Одновременно с формированием мощной структуры централизованной разведки, вследствие реализации «Закона о национальной безопасности» от 1947 года, началась реорганизация военных ведомств: наряду с министерствами сухопутных войск и ВМС впервые было создано министерство ВВС и, что еще более важно, министерство обороны США, которое по своим функциям централизованного военного органа в известной степени можно сравнить с Центральной разведкой. Становление военной инфраструктуры не обошлось без трений между руководителями различных видов и родов войск, что напоминало межведомственные разногласия, сопровождавшие рождение ЦРУ. Не обошлось без конфликтов и в отношениях руководства разведывательными органами видов вооруженных сил, главным образом при решении вопросов о разделе сфер влияния.
Неожиданно остро встал вопрос о кадровом составе ЦРУ. После долгих дебатов было принято решение о наборе сотрудников нового ведомства прежде всего из числа бывших офицеров УСС. Однако этого оказалось недостаточно для реализации амбициозных планов руководства управления. Поэтому было решено в оперативном порядке укомплектовать подразделения нового ведомства за счет кадровых офицеров вооруженных сил, причем в данном случае была проявлена определенная гибкость за счет оставления некоторой части офицерского состава в кадрах того вида ВС, из которого они откомандировывались в ЦРУ, другая же часть офицерского состава перешла в новое ведомство с полным отрывом от вооруженных сил. Такой принцип в целом оправдал себя и существует поныне. Прежде всего, в качестве положительного момента рассматривается тот факт, что в гражданское по сути разведывательное ведомство были привнесены так называемые воинский порядок и дисциплина. Уже в первый год существования ЦРУ в его кадры были переведены порядка 200 офицеров американских ВС, имевших опыт работы в специальных структурах — военных разведке, контрразведке, полиции и др. [3, с. 58]. В последующем, исходя из интересов национальной безопасности и оперативной необходимости, руководителями резидентур ЦРУ за рубежом периодически назначались представители военных спецслужб, в том числе в генеральских званиях. Первым данную практику внедрил директор Центральной разведки (1950–1953) У. Б. Смит, сам в прошлом боевой генерал, рекомендовавший на пост резидента управления в Германии авторитетного в военных кругах генерала Л. К. Трескотта.
В конце 40-х и в первой половине 50-х годов прошлого века получила развитие еще одна тенденция, выразившаяся в усилении связей между ЦРУ и военными спецслужбами. Речь идет о прецеденте создания так называемых специализированных частных компаний (СЧК) — в действительности же структур, находившихся на содержании целого ряда органов системы государственного управления, в том числе ЦРУ. Управление буквально с первых дней своего существования проявило исключительный интерес к различного рода коммерческим, большей частью транспортным компаниям. Заинтересованность в них объяснялась прежде всего постоянно возникавшей острой необходимостью срочной переброски грузов и личного состава (диверсантов, инструкторов, специалистов и др.) в те регионы, где планировались и осуществлялись инспирированные ЦРУ акции. С течением непродолжительного времени руководство управления осознало, что для скрытности организации спецакций и оперативности выполнения задуманного рационально не только нанимать частные компании, но и обзавестись собственными. Так, уже к началу 60-х годов прошлого века ЦРУ владело крупным коммерческим воздушным флотом, включавшим такие авиакомпании, как «Эйр Америка», «Эйр Эйша», «Сивил эйр транспорт», «Сазерн эйр транспорт» и целый ряд других, в том числе и занятых морскими перевозками [10, с. 71]. С комплектованием этих структур в принципе не было проблем в связи с тем, что, например, после окончания войны в Корее (1950–1953) на рынок труда в США и союзных им странах было выброшено беспрецедентно большое количество уволенных из рядов вооруженных сил специалистов всех профилей. Военная разведка США, также вынужденно избавлявшаяся от избытка специалистов, всячески способствовала трудоустройству своих бывших сотрудников не только в частные компании, но и в легальные организации гражданских спецслужб.
Время от времени возникавшие трения в рамках сообщества спецслужб относительно полномочий нового централизованного органа разведки вызвали необходимость конкретизации задач ЦРУ. Поэтому весной 1949 года после недолгих прений в обеих палатах Конгресса был принят специальный закон о ЦРУ, которым данному органу предоставлялись самые широкие полномочия, на реализацию которых выделялись весьма значительные средства. При этом секретный бюджет ведомства проходил обсуждение и, соответственно, одобрение на заседании небольшой по количественному составу подкомиссии Сената по делам вооруженных сил [3, с. 55].
Трумэн не стремился монополизировать руководство разведкой. Его вполне удовлетворял факт работы подконтрольного ему аппарата Совета национальной безопасности в тесном контакте с ЦРУ. Более того, в соответствии с принятой в тот период практикой директор ЦРУ докладывал тот или иной документ, в котором «учитывались суждения всех консультативных советов разведки», под которыми имелись в виду разведслужбы СВ, ВМС и ВВС, а также Государственного департамента и Комиссии по атомной энергии [20, р. 60].
