Республиканский флот начал в этот период ощущать нехватку зенитных орудий, торпед (в среднем на каждый эсминец осталось по 5―6 торпед), снарядов и топлива. Многие корабли уже исчерпали ресурсы вспомогательных механизмов.
Наиболее плохим техническим состоянием отличались подводные лодки, которые могли совершать походы длительностью не более 5―7 суток, вместо положенных по нормативам 45―50. Подвергавшиеся непрерывным бомбежкам базы не обеспечивали флоту надлежащих условий стоянки и ремонта. Купленные в СССР новые торпедные катера, которые шли по железной дороге из Гавра, были задержаны на французской границе.
22 марта 1938 г., после длительного ремонта, приступил к ходовым испытаниям крейсер «Cervantes», но это никак не увеличило боевой потенциал республиканского флота, поскольку не прошло и месяца, как на ремонт ушел «Libertad».
Напротив, флот мятежников, медленно, но верно набирал силы. Постепенно преимущество переходило на его сторону. Слабая авиация республиканцев, занятая в боях на арагонском фронте, могла направлять против кораблей мятежников лишь; значительные силы. В районе Алмерии 10 апреля ее самолеты сбросили бомбы на франкистскую либо итальянскую субмарину и нанесли ей повреждения.
В конце апреля 1938 года в Картахену вернулась из Бордо подводная лодка «С-4» под командованием капитан-лейтенанта И.А. Бурмистрова (псевдоним Л. Мартинес). После окончания ремонта, 18 апреля, субмарина вышла в море на ходовые испытания под надзором французской канонерки «Diligente». Но Мартинес (Бурмистров) применил хитрость. Он неожиданно погрузился и взял курс на юг. Спустя несколько часов поднял перископ, убедился, что французский корабль уже ушел и всплыл. Дальнейший путь «С-4» проделала в надводном положении. Гибралтарский пролив она форсировала ночью.
Разгром республиканских войск на арагонском фронте вызвал отставку тогдашнего министра обороны И. Прието. Его пост занял премьер-министр Хуан Негрин, который одновременно стал главнокомандующим всех вооруженных сил.
Тем временем 23 апреля мятежники начали новое наступление, целью которого являлся захват Валенсии, важного порта, лежащего немного южнее траверза Пальмы. И хотя город мятежники не взяли (25 июля наступление было прервано из-за начала сражения на реке Эбро), теперь в их руках оказалась более чем 200-километровая прибрежная полоса, что еще более ухудшило общее положение республики.
В связи с наступлением на восточном побережье, флот франкистов тоже активизировал боевые действия. Эсминцы, канонерки и сторожевики под прикрытием крейсеров «Canarias» и «Cervera» обеспечивали поддержку своих войск в районе побережья.
На рассвете 27 апреля 2 эсминца и 2 канонерки обстреляли правый фланг республиканской армии в районе Торребланка. Получасовой обстрел, во время которого были выпущены 250―300 снарядов (102―120 мм), привел к тому, что республиканцы оставили Алькосебру, благодаря чему мятежники смогли возобновить наступление.
11 июня две канонерки франкистов обстреливали фланг республиканской армии под Кастельон-де-ла-Плана, поддерживая свои войска, наступавшие на город, а 14―15 июня приняли прямое участие в штурме города.
Корабли франкистов совершали, кроме того, рейды к каталонскому побережью. Во время одного из них, ночью 26 мая, столкнулись друг с другом и получили серьезные повреждения эсминцы «Huesca» и «Teruel». Ремонт «Huesca» длился до середины июня 1938 г., а «Teruel» — до 5 января 1939 года. Но зато 1 июля после ремонта и модернизации вступил в строй легкий крейсер «Navarra» (бывший «Republica»), а в начале августа вышел из ремонта бывший республиканский эсминец «Ciscar».
28 июля отряд франкистов в составе крейсеров «Canarias» и «Navarra» и двух эсминцев произвел вылазку к Сагунто, однако был атакован 6 республиканскими самолетами и лег на обратный курс. Новая атака авиации, произведенная через час, привела к тому, что мятежники окончательно отказались от обстрела Сагунто. Предпринятый спустя два дня рейд того же соединения на Картахену завершился повреждением крейсера «Canarias» 100-кг авиабомбой.
На морской коммуникации между Барселоной и Меноркой действовали 3 торпедных катера франкистов — «Badajoz», «Oviedo» и «Requete». Чтобы по ошибке не атаковать гражданские суда третьих стран (в попытке задобрить Великобританию и Францию, чтобы добиться признания прав воюющей стороны), франкисты ограничили действия своих подводных лодок, используя их исключительно против военных кораблей республиканцев. По этой причине они вернули Италии 4 подводные лодки, полученные от нее в четвертом квартале 1937 года.
Борьбой с торговым флотом теперь занималась в основном франкистская авиация, которая почти непрерывно бомбила порты республиканцев на восточном побережье. В период с 25 апреля по 25 июня она атаковала 28 судов третьих стран, потопив 11 из них, причем погибли 17 моряков, а во время июльских налетов на порты были повреждены 7 британских судов.
