С открытием военных действий в Чечне началось брожение. Русская власть в этих краях не особо проникала в горные аулы глубоко в горах Ичкерии, поэтому рост мятежных настроений в районе Ведено отследили слишком поздно. Русские успели принять только самые простые меры вроде оснащения солдат гарнизонов дополнительными патронами.
В это время в Чечне действовали турецкие агитаторы, рассказывавшие безумные истории о полном поражении русских на всех фронтах и соблазнявшие людей обещаниями земли и освобождения от налогов. Заодно эти деятели грозили продать в рабство тех, кто уклонится от мятежа. В результате в середине апреля в Чечне на территории нынешнего Ножай-Юртовского района собрались до 60 авторитетных горцев, которые решили попытаться воспламенить весь Северный Кавказ и добиться восстановления независимости. Уроженец Зандака Алибек-Хаджи Алдамов, провозглашенный имамом, объявил газават. Восстание быстро перекинулось на некоторые районы Дагестана. Первые акции, впрочем, носили не столько патриотический, сколько практический характер: мятежники нападали на табуны. Однако вскоре Алибек, двигавшийся от аула к аулу, собрал уже несколько сот, если не тысяч бойцов (точное число, как обычно, трудно определить). Русские, чьи гарнизоны были невелики, были вынуждены уклоняться от боя и запереться в немногочисленных ветхих крепостях. Начальник Терской области генерал-адъютант Свистунов мало что мог сделать по малочисленности своих людей. Так что к началу мая вся Ичкерия и часть Дагестана были охвачены мятежом. В Терской области объявили военное положение. Свистунов срочно выехал в крепость Грозную и пока сосредоточился на локализации восстания. В первую очередь генерал старался не допустить прорыва мюридов на равнину. Однако первая же серьезная стычка показала, что времена Шамиля ушли в прошлое. 22 апреля у села Майртуп полковник Нурид встретил отряд Алибека. При всей горячности чеченцев и их численном превосходстве русские пользовались теми преимуществами, которые дает регулярная выучка и дисциплина. К тому же русские располагали артиллерией, которой у горцев не было вовсе. Потеряв около трехсот человек, Алибек откатился. Нурид гнал его на Герменчук, где в итоге отказался от преследования: зарядившие дожди крайне затрудняли движение.
Удачный бой несколько умерил пыл боевиков, однако особенности местности сами по себе очень усложняли русским восстановление контроля над краем. В лесистых горах было исключительно трудно вести преследование, отряд, занимавший один аул, мог не иметь понятия, что происходит в соседнем, словом, требовалось слишком много людей для того, чтобы удерживать край. Алибек занял Центорой и тем восстановил авторитет. Однако попытка занять Гудермес и Шали кончилась новой неудачей: обыватели (сами чеченцы) при помощи войск отбили набег, а пока шли эти суматошные бои, до места действия добрался неутомимый Нурид, и Алибек был тут же бит вторично. Колебавшиеся аулы после такого провала выбрали сторону властей, а некоторые мятежные — изъявили покорность. Мятежники столкнулись с непредвиденной проблемой: даже внутри Чечни их популярность не была абсолютной. Отряд Дады Залмаева, пытавшийся уничтожить мост через Аргун, столкнулся с отчаянным сопротивлением соплеменников во главе с неким Хайбулой Курбановым. На место вскоре явился русский отряд полковника Лохвицкого, который немедля оказал помощь лоялистам и опрокинул неприятеля в штыковой атаке.
Вожаки восстания метались по Чечне, не получая помощи. Бунт в Дагестане был подавлен довольно быстро и малой кровью. Даже сравнительно небольшие отряды русских сумели энергично организовать контрмеры, мобильные отряды вторгались в самые дикие ущелья в поисках противника. Надо отметить, что русские вообще на удивление уверенно работали в ущельях. Традиции Кавказской армии времен Барятинского, судя по этим маневрам, еще далеко не были забыты. Благо, на Кавказе действовали многие части, воевавшие в горах десятилетиями. Скажем, участвовавший в операции Тенгинский полк воевал в Чечне еще во времена Лермонтова (который в этом полку и служил). К тому же помощь войскам оказали местные лоялисты, выгонявшие бунтовщиков из аулов. Вдобавок к регулярным войскам и казакам русские на лету сформировали несколько сотен из чеченских, осетинских, ингушских и кумыкских волонтеров. 