Предложение Александр Васильевич принял сразу и несколько месяцев готовился к экспедиции, работая в Павловской магнитной и Главной физической обсерваториях, занимался у знаменитого полярного исследователя Нансена, будучи в Норвегии, где оборудовалось судно для экспедиции, в которой ему предстояло заведовать гидрологическими работами и быть вторым магнитологом.
Экспедиция стартовала в начале лета 1900-го года. Колчак вёл гидрографические и океанографические работы, измерял глубины, наблюдал за стоянием льдов и земным магнетизмом, вместе с Толлем путешествовал по Таймыру, ведя маршрутную съёмку. С Эдуардом Васильевичем, несмотря на разницу лет и званий, их соединила взаимная приязнь, переросшая в дружбу. Барон считал Колчака лучшим офицером, ценил его любовную преданность гидрологии, и открытому экспедицией острову у Северо-Западного побережья Таймыра и мысу в том же районе присвоил имя Александра Васильевича.
На третий год экспедиции барон Толль в сопровождении нескольких человек отправился на север Сибирских островов. Он рассчитывал найти некий новый материк, но из-за состояния льдов пробраться можно было лишь к земле Бенетта, но и туда вряд ли могло пробраться судно. Вдобавок к тому практически закончились запасы. Принимая во внимание сложившуюся обстановку, барон велел своим соратникам пробиваться к земле Бенетта и обследовать её, а, если не получиться, возвращаться в Петроград и начать работу по новой экспедиции, сам же он рассчитывал самостоятельно дойти дотуда и вернуться на Ново-Сибирские острова, где для него были оставлены склады. Экспедиции не удалось пробиться к земле Бенетта и пришлось возвратиться в столицу. В Академии Наук были сильно встревожены участью барона Толля, и на первом же заседании Колчак заявил о необходимости немедленного снаряжения новой экспедиции на землю Бенетта для оказания помощи Толлю и его соратникам. Главная трудность состояла в том, что судно «Заря» было разбито, а других суден, годных для экспедиций такого рода, просто не было. Оставить своего друга и учителя без помощи Александр Васильевич не мог. Подумав и взвесив всё, что можно было сделать, он предложил пробраться на землю Бенетта и на поиски барона Толля на шлюпках. Спутники отнеслись к этому плану чрезвычайно скептически и говорили, что это такое же безумие, как и шаг барона Толля. Никто не хотел рисковать, оставалось самому взяться за приведение в жизнь «безумного» плана. Академия Наук пошла навстречу Александру Васильевичу, дав главное: полную свободу рук и средства на выполнение смелого замысла.
Немедленно началась самая горячая и энергичная работа. Были закуплены собаки и снаряжение для новой экспедиции, но необходимо было ждать вскрытия моря. Провизии не хватало, и пришлось заниматься охотой, чтобы прокормить себя и собак, часть из которых пришлось пристрелить. Когда море вскрылось, Колчак и ещё шесть человек на вельботе тронулись в путь. Море оказалось в тот год совершенно открытым, не было даже достаточно крупных льдин, чтобы вылезти на них и передохнуть, приходилось постоянно сидеть в шлюпках на пронизывающих ветрах. Подчас приходилось добираться вплавь с вельбота до берега в ледяной воде. На земле Бенетта нашли следы экспедиции: документы, дневник, записку… Группа барона Толля под угрозой голодной смерти отправилась в сторону материка, но так и не добралась до него. Скорее всего, люди утонули в ещё не полностью замёрзшем море. Об этом Колчак доложил в Академию. В ходе экспедиции по оказанию помощи барону Толлю, Александру Васильевичу удалось открыть и описать новые географические объекты, внести уточнения в очертания береговой линии и сделать ряд других важных замечаний. Одному из открытых объектов Колчак дал имя своего учителя.
За четыре года экспедиций было собрано множество материалов. На то, чтобы разобрать их вечно не доставало времени… Вначале пришлось отложить это занятие из-за начавшейся войны с Японией, затем были другие труды и другая война. Так и не удалось погрузиться в науку всецело, а сколько раз мечталось! Кое-что всё же успелось разобрать, и несколько научных работ подвели промежуточный итог под полярной вехой.
