Брюс не только верно исполнял державные замыслы Петра Великого, но и был причастен к его семейным делам. В свое время по поручению царя Яков Вилимович регулярно бывал у царевича Алексея: вероятно, Петр надеялся, что общение с умным и широко образованным человеком благотворно повлияет на безвольного и пассивного наследника. Тогда же при жене царевича находилась супруга Брюса Марфа Андреевна. И что характерно, Брюс, в отличие от других сановников, не подписал смертный приговор Алексею Петровичу.
Весной 1723 года Яковом Вилимовичем, который распоряжался праздничными торжествами по случаю очередной годовщины бракосочетания Петра I с Екатериной, была устроена в Санкт-Петербурге грандиозная процессия кораблей: они двигались благодаря тому, что были поставлены на полозья и запряжены лошадьми. Французский посланник Кампредон рассказывал: «Царь ехал на 30-пушечном фрегате, вполне оснащенном и с распущенными парусами. Впереди в шлюпке в виде бригантины с трубами и литаврами на носовой части оного ехал распорядитель праздника, главный начальник артиллерии граф Брюс».
7 мая 1724 года состоялось коронование Екатерины, и Брюс нес перед ней новую императорскую корону, жена же Якова Вилимовича вместе с еще четырьмя статс-дамами поддерживала шлейф венценосной супруги. А 28 января 1725 года в качестве главного распорядителя на его похоронах Брюс исполнил последнюю службу для Петра I.
После смерти императора Яков Вилимович продолжал исполнять свои должностные обязанности и в коллегиях, и как главный начальник артиллерии, однако вельможи принялись делить власть между собой, и ему пришлось попросить отставку. Можно сделать предположение, что побудило Брюса сделать этот шаг главным образом то, что новое правительство не включило его в состав Верховного тайного совета, который учредила Екатерина I. Недоверие к правительству выразилось в обращении Брюса к императрице с просьбой о выдаче ему особой Жалованной грамоты, которая подтверждала бы его права на поместья и на графский титул. 31 марта 1726 года Екатериной I просьба эта была удовлетворена, и 6 июня Брюс вышел в отставку с чином генерал-фельдмаршала и орденом Александра Невского. Они с Марфой Андреевной переехали в Москву и приобрели у сенатора А. Г. Долгорукова «сельцо Глинково», находившееся на удалении сорока двух верст от Москвы, у впадения реки Бори в Клязьму.
Не обремененный более государственными делами Яков Вилимович снова всерьез занялся наукой, своим любимым делом. Одновременно с обустройством усадьбы Глинки им была оборудована в ней обсерватория, где новый хозяин и продолжил занятия астрономией, лишь иногда наезжая в Москву и бывая в Сухаревой башне. Помимо астрономических наблюдений он занимался теоретической математикой, вопросами практической оптики, искал точные методы определения удельного веса металлов и способы очистки металла от посторонних примесей. К этой работе он был привлечен его учеником В. Н. Татищевым, в бытность последнего одним из руководителей Монетного двора в Москве.
Что интересно, удельный вес золота, серебра и меди, который установил Брюс, практически совпадает с современными значениями. На уровне лучших образцов и более позднего времени оказались изготовленные его «собственным тщанием» большое вогнутое металлическое зеркало для отражательного телескопа (в августе 1733 года; оно нынче хранится в Эрмитаже) и две зрительные трубы.
Еще Яков Вилимович увлекался медициной и помогал жителям окрестностей, составляя лекарственные средства из целебных трав. Этим были порождены новые слухи про то, что «он знал все травы, этакие тайные, и камни чудесные, составы разные из них делал, воду даже живую произвел, то есть такую воду, что мертвого человека живым и молодым делает». Легенды про живую воду, которую Брюс якобы произвел «не своей силой», стараниями увлеченных пресказчиков наполнялись фантастическими подробностями. Отдельные вариации, в которых на самом Брюсе испытывается чудодейственная сила живой воды, включают в сюжет то царя Петра I и турецкого раба Якова Вилимовича, то его собственную жену и их слугу старика, омоложенного хозяином. Финалы этих рассказов тоже различаются, в некоторых из них Брюсу даже не удается не ожить, либо по воле царя, либо из-за оплошности супруги. Между прочим, в конце 1830-х годов в селе Чернышино Жиздринского уезда Калужской губернии, когда-то состоявшем во владении Брюса, проживал достигнувший столетнего возраста камердинер прежних хозяев имения. Тамошние жители, передавая из уст в уста легенду про живую и мертвую воду, произведенную Брюсом, и про его эксперименты над самим собой, называли старика камердинера тем самым человеком, который сначала изрубил Брюса, а потом опрыскивал его чудо-водой.
Научное экспериментаторство и инженерные опыты Якова Вилимовича порождали у жителей соседних с Глинками поселений суеверный страх, за графом Брюсом даже закрепилась слава колдуна. Ходили рассказы о драконе, который влетал по ночам в окна обсерватории, про то, что Брюс и сам летает с надетыми на руки большими крыльями, про горничую из цветов, про чародейством замороженный в летнюю пору пруд, по которому можно было прокатиться на коньках… Однако характерно, что во всех рассказах, хоть и подозреваем он был в спознании с нечистой силой, Брюс всегда представлялся простым людом скорее добрым и чудаковатым волшебником, нежели злым колдуном.