По сравнению с успехами авиации, действия флота выглядели более чем скромно: 31 мая корабли мятежников задержали советское судно «Каганович», а 3 июля в районе Валенсии советский танкер «Чернов» с грузом 6 тысяч тонн нефти («Canarias»).
Нападения на британские суда вызвали многочисленные запросы в Палате общин. Вынужденный отвечать, премьер Невилл Чемберлен заявил, что правительство не может обеспечить охрану судов, поэтому их владельцы и капитаны сами должны оценивать риск и нести ответственность за принятые решения.
Тем не менее, британское правительство потребовало от Франко объяснений с целью избежать таких нападений в будущем. Национальное правительство в Саламанке заявило в ответ, что британские суда были потоплены случайно и предложило, чтобы в будущем все торговые суда заходили в какой-то один избранный порт, например Аликанте, где может быть создана не подвергающаяся бомбежкам нейтральная зона.
После занятия небольших портов Альфакес, Виньярос и Кастельон-де-ла-Плана, сюда была переброшена часть легких надводных сил. Они перерезали каботажную линию между Барселоной и Валенсией, что поставило под угрозу снабжение центральной и южной областей оружием и материалами, необходимыми для военной промышленности. Ситуацию еще больше ухудшило то обстоятельство, что 13 июня Франция закрыла свою границу с Испанией.
Разделение территории республики в полной мере выявило недостатки в организации командования республиканским флотом. Так, командующий флотом, подчиненный министру обороны (который одновременно являлся премьер-министром), находился в Картахене, тогда как морской генеральный штаб (МГШ), подчиненный начальнику генерального штаба, пребывал в Барселоне.
В оперативном плане начальник МГШ Педро Прадо был подчинен министру обороны, как главнокомандующему вооруженными силами, на равных правах с командующим флотом. Поскольку между ними отсутствовало служебное подчинение, всякое планирование морских и десантных операций носило не директивный, а рекомендательный характер и осуществлялось на основе взаимной договоренности.
Кроме того, министр обороны Хуан Негрин, сугубо штатский человек, был очень мало знаком с морским делом. Поэтому командующий флотом вице-адмирал (бывший капитан-лейтенант) Луис де Убьето всегда мог сбить его с толка и убедить в правильности своих решений, которые часто принимались под влиянием субъективных факторов и нередко шли вразрез с интересами республики. В частности, он утверждал, что не может рисковать, слишком часто посылая корабли в море, поскольку в случае их потери противник на следующий же день окончательно задушит блокадой порты республики.
В результате такого решения корабли стояли в Картахене, подвергаясь бомбежкам, а франкисты почти безнаказанно бороздили воды у восточных берегов Испании. Взгляды Убьето разделял и заместитель начальника МГШ Х. Санчес, сочувствовавший франкистам.
Снабжение Каталонии могло происходить исключительно морским путем, поэтому важнейшей задачей оставалось обеспечение безопасности каботажных коммуникаций. Портами отправления и назначения являлись Барселона и Таррагона (Каталония), Валенсия и Картахена (Альмерия), Маон (остров Менорка) и порты французского побережья.
При МГШ была создана конвойная секция, которая занималась транспортировкой военных материалов. Она располагала 8―10 транспортными судами с военными экипажами. Для обеспечения прохода этих конвоев из состава флота в мае 1938 года была выделена (и непосредственно подчинена начальнику МГШ) флотилия в составе 1―2 подводных лодок и 3 торпедных катеров на постоянной основе и 3―4 эсминцев, временно предававшихся ей для конкретных проводок. Эсминцы были перебазированы в Таррагону, а потом в Барселону.
В силу такого разделения морские силы республики осуществляли раздельные операции как бы на двух разных акваториях. Из-за своего малого хода (10―13 узлов) транспорты выходили из Барселоны (либо из Валенсии) с таким расчетом, чтобы ночью пройти вдоль занятого мятежниками побережья и утром оказаться в точке рандеву, где их дожидались корабли охранения. При этом широко использовались средства маскировки (смена окраски и названий, чужие флаги), часто навстречу транспортам посылалась подводная лодка, которая ночью сопровождала их в надводном положении.
Коммуникации между Францией и Каталонией обеспечивала Каталонская флотилия ПЛО (10―12 единиц). Зато немалые трудности представляло судоходство на линиях между Барселоной и Маоном, между Картахеной и Маоном, из-за присутствия сил мятежников в расположенной неподалеку Пальме. Как правило, переход из Барселоны занимал одну ночь, а его безопасность обеспечивали подводные лодки и торпедные катера.
Однако большая часть транспортов шла самостоятельно под покровом ночи (для доставки грузов использовались также парусники со вспомогательными моторами). Из Картахены сухогрузы шли поодиночке, как правило, с интервалом в несколько дней, замаскировавшись под суда третьих стран. Днем они шли на восток под флагом нейтральной страны, а ночью меняли курс на Маон.