Трогательно было смотреть в это время на о. Иоанна. Он стоял, глубоко растроганный и потрясенный. Уста его шептали молитву, взор был обращен к небу. Стоял он молча, скрестивши руки на груди, стоял как посредник между небесным Судией и кающимися грешниками, как земной судия совестей человеческих. По лицу его катились крупныя слезы. Он закрыл свое лицо руками, но и из-под них капали на холодный церковный пол крупныя слезы. О чем же он плакал? Кто может изобразить его душевное состояние в эти минуты? О. Иоанн плакал, соединяя свои слезы со слезами народа, как истинный пастырь стада Христова, скорбел и радовался душой за своих пасомых. А эти овцы заблудшия, увидев слезы на лице своего любимого пастыря и поняв состояние его души в настоящия минуты, устыдились еще больше самих себя и разразились еще большими рыданиями, воплями, стонами, и чистая река слез покаяния потекла еще обильнее к престолу Божию, омывая в своих струях загрязненныя души. Громадный собор наполнился стонами, криками и рыданиями; казалось, весь храм дрожал от потрясающих воплей людей.
— Кайтесь, кайтесь, — повторял от времени до времени о. Иоанн.
Иногда он обращался своим взором в какую-либо одну часть храма, и там все чувствовали на себе его взор. Тотчас в этом месте начинали громче раздаваться голоса, заметно выделяясь в общем хоре голосов и заражая еще более толпу. Потом опять везде царил один тон. <…> В таком состоянии кающиеся находились не менее пяти минут. Наконец, о. Иоанн отер свои слезы платком, перекрестился в знак благодарности за слезы покаянныя народныя.
Тише, тише братья, — слышится его голос. Не скоро в храме водворяется желательная тишина. Но мало-помалу все смолкает. Слышны одни только вздохи, да слезы струятся по щекам молящихся то там, то здесь.
— Слушайте, — говорит протяжно о. Иоанн. — Мне, как и всем священникам, Бог даровал власть вязать и разрешать грехи человека… Слушайте, прочитаю молитву разрешительную. Наклоните головы свои: я накрою вас епитрахилью, благославлю, и получите от Господа прощение грехов.
Тысячи голов смиренно преклоняются, читается разрешительная молитва. Берет о. Иоанн конец своей епитрахили, проводит им по воздуху на все четыре стороны и благословляет народ. Какая торжественная и таинственная минута! Примиряется небо с землей; грешники с Безгрешным.
После разрешительной молитвы всем чувствовалось как-то особенно легко. Как будто бы громадное какое бремя у каждаго свалилось с груди. <.. >
Затем последовал вынос Пречистых и Животворящих Таин Христовых. После громогласнаго прочтения всеми молитвы: «Верую, Господи, и исповедую», началось причащение Тела и Крови Христовых, благодатно приемлемых очищенными и примиренными с Богом душами. Что делалось кругом в это время? Народ устремился волной к св. Чаше. Сколько благоговения, восторга, тихой радости можно было видеть и читать на лицах всех.
Вот что я видел и слышал.
— Господи, сподоби причаститься святых Таин.
— Дорогой, золотой батюшка, причасти.
— Батюшка-голубчик, причасти.
— Батюшка, причасти. Я больная. Почки болят. Умираю.
— Батюшка, и я нездорова, причасти.
<…>
— Целуй Чашу-то, благодари Бога, — многим говорил о. Иоанн, причащая их».
Получаемые им со всей России значительные суммы пожертвованиий были отцом Иоанном употребляемы на благотворительные дела. Однако его не зря называли Всероссийским пастырем, попечением его не один лишь Кронштадт был пользован — благодаря собранным им средствам и с его помощью стало возможным основать Иоанно-Богословскую обитель в Архангельской епархии, Воронцовско-Благовещенскую — в Псковской епархии, в Новгородской епархии — подворье Леушинского женского монастыря и церковь Святого Апостола Иоанна Богослова при нем, устроить, как подворье Санкт-Петербургского Иоанновского монастыря, Вауловский скит в Ярославской губернии и возвести еще несколько храмов.
В сентябре 1894 года отец Иоанн пришел по приглашению к тяжело больному Александру III. Вызванным из Берлина профессором Лейденом у императора был диагностирован нефрит — острая почечная болезнь.
У Г. Чулкова в его произведении «Императоры: Психологические портреты» по этому поводу сказано следующее: «И вот, оказывается, у самодержцев болят почки, горлом идет кровь. Ноги у царя опухли. Дышать трудно. Он похудел. Виски и щеки провалились, весь он осунулся. Одни уши торчат».
Александр III был подвержен мучительным непрекращающимся болям. Визиты кронштадтского батюшки дарили государю истинные часы отдыха: в присутствии отца Иоанна ему становилось заметно легче. Приезжая по завершении службы, отец Иоанн сидел у кровати Александра и тихим голосом читал молитвы, держа свою руку на голове страждущего императора. Это могло длиться часами, в течение всей ночи.
Профессор Лейден настоял на том, чтобы Александр был перевезен в Крым, и вскоре император оказался в Ливадии. По просьбе великой княгини Александры Иосифовны, супруги великого князя Константина Николаевича, в Крым к императору приехал и отец Иоанн. С первого дня приезда он более не отходил от умирающего Александра, которому становилось легче лишь в том случае, если отец Иоанн накладывал свои руки ему на голову. Император скончался 20 октября 1894 года, и в последние часы его жизни Иоанн Кронштадтский находился у его одра. После этого популярность его в общества выросла еще больше.
