Несмотря на то, что союзники спланировали авиационные удары в тылу оборонявшихся германских войск с таким расчетом, чтобы нанести минимальный ущерб гражданскому населению, в основном во Франции и Бельгии, все же больших потерь среди гражданских элементов избежать не удалось. В этих условиях контрразведке во взаимодействии с другими службами поручалась минимизация уровня негативных настроений и протестных выступлений жителей пострадавших регионов. В отличие от большой доли отрицательного отношения к «Свободной Франции» и ее лидеру де Голлю в Северной Африке, население французских провинций — объектов прямого вторжения союзников весной и летом 1944 года было в целом заранее подготовлено к неизбежности их освобождения, в том числе формированиями войск нового национального лидера Франции, с кандидатурой которого на этот пост в конце концов согласились все три лидера антигитлеровской коалиции. В этой связи особых проблем в тылу в ходе продвижения войск союзников в направлении германской границы не возникало. Как и ранее в Италии, контрразведчикам союзников во взаимодействии с военной полицией и другими спецслужбами пришлось решать две существенные проблемы: размещения и специфической работы с весьма значительным в количественном отношении контингентом военнопленных и освобожденных из нацистских концлагерей так называемых перемещенных лиц, а также устранения от власти пришедших во многих населенных пунктах на смену вишистам лиц коммунистической ориентации либо членов коммунистических и других левых организаций, завоевавших доверие населения своим активным участием в Сопротивлении. Другим проявлением этой проблемы явились факты требований командиров некоторых крупных французских партизанских отрядов, состоявших целиком из коммунистов или ориентировавшихся на них, о включении в освободительную армию де Голля «только на правах самостоятельных частей и подразделений». Данный вопрос вышел на политический уровень, но в конце концов был урегулирован не без помощи активной работы контрразведчиков союзников.
Помимо этого военные контрразведчики были привлечены к работе органов цензуры, на четкость и жесткость деятельности которой, особенно в период подготовки операций оперативно-тактического уровня, обращалось самое пристальное внимание, и тщательной проверке переписки американских военнослужащих в Европе с их родными и близкими в США. Неожиданно много усилий и времени военной контрразведке пришлось потратить на участие в борьбе с черным рынком, к организации которого оказались причастны американские военнослужащие, включая младших и старших офицеров.
Вторжение союзных войск в Германию с точки зрения американской военной контрразведки привнесло два основных новшества: специфику работы с германским населением и обеспечение контактов с военнослужащими Красной армии по линиям разграничений, оговоренных политиками. Население оккупированных германских земель в целом осознавало неизбежность падения режима Гитлера и практически не откликалось на призывы оставшейся нацистской агентуры к проведению диверсий и актов саботажа. Однако военным контрразведчикам и военной полиции все время приходилось быть в напряженном состоянии, ожидая проявлений недовольства и мятежей на подконтрольных им территориях. Первое время среди местного населения было трудно найти подходящую замену прежним административным органам, состоявшим целиком из нацистов или им сочувствовавших. Подбор новых кадров лег на плечи в том числе и военных контрразведчиков.
Участившиеся в конце апреля — начале мая 1945 года встречи западных союзников с частями и соединениями Красной армии в Центральной Германии и других государствах по линии фронта также легли дополнительным бременем на американскую военную контрразведку, в задачи которой, с одной стороны, входило обеспечение бесконфликтных контактов с идеологически чуждыми, но все еще формальными союзниками, а с другой стороны, достижение во взаимодействии с разведывательными органами своей страны большей осведомленности о планах и намерениях восточного союзника при использовании всего набора специальных методов и средств.
Во всех оккупированных американскими войсками странах и зонах на военную контрразведку был возложен беспрецедентный комплекс задач, связанный не столько с содействием специально обученным командам из состава оккупационных войск по нормализации хозяйственной жизни в подконтрольных регионах, сколько с контролированием развивавшейся политической ситуации, вербовкой агентуры среди местных жителей, выявлением ценных специалистов и ученых. С появлением первых признаков холодной войны между бывшими союзниками перед американскими контрразведчиками были поставлены задачи по совместной с разведкой работе с остававшимися еще в лагерях перемещенных лиц советскими гражданами, склонение части из них к невозвращению на родину и, напротив, обычная вербовочная работа с целью последующей заброски в СССР и союзные ему государства «обработанных» граждан для шпионской и диверсионной работы в интересах новых хозяев.
По мнению военно-политического руководства США, американская военная контрразведка в целом справилась со своей задачей в ходе операций на Европейском театре войны и прилегающих территориях, а также в послевоенный период, обретя опыт в обеспечении действий войск и самостоятельной работы в тесном взаимодействии с разведкой, который пригодился ей в последующем.
