В сентябре 1943 отряд карателей заживо сжег в собственном доме отца Николая и его семью.
За связи с партизанским движением десятки священнослужителей были расстреляны или сожжены фашистами, среди них священники Николай Иванович Пыжевич, Александр Новик, Павел Щерба и многие другие.
Многие пастыри, невзирая на опасность для собственной жизни, находили возможность помогать советским партизанам, спасать от вывоза в Германию молодежь, а еврейские семьи – от неминуемой гибели. До сих пор местные жители с благодарностью вспоминают священников И. Чубинского (с. Варовичи на Киевщине), И. Шмыголя (с. Станислав Херсонской области), протоиереев К. Омельяновского, С. Ожеговского (г. Херсон) и десятки других, спасших жизнь их родным и знакомым. В г. Орле в период немецкой оккупации успешно действовал подпольный госпиталь, одним из руководителей которого был врач В.И. Турбин, в 1930-х тайно принявший монашество. Благодаря его личному мужеству и самоотверженности медперсонала в этом госпитале удалось спасти несколько оказавшихся в плену бойцов Красной Армии. После излечения их переправили через линию фронта. В Орле было создано также объединенное попечительство церквей, возглавляемое Н.Ф. Локшиным. Оно оказывало бесплатную помощь больным и престарелым людям, ежемесячно отчисляя на нужды бедных деньги из заработка священнослужителей. В Курской области священник с. Глебова Павел Андреевич Говоров скрывал у себя бежавших из фашистского плена летчиков и помог им перейти к своим, а протоиерей Семыкин не только помогал пленным красноармейцам, но и после прихода советских войск мобилизовал местное население для дежурства и ухода за ранеными в полевом госпитале.
Необходимо отметить не только присутствие священнослужителей в составе действующей армии или антифашистском подполье, но и обращение к вере многих солдат, офицеров, партизан, в том числе старших командиров. Из свидетельства очевидцев известно, что начальник Генерального штаба Б.М. Шапошников носил финифтевый образ свт. Николая и молился: «Господи, спаси Россию и мой народ!» Его преемником на посту начальника Генштаба стал сын священника из Кинешмы маршал А.М. Василевский. В освобожденной Вене в 1945 по приказу маршала Ф.И. Толбухина (брат которого – протоиерей – служил все годы блокады в Ленинграде) были отреставрированы витражи в русском православном соборе и отлит в дар храму колокол с надписью «Русской Православной Церкви от победоносной Красной Армии». Свои религиозные чувства публично и неоднократно проявлял командующий Ленинградским фронтом маршал Л.А. Говоров; после Сталинградской битвы стал посещать православные храмы маршал В.И. Чуйков. Широкое распространение среди верующих получила убежденность, что всю войну с собой в машине возил образ Казанской Божией Матери маршал Г.К. Жуков.
О всех проявлениях религиозных настроений в армии немедленно становилось известно в вышестоящих инстанциях, но те, как правило, ограничивались пассивным наблюдением. Так, 16 февраля 1944, при взятии г. Луги войсками Красной Армии генерал Лобанов вызвал в д. Заозерье ранее помогавшего партизанам священника М.С. Образцова и предложил ему в присутствии населения окрестных деревень, работников штаба и красноармейцев отслужить благодарственный молебен «о даровании победы», после которого в присутствии собравшихся поблагодарил батюшку за помощь партизанам.
Командиры воинских частей, солдаты и офицеры в годы войны по возможности старались посетить действующие храмы, принять участие в крестных ходах. Вот выдержки из отчета уполномоченного Совета по делам Русской Православной Церкви в Марийской АССР: «К великому сожалению, церковь посещает даже командный состав воинских частей. Характерный случай: верующие переносили в сентябре месяце 1944 иконы из Цибикнурской церкви в Йошкар-Олу и по пути следования к этим иконам прикладывались командиры воинских частей и жертвовали деньгами – было собрано 1700 рублей»..
Были случаи, когда с фронтов посылались срочные телеграммы с настойчивыми просьбами направить в действующую армию материалы для проповедей духовенства Русской Православной Церкви. Так, 2 ноября 1944 в Главное Политическое Управление РККА с 4-го Украинского фронта поступила телеграмма с просьбой «по встретившейся надобности в самом срочном порядке выслать материалы Синода для произнесения проповедей в день празднования годовщины октября, а также ряд других руководящих материалов Православной Церкви». Видимо, военачальники таким образом хотели откликнуться на настроение солдат.
И в тылу духовенство и верующие проявили себя достойным образом. В Ленинграде и его северных пригородах, оказавшихся в кольце блокады, находилось 10 действующих православных храмов. По предложению митрополита Алексия (Симанского) уже с 23 июня приходы Ленинграда начали сбор пожертвований на оборону. Храмы отказались от всех расходов, кроме самых необходимых. К концу 1941 свои взносы на общую сумму 2 миллиона 144 тыс. рублей сдали все православные приходы Ленинграда. С конца июня 1941 храмы города стали заметно наполняться народом: многие приходили помолиться за своих близких. Но богослужения пришлось приспособить к военным условиям. Молодые церковнослужители ушли в армию, народное ополчение, на оборонное строительство. Оставшиеся изучали средства противопожарной и противовоздушной обороны, возглавили соответствующие группы прихожан, созданные при каждом храме.
