Самым спорным вопросом был вопрос о том, кто возглавит временное правительство. Этот вопрос имел огромное значение как для афганцев, так и для их соседей, особенно Пакистана, который категорически возражал против любого непуштунского руководства. С афганской стороны Северный альянс был расколот. Таджикские последователи Ахмед Шаха Масуда — доктор Абдулла, Юнис Кануни и Мохаммед Фахим — хотели, чтобы следующим лидером Афганистана стал пуштун, не входящий в Северный альянс. Масуд считал, что таджикам придется разделить власть с пуштунами, если Афганистан хочет избежать гражданской войны. Его вера передалась его подчиненным. Абдулла, Кануни и Фахим сомневались, что таджик будет принят большинством афганцев в качестве правителя. Они не хотели короля Захир Шаха, старого короля, который жил в Италии после своего свержения в 1973 году. Им нужен был кто-то молодой и активный, кто мог бы реально руководить страной. Однако Раббани, официальный лидер Джамиат Ислами, все еще находился в Кабуле и считал себя президентом.
Пуштуны были еще более разделены, чем Северный альянс. У них не было естественного лидера. На конференции их представляли различные племенные лидеры и представители старых партий моджахедов. Самой сильной была «Римская группа» короля Захир-шаха, хотя отсутствие полномочий моджахедов подрывало ее авторитет.
Среди пуштунов Карзай выделялся. Поведение и происхождение Карзая были хорошо известны, а его восстание на юге приобрело дурную славу. Перед Боннской конференцией Доббинс побывал в Афганистане и посетил Пакистан. Он беседовал с доктором Абдуллой, главным дипломатом Ахмед Шаха Масуда. Абдулла сказал Доббинсу: «Нам нужно нечто большее, чем фигура вождя… Нам нужен человек, который сможет справиться с ужасными проблемами, с которыми сейчас сталкивается Афганистан…Хамид Карзай был бы приемлемым выбором». В Пакистане Межведомственная разведка также предложила Карзая, который, должно быть, казался менее антипакистанским, чем сторонники короля или Северный альянс. Иран также был благосклонен к Карзаю. На открытии Боннской конференции Брахими разрешил Карзаю выступить с краткой речью по спутниковому телефону из Урузгана.
Взвесив конкурирующие интересы, Халилзад и Доббинс предложили соглашение, в котором король Захир Шах играл бы церемониальную роль, Северный альянс отошел бы от президентства, а пуштуны назначили бы другого временного президента. Они подозревали, что этим кандидатом будет Карзай. Брахими поддержал это соглашение. Халилзад умело вел переговоры с афганскими сторонами, пока все стороны не пришли к согласию.
Как и ожидали Доббинс и Халилзад, афганцы остановили свой выбор на Карзае, хотя и не без дополнительных проволочек. Брахими мягко давил на амбициозных сторонников короля, чтобы они отошли в сторону. По словам Бетт Дам, одного из ведущих биографов Карзая, именно король Захир Шах решил этот вопрос: «Выберите Карзая, — сказал король, — он мне как сын. Он единственный из вас, кто действительно находится в Афганистане». Раббани и Северный альянс были более жесткими. Раббани не хотел уступать пост президента, а остальные лидеры Северного альянса не могли решить, кого из них выдвинуть на посты в кабинете министров. Они считали, что вели войну и заслужили право доминировать в правительстве. Давление со стороны Доббинса, Халилзада и других международных лидеров, включая пресс-конференцию Доббинса, телефонный звонок министра иностранных дел России и сделку с иранцами за углом, убедило Раббани и других лидеров Северного альянса позволить двигаться дальше. Северный альянс получил чуть больше половины мест в кабинете министров, включая три ключевых министерства. Мохаммед Фахим стал министром обороны. Юнис Кануни стал министром внутренних дел. Доктор Абдулла стал министром иностранных дел. Все панджширские таджики. Все последователи Ахмед Шаха Масуда.
