Начало военных действий весной 1999 года против Югославии (Сербии) на некоторое время отвлекло внимание ЦРУ от поиска и уничтожения исламских террористов на Ближнем и Среднем Востоке. В развернувшихся боевых действиях на Балканах ЦРУ играло скорее вспомогательную роль, обеспечивая контингенты американских и западноевропейских (под эгидой НАТО) войск необходимой информацией и данными целеуказания. Однако и на этот раз не обошлось без крупных просчетов. Так, начальник РУМО вице-адмирал Томас Уилсон лично убедил президента дать согласие на нанесение удара крылатыми ракетами и высокоточными бомбами по якобы важным военным и государственным объектам в сербской столице Белграде, подтверждая свою аргументацию космическими снимками, полученными и проанализированными специалистами ЦРУ. Однако в результате авиаударов было разрушено в том числе посольство КНР, что вызвало крупный международный скандал и вынудило президентскую администрацию провести расследование, в ходе которого вина ЦРУ была однозначно доказана. С этого момента американское военное командование в Европе в очередной раз отказалось от сотрудничества с ЦРУ, возложив задачи обеспечения боевых действий целиком на военную разведку.
В декабре 2000 года, после того как Верховный суд США вынес вердикт о победе в президентских выборах представителя Республиканской партии Джорджа Буша-младшего, директор Центральной разведки Тенет лично доложил новому американскому лидеру обо всех нюансах борьбы с надвигающейся террористической угрозой и о пока неудачных попытках разведки уничтожить руководство «Аль-Каиды». Вскоре после вступления в должность президент Буш-младший был вынужден констатировать факт неудовлетворительного состояния дел в Разведывательном сообществе страны. Вновь всплыл тезис о том, что «все восемнадцать директоров Центральной разведки потерпели фиаско в своих попытках объединить Разведсообщество» [3, с. 489]. Однако за первый год пребывания в Белом доме и новый президент со своей администрацией не смогли предпринять должных мер по наведению порядка в спецслужбах. Показательно, что в этот период бюджет министерства обороны вырос сразу на 7 процентов, тогда как ЦРУ и остальная часть сообщества разведки получили прибавку в размере всего лишь 0,03 процента [3, с. 489].
Расклад сил в администрации президента Буша-младшего между тем свидетельствовал о начале резкого смещения акцентов в механизме выработки внешнеполитических решений в пользу госсекретаря Кондолизы Райс, министра обороны Дональда Рамсфелда и вице-президента Дика Чейни, испытывавших растущее недоверие к возможностям ЦРУ. Несмотря на практически ежедневные личные доклады директора ЦРУ президенту, Буш-младший все же в большей степени доверял оценкам Рамсфелда, базировавшимся на информации, добытой военной разведкой, и касавшимся главным образом таких глобальных проблем, как соотношение вооруженных сил и военных потенциалов государств, сокращение ядерного и обычного оружия, военно-политическая ситуация в мире и т. п. Борьба с терроризмом и его проявлениями по-прежнему оставалась прерогативой ЦРУ, но в тот период не считалась первоочередной. Однако Тенету в конце концов удалось убедить президента и его ближайших советников в необходимости подключения потенциала министерства обороны к решению антитеррористических задач на Среднем Востоке. Так, к концу 2000 — началу 2001 годов были достигнуты позитивные результаты в применении боевых беспилотников, а затем и принято решение об их непосредственном использовании для уничтожения инфраструктуры террористов в регионе, для чего были подключены соответствующие разведструктуры МО США.
Однако во многом неожиданные для американского руководства «мегатеракты» 11 сентября 2001 года в Нью-Йорке и пригороде Вашингтона (Пентагон) продемонстрировали, по признанию Тенета, «системный провал» американской разведки. В качестве реакции на эти события президент США фактически объявил в стране состояние войны (с международным терроризмом). 17 сентября Буш направил четырнадцатистраничную секретную директиву, адресованную лично Тенету и возглавляемому им Разведсообществу, в которой разведке были предоставлены неограниченные полномочия, превращавшие ЦРУ и другие спецслужбы страны по сути в организации, несвойственные демократическому обществу. В частности, перед директором ЦРУ и главой Управления национальной безопасности (в то время генералом Майклом Хайденом) была поставлена задача по прослушке граждан на территории США, что явилось прямым нарушением американских законов, принятых в 70-е годы по результатам работы комиссий по проверке деятельности разведслужб. Вновь была объявлена мобилизация уволенных в предыдущие годы сотрудников практически во все структуры Разведывательного сообщества, включая военную разведку.