В Глинках Я. В. Брюс прожил почти десять лет, в уединении, которое якобы охранял взвод солдат, — некоторые военные историки даже называют его численность, составлявшую около трех десятков человек. Смертный час он встретил в одиночестве: дочери Брюса скончались, не выйдя из младенческого возраста, а Марфа Андреевна была им похоронена 30 апреля 1728 года.
Якова Вилимовича Брюса не стало в апреле 1735 года, он не дожил до 66 лет самую малость. Местом его захоронения стала старая лютеранская кирха в Немецкой слободе (сегодня там улица Радио). В 1757 году наследниками будут построены церковь и фамильная усыпальница Брюсов в конце парка в Глинках. Что до самой усадьбы, то Брюсы будут владеть ею до 1815 года.
По завершении земного пути его продолжилось легендарное житие Якова Брюса. И это не удивительно. Хотя бы потому, что чиновники, которым поручили составление описи всего находящегося в кабинете Брюса, обнаружили там такие книги, как немецкоязычная «Философия мистика», «Небо новое» на русском языке, необычную книгу, состоявшую из семи дощечек из дерева, с нанесенным на них с помощью резьбы непонятным текстом, — и еще много книг по магии и астрологии, и это не считая полутора тысяч изданий по математике, физике, химии, астрономии, военному делу, архитектуре, медицине, истории, богословию, искусству и художественной литературе. Но принадлежавшей в незапамятные времена чуть ли не мудрейшему из мудрых царю Соломону магической книги Брюса, в которой письмом служили волшебные знаки и которая давала возможность властвовать над миром, так и не нашли. И все сошлись на том, что Брюс незадолго до кончины замуровал-таки ее где-то в Сухаревой башне.
Про многолетнюю живучесть этих легенды свидетельствует большая старательность, с какой власть Советов разбирала — не взрывала и не разрушала, как множество «ненужных» и «никчемных» зданий в Москве, какими считала прежде всего церкви — Сухареву башню в 1934 году. После того, как был сформулирован предлог для сноса — башня якобы мешала транспортному движению, — ни один довод ни одного специалиста, каким бы авторитетным он ни был, в защиту архитектурного памятника, служившего наряду с Кремлем символом Москвы на протяжении двух с лишним столетий, никакого значения уже не имели.
Безапелляционность резолюции Сталина не оставляла возможности для возражений:
«Мы изучили вопрос о Сухаревой башне и пришли к тому, что ее надо обязательно снести.
<…> Архитекторы, возражающие против сноса — слепы и бесперспективны».
Приведем хронику уничтожения Сухаревой башни в соответствии с газетными сообщениями тех лет.
19 апреля 1934 года: «Верхние шесть метров Сухаревой башни уже разобраны. Закончена также разборка главной гранитной лестницы, 60-пудовый шпиль башни спущен на землю. Самая ответственная часть работы, таким образом, закончена. <…> Вчера закончена съемка часов с башни».
29 апреля 1934 года: «Вчера закончился разбор призмы (верхней части) Сухаревой башни. Преступлено к сносу основного здания».
24 мая 1934 года: «Разборка Сухаревой башни заканчивается. <…> Общий план работ выполнен более чем на 80 процентов. Нижний этаж будет разобран в течение ближайших 5–6 дней. Все строительные материалы предоставлены гордоротделу для использования при замощении улиц».
12 июня 1934 года: «В ночь на 11 июня закончились работы по сносу Сухаревой башни. Разобрано свыше 16 тыс. кубометров стройматериалов».
Ученые смогли спасти лишь отдельные фрагменты некогда знаменитой постройки, которые были увезены в Коломенское. Ходили разговоры, что Сталин, приезжая по ночам, держал под личным контролем то, как велась разборка, и что даже какие-то книги якобы сначала обнаружили, а потом вывезли оттуда. Но Черная книга так и не нашлась. Еще говорили, что, когда рабочие уже были готовы начать снос, из башни вышел старик, вроде как сам Брюс, и, до тех пор, пока его не увезли на машине НКВД, от башни не могли отколоть ни кирпичика. А немногим ранее, в 1929 году, когда началось строительство московской аэродинамической лаборатории ЦАГИ на месте, где когда-то располагалась Немецкая слобода, при разборке старой кирхи был обнаружен в склепе гроб с останками Брюса, которого удалось опознать по фамильному перстню. Останки были переданы в реставрационную мастерскую М. М. Герасимова, но потом они исчезли без следа. Перстень тоже со временем затерялся, сохранились только восстановленные в первоначальном виде кафтан и камзол Брюса, которые сейчас находятся в фондах Государственного исторического музея. И в одночасье возродились слухи про привидение Брюса, будто бы посещавшее свой дом в Глинках и Сухареву башню. Пошли разговоры и про мудреное, по мнению его современников, предсказание Якова Брюса, в котором, в частности, были слова «на моих костях потомки российские будут учиться летать».