Карзаю сообщили о его выборе 5 декабря в северном Кандагаре. За несколько минут до этого американская бомба по ошибке попала в его позицию. К счастью, он отделался незначительными ранами лица от осколков. Десяти членам его свиты и трем бойцам американского спецназа повезло меньше. Среди раненых был и капитан Америн, которого пришлось эвакуировать. Потрясенный физически, но теперь обладающий гораздо большим авторитетом, Карзай продолжил движение к городу Кандагар.
По мере продвижения Карзая на юг в его ряды вливалось все больше племенных вождей, их соплеменников и побежденных талибов, число которых в итоге достигло 3000 человек. Самым важным из них был великий лидер племени аликозай мулла Накиб. Аликозай и Попалзай были связаны определенными узами. Ахмед Шах Дуррани, основатель афганского государства, был Попалзаем. Его мать, Заргона Ана, была аликозайкой. Карзай поддерживал связь с Накибом по спутниковому телефону. Накиб присоединился к талибам в 1994 году и уважал их преданность исламу. Но племя было превыше всего. Мирный переход от талибов к новому режиму Попалзая был глубоко заинтересован в его интересах. С самого начала войны он призывал талибов сложить оружие.
Тем временем Соединенные Штаты поддержали другого пуштунского командира в движении к городу Кандагар: Гул Ага Шерзай, громоздкий пуштун, который был командиром моджахедов во время советско-афганской войны. Он был из рода Баракзай, племени короля Захира и 150‑летних афганских королей. Общее происхождение из рода Дуррани и многовековое правление перед лицом общих врагов связывало Баракзаев и Попалзаев. Они также были политическими соперниками в борьбе за трон.
14 ноября Шерзай и 350 ополченцев племен Баракзай и Ачекзай выдвинулись из Пакистана в Кандагар через пустынную границу Аргестана. Их сопровождала группа спецназа США, которая координировала снабжение и вызывала авиаудары. Город Кандагар защищали три тысячи талибов — меньше, чем объединенные силы Карзая и Шерзая. Силы Шерзая медленно продвигались вперед, позволяя американским воздушным ударам преодолевать сопротивление талибов в серии столкновений вдоль дороги к городу. Сначала бойцы Талибана, которыми командовал Хафиз Абдур Рахим, религиозный деятель и ветеран советско-афганской войны, оказывали упорное сопротивление. Вместе с ними сражался контингент из 300 членов АльКаиды. Укрываясь в ирригационных канавах и водопропускных трубах, талибы и бойцы Аль-Каиды замедлили продвижение Шерзая в ряде арьергардных действий. В истории талибов говорится, что сильные авиаудары измотали их: «День за днем нехватка военного снабжения и материально-технических средств приводила к ослаблению сопротивления».
Талибы находились под сильным давлением. Убедившись, что битва проиграна, несколько лейтенантов муллы Омара умоляли его отказаться от Кандагара и эмирата. 23 ноября мулла Омар встретился с высшим советом лидеров Талибана. Тогда, после жарких споров, Омар потребовал, чтобы они продолжали сражаться. Совет подчинился.
Мулла Омар приказал своим войскам неуклонно отступать, пока они не окажутся ближе к городу и не смогут организовать сосредоточенную оборону. Он был намерен защищать Кандагар достаточно долго, чтобы живущие там арабы смогли бежать, а талибы, сдавшиеся Достуму, смогли честно вернуться домой. После этого он был готов сдать город вождям племен, чтобы спасти гражданское население от американских бомбардировок. Талибы отступали от деревни к деревне и от водопропускной трубы к водопропускной трубе после первых приступов сопротивления, а затем заняли более жесткую оборону аэропорта, расположенного к юго-востоку от города. Командир Хафиз Абдур Рахим был ранен в бою и не мог руководить. Многие из его бойцов вернулись в свои деревни. Боевики «Аль-Каиды» были более решительны. Некоторые сражались насмерть. 3 декабря, после нескольких дней бомбардировок, силы Шерзая начали штурм аэропорта Кандагара, расположенного к югу от города. Решительные талибы и несколько арабских бойцов защищали аэродром.