Введение контингента американских войск в Афганистан осенью 2001 года и относительно быстрая оккупация наиболее важных административных центров страны осуществлялись в основном при обеспечивающих функциях военной разведки США. Однако основные силы афганского сопротивления в лице движения «Талибан» не пострадали и быстро растворились в горной местности либо переместились на подконтрольную пуштунским племенам территорию соседнего Пакистана. Перед ЦРУ и военной разведкой была поставлена первоочередная задача любым путем найти и уничтожить руководство «Аль-Каиды» и, если представится возможность, пленить бен Ладена. Американские разведчики из ЦРУ применили свой излюбленный способ подкупа лидеров афганских племен с тем, чтобы они навели спецназ на место дислокации штаба террористов. Параллельно американская авиация по наводке военной разведки и завербованных ЦРУ агентов из местного населения предприняла массовые бомбардировки целей в горных районах. Сотрудники разведки и американского спецназа выискивали и пленяли либо уничтожали значительное количество боевиков-джихадистов (причем не только в Афганистане и соседних странах), но тем не менее оказались бессильны в том, чтобы захватить ключевые фигуры так называемого движения исламского сопротивления. В очередной раз неудачно сработали наводчики авиации, в результате чего имели место неоднократные удары ВВС, авиации ВМС и беспилотников по гражданским объектам с весьма значительным количеством жертв среди мирного населения. Это, опять же в очередной раз, вызвало негодование общественности, американских законодателей и президентской администрации, обвинивших сотрудников военной разведки, но также и ЦРУ, в некомпетентности и халатности при выполнении принципиально важных заданий руководства.
В следующем, 2002 году администрация Буша-младшего при поддержке Конгресса начала подготовку операции по захвату Ирака под надуманными предлогами, в том числе относительно связи Багдада с международным терроризмом и планов иракского лидера Саддама Хусейна обзавестись оружием массового поражения. Примечательно, что директор Центральной разведки Тенет и на этот раз подыграл вашингтонскому истеблишменту, хотя, как позже стало известно, американская разведка не располагала убедительными данными о связях иракского руководства с террористами и тем более не обладала данными о серьезных наработках иракцев в области создания ядерного оружия.
20 марта 2003 года началась так называемая вторая война в Заливе, главную роль в подготовке которой сыграли ЦРУ и военная разведка США. И на этот раз разведка США в целом оказалась не на высоте. Прежде всего, как показал последующий анализ, были допущены грубые просчеты относительно оценки морального состояния иракских вооруженных сил. Действительно, в целом ряде случаев американским агентам удалось тривиально подкупить командиров соединений СВ и попросту заставить их сложить оружие еще до вступления в бой. Однако значительная часть подразделений иракских ВС, особенно республиканской гвардии, оказала серьезное, порой фанатичное сопротивление оккупантам. Рейды отрядов сил специальных операций США с целью поиска доказательств наличия у Саддама Хусейна оружия массового поражения, проводимые по наводке сотрудников военной разведки, так и не увенчались успехом, но привели к неоправданным жертвам среди американских военнослужащих. Наводчики авиации также допустили беспрецедентно большое количество ложных целеуказаний, в результате чего имели место многочисленные жертвы среди гражданского населения. Но, пожалуй, самым существенным недостатком разведки, причем как военной, так и ЦРУ, было абсолютно неадекватное прогнозирование развития ситуации в стране после окончания активной фазы военных действий. Вместо ожидавшейся стабилизации в стране разразилась настоящая гражданская война, в которую не по своей воле оказались втянуты части и соединения американского контингента, начавшего нести существенные потери в живой силе и технике. Президент Буш и его ближайшее окружение выразили недовольство работой разведчиков, а во время очередного брифинга глава государства с негодованием прямо заявил: «ЦРУ просто строит догадки» [3, с. 507].
Джордж Тенет понимал, что его дни на посту директора Центральной разведки сочтены, но тем не менее дал указание провести внутреннее расследование и вскрыть причины неудач разведки в ходе подготовки и осуществления операции по захвату Ирака. Расследование завершилось в июле 2004 года, но доклад по нему был в течение двух лет засекречен. Главный же вывод по нему, ставший позже достоянием гласности, сводился к тому, что после окончания холодной войны американская разведка в целом оказалась в положении недофинансирования и отсутствия должного внимания со стороны руководства страны, отсюда и промахи, и череда неудач в подготовке и осуществлении специальных мероприятий. 8 июля 2004 года, через семь лет после того, как он занял свой пост, Джордж Тенет ушел в отставку.
Национальная комиссия по расследованию террористических атак против США, созданная Конгрессом, выступила с обширным анализом, в котором была изложена подробная хронология событий и предложены меры по улучшению ситуации в Разведывательном сообществе страны. Одна из рекомендаций комиссии содержала предложение учредить пост директора Национальной разведки, то есть должность, облеченную более широкими полномочиями по руководству всей разведкой страны, нежели директор Центральной разведки, власть которого, как заметил один из бывших ее руководителей, вне ЦРУ была ничтожной [3, с. 663]. В докладе также был подчеркнут факт недосмотра со стороны законодат