Между тем, несмотря на то, что формально Белый дом, Государственный департамент и министерство обороны устанавливали информационные приоритеты, то есть главные и первоочередные задачи для ЦРУ, последнее быстро начало овладевать инициативой в наполнении информационного потока, идущего в Белый дом и Конгресс. Этот факт в конце концов вызвал открытое недовольство конкурирующих ведомств, что вынудило Трумэна пойти на создание механизма, который мог бы уравновесить поток информации разведки. Для начала он поручил А. Даллесу возглавить небольшую группу, созданную для обследования деятельности ЦРУ и выработки рекомендаций по ее улучшению. Однако группа в составе бывшего сотрудника УСС У. Джексона и близкого к Даллесу помощника министра обороны М. Корреа подготовила доклад, в котором отстаивалась идея о том, что именно ЦРУ должен принадлежать приоритет в сборе и докладе руководству страны развединформации, а также, к удивлению многих специалистов, выражалось недовольство тем, что среди руководящих сотрудников управления «слишком много военных» [5, с. 59]. Несмотря на это, вместо ушедшего в отставку в 1950 году прежнего директора ЦРУ адмирала Р. Хилленкоттера во главе Центральной разведки вновь был поставлен военный — генерал Уолтер Беделл Смит, который с нескрываемым недоверием относился к старшему брату Аллена Даллеса — Джону Фостеру, назначенному на должность государственного секретаря [3, с. 581]. Но Трумэн не остался полностью безучастным к критике и назначил одного из авторов доклада У. Джексона заместителем директора. А в январе 1951 года в ЦРУ пришел Аллен Даллес, под которого была создана ключевая в управлении должность — заместитель директора по планированию. В августе того же года А. Даллес сменил Джексона на посту первого заместителя, а с победой республиканцев на президентских выборах 1952 года с февраля следующего года возглавил ЦРУ. Таким образом, Аллен Даллес стал первым гражданским лицом, ставшим во главе ЦРУ.
Следует подчеркнуть, что с первых дней существования ЦРУ и до начала 50-х годов оно в своей деятельности, и в первую очередь во взаимоотношениях с президентской администрацией и законодателями, формально ориентировалось на поддержку военного руководства страны, практически всегда обнаруживая в нем союзников. Неслучайно первым заместителем Даллеса был назначен генерал ВВС Чарльз Пирр Кейбелл, ранее возглавлявший разведку ВВС [9, с. 109]. Эти особенности начали складываться в годы президентства Г. Трумэна и укрепились по мере того, как его преемник Д. Эйзенхауэр усиливал политику вмешательства в суверенные дела государств мира, будь то геополитические противники или союзники. Достаточно привести такой факт, ставший достоянием гласности в середине 70-х годов: за время пребывания Эйзенхауэра на посту президента США ЦРУ осуществило 170 крупных секретных операций в 48 государствах мира [3, с. 90]. При этом в подавляющем большинстве случаев гражданские разведчики воспользовались услугами своих военных коллег. Причем якобы Даллес сам неоднократно обращался к военным за помощью в деле реализации тех или иных замыслов ЦРУ [3, с. 577].
Новый президент США Д. Эйзенхауэр назначил предшественника Даллеса на посту главы ЦРУ генерала Б. Смита заместителем государственного секретаря. Такое перемещение объяснялось желанием президента иметь своего человека в Государственном департаменте. Смит, являвшийся в годы Второй мировой войны начальником штаба у Эйзенхауэра, был как никто другой наиболее приемлемой кандидатурой на данный пост, тем более что президент к тому времени был еще плохо знаком с новым государственным секретарем Джоном Фостером Даллесом — старшим братом директора ЦРУ, ставленником руководства победившей на выборах Республиканской партии. В этих условиях Смит постоянно держал президента в курсе о том, что замышляется в Госдепе, и одновременно набирался опыта работы в области внешней политики.
Эйзенхауэр создал в президентской администрации атмосферу крупного военного штаба и первоначально окружил себя в основном военными. Своими ближайшими помощниками он назначил генералов Ш. Адамса и У. Персонса. На гражданские должности в различные ведомства государственного аппарата было принято более 6 тыс. офицеров, в числе которых было около 200 генералов и адмиралов. Например, должность административного секретаря Белого дома занял генерал А. Гудпейстер — будущий Верховный главнокомандующий ОВС НАТО в Европе [7, с. 117]. Такого рода милитаристская атмосфера, сложившаяся в первый период президентства Эйзенхауэра в высших эшелонах власти Вашингтона, ободряюще воздействовала на военный истеблишмент страны, включая военную разведку, обещая крупные дивиденды в соперничестве с гражданскими конкурентами.