Обстановка, сложившаяся на советско-германском фронте в первые месяцы войны, потребовала направления основных усилий флотов на поддержку фланга сухопутных войск на приморских направлениях. Вследствие этого для действий на морских коммуникациях противника в 1941–1942 привлекались только подводные лодки, частично авиация и небольшое количество надводных кораблей, главным образом торпедных катеров. Поэтому в первые полтора года войны основную роль в уничтожении транспортов на коммуникациях противника играли подводные лодки. В ходе войны состав сил флотов, привлекавшихся для действия на морских коммуникациях противника, изменялся. За время войны наши флоты получили от промышленности более 200 кораблей.
Характер стратегического использования и задачи ВМФ СССР во время ВОВ определялись политическими и стратегическими целями, стоявшими перед советскими Вооруженными Силами. Обстановка, сложившаяся с началом войны, и дальнейшее развитие боевых событий сразу же выдвинули на первый план непосредственное содействие флота войскам Красной Армии и оборону с воздуха и с суши своих военно-морских баз, оказавшихся под угрозой ударов врага. Непосредственное содействие войскам Советской Армии оставалось одной из важнейших задач ВМФ в ходе всей войны. Вместе с тем в течение всей войны в стратегическом использовании ВМФ продолжали сохранять важное значение морские коммуникации, озерные и речные пути сообщений, а следовательно, и задачи борьбы с противником на них и обеспечения их безопасности.
Кроме того, на протяжении всей войны сохраняли свою значимость многообразные задачи, связанные с повседневной деятельностью ВМФ. Их решение обеспечивало благоприятный оперативный режим в зоне действия каждого из флотов и флотилий. Сама природа этих задач, обстановка, складывавшаяся на театрах, и, наконец, состав военно-морских сил сторон определяли сущность и направленность действий наших флотов во время войны.
Содействие ВМФ СССР на Северном, Балтийском и Черноморском морских театрах флангу оборонявшихся приморских группировок войск Советской Армии в первый период войны выражалось в систематической и эпизодической артиллерийской поддержке приморских флангов сухопутных войск, высадке морских десантов, отражении десантов противника, наконец, в широком использовании флотской авиации для поддержки сухопутных войск. Авиация Северного флота, несмотря на свою малочисленность, совершила для выполнения такой задачи около 2500 самолето-вылетов, авиация Краснознаменного Балтийского флота – около 25000 самолето-вылетов, а авиация Черноморского флота – свыше 20000 самолето-вылетов.
В первый период войны возникла необходимость упорной обороны флотом совместно с войсками Красной Армии военно-морских баз: Мурманска, Либавы (Лиепая), Таллина, Ханко, островов Моонзундского архипелага, Одессы, Севастополя, Новороссийска и Туапсе. Упорно обороняя свои базы, ВМФ тем самым способствовал замедлению продвижения противника на приморском направлении, что имело стратегическое значение, так как непосредственно влияло на срыв планов немецко-фашистского командования.
Северный флот, содействуя 14-й армии, оборонявшейся на мурманском направлении, в немалой степени помог ей сорвать наступление немецко-фашистской армии «Норвегия». Оборона Одессы в течение более двух месяцев сдерживала крупные силы румынской армии, а оборона Севастополя свыше восьми месяцев сковывала значительную группировку немецко-фашистских войск в Крыму, не дав использовать ее в весеннем наступлении на юге в 1942. Силы Черноморского флота в очень большой степени способствовали успеху оборонительных действий Красной Армии на Сев. Кавказе. Крупную стратегическую роль сыграл Краснознаменный Балтийский флот в обороне Ленинграда. Действиям Северного флота на морских коммуникациях противника у северного побережья Норвегии в 1941 в наибольшей степени мешал ограниченный состав сил, но все же удары североморцев в этом районе ощутимо сказывались на подвозе подкреплений и снабжении немецко-фашистской армии «Норвегия», сковывали тем самым ее активность.
Силы Черноморского флота, действовавшие на дальних вражеских коммуникациях – между портами западного побережья, значительно усложнили противнику организацию перевозок, увеличили напряжение его сил, обеспечивавших движение транспортов. В 1942 корабли Черноморского флота срывали доставку снабжения и пополнения приморской группировке врага по прибрежным коммуникациям (Севастополь – Феодосия – Керчь – порты Азовского моря). Совместно с Северо-Кавказским фронтом Черноморский флот в начале второго периода войны участвовал в наступательной операции, высадив морской десант в районах Южной Озерейки и Станички. Овладение плацдармом в районе Станички лишило гитлеровцев возможности использовать Новороссийский порт и создало благоприятные условия для изгнания врага из Новороссийска.
В сентябре 1943 войска Северо-Кавказского фронта и Черноморский флот провели Новороссийско-Таманскую операцию. Во взаимодействии с войсками 18-й армии флот осуществил Новороссийскую десантную операцию, которая завершилась освобождением Новороссийска. В дальнейшем Черноморский флот и Азовская военная флотилия содействовали войскам Северо-Кавказского фронта в полном освобождении Таманского полуострова. В результате Керченско-Эльтигенс-кой десантной операции, проведенной совместно войсками фронта и флотом, в конце второго периода был захвачен плацдарм на Керченском полуострове.