10 мая началось общее наступление на мятежные районы Юго-Восточной Чечни: из Грозного, Хасавюрта и Анди. Точкой рандеву этих отрядов назначили Беной. В этом походе, что интересно, участвовали перековавшиеся жители Дагестана, которым обещали широкую амнистию в обмен на поимку главарей мятежа. Алибеку, однако, долго удавалось уходить от преследования. Свистунов, полковник Батьянов и терский атаман Смекалов, на чьи плечи легла эта операция, вовсю задействовали для поимки лидера восстания команды добровольцев из некогда мятежных районов. Правда, успех этих поисков был ограничен: далеко не все местные милиционеры выказывали такую храбрость и предприимчивость, какой от них ожидали. Между тем Свистунов и Батьянов отлично понимали, что только энергия и непрерывные успешные действия способны придушить мятеж и не позволить Алибеку мутить народ повсюду. Поэтому погоня продолжалась. Свистунов действовал жестко, даже жестоко: мятежные аулы без разговоров уничтожались вместе с посевами и скотиной. Свистунов, однако, исходил из предположения, что только таким образом можно быстро принудить к покою мятежный край — и в итоге оказался прав. Генерал требовал «…безусловной покорности и отнюдь никаких обещаний не давать, внушать убеждение, что торговаться с нами они не могут и в случае малейшего непослушания теперь же уничтожать хлеба и аулы, а зимой выморить голодом в лесах». Зарево над аулами оказалось слишком мрачным зрелищем для жителей уцелевших поселков. К тому же авторитет Алибека мог бы взлететь на недосягаемую высоту, если бы он сумел разбить хоть один русский батальон, но в этом-то как раз и заключалась главная трудность. Крупные бои начинались по-разному, а заканчивались одинаково: залпы орудий, мюриды, повисшие на штыках, бегство. Мятежникам катастрофически недоставало дисциплины, чтобы противостоять армии. Поэтому стратегия Алибека состояла главным образом в том, чтобы бороться с царской властью где-нибудь, где нет казаков и солдат регулярной армии. Впрочем, и тут смелых повстанцев подстерегала тысяча опасностей. Как-то раз русские пошли на иезуитскую хитрость: приманили мятежников на маленький отряд дагестанских ополченцев, за которыми скрытно шли пехотинцы с пушкой. После того как коварство открылось, многим уже оказалось поздно убегать.
Капитан Вишневский, участвовавший в этой операции, замечал по поводу мятежников: «Это были лишь нестройные толпы, плохо вооруженные, необученные и недисциплинированные. Единственное достоинство этих сынов природы — способность к малой войне. Восстание проявлялось в разных местах, но у восставших не было согласованности и общего плана действия».
Русские быстро поняли, что лучший способ управиться с партизанами — завести собственных. В этом качестве выступили казачьи отряды. Их тактика с поправкой на технические условия напоминала операции современных войск спецназначения. Скрытное выдвижение в партизанский район, засада на тропе, уничтожение попавшихся мятежных отрядов, быстрое возвращение из рейда. «Боевики» не могли чувствовать себя в безопасности даже в глухих ущельях. В аулах их ждали пехотинцы с пушками, в дикой местности — летучие казачьи отряды в засадах. В горах поселился страх.
Капитан Вишневский описал действия таких отрядов: «Дни и ночи ходили люди по 2—3 человека сначала по дороге, затем углублялись все более и более в глубь леса. Над всякими чинили свой собственный суд — просто говоря, отправляли на тот свет. Эта партизанская команда навела на окрестных жителей такой страх, что они не осмеливались появляться ближе 6—7 верст от, дороги. Мера была крутая, жестокая, но весьма действенная; кроме того, из этих партизанов вырабатывались надежные проводники, в которых у нас ощущался сильный недостаток».
Войско Алибека распадалось. Целые отряды голосовали ногами и покидали вождя. Алибек вдобавок от отчаяния принялся палить непокорные ему аулы. Ничем кроме полной безнадеги такое решение объяснить невозможно: население только приучалось бояться «лесных братьев». Кое-какие наиболее упорные в мятеже аулы русские переселили на равнину, так что к концу августа хребет восстанию в Чечне был сломан. Алибек с последними четырьмя сотнями сподвижников готовился зимовать в маленьком глухом ауле. Однако двое разведчиков из местных обнаружили лагерь и доложили русским. К Смекалову явился чеченец, желавший купить себе амнистию за счет атамана восстания. Операция, однако, не обещала быть легкой. Шли дожди, предстояло карабкаться по склонам гор. Смекалов и Батьянов разработали дерзкий план захвата своего противника. В предутренних сумерках по скользким тропам под проливным дождем отряды подошли к лагерю с разных сторон. Обнаружив, что его окружают, Алибек бросился в бегство — и напоролся на засаду. Русские сумели незаметно обложить противника сетью позиций, с которых теперь вели расстрел мюридов. Однако главный приз так и не достался им: хотя почти все были убиты или пленены, среди бежавших оказался имам. На этом кампания в Чечне, по сути, завершилась: Алибек бежал в Дагестан. Батьянов добивал лишь мелкие отряды.
Однако пока русские добивали последние очаги сопротивления в Чечне, взорвался Дагестан, казалось бы, надежно замиренный. Поначалу здесь бунтовали только несколько сел, однако в мае поднялся аул Асахо в наиболее дикой южной части этой области. Трехдневный приступ оказался исключительно сложным, попытка устроить коридор для выхода хотя бы женщин и детей увенчалась ответом «Наш дом — наша могила». В селе началась дикая свалка, женщины вели огонь вместе со своими мужьями, однако русские, невзирая на потери, сломили сопротивление и взяли село, хотя для этого его пришлось спалить почти до основания.