8 сентября 1941 сомкнулось кольцо блокады, начались артиллерийские обстрелы города. От снарядов и бомб пострадали Никольский, Князь-Владимирский соборы, но богослужения в действовавших храмах продолжали совершаться ежедневно. Рано наступившая зима оказалась на редкость суровой. В городе почти прекратилась подача электроэнергии, остановился транспорт, все больше людей умирало от голода. Но даже в самую страшную блокадную зиму 1941/42 храмы продолжали функционировать, давая горожанам духовное утешение и поддержку. Богослужения проходили при переполненных храмах. На некоторых богослужениях в Никольском кафедральном соборе присутствовало командование Ленинградским фронтом во главе с маршалом Л.А. Говоровым.
Активно включилось духовенство города в подписку на военные займы, сбор пожертвований в фонд обороны. К 1 июня 1944 сумма таких пожертвований достигла 390 тыс. руб. Митрополит Алексий внес 50 тыс., а протодиакон Л.И. Егоровский, сдавший 49 тыс. руб., получил персональную телеграмму с благодарностью от И.В. Сталина. Всего же верующие ленинградцы за 1942 собрали 1485 тыс., а за 1943–5051 тыс. руб..
Торжественно и празднично отмечалось ленинградским духовенством и мирянами полное освобождение города от вражеской блокады. Во всех храмах по благословению митрополита Алексия 23 января 1944 были совершены благодарственные молебны. С освобождением Ленинграда от блокады патриотическое движение верующих в епархии еще более усилилось. Только за 3 первых послеблокадных месяца было собрано 1 млн. 191 тыс. рублей. Ленинградцы горячо поддержали митр. Алексия, 25 октября 1944 опубликовавшего послание об открытии всецерковного сбора в фонд помощи детям и семьям бойцов Красной Армии. Общая сумма патриотических взносов духовенства и мирян Ленинградской епархии за июль 1941 – июнь 1945 составила 17423,1 тыс. руб., в т. ч. 16274,5 тыс. собрали жители города на Неве.
Материальная помощь государству и Красной Армии в целом стала одним из самых важных направлений патриотического служения духовенства и верующих в период войны. Уже с лета 1941 практически все православные приходы страны начали сбор денежных пожертвований и ценных предметов в фонд обороны, хотя всецерковный призыв «трудами и пожертвованиями содействовать нашим доблестным защитникам» митрополит Сергий (Страгородский) огласил 14 октября 1941. Особенно активно проявило себя духовенство в Горьком и Харькове. Протоиерей единственной церкви г. Горького А.А. Архангельский в апреле 1942 писал Патриаршему Местоблюстителю: «Любовь к Родине, защита ее целостности от врагов была заветом всех православных христиан. Поэтому верующие особенно горячо отнеслись к призыву о помощи на нужды фронта, на нужды и помощь раненым бойцам. Достаточно указать, что нами собрано пожертвований и передано в Фонд обороны свыше двух миллионов рублей. Верующие охотно несли не только деньги, облигации, но и лом серебра, меди и др. вещи, обувь и пр. Было заготовлено и сдано немало валяной и кожаной обуви, шинелей, белья. Был организован особый сбор на подарки для бойцов в день годовщины Красной Армии, давший свыше 30000 рублей». В Саратове за 1943 г. верующие собрали 2339 тыс. руб., а к 15 сентября 1944 г. еще 1350 тыс. руб., из них 600 тыс. на строительство 6 самолетов эскадрильи им. Александра Невского.
В конце 1944 каждая епархия прислала в Синод отчеты по специальной форме о своей патриотической деятельности. Выяснилось, что к этому времени общая сумма церковных взносов на нужды войны, по предварительным данным, составила более 200 млн. рублей, в т. ч. по Горьковской области – 9234 тыс., Ставропольскому краю – 6130 тыс., Свердловской области – 4615 тыс., Красноярскому краю – 4179 тыс.
Особую страницу составляет создание на церковные средства танковой колонны «Димитрий Донской». Не существовало на свободной от фашистов земле почти ни одного, даже сельского прихода, не внесшего свой вклад в общенародное дело. 40 танков «Т-34», которые составили общецерковную танковую колонну, были построены на заводе Челябинска. Их передача частям Красной Армии состоялась у дер. Горелки, что в 5 км северо-западнее Тулы. 7 марта 1944 на торжественном митинге в день передачи колонны выступил митрополит Николай (Ярушевич). Уже летом 1941, будучи экзархом западных областей Украины и Белоруссии, Владыка был вынужден покинуть свою резиденцию в Луцке, и, переезжая с места на место в прифронтовой полосе, своими богослужениями и проповедями поддерживал дух местного населения. Патриарший Местоблюститель одобрил его инициативу и 15 июля 1941 назначил митрополитом Киевским и Галицким, экзархом всея Украины. После оставления Киева советскими войсками Владыка Николай эвакуировался в Москву и в период пребывания митрополита Сергия в эвакуации в Ульяновске в октябре 1941 – августе 1943 был управляющим Московской епархии. Сохранилась обширная переписка того времени между митрополитами Николаем и Сергием. В нем говорилось, что 25 патриарших храмов Москвы и пригородов ко дню рождения Советской Армии (23 февраля 1942) собрали 1159 тыс. рублей, а к 1 мая – на подарки военнослужащим – 541 тыс. руб. Под руководством владыки Николая московские приходы внесли 2 млн. руб. на танковую колонну «Димитрий Донской», свыше 1 млн. – на эскадрилью «Александр Невский». Сам митрополит Николай неоднократно выступал с патриотическими воззваниями и обращениями, а 2 ноября 1942 был утвержден одним из 10 членов Чрезвычайной государственной комиссии по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и их сообщников.