Будучи пастырем истинным, кроткий отец Иоанн, когда требовалось, умел встать на защиту своей паствы и ее направить. Пылкостью, иногда даже непримиримостью был отмечен его борцовский дух, и его проповеди и послания дают тому наглядное подтверждение. Амвон и страницы газет и журналов служили ему трибуной, с которой он подвергал обличению еретиков, богоборцев, сектантов. Безграничность его веры порой доводила его до крайностей. Именно он инициировал осуждение Церковью Льва Толстого, полагая, что знаменитый писатель с его пантеистической религиозной системой не кто иной, как «еретик, превзошедший всех еретиков», антицерковник и безбожник, сурово осуждал его за это, упрекал как избалованного барина и предрекал ему «лютую» смерть как грешнику. Иоанн Кронштадтский обличал Толстого в своих проповедях и в печати, выпустив в свет почти два десятка статей и брошюр, в которых защищал православное вероучение, среди прочих такие: «Против графа Льва Н. Толстого, других еретиков и сектантов нашего времени и раскольников» (СПб., 1902), «О душепагубном еретичестве гр. Л. Н. Толстого» (СПб., 1905), «В обличение лжеучения графа Л. Толстого. Из дневника» (СПб., 1910).
Когда вспыхнула Первая русская революция (1905–1907 гг.), Иоанн Кронштадтский подверг осуждению всех, кто восстал, и проклинал вооружившихся рабочих, считая, что из-за «бесноватого нигилизма» и «безумного безбожия» Россия может оказаться на дне пропасти. Когда в 1905 году был основан «Союз русского народа», он приветствовал создание этой монархической организации православных радикалов, а спустя год вступил в нее как рядовой член.
Для последних лет его жизни характерно предчувствование и предвидение тяжких испытаний, через которые пройдет Россия и весь русский народ, и он обращался к своей пастве с предупреждением, пытался ее предостеречь.
Многие проповеди его содержали слова о том, что безверие ведет прямиком к гибели, что царская власть дается Богом, и значит, покушение на нее есть покушение на православную веру. Так в проповеди, которую отец Иоанн произнес в 1905 году, было сказано:
«Россия, если отпадешь от своей веры, как уже отпали от нее многие интеллигенты, то не будешь уже Россией, или Русью святой.
И если не будет покаяния у народа русского, конец мира близок. Бог отнимет благочестивого царя и пошлет бич в лице нечестивых, жестоких, самозваных правителей, которые зальют всю землю кровью и слезами».
О том, что им были предвидены суровые времена, говорится и во многих пророчествах отца Иоанна, которые он сделал в этот период. В том же 1905 году им было сказано про Николая II:
«Царь у нас праведной и благочестивой жизни, Богом послан ему тяжелый крест страданий, как своему избраннику и любимому чаду, как сказано тайновидцем судеб Божиих: «Кого я люблю, тех обличаю и наказываю» (Отк. 3:19).
Еще в 1903 году он пророчествовал, что «уже близко время, что разделится народ на партии, восстанет брат на брата, сын на отца и отец на сына и прольется много крови на русской земле. Часть русского народа будет изгнана из пределов России, изгнанники вернутся в свои родные края, но не так скоро, своих мест не узнают и не будут ведать, где их родные похоронены». Впоследствии многие прихожане об этом вспоминали.
К еще более раннему периоду, а именно к июлю 1894 года, относится пророчество, связанное с одним из будущих «хозяйственных» деяний советской власти. Тогда, будучи с визитом в заволжском Ставрополе и отслужив службу в местном Троицком соборе, отец Иоанн услышал донесшийся к нему из толпы вопрос о том, пришелся ли ему по душе город. Батюшка отвечал, что город ему понравился, но ему предстоит оказаться затопленным водой.
Слова эти были вспомнены спустя девятнадцать лет, когда на заседаниях Самарского отделения Русского технического общества обсуждался вызвавший шумиху и в обществе проект инженера Р. М. Кржижановского, нацеленный на сооружение гидроузла на Волге, который бы включал плотину и гидроэлектростанцию. А сбылось пророчество в 1955 году, с возведением Волжской ГРЭС: была перекрыта великая река, и Ставрополю вместе с десятками населенных пунктом довелось оказаться под толщей воды на дне водохранилища.
Благодаря упомянутому выше двухтомному жизнеописательному труду Я. В. Ильяшевича (под псевдонимом И. К. Сурского) нам косвенно известно про еще одно предсказание Иоанна Кронштадтского о трагической судьбе царской России. В главе 70 сказано: «В одно из воскресений осени 1916 г. в Петербургском Иоанновском монастыре, где собирались почитатели о. Иоанна, литургию совершал Московский митрополит Макарий. После обедни в покоях настоятельницы монастыря, игуменьи Ангелины, собрались несколько духовных лиц, а также и военных. Митрополит Макарий прочел собравшимся одно место из дневника о. Иоанна Кронштадтского, в котором были описаны его видения и предсказания, касавшиеся России… Оказывается, что отец Иоанн за много лет до мировой войны совершенно точно занес в свой дневник и участников войны и ее исход. Военные неудачи царской России и связанную с ними революцию отец Иоанн также предсказал. Он указал на продолжительность господства революционной идеи, на бесчисленные жертвы революции, на потоки крови, на горе и на несчастия всего населения. Освобождение России от красного ига отец Иоанн предсказал с «востока».