Когда силы Шерзая приблизились к аэродрому Кандагара, расположенному к юго-востоку от города, высокопоставленные лидеры Талибана отправились к мулле Накибу, чтобы договориться о встрече с Карзаем. 5 декабря, в тот же день, когда был нанесен ошибочный бомбовый удар, мулла Обайдулла (заместитель муллы Омара и министр обороны), мулла Барадар (будущий заместитель муллы Омара), Тайеб Ага (помощник муллы Омара и будущий глава политической комиссии), Раис Баграни (влиятельный лидер племени ализай) и другие высокопоставленные талибы встретились с Карзаем. Они подчинялись непосредственно мулле Омару. Согласно исследованиям нескольких западных журналистов, делегация талибов была готова сложить оружие в обмен на иммунитет. Они передали Карзаю письмо, в котором, возможно, предлагался способ мирного ухода талибов от власти. Мулла Омар, возможно, подписал его. На второй встрече 6 декабря был достигнут консенсус в отношении того, что талибы покинут Кандагар. Карзай согласился, чтобы Омар отправился в северный
Гильменд и жил с Раисом Баграни, который был на стороне талибов с 1994 года. Карзай доверял Баграни как уважаемому племенному вождю с длинной родословной, который не позволит Омару провоцировать насилие против нового государства. Баграни был известен как человек слова. Из Исламабада мулла Абдул Салам Заеф посол Талибанав Пакистане, объявил, что сделка достигнута, и Талибан передаст Кандагар и свое оружие мулле Накибу.
То, что произошло после этого, является предметом споров. Согласно некоторым интервью со свитой Карзая и лидерами Талибана того времени, Карзай и делегация достигли значимого соглашения, и Мулла Омар, вполне возможно, был готов отойти в сторону. Бывший министр иностранных дел Талибана Мутавакил пишет, что делегация согласилась передать Кандагар Карзаю, хотя они не пришли к всеобъемлющему мирному соглашению. Есть некоторые свидетельства того, что мулла Омар уже разговаривал с Карзаем по спутниковому телефону во время своего похода на юг из Урузгана, что дает основания полагать, что всеобъемлющее мирное соглашение уже готово.
Две вещи отменили сделку. Во-первых, Шерзай и сопровождающая его группа спецназа США захватили аэродром Кандагара 6 декабря и вошли в город Кандагар 7 декабря, прежде чем сделка могла быть завершена. Во-вторых, Соединенные Штаты оказали давление на Карзая, чтобы он проигнорировал предложения Талибана. Карзай рассказал о предложенной сделке подполковнику Дэвиду Фоксу, командиру его советников из сил специального назначения. Фокс отнесся к этому скептически и передал информацию по цепочке. На пресс-конференции 6 декабря министр обороны США Дональд Рамсфельд наложил вето на любой мир с Талибаном. Он также направил Карзаю частное предупреждение о том, что любая сделка будет противоречить интересам США. В ходе этого и других обсуждений с Северным альянсом и Карзаем Рамсфелд и американские чиновники, возможно, даже угрожали прекратить поддержку США, если какая-либо сделка состоится. Сразу после пресс-конференции Рамсфельда представитель Северного альянса сказал: «Нам сообщили, что если мы разработаем мирный план, который позволит освободить муллу Омара, Карзай потеряет поддержку Америки, а Северный альянс потеряет поддержку коалиции». Эта версия событий — что талибы и мулла Омар были серьезно готовы сложить оружие и принять мир — имеет глубокое значение для истории Афганистана. Если это правда, то Соединенные Штаты целенаправленно упустили шанс на мир в момент пика своей силы и вернули Афганистан на путь войны.