На Тихоокеанском театре войны, где сразу после нападения японцев на базу ВМС США Перл-Харбор в декабре 1941 года было создано две стратегические группировки войск, деятельность американских военных разведывательной и контрразведывательной служб в принципиальном плане не отличалась от выполняемых их коллегами задач на Европейском театре войны. В соответствии с исторически сложившейся в США моделью децентрализованного руководства военной деятельностью разведывательные и контрразведывательные органы (управления и отделы) штабов стратегических группировок, возглавляемых соответственно адмиралом Ч. Нимицем и генералом Д. Макартуром, были самостоятельны в организации и осуществлении своей деятельности. Центральные органы в Вашингтоне лишь формально курировали работу подчиненных служб на местах и по мере возможностей оказывали им содействие, главным образом командированием специалистов и обеспечением необходимой информацией.
Провал американской разведки и контрразведки, выразившийся в недоведении до командования имевшейся разрозненной информации о планировавшейся японцами агрессии, вызвал оперативную реакцию со стороны руководства, повлекшую за собой практически полную смену руководящего состава военной разведки и контрразведки на данном театре войны, техническому переоснащению и существенному усилению кадрами соответствующих спецслужб.
Рутинная контрразведывательная работа по обеспечению действий военно-морских и наземных группировок американских войск в обеих частях театра войны по мере роста военного потенциала США в регионе и обретения боевого опыта стала менять свою направленность. Освобождение захваченных японцами в начале войны территорий, пленение и интернирование значительных масс военнослужащих противника и подозреваемых в сотрудничестве с оккупантами местных жителей создавали для американских контрразведывательных органов те же проблемы, что и при освобождении стран Западной Европы. Однако установленный японцами на оккупированных ими территориях чрезвычайно жесткий репрессивный режим после их освобождения создавал для контрразведки проблемы в том отношении, что местное население отказывалось идти на контакты с освободителями из опасений возвращения японцев и последующей мести с их стороны. Американцам приходилось в большинстве случаев самим брать бразды местного правления и постепенно выискивать в массах запуганного населения тех, на кого можно было положиться и кому можно было доверить управление территориями. При этом, само собой разумеется, основные усилия контрразведка прилагала к предотвращению диверсий и актов саботажа в тылу наступавших войск союзников.
В операции по освобождению Филиппин американцам пришлось столкнуться с той же самой в принципиальном отношении проблемой, что и в Италии, а затем во Франции. Весьма мощное партизанское движение на островах во многих случаях подчинялось руководству, ориентировавшемуся на коммунистическую идеологию и состоявшему из членов местной коммунистической партии, которая в качестве одного из положений своей программы провозгласила «отказ от проявлений американского империализма и колониализма» и, после освобождения от японцев, «строительство социалистического государства». В этой связи перед американской военной контрразведкой стояла задача по дискредитации повстанцев-коммунистов с одновременным использованием их авторитета среди населения в организации борьбы с мощной группировкой японских войск, разбросанных по многочисленным островам.
Ряд существенных побед американских ВМС и морской пехоты позволил к весне 1945 года существенно сузить сферу деятельности в значительной степени ослабленных японских вооруженных сил. Сброс в начале августа 1945 года двух ядерных бомб на Хиросиму и Нагасаки, приведший к значительным разрушениям инфраструктуры и сотням тысяч погибших и раненых среди мирного населения, продемонстрировал японским вооруженным силам и гражданам страны бесполезность дальнейшего сопротивления. Вступление в этом же месяце в войну с Японией Советского Союза и быстрый разгром японской экспедиционной Квантунской армии на территории континентального Китая ускорили военный разгром этой страны и вынудили ее руководство объявить о безоговорочной капитуляции.
К октябрю 1945 года американское командование установило полный контроль над важнейшими стратегическими пунктами Японии. Вся территория страны была поделена на оккупационные зоны, в каждой из которых назначалась своя администрация с обязательным присутствием в ней представителей американской военной контрразведки. 2 октября того же года генерал Макартур, назначенный на пост верховного командующего оккупационными войсками в Японии и осуществляющий всю полноту власти в этой стране, издал директиву о включении в свой штаб дополнительных отделов, в обязанности которых в том числе входило осуществление «демилитаризации повседневной жизни в Японии» [2, с. 370]. К данной работе практически во всех областях ее реализации были привлечены военные контрразведчики, которые, не церемонясь, относительно быстро расставили на ключевые посты в местных и региональных органах власти проамерикански настроенных японских граждан. Процесс разоружения и демилитаризации был осуществлен американцами достаточно умело, в результате чего фактически не отмечалось случаев крупных диверсий и саботажа в отношении оккупационных войск, а значительные финансовые вливания в разрушенную войной экономику Японии преподносились американской пропагандой в качестве «беспрецедентного дара победителя побежденному» и в конце концов довершили «уничтожение последних проявлений национализма и милитаризма в японском менталитете».