Морские коммуникации имели для противника весьма важное значение на всех театрах военных действий, особенно на Балтийском и Северном. В течение почти всей войны противник осуществлял перевозки как стратегического сырья, так и воинских грузов. Поэтому нарушение морских коммуникаций противника было одной из основных задач, решаемых флотами непрерывно с первый дней войны, с использованием разнородных сил. Действия на морских коммуникациях противника показали, что при применении только одного рода сил флота полный разгром конвоя маловероятен. Необходима организация совместных действий разнородных сил во взаимодействии их между собой. В ходе войны в основу способов действий сил при этом были положены последовательные и одновременные удары по одному и тому же конвою подводными лодками, авиацией и торпедными катерами.
Действия советского флота по нарушению морских коммуникаций противника оказали серьезное влияние на ход вооруженной борьбы на приморских направлениях советско-германского фронта. Они лишали противника возможности значительно пополнять группировки своих войск, в ряде случаев срывали сроки ведения наступательных действий и ограничивали оборонительные возможности этих группировок. Например, потопление одного среднего танкера срывало заправку топливом 1,5 тыс. бомбардировщиков или 5 тыс. истребителей противника. Основными родами сил флота в нарушении морских коммуникаций противника в ходе войны, были авиация и подводные лодки; действия которых дополнялись другими родами сил флота. Значительную роль сыграло минное оружие из-за того, что коммуникации противника носили преимущественно прибрежный характер. Несмотря на ограниченное количество мин, поставленных нашими флотами, потери транспортов противника на них оказались выше, чем от надводных кораблей и береговой артиллерии, вместе взятых. С 1943 в борьбе на морских коммуникациях противника ведущее место стала занимать авиация. Это было обусловлено количественным ростом и качественным улучшением самолетов, освобождением морской авиации от действий на сухопутных направлениях, накоплением боевого опыта и завоеванием господства в воздухе. Методы применения авиации в ходе войны непрерывно развивались.
Советский ВМФ в действиях на морских коммуникациях противника добился значительных результатов: противник потерял 676 транспортов, что составляет более 35 % общей вместимости торгового флота Германии к началу 2-й мировой войны. Наибольших успехов из всех родов сил флота добилась авиация: ею потоплено 371 транспорт (более 50 % торгового тоннажа); подводные лодки потопили 157 транспортов (около 30 % тоннажа); от подрыва на минах противник потерял 110 транспортов (около 16 % тоннажа); надводные корабли потопили 24 транспорта (около 3 %). Максимальное привлечение сил флота для содействия сухопутным войскам на всех театрах в начале войны привело к тому, что в первые годы войны на коммуникациях противника могли использоваться только подводные лодки.
Среди тактических приемов, использовавшихся для защиты коммуникаций в годы 2-й мировой войны, важнейшее место по праву принадлежит системе конвоев. Сведение торговых судов в отряды с целью организации их эффективной защиты военными кораблями практиковалась еще со времен великих географических открытий, но в войнах XX века система конвоев стала фактически безальтернативным способом, позволявшим обеспечить противокорабельную, противолодочную и противовоздушную оборону судов. На протяжении всей войны защита морских коммуникаций являлась главной задачей британских ВМС, ВМС США, действовавших в Атлантике, и советского Северного флота. Из 800 торгово-транспортных судов, участвовавших в 42 шедших к нам и 37 уходивших от нас северных конвоях, наши западные союзники потеряли примерно 90. Ими также были потеряны 2 крейсера, 16 эскортных кораблей, подводная лодка. В морской пучине нашли свое последнее пристанище около 5600 моряков-союзников. СССР потерял здесь более 30 тыс. советских людей, 2 эсминца, 20 подводных лодок, 9 транспортов, большое количество самолетов.
Самоотверженно сражались моряки в годы войны, и Родина воздала им по заслугам. Многие соединения, части и корабли стали гвардейскими, краснознаменными, орденоносными, многим присвоены почетные наименования освобожденных ими городов. Более 350 тыс. моряков награждены орденами и медалями, около 600 человек стали Героями Советского Союза, а семеро – разведчик-североморец В.Н. Леонов, морские летчики А.Е. Мазуренко, В.И. Раков, Б.Ф. Сафонов, Н.Г. Степанян, Н.В. Челноков и катерник А. О. Шабалин удостоены этого звания дважды. Высокое искусство в руководстве флотами и флотилиями показали видные военачальники адмиралы Н.Г. Кузнецов, И.С. Исаков, А.Г. Головко, В.Ф. Трибуц, Ф.С. октябрьский, И.С. Юмашев, Л.А. Владимирский, С.Г. Горшков, Г.Н. Холостяков, В.С. Чероков, маршал авиации С.Ф. Жаворонков и другие.