех бед только в том, что во главе фронтов, Генерального штаба стали молодые и еще недостаточно опытные военачальники, хочется предостеречь от скороспелых выводов. В этой связи небезынтересно привести мнение на этот счет одного из полководцев Великой Отечественной войны Маршала Советского Союза И.С. Конева, высказанное им через двадцать лет после окончания войны известному писателю К.М. Симонову. Симонов пишет: «Что касается первой проблемы — уничтожения головки армии, — он (Конев. — С.К.) высказался более подробно. По его мнению, когда берут эту проблему отторженно и педалируют на ней, изображая дело так, что если бы десять, двенадцать, пять или семь человек не были бы оклеветаны и не погибли бы в тридцать седьмом — тридцать восьмом годах, а были бы во главе армии к началу войны, то вся война выглядела бы по-другому, — это преувеличение. С его точки зрения, если оценивать военный опыт, военный уровень и перспективы этих людей, то тут нужно подходить индивидуально к каждому.