О своих юношеских мечтах Александр Васильевич не забывал, даже став Верховным правителем, организовав при правительстве Комитет Северного морского пути, приняв участие в организации нескольких экспедиций, создав большую геологическую службу для выявления богатств сибирского края, продолжив строительство Усть-Енисейского порта, начатое в семнадцатом году…
Война дважды вторгалась в его жизнь, оба раза серьёзно меняя её, внося свои поправки в стройные планы. Так произошло с Японской. Только что вернувшийся из экспедиции, в ходе которой заполучил ставшие хроническими бронхит и ревматизм, а к тому и явные признаки цинги, не давая себе отдыха, Александр Васильевич поспешил из Сибири прямиком в Порт-Артур. Путь туда лежал через Иркутск. А в Иркутске ждали его отец и невеста, именем которой Колчак назвал один из открытых мысов на острове Беннета. С Софьей Фёдоровной они должны были пожениться по окончании первой экспедиции, но помешала вторая, и, вот, на пороге войны, эта самоотверженная душа срочно прибыла из Италии в Петербург, а оттуда вместе с будущим тестем на оленях и собачьих упряжках добралась до самого Ледовитого океана… В Иркутске состоялось венчание, сразу после которого Александр Васильевич отбыл на фронт. А не явись Соничка тогда, разминись с ним, кто знает, как сложилась бы судьба? Может, и не связались бы их судьбы брачными узами, не принёсшими, в итоге, счастья обоим…
Вряд ли был на свете другой человек, перед которым он был бы так кругом виноват… Жена! Женщина большой красоты и редкого ума, представительница старинного дворянского рода, среди предков которой были генерал-фельдмаршал Миних и генерал-аншеф Берг, выпускница Смольного института, знавшая семь языков, натура волевая и независимая, она, как никто, заслуживала счастья. А что смог дать ей? С самого первого дня обречена она была жить ожиданием его. Из экспедиций, с войны, из плена… Из плена он возвратился совершенным инвалидом, и понадобилось время, чтобы восстановить здоровье. А чуть восстановив, уже снова спешил к работе – к науке, к преобразованию флота – да непочатый край этой работы был! В ней Александр Васильевич не знал усталости, на ней был женат, а Соничка оставалась несправедливо обойдённой его вниманием. Она родила ему троих детей. Две девочки умерли в малых летах, и даже хоронить их ей пришлось одной, без него… Остался лишь сын, Славушек. С ним, пятилетним, Софья Фёдоровна вынуждена была бежать из Либавы с первыми громами войны. Бросив там практически всё имущество, она приехала в Гельсингфорс, где в это время служил Александр Васильевич. А там ждало её новое испытание. Соперница… Мудрая, благородная женщина, как стоически она принимала всё, не унижаясь до сцен, не роняя своего достоинства.
Их, оставшихся в Севастополе, могли растерзать во время погромов на Черноморском флоте. Слава Богу, спасли верные офицеры, рискуя собственными жизнями, вывезли ночью под самым носом у большевиков и переправили за границу. А он, муж и отец, как всегда, оказался слишком далеко…
Они не виделись с Семнадцатого года. Всё участие в жизни семьи сводилось с той поры к посылке денег, которых им катастрофически не хватало. Но что ещё он мог? В письмах Сонички временами проскальзывали упрёки. Конечно, она имела право на них, но Александр Васильевич жёстко прерывал её, когда грань приличия оказывалась перейдённой, просил не писать более подобного, не повторять услышанных сплетен. Трудно давалось Софье Фёдоровне и понять, почему он, Верховный правитель, не может более существенно помогать семье материально, укоряла за недостаток заботы. Вот уж с чем не согласен был! Большую часть своего жалования, мало отличавшегося от министерского, Александр Васильевич переводил жене и сыну. Но где же взять больше? Соничка просила присылать хотя бы восемь тысяч франков вместо пяти, но при падении курса рубля это составило бы сумму в сто тысяч рублей! Не мог таких денег расходовать Александр Васильевич! Не имел права. Объяснял ей, что единственная цель его отныне стереть большевизм и всё с ним связанное с лица России, истребить и уничтожить его, объяснял своё положение: «Мне странно читать в твоих письмах, что ты спрашиваешь меня о представительстве и каком-то положении своём как жены Верховного правителя. Я прошу тебя уяснить, как я сам понимаю своё положение и свои задачи. Они определяются старинным рыцарским девизом Богемского короля Иоанна, павшего в битве при Кресси: «Ich diene». Я служу Родине своей Великой России так, как я служил ей всё время, командуя кораблём, дивизией или флотом.
Я солдат прежде всего, я больше командую, чем управляю, я привык, по существу, приказывать и исполнять приказания. Когда Родина и Её благо потребуют, чтобы я кому-либо подчинился, я это сделаю без колебаний, ибо личных целей и стремлений у меня нет и своего положения я никогда с ними не связывал. Моя сила в полном презрении к личным целям, и моя жизнь и задачи всецело связаны с указанной выше задачей, которую я считаю государственной и необходимой для блага России. Меня радует всё, что способствует этой задаче, мои печали лежат только в том, что препятствует её осуществлению. Всё остальное временно имеет второстепенное значение и даже никакого значения не имеет.
У меня почти нет личной жизни, пока я не кончу или не получу возможность прервать своего служения Родине…»
Но – слабо действовало. И понятно, отчего… Как бы ни мудра была Соничка, но женщина есть женщина. Окружённой сплетнями о муже, к тому же пускаемыми вокруг действительного факта – как не усомниться? Да и тяжело приходилось ей одной с малолетним сыном на руках. Вот, ещё перед кем невольно виноват был Александр Васильевич. Ничего практически не успел дать ему, ничему его научить. Мальчик входил в возраст, когда больше всегда рядом нужен отец, когда формируется личность, а отца не было. И родной земли под ногами не было. Оторван был Славушек от корней… Не испортилась бы душа его в Париже! Единственный, любимый сын, похожий на отца, как две капли воды, он обязан был вырасти достойным человеком, достойным сыном своей Родины. Писал Соничке: «Я знаю ты заботишься о Славушке, и с этой стороны я спокоен и уверен, что ты сделаешь всё, что надо, чтобы воспитать его до того времени, когда я буду в состоянии сам позаботиться о нём и постараться сделать из него слугу Родины нашей и хорошего солдата. Прошу тебя положить в основание его воспитания историю великих людей, т.к. примеры их есть единственное средство развить в ребёнке те наклонности и качества, которые необходимы для службы, и особенно так, как я её понимаю».